3rd International Workshop on FPGA for HPC (IWFH)

Dates and Venues / AgendaRegistration / Access information

  

Date & Venue

Date: Monday, March 12th, 2018
Venue: Akihabara, Tokyo, Japan;
Akihabara Convention Hall 5th floor: Room 5C http://www.akibahall.jp/data/access_eng.html

Workshop Motivations

The performance evolution of high-performance computing (HPC) and data analytic systems has been governed in the past by integration improvements in the CMOS technology. This trend is expected to continue until the mid-2020s when CMOS features will reach 5-7 nm. In the following period, performance progress for CMOS-based integrated circuit devices will no longer come mostly from higher levels of integration, and other approaches will be needed.

The convergence of several technologies makes HPC-relevant FPGA-powered systems attractive. These technologies are (1) new FPGA system-on-chip devices featuring multicore CPUs, FPGAs, and thousands of hardened floating-point data signal processing blocks; (2) robust compiler technologies capable of targeting heterogeneous systems; and (3) tools for transforming intermediate representation objects into a hardware description language such as VHDL and Verilog, available from research groups and from vendors. These, combined with the push toward expressing parallelism and data dependencies specified by parallel programming APIs (e.g., OpenMP, OpenCL), opens up FPGA-based solutions for serious exploration in scientific simulations and data analytics.

Workshop Objectives

The workshop will pursue several objectives. First, it will review the state of the art in this domain internationally. Second, it will help understand trends in FPGA technologies and better identify and understand open problems and challenges. Third, it will provide a unique opportunity to identify and to discuss potential collaborations.

Agenda (tentative)

Talk title will be updated soon.

10:00-10:15 Opening: Welcome Remarks
Taisuke Boku (University of Tsukuba)
10:15-11:00 Keynote: FPGA Datacenters for HyperScale HPC   [Abstract]
Andrew Putnam (Microsoft)
11:00-11:30 Data-Flow Hardware Optimization by Design Space Exploration   [Abstract]
Kentaro Sano (Riken)
11:30-11:45 Break
11:45-12:15 Portable HPC with FPGAs should not be this hard:  What to do about it
Martin Herbordt (Boston University)
12:15-12:45 Case Studies:  HPC Acceleration with Intel FPGAs   [Abstract]
Brad Kadet (Intel Programable Solutions Group)
12:45-14:15 Lunch
14:15-14:45 Working toward performance portability for FPGAs in High Performance Computing
Jeff Vetter (ORNL)
14:45-15:15 Key software challenges in FPGA-enabled heterogeneous platforms   [Abstract]
Kazutomo Yoshii (ANL)
15:15-15:45 Developing applications with OmpSs@FPGA   [Abstract]
Xavier Martorell (BSC) 
15:45-16:00 Break
16:00-16:30 Computation/Communication offloading to FPGA with GPU   [Abstract]
Taisuke Boku (University of Tsukuba)
16:30-17:45

Panel: Reconf500: Can we join the 500 club?   [Abstract]
Panelists:
 Andrew Putnam (Microsoft)
 Kentaro Sano (Riken)
 Jeff Vetter (ORNL)
 Martin Herbordt (Boston University)
 Naoya Murayama (Lawrence Livermore National Laboratory)
 Xavier Martorell (BSC)

Moderator:
 Kazutomo Yoshii (ANL)

17:45-18:00 Closing:
Taisuke Boku (University of Tsukuba)

Workshop Registration

Online registration has been closed. There are very few seats still remained, and please come directly to the workshop venue if you want to make on-site registration. However we cannot guarantee your seats at that time.

Workshop registration is free of charge. We will stop accepting applications when seats are filled.
We are planning to have a reception after workshop. It is about JPY4,000 charge by your own. Please remark it in the following registration form if you want to join. The reception fee will be collected at on-site registration desk. Please understand that we cannot handle any credit-card.

Online Registration: here

Workshop Organization

The workshop is organized to maximize interactions and discussions among participants. It will feature talks from key players of FPGA and scientific simulation and data analytics domains. Considerable time will be allotted during coffee breaks, lunch and dinner to discuss potential collaborations.

Logistics

Details about the workshop will be available on the workshop webpage that we will communicate soon. The venue is the Akihabara Convention Hall: http://www.akibahall.jp/data/access_eng.html

Workshop Organizers

Workshop co-chair:
Taisuke Boku (University of Tsukuba)
Franck Cappello (Argonne National Laboratory)

Sponsors

Workshop Sponsor: JST-CREST Project “Research and Development on Unified Environment of Accelerated Computing and Interconnection for Post-Petascale Era”
Supported by Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

Contact

iwfh2018[at]ccs.tsukuba.ac.jp 

 

IWFH Abstract

Title: FPGA Datacenters for HyperScale HPC
Speaker: Andrew Putnam

Abstract:
Process technology improvements have historically allowed an effortless expansion of the capacity and capabilities of computers and the cloud with few changes to the underlying software or programming model. However, the end of Dennard Scaling means that performance and efficiency gains will rely on the customization of the hardware for each application. Yet customizing hardware for each application runs contrary to the trend of moving more and more applications to a common hardware infrastructure – the Cloud.
Microsoft’s Catapult project has brought the power and performance of FPGA-based reconfigurable computing to hyperscale datacenters, accelerating major production cloud applications such as Bing web search and Microsoft Azure, and enabling a new generation of machine learning and artificial intelligence applications. These diverse workloads are accelerated using the same underlying hardware by using highly programmable silicon.
The presence of ubiquitous and programmable silicon in the datacenter enables a new era of hardware/software co-design across a wide variety of workloads, opening up affordable and efficient performance across an enormous set of workloads. Catapult is now deployed in nearly every new server across the more than a million machines that make up the Microsoft hyperscale cloud.
In this talk, I will describe the Catapult configurable cloud architecture, why we chose this architecture, and the tools and techniques that have made Catapult successful to date. I will discuss areas where traditional hardware and software development flows fall short, the domains where this programmable hardware holds the most potential, and how this technology can enable new computing frontiers.

