生命科学研究部門

生命機能情報分野

名前 所属 職名
重田 育照 教授/部門主任
原田 隆平 准教授
庄司 光男 助教
西澤 宏晃 助教
堀 優太 助教
鬼頭(西岡) 宏任 研究員
森田 陸離 研究員
満田 祐樹 研究員
Kowit Hengphasatporn 研究員
広川 貴次 医学医療系 教授(共同研究員)
吉野 龍ノ介 医学医療系 助教(共同研究員)

分子進化分野

名前 所属 職名
稲垣 祐司 教授/分野リーダー
石谷 佳之 研究員
橋本 哲男 生命環境系 生物科学専攻長(後期)/教授(共同研究員)

生命機能情報分野

氏名 重田 育照
Name Shigeta Yasuteru
所属
所属研究科/学類 数理物質科学研究科/理工学群 物理学類
職名 教授/部門主任
研究テーマ ナノ-バイオ系の計算シミュレーション
関連リンク
Email shigetaccs.tsukuba.ac.jp
harada 氏名 原田 隆平
Name Harada Ryuhei
所属
所属研究科/学類 生命環境科学研究科/生命環境学群 生物学類
職名 准教授
研究テーマ タンパク質の分子動力学シミュレーション
関連リンク
Email ryuheiccs.tsukuba.ac.jp
  • 研究キーワード
  • 経歴
    2019年2月
    -
    現在
    筑波大学 計算科学研究センター 准教授
    2018年4月
    -
    2019年1月
    筑波大学 計算科学研究センター 助教
    2015年4月
    -
    2018年3月
    日本学術振興会 特別研究員 PD
    2014年4月
    -
    2015年3月
    筑波大学 計算科学研究センター 研究員
    2011年4月
    -
    2014年3月
    理化学研究所 計算科学研究機構 特別研究員
  • 論文
    Takunori Yasuda, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Chemistry Letters 49 (7) 2020年7月[査読有り]
    Independent Non-targeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Enhancing Conformational Transitions of Proteins
    Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Journal of Chemical Information and Modeling, in preparation 2020年6月[査読有り]
    Comprehensive Predictions of Secondary Structures on Proteins of Various Organisms
    Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Journal of Molecular Biology, in preparation 2020年6月[査読有り]
    Protein Folding Pathways Elucidated by Principal Component Analysis-Based Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
    Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Journal of Computational Chemistry, in preparation 2020年6月[査読有り]
    Enhanced Conformational Sampling Method Based on Anomaly Detection Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: ad-PaCS-MD
    Ryuhei Harada, Kota Yamaguchi, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Theory and Computation, in preparation 2020年6月[査読有り]
    Rearrangements of Water Molecules in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Enhance Structural Explorations
    Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Bulletin Chemical Society of Japan, under review (Manuscript No.: BCSJ-2020-0174) 2020年6月[査読有り]
    The Molecular Mechanism on the Actin-Binding Domain of the Alpha-Actinin Ain1 Elucidated by Molecular Dynamics Simulations and Mutagenesis Experiments
    Rikuri Morita, Kentaro Nakano, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    The Journal of Physical Chemistry B, in revision (Manuscript ID: jp-2020-046237) 2020年6月[査読有り]
    Taste Recognition Mechanism of Medaka Fish Taste Receptor Type 1 upon the Ligand Binding Studied by All-atom Molecular Dynamics Simulations
    Hayato Aida, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Physical Chemistry Chemical Physics, in preparation 2020年5月[査読有り]
    Efficient Conformational Sampling of Collective Motions of Proteins with Principal Component Analysis Based Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
    Takanori Yasuda, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    Journal of Chemical Information and Modeling, under review (Manuscript ID: ci-2020-00580k) 2020年5月[査読有り]
    Teruyuki Takahashi, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Chemistry Letters 49 (4) 2020年4月[査読有り]
    Protein Dynamics and the Folding Degree
    Vladimir Sladek, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Information and Modeling 60 (3) 2020年3月[査読有り]
    学術賞受賞寄稿「タンパク質の機能発現に重要なレアイベントを抽出するサンプリング手法の開発」
    原田隆平
    アンサンブル 22 2020年1月[査読有り]
    Rare Event Sampling of Biomolecules Based on Distributed Computing
    Ryuhei Harada
    BUTSURI 75 (1) 2020年1月[査読有り]
    Developments of Rare Event Sampling Methods for Proteins
