投稿者: 筑波大学計算科学研究センター

【受賞】塩川准教授が日本データベース学会上林奨励賞受賞

計算科学研究センターの塩川 浩昭准教授が日本データベース学会2019年度上林奨励賞を受賞いたしました（受賞日：2020年6月26日）。

上林奨励賞はデータベース、メディアコンテンツ、情報マネージメント、ソーシャルコンピューティングに関する研究や技術に対して国際的に優れた貢献を行った若手研究者に対して贈られるものです。

学会HPはこちら

 

 

Cygnusによる新型コロナウイルス感染症(COVID-19)研究スタート

生命科学研究部門の重田教授らによる研究課題「Covid-19 関連タンパクに対する統合的インシリコリポジショニング」が、新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時課題募集に採択されました。
 
この研究はCygnusを用いてメインプロテアーゼに対する阻害剤候補のスクリーニング計算を行い、Covid19に対する創薬支援を行うことを目的としています。
 
 
 
 
 

Assistant professor with a fixed-term appointment

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba, invites applications for full-time (non-tenured) faculty positions as described below. We would like to inform all institutes concerning about this field, and ask for your cooperation in recommending a suitable candidate for the position. Thank you for your support.

Position  Title: Assistant professor with a fixed term appointment

Affiliation: Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

Field of Expertise: Computational Materials Science including condensed matter physics, quantum chemistry, and molecular simulations.

Research: In our center, we seek a (non-tenured) assistant professor to develop the materials informatics (MI) method using classical molecular dynamics (MD) simulations, first-principles calculations, and machine learning (ML), and apply it to the semiconductor systems. The successful candidate will be a member of the Divisions of Life Science and Quantum Condensed Matter Physics. He/She will collaborate with researchers in the semiconductor engineering and informatics fields in Tsukuba Research Energy Center for Material Sciences (TREMS) and Center for Artificial Intelligence Research (C-AIR) as well as companies.

Starting date: October 1, 2020 or later, as soon as possible

Period: Until March 31st, 2021 (possible to renew until March 31st, 2023, upon evaluation of the progress)

Requirement: Applicants must have a doctoral degree.

Compensation

・Salary: Annual salary system (The annual salary will be determined based on the regulations of the University, taking into account the career of the employer.)

・Working hours: Discretionary labor system

・Holidays: Saturday, Sundays, national holidays, New Year’s holidays (Dec.29  Jan. 3), and holidays determined by the University.

 

Submissions: 1) Resume/CV (with photograph)

2) List of research activities including peer-reviewed papers, peer-reviewed proceedings, oral presentations at international conferences, competitive research funds (representative), awards, and so on.

 3) Up to five reprints of major papers (at least four of which are within the last five years)

4) Summary of research to date (within 1 sheet of A4 paper)

5) Research and educational aspirations after assuming the position (about 1 sheet of A4 paper)

 6) A list of two professional references with complete contact information.

Submission deadline: Friday, July 3, 2020 (JST).

Please write “Application for Assistant Professor Position in Materials Informatics” on the subject and send a zip file with a password for the documents (1-6) in the pdf format via e-mail to apply_2020_L01 [at]ccs.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @). The password is separately sent to shigeta[at]ccs.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @ as well).

Contact address: Yasuteru Shigeta

(Tel: +81-29-853-6496, Email: shigeta[at]ccs.tsukuba.ac.jp)

 

Miscellaneous: The Center for Computational Sciences has been approved as a Joint Collaborative Research Center by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology. We promote interdisciplinary computational sciences, including joint use of our supercomputer systems. The University of Tsukuba conducts its personnel selection process in compliance with the Equal Employment Opportunity Act.

[生命科学研究部門][量子物性研究部門]助教公募（任期付）（締切：2020年7月3日）

公募人員：助教（任期付）１名


所属組織：筑波大学計算科学研究センター

専門分野：当センターでは, 機械学習・深層学習, 分子シミュレーションや第一原理計算を用いてマテリアルズインフォマティクス技術の開発, および応用研究を実施する, 助教（任期付）を募集します。特に, 着任後は「生命科学研究部門」および「量子物性研究部門」のメンバー, および企業と共同し, 意欲的に半導体工学分野と連携して頂ける方を希望します。

着任時期：2020年10月1日以降, できるだけ早い時期

任期　　：2021年3月31日まで（更新可・最長2023年3月31日まで）

応募資格：博士の学位を有する者

提出書類：1）履歴書（写真貼付）

　2）業績リスト（査読付き学術論文、招待講演、外部資金の獲得状況）

　3）主要論文別刷5編（うち4編以上は最近5年以内のもの）

　4）これまでの研究の概要（A4用紙1枚程度）

　5）着任後の研究と教育に関する抱負（A4用紙1枚程度）

　6）照会者2名の連絡先、もしくは推薦書

公募締切：2020年7月3日（金）必着


応募方法：サブジェクトに「マテリアルズインフォマティクス助教公募」として、提出書類（上記1)-6)のpdfファイルを１つのファイルとして圧縮、パスワード付き）を添付し、下記の応募専用メールアドレスに応募ください。また、別途パスワードもお送りください。

 提出書類送付先Email  ：apply_2020_L01[at]ccs.tsukuba.ac.jp
 （[at]を@に置き換える）

パスワード送付先Email ：shigeta[at]ccs.tsukuba.ac.jp
 （[at]を@に置き換える）

【問合せ先】
重田 育照（Tel： 029-853-6496,  Email：shigeta [at] ccs.tsukuba.ac.jp
）（[at]を@に置き換える）

その他 ：計算科学研究センターは，文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており，計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）対応の研究にCygnus, OFPが使われています

HPCI(革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ)が募集する新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の「治療」「防疫」「創薬」「感染拡大に関わる分析・予測」などに関わる研究課題に、計算科学研究センターのスーパーコンピュータCygnus、及び計算科学研究センターと東京大学情報基盤センターが共同で設置・運営する最先端共同HPC基盤施設（JCAHPC）のスーパーコンピュータOakforest-PACSが利用されています。
 
Cygnus 1件
Oakforest-PACS 3件
 
詳細は以下のHPCIページをご覧ください。

ビッグデータを一瞬で解析する！　賢い計算アルゴリズムの開発

塩川 浩昭 准教授

計算情報学研究部門 データ基盤分野

膨大な量のデータを扱うビッグデータ解析では、解析にかかる時間がネックになります。塩川准教授は、限られた計算資源でビッグデータ解析を実現するための研究を進めています。

（2020.6.8 公開）

 

「普通のPCでビッグデータ解析」への挑戦

大量のデータ（ビッグデータ）から有用な情報を引き出す技術。それが、ビッグデータ解析です。例えば、大量のSNS上の情報からユーザーが欲しいと感じているサービスを把握したり、無数の実験や観測のデータから共通の法則を見出したりと、ビジネスでも学術研究の場面でも、ビッグデータ解析は広く活用されています。あなたのスマホ画面に興味のある広告が表示されたら、それもビッグデータ解析の結果かもしれません。

こうしたビッグデータ解析では、より大量のデータを扱うことが重要です。しかし、データ量が増えるということは、解析にかかる計算の量が増えるということであり、計算にかかる時間が増えることにつながります。「知りたいのは明日の天気なのに、予報のための計算に一週間かかる」というのでは困りますよね。

この課題の解決には、より賢く計算することで計算の高速化を進めることが必要です。

また、計算の高速化だけでなく省メモリ化もできれば、スーパーコンピュータ（スパコン）のような高性能の計算機がなくても、ビッグデータ解析が可能になります。

塩川准教授の研究では、普通のパソコンのような限られた計算資源で、大規模なデータ解析ができるようにするための賢い計算方法（アルゴリズム）の開発を行っています。

データ内のモチーフのくり返しに着目

ビッグデータ解析の中でも、複数の点と点をつないだネットワークを分析して、関連の強いものをグループ化していくことを、グラフデータ分析といいます。

グラフデータ分析のアルゴリズムを賢くするために、塩川准教授の研究では、“データの中に同じモチーフ（基調構造）が繰り返し現れ、その出現頻度には偏りがある”という現象（Data Skewness）に着目しました。実際のデータは、一見複雑なネットワーク構造に見えても、triangle、tree、path、などの特定のモチーフが繰り返し現れています（図１）。これまでの方法では、こうした繰り返し部分も全て計算していましたが、同じ構造に同じ計算を繰り返していては時間がかかります。そこで、繰り返し構造が出てきたら一つの塊とみなして中まで細かく計算しない、というように余計な計算を減らし、本当に計算しなくてはいけないところに絞ったアルゴリズムを作ることで、精度を落とさずに計算を高速化することに成功しました。

新しく開発した方法では、デスクトップパソコンで30億件のTwitterデータを6.7秒で解析することに成功し、これまでの方法より約1,000倍の高速化を実現しました。計算が速くなったことで、これまでデスクトップパソコンでは計算できなかったようなデータ量を計算することも可能になりました。

図１　左：頻出するモチーフ、右：Wikipedia記事のリンク構造 ネットワークの緑色部分は左のモチーフのいずれかに該当する部分（グレーの点と黒い線は該当しない部分）

 

ビッグデータ解析のアルゴリズムが高性能になることで、産業・医療・学術などさまざまな場面で、従来スパコンが必要だったような計算を誰もができるようになります。

例えば、たくさんのタンパク質を点、その相互作用を線とみなしたタンパク質相互作用ネットワークを分析することで、高効率に性質の似たタンパク質の探索ができるようになります。それによって、薬の候補や病気の原因となるタンパク質の探索が進み、創薬などの場面で活用されることが期待されます。こうした分析をより高効率にするために、塩川准教授の研究が役立てられています。

 

さらに詳しく知りたい人へ

 

同時に学べる、理学系博士課程とコンピュータ科学の修士課程 〜デュアル・ディグリー プログラム〜

　計算科学研究センターの取り組みを紹介する、CCS Reports! 第三弾。今回はCCSの人材育成の取り組みとして、デュアル・ディグリープログラム（DDプログラム）をご紹介します。現在DDプログラムに在籍する久米さんに、博士課程と修士課程それぞれの研究の内容や、両者を同時並行するプログラムの実態をインタビューします！（取材日：2016.12.27）

久米慶太郎 さん

別分野の博士課程と修士課程を両立 !?　DDプログラムとは

筑波大学のデュアル・ディグリープログラムは、博士後期課程の学生が専攻分野とは異なる関連分野の知識を身につけるために、博士後期課程に在籍しながら関連分野の博士前期課程（修士課程）でも学ぶことができるという教育プログラムです。 計算科学振興室長の北川先生によると、もともと、コンピュータ サイエンス専攻と生物・数理物質との間でDDプログラムが始まったのは、計算科学研究センターが働きかけたから、という経緯があるのだとか。 計算科学研究センターでは、物理学・地球環境・生物学などのサイエンス分野の博士後期課程に在籍しながら、コンピュータ科学・データ科学分野の博士前期課程（修士課程）で同時に学ぶDDプログラムを推進しています！

DDプログラムについて

—- 久米さんはDDプログラムを活用して研究科２つに所属していらっしゃいますよね？

「生命環境科学研究科 生物科学専攻（博士後期課程2年）・システム情報科学研究科 コンピュータサイエンス専攻（修士課程2年）です。」（取材当時）

 

—- 博士を取るだけでも大変なのに、同時に別の専門で修士を取るのは、すごく大変そうですが、実際はどうなのでしょう？

「そうですね。僕はもともとDDプログラムを始めようと思い立つ前から比較的情報系に興味があって、情報系の授業もなんとかついていけるよ、くらいのベースの知識はあったので、そこまでの苦労はなかったかなと思います。DDプログラムに来たいという方は分野としての情報系にも興味があると思うので、下地はあるのかなと。

ただスケジュール的にはやっぱり厳しくなる時はありますね。生物の方（博士課程）は、授業はそんなにないんですが、情報のゼミにも出て、生物のゼミにも出て、情報の（修士の）授業にも出て・・・となるので、忙しくはあります。特に情報系は生物に比べてゼミの回数も多いので・・・」

 

—- 忙しそうですね。そもそも、なぜ、DDプログラムを？

「学部３年くらいの時に、実験実習でTAをしてくれた方がDDプログラムを受けていらしたので、それで知りました。まだその時は、自分が入ることまでは考えていなかったですけども。

そもそも、僕が生物学類に入った時が2000年代の後半で、次世代シーケンサ*1がかなり本格的に使われ始めた頃だったと思うんです。その時点で、かなりのデータが吐き出されていた。そういうビッグデータを扱うための知識が必要になってくるだろうな、そういう知識を身につけたいな、と思っていたんです。

学部３年の後半に研究室を選ぶんですけれど、ちょうどコンピュータ系に強いということで稲垣先生のところを訪問して、ビッグデータの扱いとかやってみたいと考えているんですけど、と相談しました。それで、卒業研究をしている間に、DDプログラムを受けてみては？　という話も出たので、受けてみようかな、と・・・。」

*1 次世代シーケンサ：DNAを構成する塩基配列を読み取る装置をシークエンサーという。次世代シークエンサーは、それまでの第一世代シークエンサーとは原理が全く異なっており、一度の解析で膨大な配列データを読み取ることができるようになり、扱える遺伝情報の量が飛躍的に増えた。

 

—- もともと生物・情報の両方に興味があったんですね。では、DDプログラムを受けて良かったなと思うところはどこですか？　

「やっぱり、データマイニングとか機械学習のプロの方と、直接議論をして意見を頂けるのが一番大きかったかなと思います。この分野は日進月歩でなかなか追いつくのは大変なんですけれど、極端なはなし、最新の技術や手法は論文を追いかければなんとか・・・もちろん時間はかかりますけど・・・知識としては得ることができます。

じゃあ研究で具体的に使う時に、果たしてその方法を使うのが妥当なのか？　とか、学習手法として別のものの方が適しているんじゃないか、とか、そういうところになると、実際に専門の方から意見がもらえるのは大きいですね。

『最新のものを使っとけばいいんじゃないか』とか、思ってしまうところを、直接正していただいて、気づかなかったところまで知識を頂けるのは、かなり力になりましたし良かった点かなと思います。」

—- DDプログラムの制度についても聞かせてください。学費や院試について耳寄り情報をぜひ。

「DDプログラムは２つの研究科に入りますが、学費は片方分でいい、というような優遇措置があります。院試は、基本的には普通に大学院に入るのと同じです。ただDDプログラムの時は、修士と博士、両方の受け入れ教員に『DDプログラムを利用して院試を受ける』ことの承諾書をもらって提出する必要があります。しかもそれの締め切りが、大学院入試の出願の締め切りよりもかなり前で・・・僕はその締め切りに気がつくのがかなりギリギリだったんですよね。

確かにWebに掲載されているんだけれど、結構広い範囲を見ないといけないし周知もされていないし・・・僕は締め切り当日に慌てて承認をもらいました。試験もそうですけども、期限があるものはどれほど頑張っても取り返しがつかないので、情報収集をしっかりすることが大事です！」

＊年度や研究科によっても締め切りなどが異なります。最新の情報を得るように注意してください。

 

DDプログラムの醍醐味!? 別分野の知識と専門性を活かした研究

久米さんがDDプログラムで実際にどんな研究を進めているのか、その研究の中身に迫ります！

—- ２つの学位をとるということで、それぞれ別の研究をされているんですよね？

「大きなテーマとしては同じなんですけども、やっている内容としては微妙に違いますね。博士課程の生物の方では、どちらかといえば生物そのものを扱ったウェットな研究をしています。タンパク質を扱ったり、あるいは生物自体の遺伝子組み換えをしようとしたりしていて・・・。でも今は修士のまとめの時期なので、生物そのものは扱わないドライの方の研究を主にやっています。」（取材当時）

—- 生き物そのものを扱う研究と、全く扱わない研究。求められるスキルが全然違いそうです。DDプログラムを始めてから、生物系の学会だけでなく情報処理系の学会でも発表の機会が増えたという久米さん。生物以外が専門の方向けに作ったスライドを元に、研究の話を説明していただきました。