Bio:
Andrew Putnam is a Principal Hardware Development Engineer in a collaboration between Microsoft Azure and Microsoft AI & Research. He is currently leading the Azure SmartNIC FPGA team, which is responsible for AccelNet, the fastest public cloud network in the world. Andrew received a dual B.A/B.S. from the University of San Diego in 2003, and an M.S. and Ph.D. in Computer Science and Engineering from the University of Washington in 2006 and 2009 respectively. His research focuses on reconfigurable computing, future datacenter design, and computer architecture, with an emphasis on seeing research through from concept to prototype to technology transfer. He was a founding member of the Microsoft Catapult project, which was the first to put Field Programmable Gate Arrays (FPGAs) into production hyperscale datacenters, doubling the capacity of each server for web search, and creating the fastest network in the cloud. Catapult has been deployed in nearly ever server Microsoft has purchased since 2015, and it forms the foundation of Microsoft’s cloud network, storage, and AI acceleration efforts.

Title: Key software challenges in FPGA-enabled heterogeneous platforms
Speaker: Kazutomo Yoshii 

Abstract:
I will discuss about characteristics of cutting-edge FPGA high-level synthesis tools (e.g., Intel FPGA SDK for OpenCL, Intel HLS) and performance optimization strategies. I also will outline key software challenges in the adoption of FPGA into future FPGA-enabled heterogeneous platforms for edge and HPC.

Title: Data-Flow Hardware Optimization by Design Space Exploration
Speaker: Kentaro Sano

Abstract:
In designing data-flow based custom hardware for FPGA, we have to optimize mapping of operators to hardware resources under the trade-off between resource consumption and operating frequency. However, the design space is too large to find optimal solution with a brute force approach. In this talk, I introduce the hardware optimization as a combinatorial optimization problem, and our preliminary development of an automatic optimization tool.
I report the progress of the development and performance results of optimized hardware.

Title:Computation/Communication offloading to FPGA with GPU
Speaker: Taisuke Boku

Abstract:
Recent FPGA such as Intel Arria10/Stratix10 or Xiling UltraScale is provided a feature of high speed external optical link with up to 100Gbps performance. Moreover, some FPGAs have up to 4 channels of these links to provide 400Gbps which exceeds the performance of InfiniBand EDR or HDR. Then, it is natural idea to utilize them under combination of computation to realize highly efficient and strongly scalable multi-node FPGA system.
In CCS at University of Tsukuba, we have been developing a multi-hybrid cluster system to combine CPU, GPU and FPGA for all-round HPC. GPU is the correctly most used accelerator for highly parallel data parallel computation with high bandwidth of memory, however it is not suitable for lower parallelism nor irregular processing with non-SIMD behavior. We cover this GPU characteristics by FPGA to provide efficient processing and supporting data communication by its own links. The bottleneck here is that there is PCIe gen3 x16 lanes as the only communication channel between GPU and FPGA on the node.
In this talk, I will give our research summary to enable OpenCL user code to enjoy the high speed inter-FPGA communication as well as GPU-FPGA communication to support our concept of “AiS: Accelerator in Swtich” to exploit the maximum utilization of today’s FPGA features.
Our first application is computational astrophysics for research on early stage universe based on radiative transfer and gravity.

Title:Developing applications with OmpSs@FPGA
Speaker: Xavier Martorell

Abstract:
In this talk, we will show the offloading techniques developed on the OmpSs programming model for GPUs working with CUDA and OpenCL, and the newly developed support for offloading onto FPGAs. We will compare them, and highlight the benefits and drawbacks of each approach. We will also present the results obtained from Matrix Multiplication on the AXIOM board, based on a Zynq Ultrascale+ chip, where our environment achieves 40 GFlops, running a combination of tasks on the FPGA and the SMP cores.

Title: Case Studies:  HPC Acceleration with Intel FPGAs
Speaker: Brad Kadet

Abstract:
This session will introduce Intel’s FPGA acceleration ecosystem for HPC, including data analytics and machine learning, through several case studies. Offering flexibility, deterministic low latency, and high power efficiency, FPGAs present an ideal platform for accelerating applications such as RDB/NoSQL, Spark, genomics, and financial transactions. A complete acceleration solution, however, must include not only silicon, but software, IP, and board infrastructure to enable end-to-end design.

Title: Reconf500: Can we join the 500 club?
Panelist: Andrew Putnam, Kentaro Sano, Jeff Vetter, Martin Herbordt, Naoya Murayama, Xavier Martorell
Moderator:Kazutomo Yoshii

Description: The 500 club (Top500, Graph500, Green500, etc) has a huge influence to HPC vendors and communities. Today, CPU or GPU-based systems are dominating those ranking lists; only a few FPGA-based systems have been ranked in some 500 lists previously. Due to reconfigurability, the performance of FPGA systems largely depend on the implementation quality of FPGA designs, thus benchmarking FPGAs is elusive. The goal of this panel session is to discuss benchmarking methodology for FPGAs and reconfigurable computers, sketch out reconf500 (*1) benchmark suite, and establish a technical working group to prepare a proposal to recognizable venues such as SC bird-of-feather as a follow-up.
*1 reconf500 is a tentative name. Suggestions are welcome!

Topics include, but not limited to:
– What workloads (simulation, data, learning, edge/fog, cloud)?
– What components (as computing accelerator, network accelerator, storage accelerator)
– What programming models (OpenMP,OpenCL,OpenACC,HSL or HDL)?
– What metrics and how to aggregate measurements?
– How to compare with CPU and GPU?
– How to measure the benefit of reconfigurability?
– Reference results (we need some initial starting points): who is interested to contribute?
– Reference FPGA platforms

One of potential risks on benchmarking FPGAs is that we tend to position FPGAs as simple accelerators, which can potentially obscure real potential of FPGAs (e.g., network accelerators, data flow processors). Inputs from panelists and attendees on how we enhance FPGA-ness by benchmarking would be a nice addition to this session.

In terms of the format, we start off the panel session with short presentations by panelists (approximately 5 minutes each), and then move into interactive discussion.

