科学技術週間期間中の4月22日（土）、計算科学研究センター一般公開「スーパーコンピュータを見に行こう！」を行いました。12:30～16:00の見学時間の間に、41名の方（うち高校生以下の青少年19名）にお越しいただきました。
40分間のツアーでは、まず計算科学とスーパーコンピュータについて説明をした後、小林 諒平助教（高性能計算システム研究部門）の解説とともに「COMA」を見学していただきました。COMAの特徴でもあるメニーコアアーキテクチャの説明を聞いて膨大なコア数に驚かれたり、冷却システムを肌で感じたりと、みなさまに楽しんでいただけました。
見学ツアーの後半では、 浮田 尚哉研究員（素粒子物理研究部門）が「スパコンで質量の起源を探る」というタイトルで研究紹介をしました。素粒子について色々な疑問・質問が飛び出し、大変盛り上がりました。
今回は、センター別棟での開催のため場所がわかりづらかったにもかかわらず、多くの方々にお越しいただき大変ありがとうございました。
2017年3月31日17:00 をもって５年と２ヶ月の計画運用期間を満了した HA-PACS Base Cluster 部が、4月17日に撤去・搬出を完了しました。
・4月7日
次々とコードを抜かれていくHA-PACS
・4月14日
コードが全部引き抜かれたところ。 
引き抜かれたコード。 
パネルも外されて山積みになっています。
・4月17日
搬出
満開の桜の中、搬出作業が進められます。 
トラックに積まれて去っていく。 
伽藍堂になりました。
・3月28日
HA-PACS Base Cluster 運用終了記念写真。
HA-PACS お疲れ様でした！
＊HA-PACS の詳細については、「HA-PACS プロジェクト」「HA-PACS/TCA」「スーパーコンピュータ HA-PACS （Base Cluster 部）運用終了」についてのページをご覧ください。
＊HA-PACS/TCA 部は引き続き運用いたします。
＊HA-PACS Base Cluster 構築時の動画がYouTubeのCCS公式チャンネルでご覧いただけます！
重田育照教授が、物理化学分野の学術誌である Physical Chemistry Chemical Physics において、2016年に重要な貢献をしたレビュアーとして、Outstanding Reviewer for Physical Chemistry Chemical Physics in 2016 の一人に選ばれました。
詳細については、PCCP のページをご覧ください。
計算科学研究センターが平成24年2月1日より運用を続けてきましたスーパーコンピュータHA-PASC（Base Cluster部）は、5年2ヶ月の計画運用期間を満了し、平成29年3月31日に運用を終了しました。同システムは本センターがCP-PACS構築以来続けてきた、超並列型スーパーコンピュータによる大規模先進的計算科学の推進研究を、コモディティ技術により実現するべく導入された高密度超並列GPUクラスタです。
同システムは、米インテル社製の当時の最新CPU (Sandy Bridge-EP )を2基と米エヌビディア社製の当時最先端のGPU (Tesla M2090)を4基搭載したコンパクトで先進的な計算ノードを268台結合した超並列システムでした。ノード単体のピーク演算性能は2.99テラフロップス（毎秒2兆9900億演算）で、これはGPUを搭載した超並列クラスタ型スーパーコンピュータとして当時の世界最高性能となりました。システム全体としての総ピーク演算性能は802テラフロップス（毎秒802兆演算）に達しました。
計算科学研究センターでは、同システムを使って素粒子・宇宙・原子核・物質・生命・地球環境の各分野における様々な計算科学アプリケーションの開発と演算加速装置向けアルゴリズムの開発を進め、主要アプリケーションのホットスポット解析とGPU化を進めてきました。
平成25年11月1日に、同システムの拡張部として稼働を開始したHA-PACS/TCAシステムは、演算加速装置とCPU間の通信や、並列演算加速装置間の通信における様々なボトルネックに挑戦し、本センターで開発されたTCA通信機構を搭載した通信ボードを装着することで、従来のシステムを大幅に上回るGPU間通信性能を持つシステムを実現しました。このHA-PACS/TCAの研究基盤としても、同システムは大きく貢献しました。
また、同システムは計算科学研究センターが展開する様々なスーパーコンピュータ共同利用プログラムである、学際共同利用プログラム、大規模一般利用プログラム、文部科学省が進めるHPCI (High Performance Computing Infrastructure) プログラムにおける共有リソースの一つとして、全国の様々な計算科学・計算工学・計算機科学の研究者に利用され、常に高い利用率で運用を続けました。
同システムの運用終了に際し、長期間に渡り同システムをご愛用頂きましたことを改めて感謝致します。HA-PACS ベースクラスタ が少しでも皆様の研究に貢献できたのであれば、大変嬉しく思います。ありがとうございました。
計算機システム運用委員会委員長
朴 泰祐
Title： Early single node and multinode experience with the Knight’s Landing processor
Speaker： Prof. Peter Boyle (Edinburgh University)
Date： 2017/4/7(Fri),
Time: 14:00-15:30
Venue： Center for Computational Sciences, International Workshop Room
We discuss work to develop a new lattice QCD code base, Grid, targeting many multicore processor architectures with various forms of vector instructions. In particular we discuss recent efforts to optimise Grid for the new AVX512 instruction set on the Knights Landing processor. We also discuss the growing impact of interconnect performance on Lattice QCD codes, and compare the Cray Aries, Mellanox EDR and Intel Omnipath architectures. The performance curve for lattice QCD codes on such systems, after optimisation can be seen to be a simple and reasonably easily predictable function of the cache sizes, memory and network bandwidths.