「修士課程、博士課程での研究に共通するそもそもの大きなテーマというのが、『真核生物の進化を研究する』というものになります。その中でも、『真核生物がほとんど必ず持っているミトコンドリア』を研究しています。

ミトコンドリアはもともと、ある生物が他の生物であるバクテリアを取り込んだものだと言われています。このミトコンドリアがあるおかげで、生物はそれまでは毒であった酸素を効率の良いエネルギーとして使えるようになりました。つまり、ミトコンドリアの存在は生物の進化にとても大きな影響を与えたとして、少なくとも分子進化とか真核生物の進化の分野では注目されて扱われてきた材料なんです。」

「ただ、いざミトコンドリアを調べようとしても、これがなかなか難しくて。例えば、小さな細胞の中からさらに小さなミトコンドリアだけをきれいに取り出して、質量分析などでミトコンドリア内に何があるのか、どんなタンパク質があるのかなどを調べるとします。でも、そもそもミトコンドリアをきれいに取り出す方法が、限られた生き物、ヒトですとかマウスですとかといったモデル生物などでしか確立されていないんです。他の生き物でやろうとすると、ミトコンドリアをきれいに取り出す方法を作るところからやりましょう、となるので、とても時間がかかるんですね。

うちの研究室でも、最終的にはそれを実現しようと取り組んでいる学生がいますけども・・・。まずミトコンドリアを取り出す前段階として、研究したい真核生物だけを培養するというのに、たぶん数人で数年かかっています。」

—- というと？

「途中で先輩が卒業してしまって、別の学生が引き継いだりですね。そうやって数人で３年、４年かけて、やっと最初のステップである「研究したい真核生物だけを集める」ことができるわけです。」

—- うわー・・・。それでもまだミトコンドリアは取れていないですよね。

「次のステップとしてミトコンドリアだけをきれいに取ってくることになって、それにまた何年か。それがうまくできたとしても、ミトコンドリアのタンパク質解析をする段階でうまく解析できるかどうか。進化の研究としてはスポット的に１、２種類だけ見るわけにはいかず、もっと全体的にみないといけないのに、１つの種類に３年も４年もかけていたら、まぁ現実的じゃないな、と。」

—- たしかに・・・。

「そこで、じゃあ細胞全部をすりつぶして、その中から必要なミトコンドリアのタンパク質に関する情報だけを取ってこよう、と。機械学習*2の手法を使えば低コストに出来るんじゃないか、というアプローチが出てきます。」

*2 機械学習：コンピュータがあらかじめ与えられたデータセットからパターンを分析し、そのパターンに沿って新たに与えられたデータを判断するという技術。

—- それが、主にシステム情報科学研究科 コンピュータ サイエンス専攻（修士課程）で研究している内容ですね。ミトコンドリアのタンパク質を調べたいわけですよね。細胞をすり潰して分析機器にかけて・・・という “実験” はイメージできるのですが、ミトコンドリアに関連する必要な情報を機械学習で、というのはどうすれば実現できるのでしょうか？

「機械学習となると、何らかのパターンを学習させる必要があるんですけども、幸いにして使えるものがありそうだというのはわかっていました。タンパク質を構成しているアミノ酸の配列は、図のような文字列として表現できます。ミトコンドリアのタンパク質では、少なくとも文字列の最初のほうに特徴があるということが先行研究からわかっていました。このパターンを学習させることで、合致するもの、しないものを選別させることができるはずです。ただ、例によって、機械学習を使ってミトコンドリアタンパク質をより分ける先行研究では、ターゲットにされているのはモデル生物だけだったんです。」

—- ヒトやマウスといった限られた生き物ですね。久米さんが研究しているような生物では機械学習の研究も進んでいなかった、と。

「先行研究では、僕や真核生物の進化の研究をしている研究者がターゲットにしているような、広い生物種には力不足です。そこで、僕はモデル生物以外の “非モデル生物” でも、ミトコンドリアのタンパク質を機械学習で予測できるようにしようという研究をしています。ミトコンドリアの中には、ミトコンドリアDNAといってミトコンドリアに必要な遺伝情報をもっているものもいますが、僕が研究しているような真核生物ではミトコンドリアDNAが退縮していたり失われてしまっていたりして、ミトコンドリアで必要なタンパク質の遺伝子は細胞本体の核DNAにあります。ということは、核DNAの情報をもとに細胞内でつくられたミトコンドリアタンパク質は、ミトコンドリアまで輸送されているだろう、とあたりがつきますので、ミトコンドリアに運ぶための目印、シグナルがあるはずです。そうしたミトコンドリアに運ぶための目印を使って、機械学習でミトコンドリアタンパク質を選別できるわけです。」

—- その目印を探すだけでも大変そうですね。

「はい。１からその目印を考えるのは大変です。同じようなことをやっている先行研究はモデル生物ですでにあるので、使える部分はそれを利用したほうが良いと考えています。僕がまずやったこととしては主にトレーニングデータとして信頼性のあるデータを集めてくる、というところになりますね。」

—- 「これがAだよ」「これがBだよ」というラベルのついたデータを用意して、まずはそれでコンピュータにAとBのパターンを覚えてもらう、というのがトレーニングデータですね。答えが確実にわかっているデータのセット（トレーニングデータ）で学習したところに、答えがわからないデータを持ってきて、A or Bを判定してもらう・・・？

「そうですね。最終的な使われ方としては、そういうところを想定していますね。ただ、そのラベルのついたトレーニングデータというところが肝になってきます。非モデル生物の場合、ミトコンドリアのタンパク質とされているものの中には、ちゃんと実験でそれを示しているものと、予測ソフトを使ってたぶんミトコンドリアのタンパク質だろう、とされているものが混ざっていて、後者が結構多いんですね。なので、ちゃんとそこを区別しているデータベースや論文を探して、信頼できるラベルのついたデータを集める必要がありました。」

—- そうしてトレーニングデータが集まったら、あとはコンピュータに入力するだけ・・・なんてわけには、もちろんいかないんですよね・・・。

「先行研究で使われていた学習手法（サポートベクターマシン）よりも、もうちょっと多くの特徴量やデータ量に対応した学習手法の方が目的に適っているのではないか、という指摘も頂いたので、学習手法も変えて（Gradient boostingなどのアンサンブル学習法）研究しました。あとはひたすら、トレーニングデータで学習させて、判定のパフォーマンスを測定して、精度が上がるようにパラメータを調整していく、という作業になります。

機械学習の精度はROCカーブというもので性能評価をするんですけれども、結論としては、これまでのモデル生物を対象としたトレーニングデータで学習させたものに非モデル生物のデータを渡して判定させた際のパフォーマンス（イメージ図左端）よりも、非モデル生物を対象としたトレーニングデータで学習させたものに非モデル生物のデータを渡して判定させた際のパフォーマンス（真ん中）の方が、性能が向上しました。

非モデル生物にもバリエーションがあって、退化的なミトコンドリアをもつものとそうでないものがいたりします。こういう違いは、学習に使っている特徴の違いとしても現れます。なので、退化的なミトコンドリアをもつグループのデータを既存の機械学習で判定しようとするととても精度が落ちてしまいます。そこで退化的なミトコンドリアをもつグループのデータだけを選び出してきてトレーニングをしたら（イメージ図右端）、かなりいい結果が出るようになりました。」

—- ミトコンドリアがどういう状態なのかなど、あらかじめ自分の調べたいものと近いグループをトレーニングデータにすることで精度があげられるようになっているんですね。

「そうですね。こういう機械学習を使ってくれる人は生物を扱っている人なので、このタンパク質がミトコンドリアに行くか調べたい！　という時に、そのタンパク質をもっていた生き物のことはあらかじめわかっていることが多いので、その生き物がどの生物群に属しているかは選択してもらうという使い方を想定しています。

これまでにトレーニングデータ用に集めてきた生物群がだいたい11、12セットあるんです。先ほどでた、退化的なミトコンドリアをもつものがこのうちの3つです。この3つをトレーニングデータに含めるか、含めないか、ですとか、トレーニングデータのセットによって調べたいものの精度が変わります。

今は、このセット全部の組み合わせを作って、どれを一緒にすると精度が上がるのかを調べています。11セット中の2個使う、3個使う、4個使う・・・など、1000通り以上ですね。特徴が違うものが入れば精度が下がりますし、傾向が似ているものが入る分には、データが増えた方が精度は上がります。」

—- ある程度、自分が調べたいものがわかっていればいいと思うんですが、例えば全然未知の、なんだかわからない生き物に使ってみるというのは難しいですか？

「それも今ちょうどやっていて、全くわからないものを調べる時にはどういうセットを使ったらいいのかというのも、組み合わせを作って調べています。やっぱり何か一つ作ろうと思うと、そこまで検証して根拠を示したものを作りたいですね。」

—- 本当に、生物の知識とデータ科学の知識を駆使した研究ですね。ちなみに、博士課程の研究は？

「博士課程では生き物そのものを扱った実験をしています。具体的には、ミトコンドリアに運ばれるようなタンパク質に蛍光ラベルをつけて、本当にミトコンドリアに運ばれているのかを観察しようとしています。これも退化的なミトコンドリアをもつグループで研究しているのですが・・・こちらの方は、まだあんまり結果がうまく出ているとはいえないので（笑）」

（写真：　暗幕の中で蛍光顕微鏡を操作する久米さん）

—- 光らせる方はうまくいっていない？

「光らせるところまでは行っているんですけれども・・・。これも最初の話と同じで、うまく光らせる技術が確立している生物はモデル生物など一部の限られた生物なんですね。幅広く色んな生き物を見ようと思うと、それぞれで技術の確立をしていかなくてはならないので、時間もかかり難しいですね。」

—- 例えば、機械学習の研究の成果がでてくれば、そうした難しい実験の数を減らしたりすることもできますか？

「そうですね。機械学習の研究と実際の実験は独立したアプローチとして捉える必要はなくて、機械学習による判定は実験をする際に “あたりをつける” のに使えますし、実験で新しいデータがでれば機械学習のトレーニングデータに組み込んで精度をあげることができるので、お互いの助けになると思います。」

—- ２つの研究がお互いの助けになって、研究がより進んで行くんですね。今後の研究にも期待しています！　久米さん、ありがとうございました。

計算科学研究センターにおけるデュアル・ディグリープログラム

デュアル・ディグリープログラムは、研究者または高度に専門的な業務の従事に必要な能力や学識の修得を目指す博士後期課程学生に、専攻分野とは異なる関連分野の学識を修得させるプログラムを提供し、深い専門性と広い学識に加えて高い適応力のある人材の育成を目的とします。計算科学研究センターでは、物理学・地球環境・生物学などのサイエンス分野の博士後期課程に在籍しながら、コンピュータ科学・データ科学分野の博士前期課程（修士課程）で同時に学ぶDDプログラムを推進しています。学生が在籍するのは研究科になりますので、募集要項や入試関連手続きはセンターではなく研究科で行われます。計算科学研究センターの「計算科学振興室」でも、DDプログラムに関する相談、サポートを受け付けています。対応している研究科などの詳細は、以下のページをご覧ください。

計算科学振興室デュアルディグリープログラムについて

北川先生（計算科学振興室長）コメント:

「計算科学の分野では、物理・地球環境・生物といった科学の専門性と同時に、先端的な情報技術に精通しそれを実際に応用する能力を有することが重要です。両方の分野の知識や技術を体得し、複合的な視点から新たな計算科学を開拓できる人材を育成するために、センターでは今後もDDプログラムの推奨と支援を続けていきます。」

l   DDプログラム問い合わせ先（センターに関連するもの）：

　計算科学振興室長　北川博之 教授kitagawa [at] ccs.tsukuba.ac.jp

　広報・戦略室　pr [at] ccs.tsukuba.ac.jp
取材協力：

久米慶太郎（くめ　けいたろう）さん（生命環境科学研究科　生物科学専攻　博士後期課程２年／システム情報科学研究科 コンピュータ・サイエンス専攻 修士課程2年）

北川博之（きたがわ　ひろゆき）教授

関連リンク：

計算科学振興室　http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/research/research_promotion/promotion-office

ISC High Performance 参加報告（後編）：HA-PACS/TCAとCOMAの研究紹介

repv2-2CCS Reports! 第二弾の後編は、ドイツ・フランクフルトで開催されたISC High Performance（2016年6月19日〜23日）の中の１セッション、HPC in Asia （ハイパフォーマンス・コンピューティング in アジア）にて、ポスター発表を行ったお二人の研究内容を紹介します。それぞれ、CCSで実際に動いている2台のスーパーコンピュータ、HA-PACS/TCAとCOMAに関する研究です。さっそく、スパコン研究の世界を覗いてみましょう！　（2016.7.19）

GPU間の直接通信で計算性能をあげる [HA-PACS/TCA]

　ISC (International Supercomputing Conference) は、スーパーコンピュータ（スパコン）とスパコンを使った計算科学の国際学会で、毎年決まって6月にヨーロッパで開催されます（2015年は7月開催）。
計算科学研究センターは、東京大学情報基盤センターと共同運営する「最先端共同HPC基盤施設：JCAHPC」としてブースを出展し、今年稼働を開始するスーパーコンピュータOakforest-PACS（OFP）の紹介を行いました。（詳しくは「ISH High Performance 参加報告（前編）」をご覧ください。）
HPC in Asia （ハイパフォーマンス・コンピューティング in アジア）はISCの1セッションとして、アジアで行われているスパコン研究を世界の人々に紹介し、情報交換を行うことを目的に6月22日に開催されました。

repv2-3
HPC in Asia でポスター発表をした研究者へのミニインタビュー。まず一人目は、高性能計算システム研究部門の藤田典久研究員です。

藤田さんは、GPU＊1間を直接通信する技術によって、具体的なアプリケーションの性能がどれだけ上がるのかを研究しています。

近年のスーパーコンピュータでは、計算性能向上のための1つの方法として、演算加速装置＊2を持つものが増えています。演算加速装置を使うことで、CPUよりも高速で演算処理（計算）をすることができます。しかし、従来の環境では、演算加速装置（例えばGPU）のデータを他のノード＊3に送るには、一度CPUを経由しなくてはならず、GPUからCPU、CPUから別のノードのCPU、そしてまたCPUからGPU・・・というようにデータ転送の回数が多くなってしまいます。通信が多いと、それだけ全体の計算に掛かる速度が遅くなってしまう・・・つまりは計算性能が落ちてしまう、ということ。

＊1 GPU：Graphics Processing Unitの略。本来PCサーバにおけるグラフィックス処理を目的として作られた専用プロセッサだが、近年はその高い演算性能を利用した高性能計算への転用が活発化している。
＊2 演算加速装置：汎用計算を行うCPUに対する拡張機構として、PCI Expressなどの汎用バスを介して接続される高性能演算装置。計算を自律的に行うことは不可能で、CPUから起動されることにより、アプリケーションの一部または全部を高速に実行する。一般的に利用可能な演算加速装置の例としては、GPUやメニーコアプロセッサなどがある。
＊3 ノード：現在のスーパーコンピュータは、たくさんのコンピュータを高速ネットワークで繋いだ”並列型“が主流。1ノードが1コンピュータに相当。

計算を早くする演算加速装置なのに、通信のせいで全体性能が下がってしまったら、困るじゃないですか、藤田さん。

「計算科学研究センターでは、この問題への一つの解決策として、TCA（Tightly Coupled Accelerators） というコンセプトを提唱しています。TCAというのは、GPUとかメニーコアプロセッサといった演算加速装置の間を直接通信することによって、計算全体の性能をあげようという考え方です」

HA-PACS_TCA_480[HA-PACS/TCA]