 

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公募:助教(3DCGバーチャル手術分野 任期付)(締切:2018年3月2日)

公募人員:助教(任期付)1名

所属組織:筑波大学計算科学研究センター

専門分野:3次元医療画像処理、医療現場における拡張現実提示に関する研究

筑波大学計算科学研究センターでは、物理学・化学・生物学などの基礎科学、および、計算シミュレーション技術を用いて医学分野と連携し、計算科学による医療技術を開拓する「計算メディカルサイエンス推進事業」を創始することになりました。

この事業の中のプロジェクトの一つである“3DCGバーチャル手術”では、医師が術前検討で用いる3DCGシミュレーションと3次元映像処理技術に基づくオンサイトナビゲーションを統合することにより、適切な施術手順や高度な医療技術の直感的な把握を可能とする3次元手術ナビゲーションシステムを構築し、施術レベルの向上を目指します。また、3次元映像処理や拡張現実(AR)提示などの基盤技術を活用した遠隔診断・VR治療システムの実現を目的とします。

本公募では、上記計算メディア医科学の研究を行って頂ける方を求めます。特に、着任後は意欲的に医学分野とも連携して頂ける方を希望します。また、応募者の適性を判断して、学類および専攻において教育・研究指導を担当していただきます。

着任時期:決定後できるだけ早い時期

任期  :5年(更新可・最長10年)

給与  :年俸制(本学規則による)(年俸額は、経歴等を考慮し決定)

応募資格:博士の学位を有する者、および学位取得見込みの者

提出書類:

    1)履歴書(写真貼付)
    2)業績リスト(査読論文とその他を区別すること)
    3)主要論文別刷5編(うち4編以上は最近5年以内のもの)とその要約(各800字以内)
    4)これまでの研究の概要(2000字以内 3)の主要論文を適宜参照すること)
    5)着任後の研究計画と教育に関する抱負(それぞれ1000字以内)
    6)外部資金の獲得状況
    7)照会可能者2名以上の氏名・連絡先

上記について、紙版と共にCD-R、DVD-R、USBメモリなどのデジタル媒体にPDF形式で記録したものを同封してください。
書類選考後、面接選考(プレゼンテーションを含む)を実施します。

公募締切:2018年3月2日(金)必着

応募方法:封筒に「計算科学研究センター 3DCGバーチャル手術 教員応募書類在中」と朱書し、簡易書留にて送付してください。 応募書類は返還しません。

【書類送付先】  
〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1 筑波大学 計算科学研究センター 亀田 能成  
Email: kameda[at]iit.tsukuba.ac.jp

 

【問合せ先】

亀田 能成(Tel: 029-853-5256, Email:kameda[at]iit.tsukuba.ac.jp)
[at]は、@に置き換えてください。

 

その他:

〇 計算科学研究センターは、文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており、計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。
〇 公募の職は、研究開発力強化法の規定による労働契約法の特例の適用を予定した職です。

平成29年度 年次報告会(2018年2月27日)

日時:2018年2月27日(火) 9:00~18:00
会場:筑波大学計算科学研究センター1F 国際ワークショップ室

計算科学研究センター 平成29年度年次報告会を行います。
どなたでもご参加いただける公開の報告会ですので、ご興味のある方はご参加ください。

プログラム

(*は研究部門長・分野リーダー)

セッション1(9:00~10:15 座長:吉川耕司)

9:00  橋本幸男(原子核物理研究部門)
9:15  朴 泰祐*(高性能計算システム研究部門)
9:30  吉江友照(素粒子物理研究部門)
9:45  北原 格(計算情報学研究部門)
10:00 重田育照*(生命科学研究部門)

セッション2(10:30~12:00 座長:栢沼 愛)

10:30 前島展也(量子物性研究部門)
10:45 日下博幸(地球環境研究部門)
11:00 北川博之*(計算情報学研究部門)
11:15 吉川耕司(宇宙物理研究部門)
11:30 稲垣祐司*(生命科学研究部門)
11:45 谷口裕介(素粒子物理研究部門)

(12:00~13:00 昼食)

セッション3(13:00~14:30 座長:宍戸英彦)

13:00 藏増嘉伸*(素粒子物理研究部門)
13:15 森 正夫(宇宙物理研究部門)
13:30 小泉裕康(量子物性研究部門)
13:45 多田野寛人(高性能計算システム研究部門)
14:00 中務 孝*(原子核物理研究部門)
14:15 天笠俊之(計算情報学研究部門)

セッション4(14:45~16:15 座長:日野原伸生)

14:45 宍戸英彦(計算情報学研究部門)
15:00 仝 暁民 (量子物性研究部門)
15:15 梅村雅之*(宇宙物理研究部門)
15:30 庄司光男(生命科学研究部門)
15:45 石塚成人(素粒子物理研究部門)
16:00 田中 博*(地球環境研究部門)

セッション5(16:30~18:00 座長:多田野寛人)

16:30 矢花一浩*(量子物性研究部門)
16:45 栢沼 愛(生命科学研究部門)
17:00 亀田能成*(計算情報学研究部門)
17:15 日野原伸生(原子核物理研究部門)
17:30 塩川浩昭(計算情報学研究部門)
17:45 古家健次(宇宙物理研究部門)

計算メディカルサイエンス キックオフシンポジウム

– 医学分野と計算科学分野の連携による医療技術の開拓 –

開催案内

タイトル 計算メディカルサイエンス キックオフシンポジウム
主催 筑波大学 計算科学研究センター
日時 平成30年2月26日(月) 10:00~17:00
会場 筑波大学 計算科学研究センター 国際ワークショップ室
参加費 無料 事前申し込み不要
アクセス 筑波大学までのアクセス / CCSアクセスマップ
問い合わせ シンポジウム問い合わせ窓口
pr[at]ccs.tsukuba.ac.jp
スパム防止のためアットマークを[at]と表示しています。
送信の際は[at]は@に置き換えていただくようお願いいたします。

[ポスターPDF]

プログラム

10:00-10:10 開会挨拶
梅村雅之(計算科学研究センター長)
Session 1 計算生体分子医科学
10:10-10:40 「構造を基盤とした計算科学と配列を基盤としたバイオインフォマティックスを融合した新規アプローチによる臨床分子医科学の可能性」
常盤広明(立教大)
10:40-11:10 「高精度ドッキングシミュレーション法の開発と抗ウイルス薬のデザイン」
藤本和宏(北陸大)
11:10-11:40 「生体分子シミュレーションによる機能解析と計算生体分子医科学への展開」
原田隆平(筑波大・CCS)
休憩(11:40-11:50)
Session 2 睡眠ビッグデータ解析・自動診断
11:50-12:20 「睡眠・覚醒の謎に挑む」
柳沢正史(筑波大・IIIS)
12:20-12:50 「機械学習を用いた睡眠ステージ分析」
北川博之(筑波大・CCS)
昼休憩(12:50-13:50) 
Session 3 計算光バイオイメージング
13:50-14:20 「ヒト生体光イメージングと数理科学」
星詳子(浜松医科大)
14:20-14:50 「最先端トモグラフィー画像再構成ーX線CTから拡散光トモグラフィーへの展開ー」
工藤博幸(筑波大・シス情)
14:50-15:10 「宇宙物理学における輻射輸送計算の光診断学への適用」
梅村雅之(筑波大・CCS)
休憩(15:10-15:30)
Session 4 3DCGバーチャル手術
15:30-15:50  「計算メディア技術の3DCGバーチャル手術への展開」
北原格(筑波大・CCS)
15:50-16:20 「コンピュータ外科手術支援の開発と運用」
大城幸雄(筑波大・医学)
16:20-16:50 「力覚提示VRを用いた作業支援」
矢野博明(筑波大・シス情)
16:50-17:00 Closing
重田育照(筑波大・CCS)
17:00- 懇親会(*同一会場でお茶とお菓子を用意しております。質問・議論の続きをどうぞ)