    Ryuhei Harada, Vladimir Sladek, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry Japan 18 (5) 2019年12月[査読有り]
    Non-targeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Based on a Non-Redundant Selection Rule for Initial Structures Enhances Conformational Sampling of Proteins
    Ryuhei Harada, Vladimir Sladek, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Information and Modeling 59 (12) 2019年11月[査読有り]
    Selection Rules for Outliers in Outlier Flooding Method (OFLOOD) Regulate its Conformational Sampling Efficiency
    Ryuhei Harada, Vladimir Sladek, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Information and Modeling 59 (9) 2019年9月[査読有り]
    Non-targeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Using Time-localised Prediction of Conformational Transitions in Protein Dynamics
    Ryuhei Harada, Vladimir Sladek Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Theory and Computation 15 (9) 2019年9月[査読有り]
    カスケード選択型分子動力学シミュレーションに基づく低解像度タンパク質構造の精密化
    原田隆平
    スーパーコンピューティングニュース特集号 21 (1) 2019年8月
    Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation (PaCS-MD) Screens for Protein Complexes Generated by Rigid Docking
    Ryuhei Harada, Ryunosuke Yoshino, Hiroaki Nishizawa, Yasuteru Shigeta
    Journal of Molecular Graphics and Modeling 92 2019年7月[査読有り]
    Temperature-Pressure Shuffling Outlier Flooding Method Enhances the Conformational Sampling of Proteins
    Ryuhei Harada, Ryunosuke Yoshino, Hiroaki Nishizawa, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry 40 (15) 2019年4月[査読有り]
    Molecular Dynamics Studies on the Effects of Antifreezing Protein from Rhagium Inquisitor (RiAFP) onIce Growth
    Masato Kimatsuka, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry Japan 17 (5) 2019年3月[査読有り]
    Possible Configurations of Apo-form Taste Receptor Type 1 (T1r) Studied by Microsecond-Order Molecular Dynamics Simulation
    Hayato Aida, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Chemistry Letters 48 (4) 2019年3月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Advances in Quantum Chemistry 78 2019年2月[査読有り]
    Effects of Antifreezing Protein from Rhagium inquisitor Binding on Ice Growth: A Molecular Dynamics Study
    Masato Kimatsuka, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta
    Chemistry Letters 48 (3) 2019年2月[査読有り]
    Studies of Molecular Crowding by Simulations and Development of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
    Ryuhei Harada
    Association of Asia Pacific Physical Society 29 (1) 2019年2月
    Hybrid Cascade-Type Molecular Dynamics with a Markov State Model for Efficient Free Energy Calculations
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Theory and Computation 15 (1) 2019年1月[査読有り]
    Studies of Molecular Crowding by Simulations and Development of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
    Ryuhei Harada
    BUTSURI 73 (12) 2018年12月[査読有り]
    カスケード選択型分子動力学シミュレーションの開発とタンパク質構造変化予測への適用
    原田隆平
    平成29年度・京都大学スーパーコンピュータ共同研究制度広報 17 (1) 2018年12月
    The Formation of Central Hydrophobic Core Regulates the Protein Folding of Villin Elucidated with Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
    Ryuhei Harada, Hayato Aida, Yasuteru Shigeta
    Chemistry Letters 47 2018年9月[査読有り]
    Selection Rules on Initial Structures in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Affect Conformational Sampling Efficiency
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Molecular Graph and Modeling 85 2018年9月[査読有り]
    Simple, yet Efficient Conformational Sampling Methods for Reproducing/Predicting Biologically Rare Events of Proteins
    Ryuhei Harada
    Bulletin Chemical Society of Japan 91 (9) 2018年9月[査読有り]
    How does Friction Constant affect the Conformational Sampling Efficiency of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics?