　計算科学研究センターのスーパーコンピュータ「HA-PACS/TCA」のTCAですね。
センターの見学で公開しているので、これを読んでいる人の中にも、「HA-PACS/TCA」を実際に見たことがある人もいるのではないでしょうか。藤田さんによると、「HA-PACS/TCA」の「TCA」部分は、この演算加速装置同士を直接通信させるというコンセプトの実験用環境として作られたもので、GPU同士の直接通信を可能にするPEACH2という機構が組み込まれています。1つのノードに、GPU間の直接通信をするPEACH2と従来型の通信をするInfiniBandネットワークという機構が対称になるように配置されているため、両者の比較をほぼ同じ状態でできるのが特徴なのだとか。この実験環境を使って、今回のポスター発表の研究も行われています。

PEACH2と従来型ネットワークのそれぞれで、異なるノードにあるGPU間の通信時間を比較したのがポスター左下のグラフです。縦軸が時間・横軸が送るデータの大きさで、時間が短い（縦軸の下の方）ほど、性能がいいことを示しています。グラフを見ると、PEACH2（青い線）の方が従来型（赤い線）よりも常に短い時間でデータを送っていますね。例えば、8Byteのデータを送った際には、PEACH2では2マイクロ秒（青い折れ線）、従来型通信だと4マイクロ秒（赤い折れ線）の時間がかかっていて、その差は約2倍。

「昔はもっと差があったんですけど、従来型のInfiniBandは製品として作られているので、どんどん新しい技術が使えて、徐々に追いつかれてきつつあるんです。でもまだ、PEACH2の優位面はあるな、と」

さすが日進月歩の世界。3年くらい前（「HA-PACS/TCA」の稼働は2013年）は、もう“昔”なんですね・・・。
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左側の下から二番目のグラフでは、縦軸が一秒間にどれだけのデータを送れるか・横軸がデータの大きさで、上に行くほど性能がいいことになっているんですが、右の方に行くとPEACHI2（青い線）が従来型（赤い線）に負けちゃってます。これはなんですか？

「PEACH2にも苦しいところがあって、PEACH2はピークのバンド幅(1秒間に通信できるデータ量)が低いんです。1コネクションあたりのバンド幅が最大で4GB/s。対して、従来型のInfiniBandはだいたい倍の8GB/s。なので、メッセージ長を大きくしていくと、ピークのバンド幅が足りないのでPEACH2が負けてしまう、と。」

一度に送れるデータの量はPEACH2の方が少ないから、あまりデータが大きくなるとPEACH2の方が遅くなってしまうんですね。

「ただ・・・あ、ウィーク・スケーリングとストロング・スケーリングってわかりますか？」

わかりません！　と正直に答えたら、クスッと笑われてしまいました・・・。藤田さんに教えていただいたので、図を入れて解説します。
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ウィーク・スケーリングとは、1計算機にとっての計算の量（仕事量）はそのままに、計算機と問題サイズを大きくするもの。問題サイズはそのままに、計算機だけを増やすのがストロング・スケーリングです。
普通、計算機が2倍、問題サイズも2倍なら、性能は最初と変わらないように思いますよね？　また、問題サイズをそのままに計算機を2倍にしたら、計算性能は2倍速くなりそうな気がします。ところが、そう簡単にいくことはまずないのだとか。
というのも、ただ計算機を増やすだけでは減らない“固定費”があるからなんです。固定費の例として藤田さんがあげたのは、やはり通信。例えばPEACH2では、8Byteのデータを送っても16Byteのデータを送っても、かかる時間は2マイクロ秒で同じ。この2マイクロ秒は、削ることのできない固定費、というわけです。

「一般的なアプリケーションでは、ストロング・スケーリングによって計算機あたりの仕事量が減ると、1通信あたりのデータサイズも減っていくので、PEACH2の「小さいデータを速く送る」特性が有利になってきます。今後はエクサスケール＊4の計算機に向けて、ストロング・スケーリングできちんと性能を出すことが重要になりつつあるので、そこにPEACH2の存在意義があると思っています。」

藤田さん、ありがとうございました！

＊4 エクサスケール：1秒間にエクサ（10の18乗）回の計算ができるような規模のスーパーコンピュータ。実現が期待されている。現在、世界で最も早いスーパーコンピュータ「神威　太湖之光」は93ペタフロップス（1秒間に93×10の13乗回の浮動小数演算ができる性能）をもつ。

次世代スパコンの主流?!　メニーコアプロセッサを使い倒す [COMA]

インタビュー二人目は、高性能計算システム研究部門の朴教授のもとで研究を進めている、博士後期課程1年の廣川祐太さんです。
廣川さんは、原子核物理部門の矢花教授との共同研究で、電子ダイナミクスの第一原理計算をするアプリケーションARTED（アーテッド）を、メニーコアプロセッサ＊5を搭載したシステムに最適化するためには何が必要か？　というテーマで研究をしています。
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＊5 メニーコアプロセッサ： 従来の汎用マルチコアCPUが１つのチップ上に10個程度のCPUコアを搭載していたのに対し、数十個（COMAに搭載されているインテルXeon Phiコプロセッサでは61個）のCPUコアを搭載する新世代の演算加速型プロセッサ。性能を引き出すにはプログラミングに様々な工夫が必要とされる。

廣川さんの研究では、計算科学研究センターのスーパーコンピュータCOMAが使われています。COMAはCPUの他に、演算加速装置としてメニーコアプロセッサを搭載しているという特徴があります。CPUだけを使うこともできるし、演算加速装置を一緒に使うこともできる、という柔軟な使い方をされているCOMA。でも、廣川さんはそれでは「もったいない」といいます。

「COMAの性能が1ペタフロップス＊6なのは、メニーコアプロセッサが840テラフロップス*6くらい、CPU側が160テラフロップスくらいあるためで、片方だけ使うとそれだけピーク性能がさがっちゃうんですよね。せっかくあるペタフロップス級の性能が全然出ない。」

＊6 ペタフロップス・テラフロップス：計算機の処理性能の指標としてFLOPS（フロップス）があり、1秒間に何回の浮動小数点数演算ができるかを表す。ペタフロップス（Peta FLOPS）は1秒間に10の15乗回、テラフロップス（Tera FLOPS）は1秒間に10の12乗回の計算ができることを示す。

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[COMA]

　確かに、せっかく演算加速装置が搭載されているのだから、使わないともったいない気がします。けれど、廣川さんによると、２つのプロセッサ（CPUとメニーコアプロセッサ）の性質が違うので、どう一緒に使うかが難しいのだそう。二つの異なる性質をうまいこと使いこなして、一番性能がでる使い方をするにはどうしたらいいか？　という研究が、今回の廣川さんのポスター発表です。
藤田さんの研究のように、２つのプロセッサ間の通信をどうするか？　という研究だと思ったら、違うんですって。
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「僕らのアプリケーション（ARTED）は、並列化が非常に簡単になっていて。通常、三次元の空間を格子状に分割すると分割面で通信が必要になるんですけど、このアプリケーションではそうした時間のかかる通信が非常にすくないんです。なので最初にやるべきことは、とにかく計算を速くすればいい。」

というわけで、第１段階は「とにかく計算を速くする」ための作業です。ARTEDのコード（プログラム）を、メニーコアプロセッサとCPUそれぞれの特性に合わせて修正します。コンパイラを使って自動でコードを修正する方法と、それをさらに手動で修正する方法によって、核となる計算を約8倍も速くすることができました。しかし、ここで次の問題が・・・。
アプリケーション全体の性能を評価する時、メニーコアプロセッサとCPUに単純に同じ量の仕事を割り当ててしまうと、両者の性能が違うために遅い方に引っ張られてしまうんです。
なので、第２段階は「一緒に始まって一緒に終わるような仕事の配分を見つけること」。例えば、メニーコアが速ければそちらにもう少し計算量を割り当てるというようにして、ちょうどよく一番性能が出そうな仕事の割り当てを見つけ、アプリケーション全体の性能評価をしたのだそう。結果は？

「全体性能としては、メニーコアプロセッサとCPUをバランス良く使うと、CPU単体よりも最大で2.16倍速い、という結果になりました。CPUだけを倍の数使うよりも、２つのプロセッサをまとめて使ったほうがまだ速いですよ、ということになります。」

今年稼働を開始するOakforest-PACS(OFP)も、京コンピュータの次世代機として開発がスタートしている日本の次世代スパコン：フラッグシップ2020（ポスト「京」コンピュータ）も、メニーコアプロセッサを搭載することが決まっています。スパコンが違っていても、メニーコアという仕組みを使う以上は共通する課題や似たような問題がでてくる、と廣川さんは言います。この研究のこれからの展開を伺うと、

「今のシステムだけではなくて、次世代で中心になるであろうメニーコアシステムに最適化するには、何が必要で何をしなくちゃいけないのか？　という研究ですね。」

とのこと。先を見据えた研究ですね。今後の発展に期待してます！
廣川さん、ありがとうございました。

 

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[写真：ポスターの説明をする藤田研究員と博士課程１年の廣川さん]

取材協力

  • ・藤田典久（ふじた　のりひさ）研究員
  • ・廣川祐太（ひろかわ　ゆうた）さん（博士課程１年）

合わせて「ISC High Performance 参加報告（前編）」もどうぞ。

関連リンク

・ISC2016　
・最先端HPC基盤施設（JCAHPC）
・プレスリリース「最先端共同HPC基盤施設の活動を開始 筑波大学と東京大学によるスーパーコンピュータ共同開発、共同運営・管理」
・プレスリリース「最先端共同HPC基盤施設がスーパーコンピュータ システム（ピーク性能25PFLOPS）の導入を決定 ―次世代メニーコア型プロセッサを搭載―」

 

ISC High Performance 参加報告（前編）

rep-v2計算科学研究センターの取り組みを紹介する、CCS Reports! 第二弾。今回は、2016年6月19日〜23日にかけて、ドイツ・フランクフルトで開催されたISC High Performance の様子をレポートします。今年12月稼働予定のスーパーコンピュータについてもちょこっとご紹介。後編では、ポスター発表を行ったお二人の研究ミニインタビューもあります！（後編：もうしばらくお待ちください）　（2016.7.7）

ISCにブース出展　目玉は12月稼働予定のスパコン！

　ISC (International Supercomputing Conference) は、スーパーコンピュータ（スパコン）とスパコンを使った計算科学の国際学会で、毎年決まって6月にヨーロッパで開催されます（2015年は7月開催）。この分野では、毎年11月にアメリカで開催される”SC”に次ぐ、二番目に大きなイベント。今年の参加者数は3,000人を超え、出展ブース数は約150とのこと。
世界のスパコン性能ランキングであるTOP500や、省エネ性能ランキングGreen500が発表される場でもあります。TOP500は、1993年から毎年6月のISCと11月のSCで発表されてきており、今回のISCでは、第47回目のTOP500リストが公表されました。

rep2-1[写真：ISCエキシビション会場]

　筑波大学計算科学研究センター（CCS）では、毎年アメリカで開催される“SC” （スーパーコンピュータ分野の世界最大の学会）にブースを出展しています。今年は、ヨーロッパ版SCとも言われるISCに東大と合同でブースを出展しました。もう少し正確に言うと、CCSと東京大学情報基盤センター（ITC）が共同で運営する「最先端共同HPC基盤施設（JCAHPC）」という組織としてのブース出展です。（JCAHPCの詳細はこちら）

rep2-2 [写真：JCAHPCのブースの様子]

　わたしたちのブースの今回の目玉は、2016年12月に稼働開始するスーパーコンピュータOakforest-PACS（OFP）です。OFPは、JCAHPCが調達・運用をするスパコンで、ピーク性能は25PFLOPS（ペタフロップス）＊1。現在日本で最も速いスパコン「京」が10.62PFLOSなので、OFPが稼働を開始すれば、稼働時点で国内最高性能のシステムになると見込まれています。ISC High Performanceでは、このOFPの性能に関するポスターと、実際にOFPに搭載される予定のノード＊2の展示を行いました。

＊1ペタフロップス：計算機の処理性能の指標として、1秒間に実行可能な浮動小数点数演算回数（実数演算回数）が用いられる。これをFLOPS（Floating-point Operations Per Second）という。PFLOPS (Peta FLOPS, ペタフロップス) = 1015FLOPSであり、1PFLOPSは一秒間に千兆回の計算ができることを意味する。
＊2ノード：現在のスーパーコンピュータは、たくさんのコンピュータを高速ネットワークで繋いだ“並列型”が主流。1ノードが1コンピュータに相当。

rep2-3 [写真：OFPのノード]

　上の写真がOFPのノードです。これ1つで、一般的なパソコンの約300倍の計算性能があります。OFPにはこのノードがなんと8,208台も搭載されます。

高密度に配した最新の超高性能メニーコア型プロセッサ&水冷システム

OFPの核とも言えるプロセッサには、米国インテル・コーポレーション社が開発した最新のメニーコア型プロセッサ、次世代 Intel Xeon Phi™ （開発コード名：Knights Landing）が採用されています。このことが、ISC参加者の関心を大いに引きつけていました。というのも、この“最新”のプロセッサ、ISC期間中にその正確な性能情報がようやく公開になったくらい新しいんです。私たちのブースのポスターも、情報解禁になってからデータを追加したほど。

rep2-4 [写真：情報解禁後に追加で貼られたデータ。あとから貼ってありますが、印刷ミスではありません！]

　最新のプロセッサを搭載したOFPがどんな作りになっているのか、どんな研究に使われるのか、参加者からの質問は尽きることがありません。中には、今回展示したOFPのノードを見て、その小ささに驚く方も。実際、非常に高密度に設計されていることもOFPの特徴の１つなのです。

rep2-5rep2-6rep2-7rep2-8 [様々な国の研究者や企業関係者が、OFPの詳しい説明を聞くために足を止めます。]

　ところで、今こうしてネットを見ている皆さんのパソコンは、使っているうちに熱くなること、ありませんか？　スパコンも、非常に高密度に回路が組まれているため、電源を入れるととても熱くなります。スパコンを冷やすためには、大型の空調システムを入れたり水を循環させたり、非電導性の液体に基板ごと浸けてしまったりと、様々な冷却方法が使われますが、OFPでは水を循環させてCPUを冷やすシステムと冷気を通してメモリなどを冷やすシステムの二つを採用しています。ノードの写真に見える黒くて太い二本のチューブが、水の循環用パイプ。写真の左側で、二本のチューブそれぞれに青と赤のラインが入っているのがわかるでしょうか？

rep2-3 [写真：OFPのノード（上と同じ画像です）]

　青いラインの入った方から水が入り、右側の丸いオレンジ色のロゴが入ったあたりで熱を受け取り、赤いラインの入ったチューブから熱くなった水が出て行く仕組みです。まさに、スパコンの心臓部のための“動脈・静脈”のようですよね。

今回のISCでは、3日間に亘るエキシビションの期間中に100人を超える方がJCAHPCのブースに立ち寄ってくれました。今年の12月には本格的に稼働開始するOFP。この最新スパコンからどんな研究成果がでてくるのか、これからも目が離せません！　CCS広報でもOFP関連の記事を予定していますので、どうぞお楽しみに。

HPC in Asia

ISCで行われるのはエキシビションだけではありません。多くの学会で行われるような研究発表・ポスター発表も含め、様々な情報交流の場が設けられています。
その１つに、HPC in Asia （ハイパフォーマンス・コンピューティング in アジア）という集まりがあります。アジアで行われているスパコンの研究や取り組みを世界の人々に紹介し、情報交換や共同研究のきっかけ作りなどを行う会合で、今年で6年目を迎えます。CCSの朴教授は、このHPC in Asia で6年間（最初からずっと！）、主催者を務めてきました。今年でその大役に一区切りをつけ、次のオーガナイザーにバトンタッチするとのこと。お疲れ様です。

rep2-9 [写真：開会の挨拶をする朴教授]

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[写真：HPC in Asia セッション会場とポスター発表会場]