contact: pr [at] ccs.tsukuba.ac.jp ([at] -> @)
第115回計算科学コロキウムを、4月28日（金）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。
場所：計算科学研究センター ワークショップ室
日時：2017/4/28(金), 10:00-12:00
講演タイトル：多次元データのための次元削減の高速化
講演者氏名：藤原靖宏 氏
講演者所属：ＮＴＴソフトウェアイノベーションセンタ特別研究員, 大阪大学招へい准教授．
概要：
データベース技術やインターネット技術の進展に伴い，大規模な多次元データが利用可能になりつつあります．多次元データを有効に活用するにあたり，その次元数を小さくする次元削減が重要になってきています． 次元削減を行うことにより多次元データに潜むクラスタ構造などを明らかにすることが出来ます．
本講演では多次元データに対する次元削減手法として有名な LLE (Locally Linear Embedding) の高速化について紹介します．LLE は多次元データの低次元への非線形な埋め込みを各データに対する近傍データによる線形回帰から行う手法です．紹介する技術は既存の手法と比較して2300倍の高速化を確認しました．
本講演より多くの方がビッグデータの解析技術に興味を抱いて頂ければと思います．
講師略歴：
藤原靖宏（ふじわらやすひろ）
博士（情報理工学）．
ＮＴＴソフトウェアイノベーションセンタ特別研究員. 大阪大学招へい准教授．
2001年早稲田大学理工学部，2003年早稲田大学大学院理工学研究科修士課程修了，2011年東京大学大学院情報理工学系研究科博士課程修了．
2003年日本電信電話株式会社へ入社．
専門分野はデータ工学，データマイニング，人工知能．
世話人：川島 英之
第114回計算科学コロキウムを、4月7日（金）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。
場所：計算科学研究センター ワークショップ室
日時：2017/4/7(Fri), 14:00-15:30
講演タイトル：Early single node and multinode experience with the Knight’s Landing processor
講演者氏名：Prof. Peter Boyle
講演者所属：Edinburgh University
要旨：
We discuss work to develop a new lattice QCD code base, Grid, targeting many multicore processor
architectures with various forms of vector instructions. In particular we discuss recent efforts to optimise Grid for the new AVX512 instruction set on the Knights Landing processor. We also discuss the growing impact of interconnect performance on Lattice QCD codes, and compare the Cray Aries, Mellanox EDR and Intel Omnipath architectures. The performance curve for lattice QCD codes on such systems, after optimisation can be seen to be a simple and reasonably easily predictable function of the cache sizes, memory and network bandwidths.
世話人：朴 泰祐
４月6日（木） 秋葉原コンベンションホール5C にて、SPPEXA Workshop Japan 2017 が開催されます。
詳しくはこちらをご覧ください。
Sponsored by JST-CREST 
Sponsored by SPPEXA 
in Cooperation by CCS, University of Tsukuba 
Date: April 6th (Thu), 2017
Venue: Akihabara Convention Hall 5C (Akihabara DAI Building 5F) Access
SPPEXA (Priority Programme “Software for Exascale Computing”) is a premier program in Germany addressing research on various aspects of HPC software, which is particularly urgent against the background that we are currently entering the era of ubiquitous massive parallelism. In SPPEXA, each project is led by German PI as well as Japanese PI and optional French PI in the formation of multi-country international collaboration with two or three countries. In Japan, especially, each SPPEXA project is connected to JST-CREST project under research region of “Development of System Software Technologies for post-Peta Scale High Performance Computing”.