 

[生命科学研究部門] 助教公募(任期付)(締切:2018年1月31日)

筑波大学計算科学研究センターでは,下記の要領で専任教員を公募すること

になりました。つきましては,貴機関関係各位にご周知頂くとともに,
ご応募ならびに適任者のご推薦方よろしくお願い申し上げます。

公募人員:助教(任期付)1名

所属組織:筑波大学計算科学研究センター

専門分野:分子シミュレーション、あるいは第一原理計算を用いた生体内
     分子の機能メカニズムの解明とその基礎医学への展開。

 計算科学研究センターでは,物理学・化学・生物学などの基礎科学,
および, 計算シミュレーション技術を用いて医学分野と連携し,計算科学に
よる医療技術を開拓する「計算メディカルサイエンス推進事業」を創始する
ことになりました。
 この事業の中のプロジェクトの一つである“計算生体分子医科学分野”で
は,分子シミュレーションや第一原理計算を用いて(1)生体内分子の機能
発現機構,(2)中分子医薬の研究を通して分子レベルでの疾病メカニズム
解明することを目指しています。また,(3)新しいシミュレーション技術の
開発とその応用を行い,生体分子医科学における高精度かつ高速な計算ツール
を提供することを目的とします。

本公募は,上記の計算生体分子医科学の研究を行って頂ける方を求めます。
特に, 着任後は意欲的に医学分野とも連携して頂ける方を希望します。
また,応募者の適性を判断して,学類および専攻において教育・研究指導を
担当していただきます。

着任時期:決定後できるだけ早い時期
任期  :5年(更新可・最長10年)
給与  :年俸制(本学規則による)(年俸額は、経歴等を考慮し決定)
応募資格:博士の学位を有する者 , および学位取得見込みの者
提出書類:1)履歴書(写真貼付)
     2)業績リスト(査読論文とその他を区別すること)
     3)主要論文別刷5編(うち4編以上は最近5年以内のもの)と
       その要約(各800字以内)
     4)これまでの研究の概要(2000字以内. (3)の主要論文を適宜
       参照すること)
     5)着任後の研究計画と教育に関する抱負(それぞれ1000字以内)
     6)外部資金の獲得状況
     7)照会可能者2名以上の氏名・連絡先
     上記について, 紙版と共にCD-R, DVD-R, USBメモリなどのデジタ
     ル媒体にPDF形式で記録したものを同封してください。
     書類選考後, 面接選考(プレゼンテーションを含む)を実施しま
     す。
公募締切:2018年1月31日(水)必着
応募方法:封筒に「計算科学研究センター 計算生体分子医科学分野 教員
     応募書類在中」と朱書し,簡易書留にて送付してください。
     応募書類は返還しません。

【書類送付先】
 〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1
      筑波大学 計算科学研究センター生命科学研究部門長 重田 育照
 Email: shigeta@ccs.tsukuba.ac.jp

【問合せ先】
 重田 育照(Tel: 029-853-6496, Email:shigeta@ccs.tsukuba.ac.jp)

その他:〇 計算科学研究センターは,文部科学省共同利用・共同研究拠点に
      認定されており,計算機共同利用を含む学際計算科学を推進して
      います。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を
      行っています。
    〇 公募の職は, 研究開発力強化法の規定による労働契約法の特例の
      適用を予定した職です。

平成30年度筑波大学計算科学研究センター「学際共同利用」公募(締切1/24)

計算科学研究センター(以下 センター)では,下記の2つのスーパーコンピュータを運用しています。

  • ・メニーコア(Knights Corner アーキテクチャ)搭載スパコンCOMA(PACS-IX)。2014年より運用, 1001TFLOPS, 内CPU:157TFLOPS, メニーコアプロセッサ:844TFLOPS。
  • ・メニーコア(Knights Landing アーキテクチャ)搭載スパコンOakforest-PACS。2017年4月より本格運用, 25PFLOPS,東京大学情報基盤センターと筑波大学計算科学研究センターが共同運営する最先端共同HPC基盤施設が運用。

センターでは,全国の学際的計算科学の発展に資するべく「学際共同利用プログラム」を実施し,COMA(PACS-IX)の約50%の計算機資源,そしてOakforest-PACSの筑波大運用計算資源の約30%(全資源の約10%)を本プログラムに供します。

公募プログラムは、
(1)学際開拓プログラム
(2)重点課題推進プログラム
(3)共同研究推進プログラム

です。

公募締切: 平成30年1月24日(水)

詳しくは学際共同利用のページをごらんください。
奮ってのご応募をお持ち申し上げます。

【受賞】松枝助教、塩川助教が筑波大学若手教員奨励賞を受賞

地球環境研究部門の松枝未遠助教および計算情報学研究部門の塩川浩昭助教の2名が、筑波大学若手教員奨励賞を受賞しました。

本賞は顕著な業績を上げ、筑波大学の研究力の向上に貢献した若手教員に送られます。

梅村センター長と松枝未遠助教

梅村センター長と塩川浩昭助教

2017 CCS-EPCC Workshop

Date: December 7th (Thu) – 8th (Fri), 2017
Venue: International Workshop Room, Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

DAY-1 (December 7th)