　HPC in Asia では、オーストラリア、日本、韓国、台湾、中国、シンガポール、インド（発表順）のスパコンの状況について、各国の研究者から紹介がありました。今年のTop500の一位にランクインした「神威　太湖之光（中国）」や、韓国が次に導入予定のスパコンについて、シンガポールに新設された国立スーパーコンピューティング・センターについて、日本のポスト「京」コンピュータや先述のOFPについてなど、興味深い話題が次々紹介され、参加者はスライドの写真を撮ったりメモを取ったりと、熱心に聞き入っていました。

所変わってHPC in Asia のポスター会場では、コーヒー片手にポスターを介してあちこちで議論が飛び交っていました。どんな研究の話をしていたのか、計算科学研究センターからISCに参加した藤田研究員と廣川さん（博士後期課程１年）にミニインタビューをしてきたので、後編ではインタビューを中心に研究の内容をお届けします！（後編：もうしばらくお待ちください）

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[写真：ポスターの説明をする藤田研究員と博士課程１年の廣川さん]

取材協力

  • ・朴泰祐（ぼく　たいすけ）教授
  • ・高橋大介（たかはし　だいすけ）教授
  • ・藤田典久（ふじた　のりひさ）研究員
  • ・廣川祐太（ひろかわ　ゆうた）さん（博士課程１年）

後編はこちらからどうぞ

「ISC High Performance 参加報告（後編）HA-PACS/TCA と COMA それぞれの研究を紹介します！」

関連リンク

・ISC2016　
・最先端HPC基盤施設（JCAHPC）
・プレスリリース「最先端共同HPC基盤施設の活動を開始 筑波大学と東京大学によるスーパーコンピュータ共同開発、共同運営・管理」
・プレスリリース「最先端共同HPC基盤施設がスーパーコンピュータ システム（ピーク性能25PFLOPS）の導入を決定 ―次世代メニーコア型プロセッサを搭載―」

 

筑波山で100年続く気象観測と計算科学

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日下准教授

関東平野唯一の独立峰、筑波山。日本百名山にも数えられるこの山の男体山山頂には、長い歴史をもつ気象観測施設があります。2016年、筑波山神社と筑波大学計算科学研究センターによる共同気象観測所として生まれ変わったこの施設。いったい何を観測しているの？　どう活用されているの？　計算科学やスーパーコンピュータとの関係は？　CCS Reports! 第一弾は、筑波山と CCS の関係に迫るべく、地球環境科学研究部門の日下博幸教授にお話を伺いました。
（取材日：2016.4.15）

地球環境科学研究部門　日下博幸（くさか ひろゆき）教授

筑波山の気象観測所ってどんなとこ？

　筑波山山頂で気象観測が始められたのは、1893年（明治26年）。現在の気象庁にあたる、中央気象台の冬季観測から始まりました。その後、1902年（明治35年）に通年の観測が開始されて以降、2001年（平成13年）12月に、気象庁のアメダス（地域気象観測システム）観測地点の統廃合によって閉鎖されるまで、継続した気象観測が行われてきました。2006年からは、筑波大学の学内プロジェクトとして観測が再開し、2012年に計算科学研究センターの研究プロジェクト「筑波山プロジェクト」として引き継がれました。
2016年３月末に、名称を「筑波山神社・筑波大学計算科学研究センター共同気象観測所」と改め、観測機器を更新して観測を続けています。
（詳しくは「筑波山プロジェクト」のページをご覧ください）

————　2016年3月末に、筑波山（男体山）山頂にある気象観測所（正式名称：筑波山神社・筑波大学計算科学研究センター共同気象観測所）の観測機器が新しくなりました。筑波山ではどんな観測をしているのですか？
測っているのは、気温、地温、湿度、気圧、日射、降水量です。普段は風向、風速も観測していますが、これは今、観測器の調整中なので、データ公開を控えています。

————　観測機器が新しくなったことで、何か変わったことはあるのでしょうか？
より良くなった、とかですよね？　基本的にないですね。

————　あれ？　そうなんですか？
精度も変わってないです。むしろ精度を維持することが、もっとも重要なんです。
よく、こういう観測機器を設置したり、リニューアルしたというと、「こんな良いことが増えました」みたいな感じで言われるけれど、この場合はそうじゃなくて。気候変動の監視だとか、天気予報のためのデータとして、なくなっては困るので、維持することが大事なんです。
今、日本中で気象観測所は減らされているんです。どんどん減っていく中で、筑波山のデータは貴重だから、無くしたくない。だから、観測機器の更新をしたりして、精度を維持して観測を続ける取り組みをしているわけです。
筑波山では、もともと気象庁が観測を続けていました。だから、気象庁の観測とかなり近いレベル、同じ測器、同じ精度を目指しています。そういう意味では、昔の気象庁の時代よりは精度が良くなっている観測項目もありますね。今の気象庁の精度に遜色ないレベルで観測をしています。

————　なるほど。観測そのものや精度を維持することが大事なんですね。しかし、大事な観測地点なら、なぜ気象庁は閉めてしまったのでしょうか・・・？
それは・・・、当時の気象庁の方にしかわらかないですね。ただ、山に登って毎日通勤とか、メンテナンスするのが大変だとか、予算・人員のコスト面の問題もあったかもしれないですね。

————　そうですよね・・・。今回の観測機器リニューアルも大変そうでした。
気象庁では、気象庁が取った観測データを使って、スーパーコンピュータで数値計算（シミュレーション）をして天気予報をしています。それ自体には、筑波山の観測データは入っていません。一方で、気象庁が出した数値予報（シミュレーション結果）を見ながら天気予報をする気象予報士の人たちは、筑波山の気象データがすごく大事だと言います。他の閉まってしまった観測地点に比べても、筑波山は重要だと考えている人もいます。
2016年3月に新しくなった日射計

（写真：2016年3月に新しくなった日射計）

　というのも、関東平野では筑波山のような高いところは他にないので、筑波山は上空の大気の状態をリアルタイムで知ることができる貴重な観測地点なんです。例えば関東上空の気温情報は、関東で降るのが雨になるのか、雪になるのか、という雨雪の判断に非常に大事なんです。だから、予報士の方たちは筑波山の気象データを重視しているんですね。

————　身近な天気予報にも大事なんですね。他に、100年以上続く気象観測の積み重ねがある、ということも貴重なんですよね。
気候変動の研究をする場合は、筑波山のデータは100年前と今の観測データを直接比較することができるので、貴重ですね。地球温暖化と言われているけれど、どれくらい気温は上がっているのか？　など、観測データで研究できますから。筑波大の前任者は、筑波山の観測データを気候変動の研究に活用していました。今もデータを公開しているので、過去の気候と現在の気候を比較する研究に活用してもらえます。

僕はどちらかというと、今とっているデータを使っていて、関東地方で発生するいろいろな気象現象の仕組みを理解する、というように基礎研究に使っていますね。

筑波山の気象データと計算科学の深〜い関係

————　日下先生は計算科学研究センターの所属ですが、筑波山の気象観測データは、スーパーコンピュータや計算科学とも関係があるんですか？
まず、スパコンでシミュレーションするといっても、大前提としてそのシミュレーションが“適切”でないといけないわけですよね。つまり、シミュレーションの結果が観測の結果と合っていないといけません。気象学では、シミュレーションモデルが観測の結果を再現できるか、をちゃんと検証することがとても大事なんですけど、このモデルの検証の時に、観測データと照らし合わせることが非常に重要なんです。その時に、地上のデータだけ合っていてもダメで、上空の状態も合っていないとダメなんですね。
上空の状態を知る方法として、普通は“高層ゾンデ”といって、大きな風船のようなものを上げて測るんですけど、それって１日２回しかやらないんです。１日２回つくばで気象庁が観測しているんですけど、これだけだと、関東平野に12時間ごとのぽつんぽつんとしたデータがあるだけです。12時間の間に急激な変化があったら、それはわからない。気象は時事刻々と変化していきますから、シミュレーションが現実と合っているかどうかを検証するのに、ぽつんぽつんじゃ、ちょっと足りないんですよね。筑波山では上空の気象データを取り続けているので、シミュレーションの検証に使えるわけです。
もう一つは、斜面温暖帯※1とかサーマル※2とかを研究する時には、その場所の大気の状態がわかっていないと計算ができません。シミュレーションに初期条件を与えるのにも、筑波山の観測データを使っていますね。

　※1斜面温暖帯：山の麓よりも山腹の方が、気温が高くなる現象。日下研究室では、斜面温暖帯の形成要因の解明を目指して、筑波山の斜面温暖帯の観測や数値シミュレーションを行っている。
※2サーマル：上昇気流の一つ。筑波山周辺では古くからサーマルが知られ、この上昇気流を利用したパラグライダーやハンググライダーのようなスカイスポーツが盛んに行われている。日下研究室では、サーマルの発生傾向や構造を解析している。

————　シミュレーション用のプログラムに観測データを初期値として入れて、シミュレーションを走らせる。それで出てきた結果も、観測データと合わせて検証する、ということですか？
そういうことですね。シミュレーションの結果が外れていっちゃうかもしれないですからね。初期条件は観測データを与えているけど、モデルは完璧じゃないから、時間とともに実際に起きている現象から外れていっちゃうかもしれない。間違ったモデル、間違ったデータで研究をしたら話にならないので、モデルが現状をちゃんと再現できているかどうか、観測値できちんと確認する必要があるんです。

2016年4月17-18日の筑波山頂の気温の推移：観測値

（図：2016年4月17-18日の筑波山頂の気温の推移, 観測値）

————　えーと・・・、観測データをもとにシミュレーションをしてみて、シミュレーション結果を観測データと照合して、結果が合っている・合っていないとなった時に、「研究」はどの部分になるのでしょう？
普通は、観測データをもとに、なぜ雪が降ったのかとか、なぜ斜面温暖帯ができたのか、を類推するけど、観測データは四次元的に密にはないですよね。四次元、ていうのは、空間三次元と時間変化なわけだけど。例えばゾンデなら、時間方向に1日2点しかない。アメダスのデータだと地上の点しかない。観測データは限定されるわけです。かなりね。その限られた観測だけからでは、大気の四次元的な構造を推定するのには限界がありますよね。パズルでいうなら、ポツ、ポツ、とピースがあって、そこから全体を類推するくらい難しい。
じゃあシミュレーションはどうかというと、シミュレーションだと四次元データを完全に取ることができるので、一見「パーフェクトだ！」という感じがします。けど、今度は「そのシミュレーション・四次元データは本当にあっているのか？」というのがあって、シミュレーションデータだけから「この時はこうだったから雪になった」と類推するのも危ないんですね。間違えるかもしれない。
だから、シミュレーションデータと観測データを合わせることで、シミュレーションで描いた全体像に観測の断片的な情報を照らし合わせて、断片的にあっているから、まぁ全体的にもあっているだろう、と判断する。そうして初めて、使える四次元データが出来上がるわけです。気象学の研究はここからが勝負ですよ。

————　え！　ここからですか！
ここからです。観測データやシミュレーションデータが集まったところで、じゃあそれらのデータを詳しく分析してみましょう、なぜ雪が降ったのか？　なぜ斜面温暖帯ができたのか？　その要因は？　となっていく。

————　観測データがあって、シミュレーションができるようになったところで、例えば、「雪になる要因は湿度かもしれない」といって湿度の値を変えてシミュレーションしてみる、というようなこともするのでしょうか？
そうですね。あるいは、山をなくしてみるとか、都市化を進めてみるとか、ね。でも、そういう対照実験や比較実験をやるためにも、まず現状をちゃんと再現できている必要がある。あっていないモデルでシミュレーションをしても誰も信じられない。あっている、あっていないの判断は、やっぱり観測でしかできないですね。

雨になる？　雪になる？　関東地方の降雨降雪予測研究

————　筑波山で観測している上空の気温データが首都圏の雨雪判断に大事、というお話があったのですが、山の上と下ではそんなに気温が違うのですか？　山の上は標高が高いから涼しい、とか・・・？
山の上の気温が低いというのはその通りなのですが、地上と同じような時間変化をしているかと言われると、必ずしもそうではありません。山頂の気温の変化と、地上の、例えば下妻市やつくば市の気温変化は、全然違う動きをすることがあります。
関東山地というのがあって・・・、これがすごく面白くて、まさに筑波山の観測データが必要な理由の一つなんですけど。関東平野があって、群馬、栃木、秩父とかの山々がありますよね。そうすると、山にブロックされて平野に冷気が溜まったりするんです。空気が冷たいので、暖かい空気が南風とか東風としてぶわーっと吹いてきたときに、冷気の上にふーっと、乗り上げるんですよ。そうすると、上の方は暖かくて下の方がかなり冷たい。そういうことが起きるんですね。

関東平野の大気構造のイメージ

（図：関東平野の大気構造のイメージ）

　筑波山は関東平野にぽつんとあります。筑波山の上の方は暖気で、つくば市は冷気に入っていたりする。筑波山の観測データを見ると、そういう大気の構造がわかります。これが結構重要で、地上だけ見ていると気温が低いから「雪だろうな」と思っても、割と上空は暖かくて雨になったりすることもあるんですよね。

————　確かに。こんなに寒いのに、なんで雨なんだろう、ていう日ありますね。
ありますよね。なかなか複雑なことが起こるんですよ。太平洋側から暖かい空気が入ってきたときに、関東平野の中程で暖かい空気と冷たい空気の境目ができたりとかね。山側では雪が降っているけど、海よりでは雨とか。
関東平野に冷気が溜まっている状態のイメージ

（図：関東平野に冷気が溜まっている状態のイメージ）

　この研究は民間の気象会社である、株式会社ウェザーニューズと共同研究しています。ウェザーニューズとしては、最終的に関東の雨雪を精度よく当てたい。そのためには、数値予報モデルの精度を上げることも大事なんだけれど、どうして“ここ”では雪で、“こっち”は雨になるのか？　どうしてここにラインができるのか？　時間とともに雪の分布が変化するのはなぜか？　という基礎的なことを明らかにするのがやっぱり大事なんです。だから、研究室のシミュレーション技術とウェザーニューズに所属する気象予報士の方々の経験・知識を合わせて、降雨・降雪という現象を解明しようとしています。
この降雨降雪予測の研究には、WRF（領域気象モデル）という数値気象モデルを使っています。アメリカの米国大気研究センター（NCAR）と米国海洋大気庁予測センター（NCEP）で開発された数値モデルです。このモデルは並列計算に対応しているので、計算科学研究センターのスーパーコンピュータCOMAを使って計算（シミュレーション）をしています。さっき、山に遮られて関東平野に冷気が溜まるという話をしましたけど、山があることが冷気の溜まる要因の一つになっている、というのもWRFを使ったシミュレーションで比較実験をしてわかったことです。関東で雪の降るメカニズムはだいぶわかってきましたけど、基礎研究としてまだまだやることがありますね。

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（写真：計算科学研究センターのスーパーコンピュータCOMA）

————　筑波山の気象観測データが、まだまだ必要ということですね。
筑波山の観測データを使った研究は、他にもいろいろあります。サーマルや斜面温暖帯の研究にも使っているし、研究だけでなく、天気予報をする予報士の人たちが、シミュレーションによる数値予報と合わせて観測データを使っている。気候変動の研究者も、過去から現在までのデータを使ってます。
今までも、観測データはWebで一般公開していましたけど、これからはもう少しデータを見やすくしたいと思っています。TX（つくばエクスプレス）も通ったし、筑波山に行く方も増えているでしょうから、そういう人にも重要なデータになるはずですよね。これまで以上にデータを活用してもらえれば、と期待しています。

今回のポイント!