In this workshop, PIs and researchers of three of SPPEXA projects, MYX, ESSEX and DASH gather to promote the project overview and current progress of research under international collaboration. All these projects cover from the fundamental system software to large scale application and numerical computation. The speakers are selected from SPPEXA researchers including Germany, Japanese and French partners.
We invite all researchers related to HPC and Exascale Computing on various software layers to this opportunity to share the knowledge and experience toward Exascale software development.
Taisuke Boku
Organizing Chair of Workshop
Registration is closed.
| Speaker | Title | |
| 10:00-10:05 | Taisuke Boku (University of Tsukuba) |
Welcome Note |
| 10:05-10:20 | Nahid Emad (University of Versailles) |
Overview of SPPEXA |
| 10:20-10:50 | Matthias Mueller (RWTH Aachen University) |
Overview of MYX |
| 10:50-11:20 | Tetsuya Sakurai (University of Tsukuba) |
Overview of ESSEX-II |
| 11:20-11:50 | Karl Fuerlinger (LMU Munich) |
Overview of Smart-DASH |
| 11:50-13:00 | Lunch Break | |
| 13:00-13:30 | Joachim Protze (RWTH Aachen University) |
Analysis of possible correctness issues in XcalableMP programms |
| 13:30-14:00 | Hitoshi Murai (RIKEN AICS) |
XcalableACC PGAS Language for Accelerated Clusters and XMPT Tool Interface |
| 14:00-14:30 | Serge Petiton (Maison de la Simulation, CNRS) |
Towards an Intelligent linear algebra for extreme computing |
| 14:30-15:00 | Christian Terboven (RWTH Aachen University) |
Programming Models and Tools: Programmers’ Expectations |
| 15:00-15:30 | Coffee Break | |
| 15:30-16:00 | Faisal Shahzad (RRZE, Erlangen) |
CRAFT: A library for application-level Checkpoint/Restart & Automatic Fault Tolerance |
| 16:00-16:30 | Masatoshi Kawai (University of Tokyo) |
Hierarchical Parallelization of Coloring Procedures for ILU Preconditioner |
| 16:30-17:00 | Felix Moessbauer (LMU Munich) |
A Parallel I/O Abstraction for Partitioned Global Address Space Programming |
| 17:00-17:30 | Joseph Schuchard (HLRS, Stuttgart) |
Global Task Dependencies in PGAS Applications |
| 17:30-17:55 | — | Open Discussion |
| 17:55-18:00 | Mitsuhisa Sato (RIKEN AICS) |
Closing Remarks |
| 18:30-20:00 |
Reception* (Reception Fee: 4,000JPY) |
2017年度計算科学研究センター一般公開を、2017年4月22日（土）に開催いたします。所要時間約40分間の見学ツアーを3回用意し、団体見学も受け付けています。
※昨年までと場所が異なります。大学会館近くの計算科学研究センター【別棟】での開催となります。
| スパコンってどんなもの？スパコンで何ができるの？スーパーコンピュータ「COMA」の見学と、スパコンを使った研究紹介を行います。スパコンと計算科学に関する疑問を研究者に聞いてみよう！ |
予約等は不要です。直接、計算科学研究センター別棟へお越しください。
日 時：2016年4月23日（土）12:30～16:00
場 所：筑波大学計算科学研究センター 別棟 交通アクセス
ツアー：所要時間約40分
13:00／14:00／15:00
参加費：無料。団体見学可（事前にご連絡ください）。
お問合せ：jccs [at] un.tsukuba.ac.jp （@を[at]と表示しています）
関連リンク：
・科学技術週間 SCIENCE & TECHNOLOGY WEEK
4月22日、筑波大学では計算科学研究センター以外でも、特別授業や科学実験をはじめ、さまざまなイベントを開催します。「一日筑波大生」になって、科学の面白さと大学の魅力を体感しよう！
2017年3月16日
一般公開実施担当者一同
平成29年度の大規模一般利用を公募します。
詳しくは、大規模一般利用のページをご確認ください。
応募締切：平成29年3月24日（金）17時（メール必着）
『スーパーコンピュータ利用の手引き』ページ内に、『スーパコンピュータシステムにおけるセキュリティポリシー』を掲載しました。
詳しくは以下のリンクからご確認ください。
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/kyodoriyou/tebiki/
Professor Osamu Tatebe, Associate Professor Hideyuki Kawashima and more received the Best paper award on big data processing at IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing (13-16, Feb. 2017 Korea).