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Chemistry Letters 47 2018年8月[査読有り]
    Temperature Shuffled Structural Dissimilarity Sampling Based on a Root-Mean Square Deviation
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Information and Modeling 58 (7) 2018年8月[査読有り]
    カスケード型超並列シミュレーションに立脚した遷移経路探索法の開発とFtsZ細胞分裂ダイナミクスへの適用
    原田隆平
    スーパーコンピューティングニュース特集号 20 (2) 2018年8月
    How Low-Resolution Structural Data Predict the Conformational Changes of a Protein: A Study on Data-Driven Molecular Dynamics Simulations
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Physical Chemistry Chemical Physics 20 2018年7月[査読有り]
    Developments of Innovative Molecular Simulation Methods for Understanding the Biological Functions
    Ryuhei Harada
    Chemical Industry 69 (7) 2018年7月
    Yuma Terai, Ryuma Sato, Takako Yumiba, Ryuhei Harada, Kohei Shimizu, Tatsuya Toga, Tomoko Ishikawa, Takashi Todo, Shigenori Iwai, Yasuteru Shigeta, Junpei Yamamoto
    Nucleic Acid Research 46 (13) 2018年7月[査読有り]
    On-the-Fly Specifications of Reaction Coordinates in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Accelerate the Conformational Transitions of Proteins
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Theory and Computation 14 (6) 2018年6月[査読有り]
    Recent Extensions and Applications of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Activity Report 2017 / Supercomputer Center, Institute for Solid State Physics (The University of Tokyo) 2018年5月
    Ryuhei Harada, Takako Mashiko,, Masanori Tachikawa,, Shuichi Hiraoka, Yasuteru Shigeta
    Physical Chemistry Chemical Physics 20 2018年4月[査読有り]
    Development of Molecular Crowding and Cascade-Type Massive Parallel Simulation Methods for Biological Functions of Proteins
    Ryuhei Harada
    Chemistry and Chemical Industry 71 (3) 2018年3月
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computer Chemistry Japan 17 (1) 2018年3月[査読有り]
    The Binding Structure and Affinity of Photodamaged Duplex DNA with Members of the Photolyase/Cryptochrome Family: A Computational Study
    Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Biophysics and Physicobiology 15 2018年1月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Molecular Simulation 44 (3) 2018年[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry 38 (31) 2017年12月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Information and Modeling 57 (12) 2017年12月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry 38 (22) 2017年8月[査読有り]
    Yuzuru Ujiie, Wataru Tanaka, Kyohei Hanaoka, Ryuhei Harada, Megumi Kayanuma, Mitsuo Shoji, Takeshi Murakawa, Toyokazu Ishida, Yasuteru Shigeta, Hideyuki Hayashi
    The Journal of Physical Chemistry B 121 (22) 2017年6月[査読有り]
    Junso Fujita*, Ryuhei Harada*, Yoko Maeda, Yuki Saito, Eiichi Mizohata, Tsuyoshi Inoue, Yasuteru Shigeta, Hiroyoshi Matsumura (*Equally Contributed)
    Journal of Structural Biology 198 (2) 2017年5月
    Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry 38 (11) 2017年4月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Theory and Computation 13 (3) 2017年3月[査読有り]
    Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada, Ryuma Sato, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Thi Kieu My Bui, Akimasa Sato, Takaki Tokiwa, Akane Kyan, Yuki Ishii, Masato Kimatsuka, Sotaro Yamasaki, Megumi Kayanuma, Mitsuo Shoji
    Molecular Simulation 43 (13-16) 2017年[査読有り]
    Theoretical Analyses on a Flipping Mechanism of UV-induced DNA Damage
    Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 13 2016年11月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yasuteru Shigeta
    Bulletin of Chemical Society of Japan 89 (11) 2016年11月[査読有り]
    Isseki Yu, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Jaewoon Jung, Yuji Sugita, Michael Feig
    eLife 5 2016年11月[査読有り]
    Molecular Mechanisms of Substrate Specificities of Uridine-Cytidine Kinase
    Wataru Tanaka, Mitsuo Shoji, Fumiaki Tomoike, Yuzuru Ujiie, Kyohei Hanaoka, Ryuhei Harada, Megumi Kayanuma, Katsumasa Kamiya, Toyokazu Ishida, Ryoji Masui, Seiki Kuramitsu, Yasuteru Shigeta
    Biophysics and Physicobiology 13 2016年6月[査読有り]
    最近の研究から「カスケード型超並列シミュレーションに基づく遷移経路探索法」
    原田隆平
    アンサンブル 18 (3) 2016年6月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    Journal of Chemical Theory and Computation 12 (5) 2016年5月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry 37 (8) 2016年3月[査読有り]
    Akio Kitao, Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Duy Phuoc Tran
    Proceedings of the International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2016 (ICCMSE-2016) 1790 2016年[査読有り]
    Ryuhei Harada, Akio Kitao
    JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 11 (11) 2015年11月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yasuteru Shigeta
    CHEMICAL PHYSICS LETTERS 639 2015年10月[査読有り]
    Protein Folding and Evolution
    Ryuhei Harada, Yuji Inagaki, Yasuteru Shigeta
    In book: Reference Module in Materials Science and Materials Engineering DOI: 10.1016/B978 2015年8月[査読有り]
    Michael Feig, Ryuhei Harada, Takaharu Mori, Isseki Yu, Koichi Takahashi, Yuji Sugita
    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING 58 2015年5月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 36 (10) 2015年4月[査読有り]
    Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada, Megumi Kayanuma, Mitsuo Shoji
    INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY 115 (5) 2015年3月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 36 (2) 2015年1月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yu Takano, Takeshi Baba, Yasuteru Shigeta
    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 17 (9) 2015年[査読有り]
    Cascade-type Massive Parallel Simulation for Protein Conformation Transition Pathway Search
    Yasutaka Nishihara, Ryuhei Harada, Akio Kitao
    Proceedings of the Institute of Statistical Mathematics 62 (2) 2014年12月[査読有り]
    Takeshi Baba, Ryuhei Harada, Masayoshi Nakano, Yasuteru Shigeta