  • ・ 筑波山の気象観測データは、関東の雨雪予報（天気予報）、地球規模の気候変動研究、つくばや関東でおこる気象現象の解明に使われている
  • ・ 観測は精度を維持して続けることに意味がある
  • ・ 気象の研究では、シミュレーションモデルの妥当性の検証や、シミュレーションに初期条件を与えるために観測データが必須
  • ・　気象データは公開しているので、一般の方にも活用してもらいたい！

関連リンク

・筑波山プロジェクト
・「筑波山神社と筑波大学計算科学研究センター、筑波山山頂で共同気象観測をスタート」

 

【受賞】宍戸助教、北原教授、亀田教授らITS奨励発表賞受賞

宍戸英彦助教、北原 格教授、亀田能成教授らのグループが、2020年1月24日にITS奨励発表賞を受賞しました。

受賞テーマは以下の通りです。

著者：小河原 洸貴, 宍戸 英彦, 北原 格, 亀田 能成
タイトル：類似画像検索における歩行位置推定能力の実地検証

詳細はこちら （外部ページ）

 

【受賞】宍戸助教、北原教授、亀田教授らMVE賞受賞

宍戸英彦助教、北原 格教授、亀田能成教授らのグループが、MVE賞を受賞しました。MVE賞はメディアエクスペリエンス・バーチャル基礎研究会で発表された論文から選ばれるベストペーパー賞です。

受賞テーマは以下の通りです。

著者：大西 衝, 宍戸 英彦, 北原 格, 亀田 能成
タイトル：ヒヤリハット事例の仮想立ち合いにおける注視点を用いた安心感評価

詳細はこちら（EiC 外部ページ）

【受賞】宍戸助教、亀田教授、北原教授ら DIA2020研究奨励賞受賞

宍戸英彦助教、亀田能成教授、北原 格教授らのグループが、2020年3月9日にDIA2020研究奨励賞を受賞しました。
受賞テーマは以下の通りです。
 
著者：前川 凌佑, 宍戸 英彦, 亀田 能成, 坂本 堪亮, 大城 幸雄, 北原 格
タイトル：単眼腹腔鏡映像からの3次元臓器モデル生成手法
 
詳細はこちら（DIA2020 外部ページ）

宙に浮く水素イオン？！―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―

大阪医科大学、大阪大学、量子科学技術研究開発機構、茨城大学、筑波大学らの研究グループは、大強度陽子加速器施設(J-PARC)、物質・生命科学実験施設(MLF)の茨城県生命物質構造解析装置(iBIX)を用いた実験により、銅アミン酸化酵素の高分解能中性子結晶構造解析に成功しました。本酵素は、これまでに中性子結晶構造解析が行われた中で最も大きなタンパク質（分子量：70,600）であり、小型タンパク質を主なターゲットとしてきた中性子結晶構造解析の適用範囲を大きく広げました。得られた構造からは、三方向からの酸素原子との相互作用により宙に浮いているかのようにみえる水素イオン（非局在化したプロトン）や、特異な補酵素構造など、水素原子核の位置が精密に決定されることにより初めて解明された重要な知見が得られました。

 

追記（2020.5.7）：2020年5月5日（米国時間）に論文が公開されました。
DOI: 10.1073/pnas.1922538117

プレスリリース本文

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の治療薬設計に関する研究にJCAHPCのスーパーコンピュータ Oakforest-PACSが使用されました

最先端共同HPC基盤施設のOakforest-PACSが新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の治療薬設計に関する研究に使用されました。

詳細は、以下のリンクをご参照下さい。
プレスリリース：新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の治療薬設計に役立つウイルスタンパク質と治療薬候補化合物の相互作用データを公開

「新型コロナウイルス感染症対応の研究」を支援するため HPCIスーパーコンピュータ資源を無償で提供

筑波大学CCSのCygnusおよびJCAHPCのOakforest-PACSの2台のスーパーコンピュータは新型コロナウィルス対応研究に協力します。
詳細は以下のHPCIのページをご確認ください。

「新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時公募課題の募集について」

https://www.hpci-office.jp/pages/hpci_covid19

Organellogenesis Still a Work in Progress in Novel Dinoflagellates

Researchers led by the University of Tsukuba identify two novel dinoflagellates containing relic nuclei from endosymbiont algae, making them perfect models for studying organellogenesis

Tsukuba, Japan – Many algae and plant species contain photosynthetic membrane-bound organelles called plastids that are actually remnants of a free-living cyanobacterium. At some point in evolutionary history, a cyanobacterium was engulfed by an ancestral alga, trapping it forever as a host-controlled endosymbiont in a process called organellogenesis. All modern algae and plants are the descendants of this ancestral alga containing the first plastid. But as if by karmic intervention, some of these algae were themselves engulfed during secondary endosymbiotic events, generating what are known as complex algae.

In most cases, endosymbionts lose large portions of their genomes as well as most other cellular components except plastids during organellogenesis. However, in rare cases, the relic endosymbiont nucleus is retained within the host cell, forming a nucleomorph. While researchers know that endosymbiont genes are integrated into the host genome, there are currently only a few model systems in which to study the process of organellogenesis, meaning that it is still somewhat of a mystery.

However, in a study published last month in PNAS, researchers led by the University of Tsukuba reported an exciting discovery that may shed light on the process of organellogenesis.

The team discovered two novel dinoflagellates, strains MGD and TGD, containing nucleomorphs that were undergoing endosymbiont-host DNA transfer. In cryptophytes and chlorarachniophytes, the only other algal groups known to contain nucleomorphs, all DNA transfer events have ceased, implying that organellogenesis at the genetic level is complete. This has made it impossible to discover the closest relatives of the endosymbiotic algae or to determine how their genomes are altered during the transition process.

“Morphologically, MGD and TGD were obviously distinct, which was supported by molecular phylogenetic analyses,” says senior author Professor Yuji Inagaki. “However, both strains contained green alga-derived plastids with nucleus-like structures containing DNA.”

Even though the researchers showed that the endosymbiotic algae had already been transformed into plastids, gene sequence analysis suggested that DNA transfer from the nucleomorph to the host genome was still in progress in both MGD and TGD. Given the relatively intact state of the endosymbiont genomes, the researchers successfully identified the origins of the algae to the genus level.

“Genomic analysis of these novel dinoflagellates showed that they are both nucleomorph-containing algal strains carrying plastids derived from endosymbiotic green algae, most likely of the genus Pedinomonas,” explains Professor Inagaki.

“Based on the level of integration of the endosymbiont and host genomes in MGD and TGD, we concluded that the process of organellogenesis is less advanced in these strains than that in cryptophytes and chrorarachniophytes. This important distinction will allow us to use these organisms as models to better understand the process of organellogenesis.”

Original Paper

The article, “Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis,” was published in Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America at DOI: 10.1073/pnas.1911884117.

 
 

スーパーコンピュータ運用状況

計算科学研究センターが運用するスーパーコンピュータの運用状況をお知らせするページです。
最新の運用状況は「CCS_SC_Operation-status」のTwitterアカウント（@ccs_sc_op）でも確認可能です。

Cygnus: 通常運用中
Info:
2023/3/30 9:00 ~  2023/3/31 17:00 年度末メンテナンス

Pegasus：通常運用中
Info:
2023/3/13 9:00 ~ 12:00 緊急メンテナンス
2023/3/28 9:00 ~  2023/3/29 17:00 年度末メンテナンス

最終更新日：2023.3.9

2020年度一般利用の募集

筑波大学計算科学研究センターでは、高性能メニーコアクラスタOakforest-PACS（Intel Xeon Phi、ピーク性能25 PFLOPS）及びCygnus（GPU+FPGA混合搭載型アクセラレータクラスタ、ピーク性能2.5 PFLOPS）の2台のスーパーコンピュータを運用しております。

Oakforest-PACSは最先端共同HPC基盤施設として東京大学情報基盤センターと共同運用するIntel Xeon Phi（Knights Landing, Intel Xeon Phi 7250P）をメインプロセッサとする超並列メニーコアクラスタです。また、CygnusはGPUに加えFPGAを演算加速・通信加速用デバイスとして搭載した初めての共用大規模複合型演算加速クラスタです。

筑波大学計算科学研究センターでは全国共同利用機関として、各システムにおいて全ノードの20%（Oakforest-PACSについては筑波大割り当てリソース分の20%）を目安とした計算機資源を、有償の一般利用に供することと致します。2020年度（2020年4月1日から2021年3月31日まで）の一般利用を募集しますので、希望される方は以下の一般利用のページをご確認の上、ご応募下さい。

 

一般利用

論文・学会発表(2016年度)

素粒子物理研究部門

研究論文

査読付き論文
  1. Kuramashi, N. Nakamura, S. Takeda, and A. Ukawa, “Critical endline of the finite temperature phase transition for 2+1 flavor QCD around the SU(3)- flavor symmetric point”, Phys. Rev. D94 (2016) ref. 114507.
  2. Shirogane, S. Ejiri, R. Iwami, K. Kanaya, M. Kitazawa, “Latent heat at the first order phase transition point of SU(3) gauge theory”, Phys. Rev. D 94, No.1 (2016) ref.014506. 

  3. Taniguchi, K. Kanaya, H. Suzuki, and T. Umeda, “Topological susceptibility in finite temperature (2+1)-flavor QCD using gradient flow”, Phys. Rev. D 95, No.5 (2017) ref.054502. 

  4. Taniguchi, S. Ejiri, R. Iwami, K. Kanaya, M. Kitazawa, H. Suzuki, T. Umeda, and N. Wakabayashi (WHOT-QCD Collaboration), “Exploring Nf=2+1 QCD thermodynamics from gradient flow”, arXiv:1609.01417[hep-lat].
  5. Karsch, A. Bazavov, H.-T. Ding, P. Hegde, O. Kaczmarek, E. Laermann, Swagato Mukherjee, H. Ohno, P. Petreczky, C. Schmidt, S. Sharma, W. Soeldner, P. Steinbrecher, and M. Wagner, “Conserved Charge Fluctuations from Lattice QCD and the Beam Energy Scan”, Nucl. Phys. A 956 (2016) ref. 352.
  6. Bazavov, H.-T. Ding, P. Hegde, O. Kaczmarek, F. Karsch, E. Laermann, Y. Maezawa, Swagato Mukherjee, H. Ohno, P. Petreczky, H. Sandmeyer, P. Steinbrecher, C. Schmidt, S. Sharma, W. Soeldner, and M. Wagner, “The QCD Equation of State to O(μ6B) from Lattice QCD”, Phys. Rev. D 95, No. 5 (2017) ref. 054504. 
  7. Nakamura, S. Oka, and Y. Taniguchi, “QCD phase transition at real chemical potential with canonical approach”, Journal of High Energy Physics, 2016(2), 1-19.
  8. Aoki, T. Aoyama, Ed Bennett, M. Kurachi, T. Maskawa, K. Miura, K. Nagai, H. Ohki, E. Rinaldi, A. Shibata, K. Yamawaki, and T. Yamazaki (LatKMI Collaboration), “Light flavor-singlet scalars and walking signals in Nf=8 QCD on the lattice”, arXiv:1610.07011. 
  9. K.-I. Ishikawa, Y. Iwasaki, Yu Nakayama, and T.Yoshié, “RG scaling relations at chiral phase transition in two-flavor QCD”, arXiv:1704.03134 [hep-lat].
査読無し論文
  1. PACS Collaboration: K.-I. Ishikawa, Y. Kuramashi, N. Tsukamoto, S. Sasaki, T. Yamazaki, and A. Ukawa, “Nucleon form factors near the physical point in 2+1 flavor QCD”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 158. 
  2. PACS Collaboration: J. Kakazu, K.-I. Ishikawa, N. Ishizuka, Y. Kuramashi, Y. Nakamura, Y. Namekawa, Y. Taniguchi, N. Ukita, T. Yamazaki, and T. Yoshié, “Electromagnetic pion form factor near physical point in Nf=2+1 lattice QCD”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 160. 
  3. PACS Collaboration: T. Yamazaki, K.-I. Ishikawa, Y. Kuramashi,and A. Ukawa, “Systematic study of operator dependence in nucleus calculation at large quark mass”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 108.
  4. Takeda, X.-Y. Jin, Y. Kuramashi, N. Nakamura, and A. Ukawa, “Update on Nf=3 finite temperature QCD phase structure with Wilson-Clover fermion action”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 384. 
  5. Boku, K.-I. Ishikawa, Y. Kuramashi, L. Meadows, M. D‘Mello, M. Troute, and R. Vemuri, “A performance evaluation of CCS QCD Benchmark on the COMA (Intel® Xeon PhiTM, KNC) system”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 261. 
  6. Motoki, S. Aoki, T. Aoyama, K. Kanaya, H. Matsufuru, T. Miyamoto, Y. Namekawa, H. Nemura, Y. Taniguchi, S. Ueda, and N. Ukita, “Lattice QCD code Bridge++ on arithmetic accelerators”, Proceeding of Science (LATTICE 2015) 040.
  7. Umeda, S. Ejiri, R. Iwami, and K. Kanaya, “Towards the QCD equation of state at the physical point using Wilson fermion”, Proceeding of Science (LATTICE 2015) 209.
  8. Ejiri, R. Iwami, M. Shirogane, N. Wakabayashi, K. Kanaya, M. Kitazawa, H. Suzuki, Y. Taniguchi, and T. Umeda, “Determination of latent heat at the finite temperature phase transition of SU(3) gauge theory”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 058.
  9. Kanaya, S. Ejiri, R. Iwami, M. Kitazawa, H. Suzuki, Y. Taniguchi, T. Umeda, and N. Wakabayashi, “Equation of state in (2+1)-flavor QCD with gradient flow”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 063.
  10. Taniguchi, S. Ejiri, K. Kanaya, M. Kitazawa, H. Suzuki, T. Umeda, R. Iwami, and N. Wakabayashi, “Temperature dependence of topological susceptibility using gradient flow”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 064. 
  11. Umeda, S. Ejiri, R. Iwami, K. Kanaya, H. Ohno, A. Uji, N. Wakabayashi, and S. Yoshida, “O(4) scaling analysis in two-flavor QCD at finite temperature and density with improved Wilson quarks”, Proceeding of Science (LATTICE 2016) 376.
  12. Nakamura, S. Oka, and Y. Taniguchi, “Study of high density phase transition in lattice QCD with canonical approach”, Proceeding of Science (LATTICE 2015) 165.
  13. Nakamura, S. Oka, A. Suzuki, and Y. Taniguchi, “Calculation of high-order cumulants with canonical ensemble method in lattice QCD”, Proceeding of Science (LATTICE 2015) 168. 
  14. R. Fuluda, A. Nakamura, S. Oka, S. Sakai, A. Suzuki, and Y. Taniguchi, “Beating the sign problem in finite density lattice QCD”, Proceeding of Science (LATTICE 2015) 208.

