これらの業績を基礎として、1992年には物理学の研究に適した超並列計算機CP-PACSの開発プロジェクトが「学術の新たな展開のためのプログラム」の研究課題「専用並列計算機による場の物理の研究」（予算総額22億円）として認められました。同時に、筑波大学計算物理学研究センターが設置されました。同センターでは1992年から5年をかけてCP-PACSを開発・製作しました。 同機は1996年11月の完成時点に614GFLOPSを達成し、世界のスーパーコンピュータトップ500リストの第1位を占めました。

計算物理学研究センターでCP-PACSを完成後8年にわたって稼動し、素粒子の強い相互作用の基礎理論であるQCDに基づく素粒子と基本粒子クォークの性質の解明、量子力学第一原理に基づく固体水素の相構造の解明、宇宙輻射と物質の相互作用を取り入れた宇宙の階層構造形成のシミュレーションなど、基礎物理学諸分野において世界的な業績を挙げました。

また1997年度～2001年度には、日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業「計算科学」分野のプロジェクト「次世代超並列計算機開発」を実施しました。同プロジェクトでは、複合的な計算の高速処理を可能とする新たな計算機アーキテクチャ HMCS（異機種融合型計算機システム）を提案すると同時に、8.6TFLOPSの高い性能を持つ実用システムを構築し、宇宙物理学における銀河形成シミュレーションに新たな発展をもたらしました。

筑波大学計算科学研究センターは、2004年4月1日に設置されました。計算物理学分野における以上の成果を基礎として、計算科学の方法により、より幅広く科学の諸領域の研究の推進を図ることを目的としています。

計算物理学研究センター10年の歩み（2002年7月）