The paper for receiving a prize is as follows:
Naofumi Murata, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, Accelerating Read Atomic Multi-partition Transaction with Remote Direct Memory Access, IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing, 2017.
建部修見教授、川島英之准教授らは、2月13-16日に韓国で開催された IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing において Best paper award on big data processing を受賞しました。
受賞対象となった論文は以下の通りです。
Naofumi Murata, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, Accelerating Read Atomic Multi-partition Transaction with Remote Direct Memory Access, IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing, 2017.
生命科学研究部門セミナーを、3月3日（金）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。
日時：2017/3/3 10:00-12:00
場所：計算科学研究センター会議室D
題目：
CDスペクトルに対する振電相互作用の効果：
キサントロドプシン中でのカロテノイド・レチナール相互作用
講演者：藤本和宏（北陸大学・講師）
要旨：
キサントロドプシン（XR）中ではカロテノイドとレチナールとの間で励起エネルギー移動（EET）が起こる。XRのCDスペクトル形状は一般的なレチナールタンパク質のものとは異なるためCDに対するEETの関与が示唆されているが、その本質は明らかとなっていない。本発表では、遷移密度フラグメント相互作用法と振電エキシトンモデルの組み合わせで明らかとなった、XRのCDスペクトルに対する振電相互作用の影響を示す予定である。
対象：数理物質科学研究科大学院生および研究員・スタッフ
生命科学研究部門セミナーを、2月17日（金）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。
日時：2017年2月17日（金） 15:00-16:00
場所：筑波大学 計算科学研究センター 2F 会議室D
題目：QTAIM Next Generation Quantum Topological Theory
講師：講演者：Samantha Jenkins （湖南師範大学・教授）
要旨:
The seminar will present an overview of the development the new methods including those to elucidate mechanically, thermally and photochemically induced phenomena in molecular devices. We present a new QTAIM and stress tensor interpreted Ramachandran plot and a new method to visualize normal modes. Next generation quantum topological theory will partner existing theory methods and will use their resultant total electronic charge density distributions as input and is suitable for many types of chemical, physical and excited state phenomena; photo-isomerization, excited state intra-molecular and the related avoided crossings and conical intersections of potential energy surfaces. The adaptations of the bonding topology to the functioning of the mechanical, thermal and light driven devices can reveal chemical patterns beyond the scope of the Woodward-Hoffman rules.
世話人：重田育照
筑波大学計算科学研究センターでは，下記の要領で専任教員を公募することになりました。つきましては，貴機関関係各位にご周知頂くとともに，ご応募ならびに適任者のご推薦方よろしくお願い申し上げます。
1. 公募人員： 教授または准教授１名
2. 所属組織： 筑波大学 計算科学研究センター
3. 専門分野： 計算科学の手法を用いた宇宙物理学分野。計算科学研究センターでは，「計算基礎科学連携拠点」(http://www.jicfus.jp/jp/)ならびに「宇宙生命計算科学連携拠点」(http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/CCS/research/research_promotion/ comp-astrobio) を推進しています。本公募は，「計算基礎科学連携拠点」における宇宙天体の形成・進化の研究，ないし「宇宙生命計算科学連携拠点」における宇宙空間での生命起源に関わる研究を，計算科学の手法を用いて推進して頂ける方を望みます。また，センターにおける他分野との連携を含む学際的な計算科学の推進にも意欲のある方を希望します。教育・研究指導として，理工学群，数理物質科学研究科を担当します。
4. 着任時期： 決定後できるだけ早い時期
5. 任期など： なし（定年は筑波大学規則に従う）
6. 応募資格： 博士の学位を有する者
7. 提出書類：
１）履歴書（写真貼付）
２）業績リスト（査読論文とその他を区別すること）
３）主要論文別刷５編（うち４編以上は最近５年以内のもの）
４）これまでの研究の概要
５）着任後の研究計画と教育に関する抱負
６）外部資金の獲得状況
７）意見書２通以上，または照会可能者２名以上の氏名・連絡先
8. 公募締切： ２０１７年４月２８日（金）必着
9. 応募方法： 封筒に「計算科学研究センター計算宇宙分野人事応募書類在中」と朱書し，簡易書留にて送付してください。応募書類は返還しません。意見書は別送も可能です。また意見者が直接送付する場合に限り電子ファイルによる提出も可能です。その場合，送付する電子メールの件名を「計算宇宙公募意見書」（Reference Letter, Computational Astrophysics）として下さい。意見書が別送される場合は，応募書類の中でその旨明記してください。
【書類送付先】
〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
筑波大学 計算科学研究センター長 梅村 雅之
Email: umemura[at]ccs.tsukuba.ac.jp
問合せ先： 梅村 雅之 Tel: 029-853-6485, Email: umemura[at]ccs.tsukuba.ac.jp
*メール送信時は[at]を＠に置き換えてください。
10. その他： 計算科学研究センターは，文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており，計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。
日時：2017年2月28日（火） 9:00～18:30
会場：筑波大学計算科学研究センター1F 国際ワークショップ室
計算科学研究センター 平成28年度年次報告会を行います。
どなたでもご参加いただける公開の報告会ですので、ご興味のある方はご参加ください。
（*は研究部門長・分野リーダー）
9:00 亀田能成*（計算情報学研究部門）
9:15 藏増嘉伸*（素粒子物理研究部門）
9:30 前島展也（量子物性研究部門）
9:45 塩川浩昭（計算情報学研究部門）
10:00 森 正夫（宇宙物理研究部門）
10:30 橋本幸男（原子核物理研究部門）
10:45 庄司光男（生命科学研究部門）
11:00 多田野寛人（高性能計算システム研究部門）
11:15 吉江友照（素粒子物理研究部門）
11:30 田中 博*（地球環境研究部門）
11:45 吉川耕司（宇宙物理研究部門）
（12:00〜13:00 昼食）
13:00 稲垣祐司*（生命科学研究部門）
13:15 相川祐理（宇宙物理研究部門）
13:30 中務 孝* （原子核物理研究部門）
13:45 谷口裕介（素粒子物理研究部門）
14:00 北原 格（計算情報学研究部門）
14:25 川島英之（高性能計算システム研究部門）
14:40 日下博幸（地球環境研究部門）
14:55 栢沼 愛（生命科学研究部門）
15:10 仝 暁民（量子物性研究部門）
15:25 天笠俊之（計算情報学研究部門）
15:50 根村英克（素粒子物理研究部門）
16:05 北川博之*（計算情報学研究部門）
16:20 小林諒平（高性能計算システム研究部門）
16:35 古家健次（宇宙物理研究部門）
16:50 小泉裕康（量子物性研究部門）
17:15 重田育照*（生命科学研究部門）
17:30 梅村雅之*（宇宙物理研究部門）
17:45 石塚成人（素粒子物理研究部門）
18:00 矢花一浩*（量子物性研究部門）
18:15 朴 泰祐*（高性能計算システム研究部門）
Quantum Condensed Matter Physics Division in Center for Computational Sciences, University of Tsukuba anticipates an opening for a postdoctoral researcher beginning in April of 2017.
1. Position Title:
Postdoctoral Researcher
2. Subject Area:
Computational materials science; Computational atomic, molecular, and optical science
3. Position Location:
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Tsukuba 305-8577, Japan
4. Job description:
Research in computational quantum condensed matter physics
5.
(1) Start of employment: April 1, 2017 or later (negotiable)
(2) Period of employment: Three years
(3) Conditions: Full-time employment. Salary will be commensurate with qualifications and experience.
6. Qualifications:
Candidates must hold a doctoral degree in a related field, or receive it before start of employment
7. Application Materials Required:
(1) Curriculum Vitae
(2) Publication List
(3) Research statement
(4) Research plan
(5) Names and contact information of two reference persons
8. Application Deadline:
Jan. 6, 2017
9.
(1) Application materials should be either sent by postal or electric mail.Postal mail should be sent to
Prof. K. Yabana
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba
1-1-1 Tennodai, Tsukuba 305-8577, Japan
NB: Please write in red ink “CCS Postdoctoral Research Fellow (Quantum Condensed Matter Physics)” on the front side of envelope.
Electric mail should be sent to
yabana [at] nucl.ph.tsukuba.ac.jp
NB: Materials should be prepared as pdf files. Subject line should be written as ‘Application to postdoctorial researcher in quantum condensed matter physics’.
(2) Contact
Kazuhiro Yabana
Division chief of Quantum Condensed Matter Physics
TEL: +81 29-853-4202
Email: yabana [at] nucl.ph.tsukuba.ac.jp
10. Note:
The University of Tsukuba is an equal opportunity employer.
Web page of quantum condensed matter physics division
http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/eng/research-activities/research-divisions/division-of-quantum-condensed-matter-physics/