国際会議発表

招待講演
  1. Kuramashi,「Tensor Network Scheme for Lattice Gauge Theories」, Phase structure of lattice field theories – Japanese-German Seminars 2016 – (Niigata University, Niigata, Japan, September 26-28, 2016).
  2. Ohno,「A stochastic method to reconstruct spectral functions and its appli- cation to quarkonium spectral functions」, Advances in transport and response properties of strongly interacting systems (ECT*, Trento, Italy, May 2-6, 2016).
  3. Ohno, 「Quarkonia at T≠0 and Heavy Quark Diffusion from Lattice QCD」, RHIC & AGS Annual Users’ Meeting 2016 (BNL, NY, USA, June 7-10, 2016).
  4. Ohno (BNL-Bielefeld-CCNU Collaboration),「The QCD Equation of State at non-vanishing chemical potential from Lattice QCD」, QCD in Finite Temperature and Heavy-Ion Collisions, (BNL, NY, USA, February 13-15, 2017). 
  5. Yamazaki for PACS Collaboration,「Light nuclei and nucleon form factors from Nf=2+1 lattice QCD」, CCS-LBNL Collaborative Workshop 2016 (Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Japan, May 12-13, 2016). 
  6. Yamazaki for PACS Collaboration,「Direct calculation of light nucleus from lattice QCD」, Phase structure of lattice field theories – Japanese-German Seminar 2016 – (Niigata, Japan, September 26-28, 2016). 
  7. Yamazaki for PACS Collaboration,「Direct calculation of light nucleus from lattice QCD」, First Tsukuba-CCS-RIKEN joint workshop on microscopic theories of nuclear structure and dynamics (RIKEN/Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Japan, December 14-16, 2016). 
  8. Kanaya,「Thermodynamics in (2+1)-flavor QCD with gradient flow method」, Phase structure of lattice field theories, Japanese-German Seminar 2016 (Niigata Univ., Niigata, Japan, Sept. 26-28, 2016). 
  9. Y. Taniguchi,「Temperature dependence of topological susceptibility using gradient flow」, Phase structure of lattice field theories, Japanese-German Seminar 2016 (Niigata, Japan, Sept. 26-28, 2016).
一般講演
  1. Kuramashi,「Nucleon form factors near the physical point in 2+1 flavor QCD」, 34th International Symposium on Lattice Field Theory (Lattice 2016) (Uni- versity of Southampton, Southampton, UK, July 24-30, 2016).
  2. Kanaya,「Recent results of particle physics simulations at Tsukuba」, Collaboration workshop between Tsukuba and Edinburgh universities (Univ. Edinburgh, Edinburgh, UK, June 16-17, 2016). 
  3. Kanaya, S. Ejiri, R. Iwami, M. Kitazawa, H. Suzuki, Y. Taniguchi, T. Umeda, and N. Wakabayashi,「Equation of state in (2+1)-flavor QCD with gradient flow」,
The XXXIV International Symposium on Lattice Field Theory (Lattice 2016) (Univ. Southampton, Southampton, UK, July 24-30, 2016). 
  4. Taniguchi, S. Ejiri, R. Iwami, K. Kanaya, M. Kitazawa, Hiroshi Suzuki, Takashi Umeda, and Naoki Wakabayashi,「Temperature dependence of topological susceptibility using gradient flow」, The XXXIV International Symposium on Lattice Field Theory (Lattice 2016) (Univ. Southampton, Southampton, UK, July 24-30, 2016). 

  5. Kanaya, S. Ejiri, R. Iwami, M. Kitazawa, H. Suzuki, Y. Taniguchi, T. Umeda, and N. Wakabayashi,「Topological susceptibility in finite-temperature (2+1)- flavor QCD with gradient flow」,
The 14th International workshop on QCD in eXtreme conditions (XQCD 2016) (Plymouth Univ., Plymouth, UK, Aug. 1-3, 2016) 
  6. Taniguchi, S. Ejiri, R. Iwami, K. Kanaya, M. Kitazawa, H. Suzuki, T. Umeda, and N. Wakabayashi,「QCD energy momentum tensor at finite temperature using gradient flow」, The 14th International workshop on QCD in eXtreme conditions (XQCD 2016) (Plymouth Univ., Plymouth, UK, Aug. 1-3, 2016).
  7. Ohno,「Stochastic reconstruction of charmonium spectral functions at finite temperature」, 34th International Symposium on Lattice Field Theory (University of Southampton, Southampton, UK, July 24-30, 2016). 
  8. Ohno,「Charmonium and bottomonium spectral functions and the heavy quark diffusion coefficient from lattice QCD」, 38th International Conference on High Energy Physics (Sheraton Grand Hotel, Chicago, USA, August 3-10, 2016). 
  9. Ohno,「Quarkonium spectral functions at finite temperature with stochastic reconstruction methods」, Phase structure of lattice field theories – Japanese- German Seminar 2016 – (Niigata University ”Tokimate”, Niigata, Japan, September 26-28, 2016). 
  10. Ohno (BNL-Bielefeld-CCNU Collaboration),「The QCD Equation of State at μB≠0 from Lattice QCD」, 7th Workshop of the APS Topical Group on Hadronic Physics (Marriott Wardman Park Hotel, Washington DC, USA, February 1-3, 2017). 
  11. Ohno,「Quarkonium spectral functions and heavy quark diffusion of charm and bottom quarks from lattice QCD at finite temperature」, The XXVI international conference on ultrarelativistic heavy-ion collisions (Hyatt Regency Chicago, Chicago, USA, February 5-11, 2017). 
  12. Suzuki,「Complex phase problem in the canonical approach」Phase structure of lattice field theories Japanese-German Seminar 2016 (Niigata University, 26-28 September, 2016).
  13. Yamazaki, K. Ishikawa, Y. Kuramashi, and A. Ukawa for PACS Collaboration,「Systematic study of operator dependence in nucleus calculation at large quark mass」, The 34th International Symposium on lattice field theory (Lattice 2016) (University of Southampton, UK, July 24-30, 2016). 
  14. Kakazu, K.I. Ishikawa, N. Ishizuka, Y. Kuramashi, Y. Nakamura, Y. Namekawa, Y. Taniguchi, N. Ukita, T. Yamazaki, and T. Yoshié for PACS Collaboration,「Electromagnetic pion form factor near physical point in Nf=2+1 Lattice QCD」, The 34th International Symposium on lattice field theory (Lattice 2016) (University of Southampton, UK, July 24-30, 2016). 
  15. J. Kakazu, K.I. Ishikawa, N. Ishizuka, Y. Kuramashi, Y. Nakamura, Y. Namekawa, Y. Taniguchi, N. Ukita, T. Yamazaki, and T. Yoshié for PACS Collaboration,「Electromagnetic pion form factor near physical point in Nf=2+1 Lattice QCD」, Phase structure of lattice field theories – Japanese-German Seminar 2016 – (Niigata, Japan, September 26-28, 2016).

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. 藏増嘉伸,「テンソルネットワーク法の素粒子物理学への応用」, ポスト「京」萌芽的課題「基礎科学の挑戦 – 複合・マルチスケール問題を通した極限の探求」キックオフミーティング (東北大学, 仙台, 2016年9月9日).
  2. 山崎 剛,「格子 QCD を用いた原子核直接計算」, 第8回学際計算科学による新たな知の発見・統合・創出シンポジウム (筑波大学, つくば, 2016年10月17–18日).
その他の発表
  1. 金谷和至,「Gradient flow法で探るNf=2+1 QCD熱力学」, 理研シンポジウム・iTHES研究会「熱場の量子論とその応用」(理化学研究所, 和光, 2016年8月22日−24日). 
  2. 金谷和至, 石見涼, 梅田貴士, 江尻信司, 北沢正清, 鈴木博, 谷口裕介, 若林直輝,「Gradient flowによる(2+1)-flavor QCD状態方程式」, 日本物理学会秋季大会 (宮崎大学木花キャンパス, 宮崎, 2016年9月20−24日).
  3. 谷口裕介, 石見涼, 梅田貴士, 江尻信司, 金谷和至, 北沢正清, 鈴木博, 若林直輝,「Gradient flowで探るtopological susceptibilityの温度依存性」, 日本物理学会秋季大会 (宮崎大学木花キャンパス, 宮崎, 2016年9月20−24日).
  4. 谷口裕介, 石見涼, 梅田貴士, 江尻信司, 金谷和至, 北沢正清, 鈴木博, 若林直輝,「Gradient flowを課したら中間子相関関数はどうなる?」, 日本物理学会第72回年次大会 (大阪大学豊中キャンパス, 大阪, 2017年3月17日−20日). 
  5. 大野浩史,「Stochastic 法を用いたクォーコニウムスペクトル関数の解析」, 理研シンポジウム・iTHES研究会「熱場の量子論とその応用」(理化学研究所, 和光, 2016年8月22日−24日). 
  6. 大野浩史,「Stochastic 法を用いたクォーコニウムスペクトル関数の研究」, 日本物理学会第72回年次大会 (大阪大学豊中キャンパス, 大阪, 2017年3月17日−20日). 
  7. 鈴木遊, 岡将太郎, 谷口裕介, 中村純,「カノニカル法における符号問題の研究」, 日本物理学会秋季大会 (宮崎大学木花キャンパス, 宮崎, 2016年9月20−24日).
  8. 鈴木遊, 谷口裕介,「Gradient Flow を用いた K 中間子の B パラメータの計算」,
日本物理学会第72回年次大会 (大阪大学豊中キャンパス, 大阪, 2017年3月17日−20日).
  9. 鈴木遊, 岡将太郎, 谷口裕介, 中村純,「カノニカル法における分配関数の位相の研究」, 理研シンポジウム・iTHES研究会「熱場の量子論とその応用」(理化学研究所, 和光, 2016年8月22日−24日). 
  10. 賀数淳平, 石川健一, 石塚成人, 藏増嘉伸, 中村宜文, 滑川裕介, 谷口裕介, 浮田尚哉, 山崎剛, 吉江友照 for PACS Collaboration,「格子QCDによるパイオンの形状因子の研究」, 2016年度原子核三者若手夏の学校 (黒姫ライジングサンホテル, 長野, 2016年7月31日−8月5日). 
  11. 山崎剛, 石川健一, 藏増嘉伸, 宇川彰 for PACS Collaboration,「重いクォークを用いた軽原子核直接計算の系統的研究」, 日本物理学会秋季大会 (宮崎大学木花キャンパス, 宮崎, 2016年9月20−24日).
  12. 賀数淳平, 石川健一, 石塚成人, 藏増嘉伸, 中村宜文, 滑川裕介, 谷口裕介, 浮田尚哉, 山崎剛, 吉江友照 for PACS Collaboration,「Nf=2+1格子QCDによる物理点質量近傍でのπ中間子形状因子の研究」, 日本物理学会秋季大会 (宮崎大学木花キャンパス, 宮崎, 2016年9月20−24日).
  13. 山崎剛, 佐々木勝一, 藏増嘉伸, 石川健一, 浮田尚哉,「格子QCDを用いた原子核構造計算へ向けた基礎研究」, 第3回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会 (コクヨホール, 東京, 2016年10月21日).
  14. 山崎剛, 石川健一, 藏増嘉伸, 宇川彰 for PACS Collaboration,「大きなクォーク質量での軽原子核直接計算の演算子依存性の研究」,
日本物理学会第72回年次大会 (大阪大学豊中キャンパス, 大阪, 2017年3月17日−20日). 
  15. 賀数淳平, 石川健一, 石塚成人, 藏増嘉伸, 中村宜文, 滑川裕介, 谷口裕介, 浮田尚哉, 山崎剛, 吉江友照 for PACS Collaboration,「Strange mass reweightingを考慮した物理点質量近傍での格子QCDによるπ中間子形状因子の研究」, 日本物理学会第72回年次大会 (大阪大学豊中キャンパス, 大阪, 2017年3月17日−20日). 
  16. 吉江友照,「HEPnet-J/sc報告」, 2016年度HEPnet-Jユーザー会 (新潟大学, 新潟, 2017年3月27−28日).

宇宙物理研究部門

研究論文

査読付き論文
  1. Takahashi, R., Umemura, M., 2017, “General Relativistic Radiative Transfer Code in Rotating Black Hole Spacetime: ARTIST”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 464, 4567-4585
  2. Tagawa, H., Umemura, M., Gouda, 2016, “Mergers of accreting stellar-mass black holes”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 462, 3812-3822
  3. Namekata, D., Umemura, M., 2016, “Subparsec-scale dynamics of a dusty gas disk exposed to anisotropic AGN radiation with frequency dependent radiative transfer”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 460, 980-1018
  4. Abe, M., Umemura, M., Hasegawa, K., 2016 ,“Formation of globular clusters induced by external ultraviolet radiation II: Three-dimensional radiation hydrodynamics simulations”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 463, 2849-2863
  5. Momose, R., Ouchi, M., Nakajima, K., Ono, Y., Shibuya, T., Shimasaku, K., Yuma, S., Mori, M., Umemura, M., 2016, “Statistical properties of diffuse Lya haloes around star-forming galaxies at z~2”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 457, 2318-2330
  6. Miki, Y., Umemura, M., 2017, “GOTHIC: Gravitational oct-tree code accelerated by hierarchical time step controlling”, New Astronomy, 52, 65-81
  7. Miki, Y., Mori, M., Rich, R.M., 2016, “Collision tomography: Physical properties of possible progenitors of the Andromeda stellar stream”, The Astrophysical Journal, 827, 82, 11 pp
  8. Kirihara, T., Miki, Y., Mori, M., Kawaguchi, T., & Rich, R. M. 2017, “Formation of the Andromeda Giant Stream: Asymmetric Structure and Disc Progenitor”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 464 (3): 3509-3525
  9. Sakai, Nami, Oya, Yoko, López-Sepulcre, Ana, Watanabe, Yoshimasa, Sakai, Takeshi, Hirota, Tomoya, Aikawa, Yuri, Ceccarelli, Cecilia, Lefloch, Bertrand, Caux, Emmanuel, Vastel, Charlotte, Kahane, Claudine, Yamamoto, Satoshi, 2016, “Subarcsecond Analysis of the Infalling-Rotating Envelope around the Class I Protostar IRAS 04365+2535”, The Astrophysical Journal Letters, 820, L34, 6 pp
  10. Walsh, Catherine, Loomis, Ryan A., Öberg, Karin I., Kama, Mihkel, van ‘t Hoff, Merel L. R., Millar, Tom J., Aikawa, Yuri, Herbst, Eric, Widicus Weaver, Susanna L., Nomura, Hideko, 2016, “First Detection of Gas-phase Methanol in a Protoplanetary Disk”, The Astrophysical Journal Letters, 823, L10, 7 pp
  11. Shimonishi, Takashi, Onaka, Takashi, Kawamura, Akiko, Aikawa, Yuri, 2016, “Detection of a hot molecular core in the Large Magellanic Cloud with ALMA”, The Astrophysical Journal, 827, 72, 20 pp
  12. Walsh, C., Juhasz, A., Meeus, G., Dent, W.R.F., Maud, L., Aikawa, Y., Millar, T.J., Nomura, H., 2016, “ALMA reveals the anatomy of the mm-sized dust and molecular gas in the HD 97048 disk”, The Astrophysical Journal, 831, 200, 15 pp
  13. Nishimura, Y., Shimonishi, T., Watanabe, Y., Sakai, N., Aikawa, Y., Kawamura, A., Yamamoto, S., 2016, “Spectral Line Survey toward a Molecular Cloud in IC10”, The Astrophysical Journal, 829, 94, 8 pp
  14. Imai, M., Sakai, N., Oya, Y., López-Sepulcre, A., Watanabe, Y., Ceccarelli, C., Lefloch, B., Caux, E., Vastel, C., Kahane, C., Sakai, T., Hirota, T., Aikawa, Y., Yamamoto, S., 2016, “Discovery of a Hot Corino in the Bok Globule B335”, The Astrophysical Journal Letters, 830, L37, 7 pp
  15. Yoneda H., Tsukamoto, Y., Furuya, K. & Aikawa, Y. 2016, “Chemistry in a forming protoplanetary disk: main accretion phase”, The Astrophysical Journal, 833, 105, 17 pp
  16. Ziurys, L. M., Halfen, D.T., Gepprert, W. & Aikawa, Y., 2016, “Following the Interstellar History of Carbon: From the Interiors of Stars to the Surfaces of Planets”, Astrobiology, 16, 997
  17. Harada, N., Hasegawa, Y., Aikawa, Y., Hirashita, H., Liu, H. B., Hirano, N. 2017, “Effects of Grain Growth on Molecular Abundances in Young Stellar Objects”, The Astrophysical Journal, 837, 78, 17 pp
  18. Oya, Y., Sakai, N., Watanabe, Y., Higuchi, A. E., Hirota, T., López-Sepulcre, A., Sakai, T., Aikawa, Y., Ceccarelli, C., Lefloch, B., Caux, E., Vastel, C., Kahane, C., Yamamoto, S., 2017, “L483: Warm Carbon-chain Chemistry Source Harboring Hot Corino Activity”, The Astrophysical Journal, 837, 174, 15 pp
  19. Michikoshi, S., Kokubo, E., 2017, “Simulating the Smallest Ring World of Chariklo”, The Astrophysical Journal Letters, 837, Issue 1, article id. L13, 7 pp
  20. Huang, J., Oberg, K.I., Qi, C., Aikawa, Y., Andrews, S., Furuya, K., Guzman, V.V., Loomis, R.A., van Dishoeck, E.F., Wilner, D.J., 2017, “An ALMA survey of DCN/H13CN and DCO+/H13CO+ in protoplanetary disks”, The Astrophysical Journal, 835, 231, 29 pp
  21. Yamauchi, D., Ichiki, K., Kohri, K., Namikawa, T., Oyama, Y., Sekiguchi, T., Shimabukuro, H., Takahashi, K., Takahashi, T., Yokoyama, S., Yoshikawa, K., 2016, “Cosmology with the Square Kilometre Array by SKA-Japan”, Publications of the Astronomical Society of Japan, 68, id.R2 19 pp
  22. Bieri, R., Dubois, Y., Rosdahl, J., Wagner, A. Y., Silk, J., & Mamon, G. A. 2017 “Outflows Driven by Quasars in High-Redshift Galaxies with Radiation Hydrodynamics” Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 464, 1854–1873,
  23. Drozdovskaya, M. N., Walsh, C., van Dishoeck, E. F., Furuya, K., Marboeuf, U., Fakultat, P., Thiabaud, A., Harsono, D., Visser, R., 2016, “Cometary ices in forming protoplanetary disc midplanes”, Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 462, 977-993
  24. Michikoshi, S., Kokubo, E., 2016, “Galactic Spiral Arms by Swing Amplification”, The Astrophysical Journal, 821, 35
  25. Michikoshi, S., Kokubo, E., 2016, “Swing Amplification of Galactic Spiral Arms: Phase Synchronization of Stellar Epicycle Motion”, The Astrophysical Journal, 823, 121
  26. Michikoshi, S., Kokubo, E., 2016, “Planetesimal Formation by Gravitational Instability of a Porous-Dust Disk”, The Astrophysical Journal Letters, 825, 28
  27. Michikoshi, S., Kokubo, E., “Dynamics of Porous Dust Aggregates and Gravitational Instability of Their Disk”, The Astrophysical Journal, in press
  28. Mukherjee, D., Bicknell, G. V., Sutherland, R., Wagner, A., 2016, “Relativistic jet feedback in high-redshift galaxies – I. Dynamics,” Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 461, 1, 967–983
  29. Furuya, K., Drozdovskaya, M. N., Visser, R., van Dishoeck, E. F., Walsh, C., Harsono, D., Hincelin, U., Taquet, V., 2017, “Water delivery from cores to disks: Deuteration as a probe of the prestellar inheritance of H2O”, Astronomy and Astrophysics, 599, A40
  30. Akamatsu, H., Fujita, Y., Akahori, T., Ishisaki, Y., Hayashida, K., Hoshino, A., Mernier, F., Yoshikawa, K., Sato, K., Kaastra, J.S. “Properties of the cosmological filament between two clusters: A possible detection of a large-scale accretion shock by Suzaku”, Astronomy & Astrophysics, in press
  31. Kitayama, T., Ueda, S., Takakuwa, S., Tsutsumi, T., Komatsu, E., Akahori, T., Iono, D., Izumi, T., Kawabe, R., Kohno, K., Matsuo, H., Ota, N., Suto, Y., Takizawa, M., Yoshikawa, K., “The Sunyaev-Zel’dovich Effect at Five Arc-seconds: RXJ1347. 5-1145 Imaged by ALMA”, Publications of Astronomical Society Japan, in press.
  32. Taquet, V., Furuya, K., Walsh, C., van Dishoeck, E. F., “A primordial origin for molecular oxygen in comets: A chemical kinetics study of the formation and survival of O2 ice from clouds to disks”, accepted by Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
査読無し論文
  1. Tagawa, H., Umemura, M., 2017, “Rapid Mergers in a Mixed System of Black Holes and Neutron Stars”, 14th International Symposium on Nuclei in the Cosmos (NIC2016) 020803
  2. Kirihara, T., Miki, Y., Mori, M., Kawaguchi, T., & Rich, R. M. “Multilateral Study of the Andromeda Giant Stream: Implications for the progenitor, its MBH, and the M31 halo”, 2016, accepted to proceedings of IAU Symposium 321
  3. Igarashi, A., Mori, M., Nitta, S., “A new concept of transonic galactic outflows and its application to the Sombrero galaxy”, accepted to Proceedings of IAU Symposium 321 “Formation and evolution of galaxy outskirts”
  4. Furuya, K., Drozdovskaya, M. N., Walsh, C., van Dishoeck, E. F., “Water transport from collapsing prestellar cores to forming disks: evolution of the HDO/H2O ratio”, EAS publication series, 75-76, 259-263 (2016)