09:30-09:40 Welcome Address (Masayuki Umemura, CCS, University of Tsukuba)
09:40-10:00 Recent Activities in CCS (Masayuki Umemura, CCS, University of Tsukuba)
10:00-10:30 EPCC:HPC and Data (Mark Parsons , EPCC, The University of Edinburgh)
10:30-10:45 BREAK
10:45-11:15 Implementation of Parallel FFTs on Cluster of Intel Xeon Phi Processors (Daisuke Takahashi, CCS, University of Tsukuba)
11:15-11:45 NEXTGenIO and DEEP-EST: European Exascale Projects (Adrian Jackson, EPCC, The University of Edinburgh)
11:45-12:15 PACS-X: New Frontier of Accelerated HPC (Taisuke Boku , CCS, University of Tsukuba)
12:15-13:30 LUNCH
13:30-14:00 Energy-momentum tensor correlation function in Nf=2+1 full QCD at finite temperature (Yusuke Taniguchi, CCS, University of Tsukuba)
14:00-14:30 HemeLB highlights (Rupert Nash, EPCC, The University of Edinburgh)
14:30-15:00 Vlasov simulations of collisionless self-gravitating systems and astrophysical plasmas (Kohji Yoshikawa, CCS, University of Tsukuba)
15:00-15:15 BREAK
15:15-15:45 SCAN-XP: Parallel Structural Graph Clustering on Intel Xeon Phi Coprocessors (Hiroaki Shiokawa, CCS, University of Tsukuba)
15:45-16:15 ExaFlow (Michele Weiland, EPCC, The University of Edinburgh)
16:15-16:45 QM/MM study of the reaction mechanism of biocatalyst (Megumi Kayanuma, CCS, University of Tsukuba)

DAY-2 (Dececmber 8th)

09:30-10:00 Ab-initio density functional simulation for nano-optics (Kazuhiro Yabana, CCS, University of Tsukuba)
10:00-10:30 The INTERTWinE project and in-situ data analytics (Nick Brown, EPCC, The University of Edinburgh)
10:30-11:00 Developing Large Eddy Simulation (LES) model for urban meteorology
(Hiroyuki Kusaka, CCS, University of Tsukuba)
11:00-11:30 Toward the FPGA acceleration of radiative transfer simulations in astrophysics (Makito Abe, CCS, University of Tsukuba)
11:30-12:30 FUTURE PLAN & WRAP UP
12:30- LUNCH

1兆分の1秒の時間分解能で液晶分子の動画を観測 -新しい測定・解析手法の確立-

平成29年11月30日

国立大学法人 岡山大学
国立大学法人 京都大学
国立大学法人 筑波大学
国立大学法人 九州大学

概要

 ディスプレイなど非常に広く産業利用されている液晶分子について、これまでの概念を覆す新しい計測・解析手法を用いて、液晶分子に紫外線光を当て分子が動く様子を直接観察することに世界で初めて、岡山大学大学院自然科学研究科(工)の羽田真毅助教、林靖彦教授、京都大学大学院理学研究科の齊藤尚平准教授、筑波大学計算科学研究センターの重田育照教授、九州大学大学院理学研究院の恩田健教授らが成功しました。  これまで、液晶分子の立体構造を決定し、その機能の元となる分子運動を理解することで、より高精度かつ広範囲な液晶材料の開発が可能になると期待されていました。しかし、液晶中の炭素鎖に埋もれた分子骨格の高速な動的挙動を直接的に構造解析する手法は全く存在せず、液晶分子の運動を解析する新しい手法の確立が求められてきました。  本共同研究グループによる、時間分解電子線回折法と時間分解赤外分光法を組み合わせた液晶分子の構造解析と動的挙動の直接観察は、これまでの概念を覆す新しい計測・解析手法です。また、光照射後1~100ピコ秒(1ピコ秒は1兆分の1秒)程度の時間スケールにおいて発現する励起状態芳香族性を観測し、理論計算でその妥当性を確認したことは、この物質を基にした光機能性分子材料の設計方針に重要な知見を与えるものになります。本研究手法は、光応答性・機能性の液晶分子やソフトマテリアルの構造決定を革新する測定・解析手法として応用展開が期待されます。  本研究成果は10月16日、米国化学会雑誌「Journal of American Chemical Society」誌で公開されました。

図 明らかとなった液晶分子の構造変化

 

プレスリリース全文

SC17 ダイジェスト動画を公開しました

11月12-17日にアメリカ・デンバーで開催されたスーパーコンピュータの国際学会SC17。

筑波大学計算科学研究センター(CCS)の研究者も参加をしてきました。

そのSC17の様子をまとめたダイジェスト動画を公開しました。

 

CCSでは、センターの研究・活動をより多くの人に知ってもらうことを目的にブース出展をしています。また、様々な会場でCCSの研究者がプレゼンテーションを行っています。

今年はCCSと東京大学情報基盤センター(ITC)が共同で設置した最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC)の運用するスーパーコンピュータ Oakforest-PACS が、ストレージ性能の世界ランキング IO-500 で1位を獲得するという嬉しいニュースもありました。

来年のSC18はアメリカ・ダラスで開催されます。

 

*CCSではYouTubeにCCS公式チャンネルを開設しています*

 

公募:准教授または助教(計算光バイオイメージング分野)(締切:2017年12月25日)

公募人員: 准教授または助教 1名

所属組織:筑波大学 計算科学研究センター

専門分野:輻射輸送計算を用いた生体イメージング。計算科学研究センターでは,物理学・数学などの基礎科学と自動計測・画像処理技術を用いて医学分野と連携し,計算科学による医療技術を開拓する「計算メディカルサイエンス推進事業」を創始することになりました。この事業の中のプロジェクトの一つである“光バイオイメージング分野”では,生体透過率の高い近赤外光を用い,散乱・吸収係数が不均一に分布する生体媒質での多次元時間依存輻射輸送方程式の直接計算を行い,これを数学の逆問題解析と組み合わせることで,精度のよい光イメージング技術を確立することを目指しています。本公募は,輻射輸送の直接計算を用いて光バイオイメージングの研究を行って頂ける方を求めます。着任後は意欲的に医学や数学の分野とも連携して頂ける方を希望します。また,学群ならびに研究科において,教育・研究指導を担当していただきます。

着任時期: 決定後できるだけ早い時期

任期など: なし
(助教の場合はテニュアトラックとして採用。5年間のテニュアトラック期間の最終年度にテニュア獲得の審査を行い,合格するとテニュア付き助教となる。)

応募資格: 博士の学位を有する者

提出書類

1)履歴書(写真貼付)
2)業績リスト(査読論文とその他を区別すること)
3)主要論文別刷5編(うち4編以上は最近5年以内のもの)
4)これまでの研究の概要
5)着任後の研究計画と教育に関する抱負
6)外部資金の獲得状況
7)意見書2通以上,または照会可能者2名以上の氏名・連絡先