    Journal of Computational Chemistry 35 (16) 2014年6月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Akio Kitao
    SEIBUTSU BUTSURI 54 (3) 2014年3月[査読有り]
    Hydration and Protein Stability under Molecular Crowding Environments
    Ryuhe Harada
    BUSEEI KENKYU 53 2014年3月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    The Journal of Chemical Physics 140 (12) 2014年3月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Nobuhiko Wakai, Akio Kitao
    International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2014 1618 2014年[査読有り]
    Ryuhei Harada, Akio Kitao
    The Journal of Chemical Physics 139 (3) 2013年7月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Naoya Tochio, Takanori Kigawa, Yuji Sugita, Michael Feig
    Journal of the American Chemical Society 135 (9) 2013年3月[査読有り]
    Ryuhei Harada
    SEIBUTSU BUTSURI 53 (4) 2013年2月[査読有り]
    博士論文紹介「超並列マルチスケールシミュレーションMSFEL法で探る生体分子の生体分子の自由エネルギー地形」
    原田隆平
    アンサンブル 15 (1) 2013年1月[査読有り]
    Understanding Proteins in Packed Places
    Ryuhei Harada, Yuji Sugita, Michael Feig
    RIKEN RESEARCH 7 (3) 2012年7月
    Ryuhei Harada, Yuji Sugita, Michael Feig
    Journal of the American Chemical Society 134 (10) 2012年3月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Akio Kitao
    Journal of Chemical Theory and Computation 8 (1) 2012年1月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Akio Kitao
    The Journal of Physical Chemistry B 115 (27) 2011年7月[査読有り]
    Ryuhei Harada, Akio Kitao
    Chemical Physics Letters 503 (1-3) 2011年2月[査読有り]
  • 受賞
    2019年12月
    2019年度 分子シミュレーション学会 学術賞
    2019年3月
    日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12)
    2019年2月
    Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection
    2018年3月
    日本化学会 第67回 進歩賞
    2017年9月
    The 4th BIOPHYSICS Editors' Choice Award
    2016年11月
    BCSJ Selected Paper (日本化学会 優秀論文)
    2016年11月
    第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞
    2015年4月
    日本学術振興会特別研究員 PD (化学)
    2012年9月
    第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証
    2010年11月
    第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞
  • 書籍等出版物
  • 競争的資金等の研究課題
    中分子環状ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出
    筑波大学研究基盤支援プログラム (Aタイプ)
    研究期間: 2019年8月 - 2020年3月代表者: 原田隆平
    筑波大学研究支援プログラム(Cタイプ)
    研究期間: 2019年7月 - 2020年3月代表者: 原田隆平
    カスケード選択型分子動力学シミュレーションで実現する環状ペプチド の膜透過シミュレーション
    2019年度学際共同利用
    研究期間: 2019年4月 - 2020年3月代表者: 原田隆平
    PaCS-MDで実現する環状ペプチドの膜透過シミュレーション
    平成31年度 TSUBAME若手・女性利用者支援制度度
    研究期間: 2019年4月 - 2020年3月代表者: 原田隆平
    カスケード選択型分子動力学シミュレーションで実現する環状ペプチドの膜透過シミュレーション
    若手・女性利用者推薦 2019年度 (前期)
    研究期間: 2019年4月 - 2019年9月代表者: 原田隆平
    カスケード選択型分子動力学シミュレーションに基づく低解像度タンパク質構造の精密化
    平成30年度スーパーコンピューター若手・女性利用者推薦制度選択課題 (後期)
    研究期間: 2018年10月 - 2019年3月代表者: 原田隆平
    筑波大学研究基盤支援プログラム(Cタイプ)
    研究期間: 2018年7月 - 2019年3月代表者: 原田隆平
    カスケード型分子動力学シミュレーションに基づくフレキシブルドッキング法の開発
    平成30年度 TSUBAME若手・女性利用者支援制度度
    研究期間: 2018年4月 - 2019年3月代表者: 原田隆平
    Gタンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明
    若手研究(A) 課題番号:16H06164