国際会議発表

招待講演
  1. Umemura, M., “HPC at CCS and Latest Outcomes in Computational Astrophysics”, Edinburgh EPCC-Tsukuba CCS Collaboration Workshop, June 16-17, 2016, Edinburgh, UK
  2. Furuya, K., “Formation and isotope fractionation of interstellar ices, and their delivery to a forming disk”, Workshop on Interstellar Matter 2016, October 19-21, 2016, Hokkaido, Japan
  3. Aikawa, Y. “Chemical modelling of protoplanetary disks”, European Conference on Laboratory Astrophysics ECLA2016 “Gas on the Rocks”, November 21 – 25, 2016, CSIC, Madrid, Spain
  4. Furuya, K. “Water delivery from cores to disks”, ISSI meeting “From qualitative to quantitative: Exploring the early solar system by connecting comet composition to protoplanetary disk models”, December 5-9, 2016, Bern, Switzerland
  5. Furuya, K. “Isotopic fractionation in interstellar molecules”, IAU symposium 332 Astrochemistry VII-Through the Cosmos from Galaxies to Planets”, March 20-24, 2017, Puerto Varas, Chile
  6. Umemura, M., “Novel Challenge for Radiative Transfer Solver in Astrophysics”, Inverse Problems and Medical Imaging, Feb 13-17, 2017, University of Tokyo, Japan
  7. Wagner, A. Y., “Triggering Star-formation” 2016 Oort Workshop: AGN Feedback, May 30 – June 1. 2016 Leiden Observatory, Leiden, Netherlands
一般講演
  1. Miki, Y., “GOTHIC: Gravitational Oct-Tree code accelerated by Hierarchical time step Controlling”, Perspectives of GPU computing in Science, September 26-28, 2016, Rome, Italy
  2. Michikoshi, S., “Planetesimal Formation by Gravitational Instability of a Porous Dust Disk”, Japan-Germany Planet and Disk Workshop, September 25-30, 2016, Okinawa, Japan
  3. Yoneda, H., Tsukamoto, Y., Furuya, K., Aikawa, Y. “Chemistry in a forming disk: main accretion phase”, Workshop on Interstellar Matter 2016, October 19-21, 2016, Hokkaido, Japan
  4. Tanaka, S., “Higher order advection scheme for Vlasov Simulation”, The 7th East Asian Numerical Astrophysics Meeting, October 24-28, 2016, Beijing, China
  5. Kobayashi, N., Enohata, K., Ishihara, T., Shiraishi, K., Umemura, M. “Rapid Dust Coagulation expedited by Turbulent Clustering in Protoplanetary Disks”, Formation of the Solar System and the Origin of Life, Feb 20-24, 2017, Leiden, Netherlands
  6. Sato, A., Shigeta, Y., Shoji, M., Kamiya, K., Shiraishi, K., Yabana, K., Umemura, “Ly alpha Irradiation in the Early Phase Milky Way Galaxy Responsible for Initiating Homochirality”,  Formation of the Solar System and the Origin of Life, Feb 20-24, 2017, Leiden, Netherlands

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. 相川祐理「ALMA観測でとらえた原始星コアと原始惑星系円盤の揮発性物質」，日本地球惑星科学連合2016年大会／アルマによる惑星科学の新展開（2016年5月22日，幕張メッセ）
  2. 相川祐理「星・惑星系形成領域の分子進化：星間物質から惑星物質へ」，日本地球惑星科学連合2016年大会　スペシャルレクチャー（西田賞受賞記念講演）（2016年5月24日，幕張メッセ）
  3. 森正夫, “Numerical simulations of galaxy formation and evolution”, Tsukuba CCS-LBNL Collaboration Workshop（2016年6月12～13日，筑波大学計算科学研究センター）
  4. 梅村雅之，「Mergers of Accreting Stellar Mass Black Holes and Implications for GW150914」，新学術領域「重力波天体の多様な観測による宇宙物理学の新展開」研究会（2016年7月30日，広島大学，東広島）
  5. 相川祐理「デブリ円盤での化学反応」（招待講演）ALMAワークショップ：デブリ円盤から太陽系へ」研究会（2016年8月8～9日，千葉工大東京スカイツリータウンキャンパス）
  6. 梅村雅之「巨大ブラックホール起源と重力波観測」，企画セッション「重力波初検出の意義と重力波天文学の幕開け」，日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14-16日，愛媛大学，松山）
  7. 相川祐理「星・惑星系形成領域の星間化学」，シンポジウム「ダスト形成から惑星の多様性へ：宇宙 の物質進化における物理と化学のカップリング」（2017年3月8日～9日，東京大学小柴ホール）
  8. 吉川耕司「「多次元ブラソフソルバーの開発」, JICFuS シンポジウム「素粒子・原子核・宇宙「京からポスト京に向けて」」(2017年2月16～17日, 筑波大学東京キャンパス文京校舎
その他の発表
  1. 相川祐理「原始惑星系円盤の化学組成：最近のALMA観測の成果」宇宙生命計算科学連携拠点第２回ワークショップ（2016年4月27～28日，筑波大学計算科学研究センター）
  2. 古家健次「星・惑星系形成領域における水の重水素比」宇宙生命計算科学連携拠点第２回ワークショップ （2016年4月27～28日，筑波大学計算科学研究センター）
  3. 安部牧人, 3次元輻射流体力学による球状星団形成モデルの研究, 第三回銀河進化研究会（ 2016年6月1～3日，東北大学）
  4. 藤原隆寛, 銀河形成シミュレーションに向けて: SPH法の性能比較, 第三回銀河進化研究会（ 2016年6月1～3日，東北大学）
  5. 相川祐理「惑星系形成領域の有機物進化」，日本地球惑星科学連合2016年大会／計算科学による惑星形成・進化・環境変動研究の新展開（2016年5月24日，幕張メッセ）
  6. 相川祐理「Molecular evolution in a forming disk」新領域「宇宙分子進化」研究会（7月11～12日，北海道大学低温科学研究所）
  7. 道越秀吾, 小久保英一郎，「低密度ダストの重力不安定による微惑星形成」，日本惑星科学会2016年秋季講演会（2016年9月12～14日，ノートルダム清心女子大学,岡山）
  8. 古家健次, Water deuteration as a probe of the origin of H2O in protoplanetary disks, 日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  9. 道越秀吾，スイング増幅による渦状腕構造の形成とエピサイクル運動の位相同期, 日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  10. 五十嵐朱夏, 遷音速銀河風モデルによる星形成率と銀河風速度の関係, 日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  11. 桐原崇亘, M31 North-Westernストリームの母矮小銀河の軌道探査, 日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  12. 加藤一輝，Cusp-core問題における周期的なSNフィードバックによる重力場変動とDMHの中心密度分布の関連性, 日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  13. 藤原隆寛，MUSCL法を用いたGodunov SPH法の高次精度化, 日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  14. 高橋労太, 梅村雅之，「ARTIST コードによるブラックホール時空での一般相対論的輻射輸送シミュレーション」，日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  15. 小林直樹, 江野畑圭, 石原卓, 白石賢二, 梅村雅之，「微惑星形成過程解明のための乱流の大規模直接数値計算と粒子追跡」，日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  16. 濱端航平, 江野畑圭, 石原卓, 白石賢二, 梅村雅之，「乱流の直接数値計算を用いた原始惑星系円盤ダストの衝突付着成長シミュレーション」，日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  17. 郷田直輝, 小林行泰, 辻本拓司, 矢野太平, 上田暁俊, 宇都宮真, 鹿島伸悟, 亀谷收, 浅利一善, 山田良透, 吉岡諭, 穂積俊輔, 梅村雅之, 西亮一, 浅田秀樹, 長島雅裕, 石村康生, 中須賀真一, 酒匂信匡, ほかJASMINE ワーキンググループ一同，「Nano-JASMINE と小型JASMINE の進捗状況概要」，日本天文学会2016年秋季年会（2016年9月14～16日，愛媛大学，松山）
  18. 藤原隆寛，森正夫，「MUSCL-Godunov-SPH法への流速制限関数の実装」，日本流体力学会2016年会（2016年9月26～28日，名古屋工業大学，名古屋）
  19. 梅村雅之，「CCSにおけるポスト「京」重点課題・萌芽的課題について」，第8回「学際計算科学による新たな知の発見・統合・創出」－発展する計算科学と次世代の計算機－，2016年10月17日～18日，筑波大学 大学会館，つくば市
  20. 高水裕一,前田恵一,Bubble universe, 第26回一般相対論および重力」研究会（2016年10月24日～28日,大阪市立大学,大阪）
  21. 櫻井 幹記，古谷 眸，岡本 直也，石原 卓, 圧縮性乱流直接数値シミュレーショ ン手法の検討, 第30回数値流体力学シンポジウム(2016年12月12～14日, タワーホール船堀, 東京)
  22. 五十嵐朱夏, 星形成銀河からのアウトフローの理論モデル, Galaxy-IGM研究会(2016年12月5～7日, 信州大学, 長野)
  23. 梅村雅之，久喜奈保子，安部牧人， Czuprynski, 「Hybrid Scheme of Lyα Radiative Diffusion and Transfer」, Galaxy-IGM研究会 (2016年12月5～7日, 信州大学, 長野)
  24. 安部牧人, SEURAT: SPH scheme extended with UV line radiative transfer, Galaxy-IGM研究会（2016年12月5～7日, 信州大学, 長野）
  25. 田川寛通，梅村雅之，「多重BHの合体によるGW150914の説明」，理論懇シンポジウム(2016年12月20～22日，東北大学，仙台)
  26. 桐原崇亘，「M31 におけるマイナーマージャー現象を用いた銀河の内部構造の研究」，理論懇シンポジウム(2016年12月20～22日，東北大学，仙台)
  27. 吉川耕司「重元素の超微細構造線によるダークバリオンの観測可能性」, 第4回「銀河進化と遠方宇宙」研究会, (2017年1月7日～9日, アーデンホテル阿蘇, 熊本)
  28. 道越秀吾「Charikloの二重環の構造と衛星との相互作用による長期進化」，第５回衛星系研究会：冥王星系の起源（2017年1月25～26日, 東京工業大学, 東京）
  29. 道越秀吾，小久保英一郎，「ケンタウルス族Charikloの環の構造」，日本天文学会2017年春季年会（2017年3月15～18日，九州大学，福岡）
  30. 五十嵐朱夏，森正夫，新田伸也，「銀河風の遷音速モデルと星形成銀河への応用」，日本天文学会2017年春季年会（2017年3月15～18日，九州大学，福岡）
  31. 渡邉歩，吉川耕司, 岡本崇，(「重元素の超微細構造線を用いた中高温銀河間ガスの観測可能性について」，日本天文学会2017年春季年会（2017年3月15～18日，九州大学，福岡）
  32. 藤原隆寛，森正夫，「Integral Approachによる，Density Independent SPH法とGodunov SPH法の改良」，日本天文学会2017年春季年会（2017年3月15～18日，九州大学，福岡）
  33. 井上昭雄, 長谷川賢二, 石山智明, 矢島秀伸,清水一紘, 梅村雅之, 今野彰, 播金優一, 澁谷隆俊, 大内正己，「宇宙再電離期のライマンα輝線銀河シミュレーションとすばるHyper Suprime-Cam探査結果の比較」，日本天文学会2017年春季年会（2017年3月15～18日，九州大学，福岡）
  34. 安部牧人，「高赤方偏移宇宙のLyα輝線銀河とLyα光子の輻射輸送」，第2回宇宙史サロン（2017年3月21日，筑波大学，茨城）