公募締切: 2017年12月25日(月)必着

応募方法: 封筒に「計算科学研究センター計算光バイオイメージング分野教員応募書類在中」と朱書し,簡易書留にて送付してください。応募書類は返還しません。意見書は別送も可能です。また意見者が直接送付する場合に限り電子ファイルによる提出も可能です。その場合,送付する電子メールの件名を「計算光バイオイメージング公募意見書」として下さい。意見書が別送される場合は,応募書類の中でその旨明記してください。

【書類送付先】〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
筑波大学 計算科学研究センター長 梅村 雅之
Email: umemura[at]ccs.tsukuba.ac.jp

問合せ先: 梅村 雅之 Tel: 029-853-6485, Email: umemura[at]ccs.tsukuba.ac.jp  *[at] –> @

その他: 計算科学研究センターは,文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており,計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。

Recruitment of Associate/Assistant Professor (Division of Computational Informatics)

1. Appointment and number of position:
One Associate Professor or one Tenure Track Assistant Professor position
Center for Computational Sciences
(Division of Computational Informatics)
University of Tsukuba

2. Field of expertise:
Big data analytics and applications (Machine learning, Deep learning, Data science, Data analytics, Data mining, Signal processing, etc.)

3. Work description:
Applicants are expected to conduct innovative research on big data analytics and its applications at Center for Computational Sciences (CCS) (with joint appointment at Center for Artificial Intelligence Research). Especially, CCS is proceeding Computational Medical Science Promotion project, and, as a part of this, working on big sleep data analytics and automatic sleep diagnosis using machine learning technology in collaboration with International Institute for Integrative Sleep Medicine. Applicants are expected to contribute to this project, too.

The duties also include research and education in the graduate course of Computer Science Department, Graduate School of Systems and Information Engineering, and education in the undergraduate course of College of Information Science, School of Informatics.

See below for information on the related organizations:
http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/eng/
https://air.tsukuba.ac.jp/en/
http://www.cs.tsukuba.ac.jp/english/index.html
https://www.coins.tsukuba.ac.jp/en/
http://wpi-iiis.tsukuba.ac.jp/

4. Employment Status:
Associate professor position is tenured.
Assistant professor position is on a tenure track (Annual salary system). The tenure track assistant professor may become a tenured assistant professor after passing a review for tenure which will be performed, in principle, in the 5th year of the tenure-track period.

5. Qualifications:
Doctoral Degree or Ph.D by the time of appointment. Applicants should demonstrate potential for excellence in research and teaching activities as stated in the work description.

6. Start of appointment:
As soon as possible after a hiring decision is made.

7. Compensation:
Salary, working hours, insurance, etc. are based on regulations of University of Tsukuba.

8. Required documentation:
(1) Memo showing application job title (Choose one from “Associate Professor”, “Assistant Professor”, or “Either Associate or Assistant Professor”.)
(2) Memo showing 3-5 keywords expressing areas of your research expertise
(3) Curriculum vitae (with photograph and email address)
(4) List of publications (Separate journal papers, refereed conference papers, books, non-refereed papers, patents, awards, successful grant acquisitions, and others. It is desirable that information about impact factors, citation numbers, acceptance ratio, etc. is given for the major papers.)
(5) Reprints of five major papers published in the recent five years (Can include one paper published more than five years ago.)
(6) Summary of research and education activities (about 800 words. Papers listed in (5) should be referenced.)
(7) Description of research plan and education plan (about 800 words)
(8) Names, affiliations, and contact addresses of two reference persons.
In addition to hard copies, submission of digital storage media (CD-R, DVD-R, USB memory, etc.) recording the above documents in PDF is encouraged. Applicants who pass the document screening are invited to interview and presentation.

9. Deadline for application:
Application must arrive no later than December 27, 2017.

10. Contact for further information:
Prof. Hiroyuki Kitagawa
Division of Computational Informatics
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba
Tel: +81-29-853-5522, Email: kitagawa[at]cs.tsukuba.ac.jp

11. Submission:
Application documents should be sent by post to:
Prof. Masayuki Umemura
Director of Center for Computational Sciences
University of Tsukuba
1-1-1 Tennodai, Tsukuba 305-8577, Japan
Email: umemura[at]ccs.tsukuba.ac.jp

Please use registered mail and write in red ink in the front of the envelope “Application for Professor in Computational Informatics”. Documents and digital storage media submitted will not be returned.

12. Other remark:
University of Tsukuba is promoting gender equality.

[計算情報学研究部門] 准教授または助教公募(締切:2017年12月27日)

筑波大学 計算科学研究センター(計算情報学研究部門) 教員公募

1.募集人員: 准教授または助教(助教の場合は,テニュアトラック)1名

2.専門分野: ビッグデータ解析・応用のためのデータ基盤分野(機械学習,深層学習,データサイエンス,データ分析,データマイニング,信号処理等)

3.職務内容
計算科学研究センター(人工知能科学センターも兼務)における機械学習等を活用したビッグデータ解析・応用に関する研究.特に,計算科学研究センターでは,計算メディカルサイエンス推進事業の一環として,国際統合睡眠医科学研究機構と連携して,睡眠ビッグデータ解析・自動診断の研究を進めており,これを含むビッグデータ解析・応用に関する研究を担当できる方を公募します.さらに,大学院システム情報工学研究科コンピュータサイエンス専攻における研究・教育,ならびに情報学群情報科学類(学部に相当)における教育も担当していただきます.これらの組織の詳細は下記をご覧下さい.
計算科学研究センター http://www.ccs.tsukuba.ac.jp
人工知能科学センター https://air.tsukuba.ac.jp
システム情報工学研究科コンピュータサイエンス専攻 http://www.cs.tsukuba.ac.jp
情報学群情報科学類 https://www.coins.tsukuba.ac.jp
国際統合睡眠医科学研究機構 http://wpi-iiis.tsukuba.ac.jp/japanese/

4.任期
准教授で採用された場合は,任期なし.
助教で採用された場合は,任期5年間のテニュアトラック(基本年俸表適用職員)となります.着任時から原則5年目に学内規定に基づくテニュア審査が行われ,テニュアが取得できた場合は,任期付きではなくなります.

5.応募資格
博士の学位を有し(着任時期までに取得見込みも可),専門分野において優れた研究業績があり,機械学習等を活用したビッグデータ解析・応用に関する研究と,大学院・学類における研究・教育に熱意を有する方.