    研究期間: 2016年4月 - 2019年3月代表者: 原田隆平
    カスケード型分子動力学シミュレーションに基づくタンパク質構造精密化アルゴリズムの開発と応用
    平成30年度 スーパーコンピューター若手・女性利用者推薦 (前期)
    研究期間: 2018年4月 - 2018年9月代表者: 原田隆平
    カスケード型超並列シミュレーションで探るFtsZ の細胞分裂ダイナミクス
    平成29年度 スーパーコンピューター若手・女性利用者推薦採択課題 (後期)
    研究期間: 2017年10月 - 2018年3月代表者: 原田隆平
    教師あり機械学習に基づく超並列カスケード型シミュレーションの定式化とタンパク質構造変化予測への適用
    平成29年度 若手・女性研究者奨励枠
    研究期間: 2017年4月 - 2018年3月代表者: 原田隆平
    カスケード型超並列シミュレーションに立脚した遷移経路探索法の開発
    平成29年度 TSUBAME若手・女性利用者支援制度
    研究期間: 2017年4月 - 2018年3月代表者: 原田隆平
    分子動力学シミュレーションで探る細胞環境におけるタンパク質フォールディング機構
    特別研究奨励費 課題番号:15J03797
    研究期間: 2015年4月 - 2018年3月代表者: 原田隆平
    カスケード型超並列シミュレーションに立脚した遷移経路探索法の開発
    平成29年度 スーパーコンピューター若手・女性利用者推薦課題 (前期)
    研究期間: 2017年4月 - 2017年9月代表者: 原田隆平
    タンパク質構造揺らぎに基づく構造変化予測法の構築
    若手研究(B) 課題番号:26840056
    研究期間: 2014年4月 - 2016年3月代表者: 原田隆平
氏名 庄司 光男
Name Shoji Mitsuo
所属
所属研究科/学類 数理物質科学研究科/理工学群 物理学類
職名 助教
研究テーマ 生体酵素反応の理論解析
関連リンク
Email mshojiccs.tsukuba.ac.jp
氏名 西澤 宏晃
Name Nishizawa Hiroaki
所属
所属研究科/学類 数理物質科学研究科/理工学群 物理学類
職名 助教
研究テーマ 中分子創薬に対する量子・古典混合分子動力学シミュレーション
関連リンク
Email nisizawaccs.tsukuba.ac.jp
氏名 堀 優太
Name Hori Yuta
所属
所属研究科/学類 数理物質科学研究科/理工学群 物理学類
職名 助教
研究テーマ プロトン・電子・ヒドリド移動に関する理論的研究、酵素触媒反応の理論解析、星間有機分子の理論的研究
関連リンク
Email horiccs.tsukuba.ac.jp
氏名 鬼頭(西岡) 宏任
Name Kitoh-Nishioka Hirotaka
所属
所属研究科/学類
職名 研究員
研究テーマ 生体系と有機半導体における励起移動と電荷移動の理論とシミュレーション、フラグメント分子軌道法のGPU加速コンピューティング
関連リンク
Email hkitoccs.tsukuba.ac.jp
氏名 森田 陸離
Name Morita Rikuri
所属
所属研究科/学類
職名 研究員
研究テーマ 分子動力学を用いた中分子化合物の結合解離過程の研究
関連リンク
Email moritaccs.tsukuba.ac.jp
氏名 満田 祐樹
Name Mitsuta Yuki
所属
所属研究科/学類
職名 研究員
研究テーマ 分子シミュレーションを用いた自由エネルギー反応経路探索法の開発
関連リンク
Email mitsutayccs.tsukuba.ac.jp
氏名
Name Kowit Hengphasatporn
所属
所属研究科/学類
職名 研究員
研究テーマ
関連リンク
Email kowithccs.tsukuba.ac.jp
氏名 広川 貴次
Name Hirokawa Takatsugu
所属 医学医療系
所属研究科/学類
職名 教授(共同研究員)
研究テーマ
関連リンク
Email
氏名 吉野 龍ノ介
Name Yoshino Ryunosuke
所属 医学医療系
所属研究科/学類
職名 助教(共同研究員)
研究テーマ 分子シミュレーションを用いた薬理活性化合物の探索、及び構造最適化
関連リンク
Email

分子進化分野

氏名 稲垣 祐司
Name Inagaki Yuji
所属
所属研究科/学類 生命環境科学研究科/生命環境学群 生物学類
職名 教授/分野リーダー
研究テーマ 真核生物の分子系統解析・生物種間での遺伝子水平移動・立体構造と分子進化情報を組み合わせたタンパク質の機能解析・分子系統解析における各種アーティファクトの解析
関連リンク
Email yujiccs.tsukuba.ac.jp
氏名 石谷 佳之
Name Ishitani Yoshiyuki
所属
所属研究科/学類
職名 研究員
研究テーマ 大規模分子データに基づく主要真核生物系統の分岐年代推定
関連リンク
Email ishitaniccs.tsukuba.ac.jp
  • 研究キーワード
  • 経歴
    2017年4月
    -
    現在
    筑波大学 計算科学研究センター 特任研究員
    2015年5月
    -
    2017年3月
    東京大学 大気海洋研究所 特任研究員
    2013年9月
    -
    2015年4月
    グラスゴー大学 地球科学科 日本学術振興会海外特別研究員
    2013年4月
    -
    2013年8月
    独立行政法人海洋研究開発機構 海洋・極限環境生物圏領域 研究支援パート(兼務)
    2013年4月
    -
    2013年8月
    東京大学 理学系研究科 特任研究員(兼務)
    2010年4月
    -
    2013年3月
    独立行政法人海洋研究開発機構 海洋・極限環境生物圏領域 日本学術振興会ポスドク研究員
  • 論文
    Ciacci, C, Grimmelpont, M. V, Corsi, I, Bergami, E, Curzi, D, Burini, D, Bouchet, V. M. P, Ambrogini, P, Gobbi, P, Ujiié, Y, Ishitani, Y, Coccioni, R, Bernhard, J. M, Frontalini, F
    Scientific Reports 19 (9) 2019年12月[査読有り]
    Yurika Ujiie, Yoshiyuki Ishitani
    PLOS ONE 11 (2) 2016年2月[査読有り]
    Yoshiyuki Ishitani, Kiyotaka Takishita