6.着任時期: 決定後出来るだけ早い時期

7.待遇: 本学規定に基づく

8.提出書類
 (1)希望職位(「准教授希望」,「助教希望」,「准教授または助教希望」のいずれか)を記したメモ
 (2)専門分野を表すキーワード:3~5個
 (3)履歴書(写真貼付,連絡先と電子メールアドレスを明記)
 (4)研究業績一覧(学術雑誌論文,査読付き国際会議論文,著書,その他の研究発表,特許,受賞,外部資金獲得実績等に分類したリスト.論文等の共著者名はすべて記入.主要論文については,インパクトファクタ,引用数,採択率等の情報を記載することが望ましい.)
 (5)主要論文別刷(5編以内(最近5年以内のもの.ただし,1編はそれ以前のものでも可),コピー可.研究業績一覧中で当該論文にマークをすること.)
 (6)研究・教育実績の概要(1500字程度.(5)の主要論文を適宜参照すること.)
 (7)研究・教育に対する抱負と自己アピール(1500字程度)
 (8)意見を求めうる方2名の氏名・所属・連絡先
以上について,紙版と共に,可能な限りCD-R, DVD-R, USBメモリなどのデジタル媒体にPDF形式で記録したものを同封してください.書類選考の後,面接選考(プレゼンテーションを含む)を実施します.

9.応募締切: 2017年12月27日(水)必着

10.照会先
計算科学研究センター計算情報学研究部門主任 教授 北川博之
Tel: 029-853-5522 E-mail: kitagawa@cs.tsukuba.ac.jp

11.応募書類送付先
〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
筑波大学 計算科学研究センター長 梅村雅之
封筒には「計算科学研究センター計算情報学研究部門応募書類」と朱書し簡易書留か宅配便でお送り下さい.応募書類とデジタル媒体は返却いたしません.

12.その他
筑波大学は男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています.

Oakforest-PACS ranks #1 in storage performance

The Joint Center for Advanced High Performance Computing (JCAHPC) announced that the storage performance of the Oakforest-PACS supercomputer has ranked #1 in the first IO-500 list released in November 2017.  The IO-500 is a world ranking list of storage performance, which is evaluated by the IO-500 benchmark that measures the storage performance using read/write bandwidth for large files and read/write/listing performance for small files.  Storage performance in supercomputers is critical for large-scale simulation, big data analysis, and artificial intelligence.  The IO-500 list facilitates to improve the storage performance that greatly helps to improve the CPU performance.

Read full text ->   SC17-IO500 Release

 

Supporting Resources

Researchers find way to improve simulations of neutrinos and astrophysical plasma dynamics

A study led by Satoshi Tanaka and Kohji Yoshikawa at the Center for Computational Sciences at the University of Tsukuba, Takashi Minoshima at the Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, and Naoki Yoshida at Kavli Institute for the Physics and Mathematics of the Universe (Kavli IPMU) have found a way to improve computer simulations that recreate the movement of neutrinos and astrophysical plasma.

Please refer to the release from Kavli IPMU.

ニュートリノや宇宙プラズマのシミュレーション精度が飛躍的に向上 -ブラソフ方程式の高精度数値解法を開発

平成29年11月13日

国立大学法人 筑波大学
国立研究開発法人 海洋研究開発機構
国立大学法人 東京大学大学院理学系研究科/
国際高等研究所カブリ数物連携宇宙研究機構

筑波大学計算科学研究センター 田中 賢研究員、吉川耕司講師、海洋研究開発機構 簑島 敬研究員、東京大学大学院理学系研究科/国際高等研究所カブリ数物連携宇宙研究機構 吉田直紀教授らは、ニュートリノや宇宙プラズマの運動を記述する基礎方程式「ブラソフ方程式」の高精度数値解法を開発しました。
ブラソフ方程式は、宇宙に広がる様々な粒子の運動を記述する重要な方程式です。ところが、ブラソフ方程式を用いたコンピュータ・シミュレーションには莫大なメモリ量が必要で、3次元空間での実行は不可能と考えられてきました。今回、高精度数値解法を開発したことにより、現実的なメモリ量でシミュレーションの精度を飛躍的に向上させることができます。

図 一様な密度をもつ物質が自身の重力で収縮する様子
ブラソフ方程式の数値シミュレーションを用いて計算した。位置と速度の2次元の位相空間における物質密度を表している。1段目が三次精度の数値解法を用いた場合の結果で、2段目、3段目はそれぞれ五次精度、七次精度の数値解法を用いた場合の結果。

プレスリリース本文

公募:研究員(広報担当)1名(〆切:2017年12月21日)

筑波大学計算科学研究センター 研究員(広報担当)

筑波大学では,平成28年度から文部科学省「ポスト京で重点的に取り組むべき社会的・科学的課題」に採択され,重点課題9「宇宙の基本法則と進化の解明」(http://www.jicfus.jp/postk9/jp/)の代表機関として全国の大学等と協力して,アプリケーション開発を含む研究開発を推進しています。この公募では,重点課題9プロジェクト全体の広報を担う研究員を下記のとおり募集します。

1. 公募人員:研究員1名

2. 所属組織: 筑波大学 計算科学研究センター

3. 業務内容:重点課題9「宇宙の基本法則と進化の解明」の広報活動の業務を担当。本プロジェクトの目標をよく理解し,広報活動に貢献頂ける方を求める。また,広報に関係する業務経験やWEBオペレーション,ライティングおよび編集能力,諸外国の研究者やマスコミ関係者と学術的議論を交わせるコミュニケーション・英会話能力を有することを望む。

4. 着任時期: 決定後できるだけ早い時期

5. 任期: 平成31年度末(平成32年3月末日)まで

6. 給与: 基本年俸表適用職員(助教相当)。文部科学省共済組合(健康保険,年金),雇用保険,労災保険に加入。

7. 勤務時間:週5日,38 時間45 分。始業時刻 8:30 ~ 終業時刻 17:15。
年次有給休暇あり。休暇等の制度は,本学が定める就業規則等による。

8. 応募資格:修士の学位を有する者,あるいは研究の経験があることが望ましいが,必須条件ではない。

9. 提出書類:
(1)履歴書(写真貼付)
(2)業績リスト(発表論文など)
(3)これまでの業績(広報等の実績を含む)
(4)着任後の抱負

10. 応募締切: 2017年12月21日(木)必着

11. 応募方法:封筒に「計算科学研究センター研究員(広報担当)応募書類在中」と朱書し,簡易書留にて送付してください。応募書類は返還しません。
【書類送付先】
〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
筑波大学 計算科学研究センター長 梅村雅之