    JOURNAL OF PLANKTON RESEARCH 37 (5) 2015年9月[査読有り]
    有孔虫と放散虫を姉妹群とする「レタリア仮説」
    石谷 佳之, 瀧下 清貴
    化石 (97) 2015年3月[査読有り]
    Yoshiyui Ishitani, Yurika Ujiie, Kiyotaka Takishita
    MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 78 2014年9月[査読有り]
    Yoshiyuki Ishitani, Ryoma Kamikawa, Akinori Yabuki, Masashi Tsuchiya, Yuji Inagaki, Kiyotaka Takishita
    JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 59 (4) 2012年7月[査読有り]
    Yurika Ujiie, Takahiro Asami, Thibault de Garidel-Thoron, Hui Liu, Yoshiyuki Ishitani, Colomban de Vargas
    ECOLOGY AND EVOLUTION 2 (7) 2012年7月[査読有り]
    Yoshiyuki Ishitani, Yurika Ujiie, Colomban de Vargas, Fabrice Not, Kozo Takahashi
    PLOS ONE 7 (5) 2012年5月[査読有り]
    Yoshiyuki Ishitani, Yurika Ujiie, Colomban de Vargas, Fabrice Not, Kozo Takahashi
    DEEP-SEA RESEARCH PART II-TOPICAL STUDIES IN OCEANOGRAPHY 61-64 2012年2月[査読有り]
    Ishitani Y, Ishikawa S, Inagaki Y, Tsuchiya M, Takahashi K, Takishita K
    Marine Micropaleontology 81 (1-2) 2011年11月[査読有り]
    北西太平洋西部亜寒帯循環内Station K2におけるレディオラリア(放散虫類)・フラックスの季節変動
    池上 隆仁, 高橋 孝三, 石谷 佳之, 田中 聖二
    海の研究 19 (4) 2010年7月[査読有り]
    Vertical and geographic distribution of selected radiolarian species in the North Pacific
    Yoshiyuki Ishitani, Kozo Takahashi, Yusuke Okazaki, Seiji Tanaka
    MICROPALEONTOLOGY 54 (1) 2008年[査読有り]
    Yoshiyuki Ishitani, Kozo Takahashi
    MARINE MICROPALEONTOLOGY 65 (3-4) 2007年12月[査読有り]
  • 受賞
    2011年10月
    放散虫研究集会 学術賞 第11回放散虫研究集会
    2010年7月
    ISEP young scientist award ISEP XVIII
  • 書籍等出版物
    アメーバのはなし
    石谷 佳之, 土屋正史 (担当:分担執筆, 範囲:海の中にいるヒトに感染しない原生生物)
    Radiolaria
    Yoshiyuki Ishitani, Colette Febvre-Chevalier, Jean Febvre (担当:共著)
    Distribution and geochemical properties of hydrothermal plumes in the Rodriguez Triple Junction
    Noguchi T, Fukuba T, Okamura K, Ijiri A, Yanagawa K, Ishitani Y, Fujii R, Sunamura M (担当:共著)
  • 競争的資金等の研究課題
    海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明
    国際共同研究強化B【研究分担者】
    研究期間: 2018年10月 - 2023年3月代表者: 稲垣 祐司
    ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明
    基盤研究(B)【研究分担者】
    研究期間: 2019年4月 - 2022年3月代表者: 稲垣 祐司
    大規模分岐年代推定ー真核生物の誕生と進化を解き明かす!!ー
    基盤研究(C)【研究代表者】
    研究期間: 2018年4月 - 2021年3月代表者: 石谷 佳之
    有孔虫における殻形成機構の解明ー石灰化のブラックボックスを開くー
    基盤研究(B)【研究分担者】
    研究期間: 2017年4月 - 2020年3月代表者: 氏家 由利香
    原核藻類と原生生物の光共生に関する研究
    基盤研究(C)【研究分担者】
    研究期間: 2016年4月 - 2019年3月代表者: 藤木 撤一
    浮遊性有孔虫の新規環境指標の確立:遺伝子・安定同位体・形態の複合解析から
    基盤研究(C)【研究協力者】
    研究期間: 2014年4月 - 2017年3月代表者: 氏家 由利香
    放散虫のバイオミネラリゼーションと殻形態進化:化石の分子生物学への応用に向けて
    海外特別研究員
    研究期間: 2013年9月 - 2015年4月代表者: 石谷 佳之
    浮遊性有孔虫の生物多様性と炭素循環の関係の解明
    若手研究(B)【研究協力者】
    研究期間: 2011年4月 - 2014年3月代表者: 氏家 由利香
    環境変遷に基づく放散虫の進化と多様性,古海洋環境指標としての新展望
    特別研究員
    研究期間: 2010年4月 - 2013年3月代表者: 石谷 佳之
    生物学に基づく古海洋学の新展開~放散虫・環境指標としての有用性・可能性の追求~
    日仏二国間交流事業【企画/立案/協力】
    研究期間: 2009年11月代表者: 高橋 孝三
氏名 橋本 哲男
Name Hashimoto Tetsuo
所属 生命環境系
所属研究科/学類
職名 生物科学専攻長(後期)/教授(共同研究員)
研究テーマ 真核生物の起源と初期進化に関する分子進化学的解析
関連リンク
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