12. 問合せ先: 梅村 雅之 Tel: 029-853-6485, Email: umemura[at]ccs.tsukuba.ac.jp
  実際にメールを送る際は,[at]をアットマークに変更してください。

13. その他:筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。

公募:リサーチ・アドミニストレーター(URA)1名 (〆切:2017年12月15日)

平成29年度 国立大学法人筑波大学 計算科学研究センター リサーチ・アドミニストレーター(部局業務専従支援) 公募要領

筑波大学は、研究推進体制・機能の充実強化や研究者の研究活動活性化のための環境整備、研究開発 マネジメントの強化を図ることを目的として、リサーチ・アドミニストレーター(URA)を育成・確 保する制度(リサーチ・アドミニストレーションシステム)を導入しています。平成25年度に文部科学省「研究大学強化促進事業」に採択され、リサーチ・アドミニストレーショ ンシステムの一層の強化を推進しています。専門性の高い職種としてURAを育成・活用し、本学の研究支援体制の一層の充実を図るため、UR Aを募集します。大学における研究開発マネジメント業務の開拓を担う意欲のある方の応募をお待ちし ております。不明な点については、末尾に記載した問合せ先までお問い合わせください。 なお本件は、採用後、学内部局(計算科学研究センター)にて業務を行うURAの公募です。

※URAについて:http://ura.sec.tsukuba.ac.jp/ura/(参照ください)

【募集人数】
リサーチ・アドミニストレーター(URA)1名 採用後、計算科学研究センターに配置します。
※ 計算科学研究センターは、科学諸分野と計算機科学分野の協働・融合を軸とした「学際計算科学」を推進し、超高速計算機システムおよび超高速ネットワー ク技術の開発を行うことによって、科学の諸領域における超高速シミュレーショ ンおよび大規模データ解析や情報技術の革新的な応用方法の研究を行っている 研究組織です。筑波大学では,研究大学強化促進事業の下で,2つのセンターを先端的研究型 重点研究センターとして位置付けており,計算科学研究センターはその一つにな っているとともに、文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており,計算 機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。 (参考:http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/)

【応募条件】
・URA業務に専従する意欲を有する者(在職中はURA業務に専念すること) 
・理学または工学分野の学位(博士)を有する者又はこれに相当する能力(URAの経験を含む)を有する者 
・諸外国の研究者と学術的議論を交わせる英会話能力を有する者

【所 属】
国立大学法人筑波大学URA研究戦略推進室

【業務内容】
計算科学研究センターにおける主な業務。
1 センターの研究者に対する研究上の支援業務
2 研究戦略立案並びに外部資金等獲得に向けた業務
3 専門知識や英語能力を必要とする事務支援業務
4 国内外への研究成果の情報発信・広報に関する業務
5 本部URAと連携した研究力強化に係る業務
6 その他、センター長が必要と認める研究力強化に資する業務

【勤務条件】
職 種:リサーチ・アドミニストレーター(URA)
採 用 日:決定後できるだけ早い時期任 期:年度毎に更新し、勤務成績及び予算の状況により、採用日から最長5年まで 任用可
勤 務 地:茨城県つくば市天王台 筑波キャンパス
勤 務 日:週5日(月曜日~金曜日)
休 日:土曜日、日曜日、国民の祝日及び年末年始等
勤務時間:8時30分から17時15分(7時間45分) 昼休み12時15分から13時15分
休 暇:本学規則による
給 与 等:年俸制(本学規則による)(年俸額は、経歴等を考慮し決定)
諸手当等:一定条件を満たす場合には、通勤手当、時間外勤務手当等を本学規則により支給 賞与、退職金は非支給
健康保険:文部科学省共済組合に加入
雇用保険:加入
宿 舎:希望により入居可能(空室がある場合に限る)
※学内の常勤職員(任期付任用以外の職員)で雇用されている場合は、現行の雇用関係
(月給制)が継続されます。(年俸制の適用はありません。)

【応募提出書類・方法】
1)履歴書(写真貼付)
2)業績リスト(査読論文とその他を区別すること)
3)主要論文別刷5編(うち4編以上は最近5年以内のもの)
4)これまでの業績(研究業績,研究支援実務,URA等の実績を含む)
5)着任後の抱負(A4、2枚程度)
6)外部資金の獲得状況
7)応募者についての所見が記された推薦状(親族を除く)、1通(様式任意、厳封)
8)上記推薦者を含み、照会可能者(親族を除く)2名以上の氏名・連絡先
※TOEIC、TOEFL、英検等の英語力を示す書類があれば添付してください。
上記書類の原本1部・写し9部(ただし推薦状は原本のみ)を「URA応募書類在 中(計算科学研究センター)」と朱書きした封筒で下記の宛先へ送付してください。なお、応募書類は返却できませんので、あらかじめご了承ください。

【審査方法】 ・書類審査の上、面接審査を行う。

【宛 先】 〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1
     筑波大学研究推進部研究企画課URA採用担当

【応募期限】 平成29年12月15日(金)【必着】 (宅配、郵送等で送付してください。持参不可。)

【問合せ先】 筑波大学研究推進部研究企画課 tel:029-853-7844/2936e-mail:uraappli [at] un.tsukuba.ac.jp ※[at]を@に置きかえてください。

119th Colloquium of Center for Computational Sciences

119th Colloquium

Title:Finding Regularity in Problems with Irregularity

Speaker:Dr. Hiroshi Nakashima
(Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University, Professor)

Date: November 27, 2017 (Mon), Time: 10:00-11:30

Venue: Center for Computational Sciences, International Workshop Room

Language: Japanese

Abstract:

Vectorized computation especially on scalar processors with wide SIMD mechanism requires regularity. For example, though such a processor has gather/scatter capability for irregular memory accesses, they are much less efficient than ordinary consecutive accesses mainly due to, in speaker’s opinion, the line-oriented configuration of caches. Unfortunately, real HPC programs often have such irregular accesses to a vector multiplied to a sparse matrix in CRS format, to a linear list to represent a set of objects, and so on, and thus fail to exploit SIMD-vector mechanism efficiently. However, HPC problems (not programs) with sparse matrices, dynamically configured sets, etc. may have some degree of regularity because such objects can be represented in some form with regularity. In this talk, a few examples in which regularity is found and exploited are presented to discuss the importance of programming effort and of the way to reduce the amount of efforts made by programmers.

Coordinator :Taisuke Boku