著書，解説記事等

著書
  1. 梅村雅之，福江純，野村英子著，シリーズ＜宇宙物理学の基礎＞「輻射輸送と輻射流体力学」，日本評論社，P1-P396，2016年12月25日
  2. 梅村雅之，「超巨大ブラックホール」，Newton 別冊シリーズ，2016, 8月25日
  3. 相川祐理,「水素の科学 第１回水素とは何か？」，Newton 11月号，2016年9月26日
  4. 田中賢,「宇宙の大規模構造の謎に迫る「宇宙論的ブラソフシミュレーション」の高次精度化に挑戦」月刊JICFuS, 2016年11月22日
  5. 相川祐理，「ALMAによる原始惑星系円盤の観測」，天文月報4月号，2016年3月20日

原子核物理研究部門

研究論文

査読付き論文
  1.  K. Matsuyanagi, M. Matsuo, T. Nakatsukasa, K. Yoshida, N. Hinohara, and K. Sato,  “Microscopic derivation of the Bohr– Mottelson collective Hamiltonian and its application to quadrupole shape dynamics”, Phys. Scr. 91 (2016) 063014 [Invited paper].
  2. T. Nakatsukasa, K. Matsuyanagi, M. Matsuzaki, and Y. R. Shimizu, “Quantal rotation and its coupling to intrinsic motion in nuclei”, Phys. Scr. 91 (2016) 073008 [Invited paper].
  3. T. Nakatsukasa, K. Matsuyanagi, M. Matsuo, and K. Yabana, “Time-dependent density-functional description of nuclear dynamics”, Rev. Mod. Phys. 88, (2016) 045004 [Invited paper].
  4. K. Wen and T. Nakatsukasa, “Self-consistent collective coordinate for reaction path and inertial mass”, Phys. Rev. C. 94 (2016) 054618.
  5. G. Watanabe, S. Yoon, F. Dalfovo, and T. Nakatsukasa, “Multiple period states of the superfluid fermi gas in an optical lattice”, Phys. Conf. Ser. 752 (2016) 012002.
  6. Y. Kashiwaba and T. Nakatsukasa, “Density functional calculations for the neutron star matter at subnormal  density”, JPS Conf. Proc. 14, (2017) 020801.
  7. K. Wen, F. Ni, and T. Nakatsukasa, “Nuclear reaction path and inertial mass in the self-consistent collective coordinate method”, PoS(INPC2016) 211 (2017).
  8. S. Ebata, and T. Nakatsukasa, “Octupole deformation in the nuclear chart based on the 3D Skyrme  Hartree-Fock plus BCS model”, Phys. Scr. in press.
  9. K. Wen and T. Nakatsukasa,  “Adiabatic self-consistent collective path in nuclear fusion reactions”,  Phys. Rev. C, in press.
  10. N. Hinohara, W. Nazarewicz, “Pairing Nambu-Goldstone Modes within Nuclear Density Functional    Theory”, Phys. Rev. Lett. 116, 152502 (2016).
  11. Y. Hashimoto and G. Scamps, “Gauge angle dependence in time-dependent Hartree-Fock-Bogoliubov calculations of 20O+20O head-on collisions with the Gogny interaction”, Phys. Rev. C94, 014610 (2016).
  12. K. Minomo, K. Washiyama, K. Ogata, “Deuteron-nucleus total reaction cross sections up to 1 GeV”, Nucl. Sci. Technol. 54, 127 (2017).
  13. K. Nomura, T. Niksic, and D. Vretenar, “Beyond-mean-field boson-fermion model for odd-mass nuclei”, Phys. Rev. C 93, 054305 (2016).
  14. K. Nomura, R. Rodriguez-Guzman, and L. M. Robledo, “Structural evolution in A～100 nuclei within the mapped interacting boson model based on the Gogny energy density functional”, Phys. Rev. C 94, 044314 (2016).
  15. T. Grahn, S. Stolze, D. T. Joss, R. D. Page, B. Saygi, D. O’Donnell, M. Akmali, K. Andgren, L.  Bianco, D. M. Cullen, A. Dewald, P. T. Greenlees, K. Heyde, H. Iwasaki, U. Jakobsson, P. Jones, S. Judson, R. Julin, S. Juutinen, S. Ketelhut, M. Leino, N. Lumley, J. R. Mason, O. Moller, K. Nomura, M. Nyman, A. Petts, P. Peura, Pietralla, Th. Pissulla, P. Rahkila, P. J. Sapple, J. Saren, C.Scholey, Simpson, J. Sorri, P. D. Stevenson, J. Uusitalo, H.Watkins, and J. L. Wood, “Excited states and reduced transition probabilities in 168Os”, Phys. Rev. C 94, 044327 (2016).
  16. K. Nomura, T. Niksic, and D. Vretenar, “Signatures of shape phase transitions in odd-mass nuclei”,
    Phys. Rev. C 94, 064310 (2016).
  17. T. Daniel, S. Kisyov, P. H. Regan, N. Marginean, Zs. Podolyak, Marginean, K. Nomura, M. Rudigier, R. Mihai, V. Werner, R. J. Carroll, A. Gurgi, A. Oprea, T. Berry, A. Serban, C. Nita, C. Sotty, R. Suvaila, Turturica, C. Costache, L. Stan, A. Olacel, M. Boromiza, and S. Toma, “γ-ray Spectroscopy of Low-lying Excited States and Shape Competition in 194Os”, Phys. Rev. C 95, 024328 (2017).
  18. G. Scamps, V.V. Sargsyan, G.G. Adamian, N.V. Antonenko, D. Lacroix, “Extraction of pure transfer probabilities from experimental transfer and capture data”, Phys. Rev. C 94, pages 064606 (2016).
  19. G. Scamps, D. Bourgin, K. Hagino, F. Haas and S. Courtin, “Coupled-channels description of the 40Ca+58,64Ni transfer and fusion reactions”, Il Nuovo Cimento C 39, 06, 414 (2017).
  20. G. Scamps, C. Rodríguez-Tajes, D. Lacroix, F. Farget, “Time-dependent mean field determination of the excitation energy in transfer reactions: application to the reaction 238U on 12C at 6.14 MeV/A”, Phys. Rev. C 95, 024613 (2017).
査読無し論文
  1. T. Nakatsukasa, “Time-dependent density-functional calculation of nuclear response functions”, Proceedings of the International Conference on Nuclear Theory in the Supercomputing Era – 2014 (NTSE-2014) (Pacific National University, 2016) pp. 15-22.
  2. 柏葉　優、中務　孝, “低密度領域における中性子星核物質の密度汎関数計算”, 原子核研究, Vol.61 Supplement 1, 2016年夏の学校特集号, pp. 35-36.

国際会議発表

招待講演
  1. T. Nakatsukasa, “Time-dependent density-functional theory and linear response theory”, Lecture in SERC School on Modern Microscopic Approaches in Nuclear Physics, Srinagar, India, May 17-June 6, 2016.
  1. T. Nakatsukasa, “Microscopic determination of reaction path, potential, and inertial mass”, ECT* workshop on Towards consistent approaches for nuclear structure and reactions, Trento, Italy, June 6 – 10, 2016.
  1. T. Nakatsukasa, “Nuclear reaction path and inertial mass in the self-consistent collective   coordinate method”, International Nuclear Physics Conference (INPC2016), Adelaide, Australia, Sep. 11 – 16, 2016.
  1. T. Nakatsukasa, “Nuclear reaction as large-amplitude collective motion”, Heavy-Ion Accelerator Symposium on Fundamental and Applied Sciences  (HIAS2016), Canberra, Australia, Sep. 18 – 20, 2016.
  1. K. Nomura, “Shape coexistence in the microscopically guided interacting boson model”,
    8th Workshop on Quantum Phase Transitions in Nuclei and Many-Body Systems, Prague, Czech Republic, 6-9 June 2016.
  1. K. Nomura, “Nuclear shapes and excitations in the microscopically-guided algebraic theory”, Shapes and Symmetries in Nuclei: from Experiment to Theory, Gif-sur-Yvette, France, 7-11 November 2016.
  1. K. Wen, “The Inertial Mass and Collective Path in Nuclear Fusion/Fission Reactions”, International Conference Nuclear Theory in the Supercomputing Era – 2016 (NTSE-2016), Pacific National University, Khabarovsk, Russia, September 19–23, 2016.
  1. G. Scamps, “Gauge angle dependency in fusion and transfer reactions, restoration of broken symmetries in dynamical calculation”, IPNO, Orsay, France, 16 March 2017.
  1. G. Scamps, “Microscopic description of the transfer and fusion reactions including pairing correlations”, FUSION17 conference, Hobart, Australia, 20-24 February 2017.
  1. G. Scamps, “Simultaneous description of multi-nucleon transfer and fusion reactions with the coupled channel method”, LENRT workshop, Canberra, Australia, 15-17 February 2017.
  1. G. Scamps, “Josephson effect in nuclear reactions, effect of the restoration of the gauge angle symmetry in mean-field dynamics”, CCS-RIKEN joint workshop, Tsukuba, Japan, 12-16 December 2016.
  1. G. Scamps, “Microscopic description of the transfer reaction including pairing correlations”, HIAS Symposium, Canberra, Australia, 18-20 September 2016.
  1. G. Scamps, “Description of multi-nucleon transfer and fusion reactions with the coupled channel method”, INPC conference, Adelaide, Australia, 11-16 September 2016.
一般講演
  1. T. Nakatsukasa, “Microscopic determination of reaction path and inertial mass”, International workshop on Recent Progresses in Nuclear Structure Physics 2016 (NSP2016), Kyoto, Japan, Dec. 5-23, 2016.
  1. N. Hinohara, “FAM Applications Towards EDF Optimization”, NUCLEI SciDAC 2016 Project Meeting,    Argonne National Laboratory, Argonne, IL, USA, Jun. 6-9, 2016.
  1. N. Hinohara, “Nuclear collective excitation modes within finite-amplitude method”, (poster presentation) 14th International Symposium on Nuclei in the Cosmos XIV (NIC-XIV), Toki Messe, Niigata, Japan, Jun. 19-24, 2016.
  1. N. Hinohara and W. Nazarewicz, “Pairing rotations in ground states of open-shell even-even deformed nuclei”, Direct Reactions with Exotic Beams (DREB2016), Saint Mary’s University, Halifax, Canada, Jul. 11-15, 2016.
  1. N. Hinohara and W. Nazarewicz, “Binding energy differences of even-even nuclei as pairing  indicators”, Nuclear Structure 2016 (NS2016), Knoxville, TN, USA, Jul. 24-29, 2016.
  1. N. Hinohara, “Neutron-proton superfluid DFT”, DOE topical collaboration meeting “Nuclear Theory for Double-Beta Decay and Fundamental Symmetries”, Facility for Rare Isotope Beams, Michigan State University, East Lansing, MI, USA, Aug. 1-2, 2016.
  1. N. Hinohara and W. Nazarewicz, “Pairing Nambu-Goldstone modes and binding-energy differences of even-even nuclei” (poster presentation), International Nuclear Physics Conference (INPC2016),   Adelaide, Australia, Sep. 11-16, 2016.
  1. N. Hinohara, “New pairing observable: binding energy differences of even-even nuclei”, First Tsukuba-CCS-RIKEN joint workshop on microscopic theories of nuclear structure and dynamics,  Tsukuba, Japan, Dec. 12-16, 2016.
  1. N. Hinohara, “Recent theoretical developments of finite-amplitude method for QRPA”, Recent Progresses in Nuclear Structure Physics (NSP2016), Kyoto, Japan, Dec. 5-23, 2016.
  1. Y. Hashimoto, “Gogny-TDHFB calculation of 20O + 20O head-on collision”, First Tsukuba-CCS-RIKEN joint workshop on microscopic theories of nuclear structure and dynamics, Wako & Tsukuba, Japan, Dec.12-16, 2016.
  1. K. Washiyama, T.Nakatsukasa, “Multipole modes of deformed superfluid nuclei with the finite amplitude method in three-dimensional coordinate space”, SSNET Workshop 2016, Gif-sur-Yvette, France, Nov.7-11, 2016.
  1. K. Washiyama, T.Nakatsukasa, “Finite amplitude method for QRPA in three-dimensional coordinate”, First Tsukuba-CCS-RIKEN joint workshop on microscopic theories of nuclear structure and dynamics, Wako & Tsukuba, Japan, Dec.12-16, 2016.
  1. K. Washiyama, “Fusion hindrance in heavy systems with time-dependent Hartree-Fock”, International Conference on heavy-ion collisions at near-barrier energies (FUSION17), Hobart, Australia, Feb. 20-24, 2017.
  1. K. Washiyama, “Present status of three-dimensional finite-amplitude-method QRPA”, 2nd workshop on many-body correlations in microscopic nuclear model, Sado, Japan, Aug.21-23, 2016.
  1. F. Ni, T. Nakatsukasa, “Self-consistent Collective Coordinate in Richardson model”, First Tsukuba-CCS-RIKEN joint workshop, Tsukuba, Japan, Dec. 12-16, 2016.
  1. F. Ni, “Pairing dynamics in Richardson model”, NIC-XIV School 2016, Niigata, Japan, June 13-17, 2016
  1. F. Ni, “Collective coordinates in Richardson model”, 2nd workshop on many-body correlations in microscopic nuclear model, Sado, Japan, Aug.21-23, 2016. 
  2. Y. Kashiwaba, T. Nakatsukasa, “Density functional calculations for the neutron star matter at subnormal density”, 2nd workshop on many-body correlations in microscopic nuclear model,   Sado, Japan, Aug.21-23, 2016.
  1. T. Saito, “Numerical calculation of giant quadrupole resonance”, 2nd workshop on many-body correlations in microscopic nuclear model, Sado, Japan, Aug.21-23, 2016.
  1. K. Yaoita, “Coriolis effect for vibrational bands in transitional nuclei”, 2nd workshop on many-body correlations in microscopic nuclear model, Sado, Japan, Aug.21-23, 2016.

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. 中務　孝、“原子核の形と対称性の破れ”、日本物理学会科学セミナー、東京大学駒場キャンパス、東京、2016年8月20-21日
その他の発表
  1. 中務　孝、“核構造計算による核反応モデルの高精度化”、ImPACT藤田プログラム全体会議、JＳT別館、東京、2016年10月13-14日.
  1. 中務　孝、“核構造計算による核反応モデルの高精度化”、ImPACT藤田プログラム全体会議、JＳT別館、東京、2017年3月24-25日.
  1. 日野原 伸生、“偶々核の束縛エネルギー差と対回転モード”、日本物理学会2016年秋季大会、宮崎大学、2016年9月21-21日.
  1. 日野原　伸生、“二重ベータ崩壊の原子核行列要素と中性子陽子対の非線形ゆらぎ”、千葉大学原子核理論セミナー、千葉大学西千葉キャンパス、2016年11月24日.
  1. 日野原　伸生、“対相関と二重束縛エネルギー差”、研究会「クラスター・平均場の両側面からみる原子核構造の多様性とそのダイナミクス」、大阪市立大学杉本キャンパス、2017年1月19-20日.
  1. 日野原　伸生, Markus Kortelainen, Witold Nazarewicz, “原子核エネルギー密度汎関数の最適化に向けた巨大共鳴の効率的評価”、日本物理学会第 72 回年次大会、大阪大学、2017年3月17-20日.
  1. 橋本幸男、“Gogny-TDHFB法による20O+ 20Oの計算における摩擦係数について”、日本物理学会第 72 回年次大会、大阪大学、2017年3月17-20日.
  1. 鷲山広平、中務孝、“３次元有限振幅法QRPAの非軸対称原子核への応用”、日本物理学会秋季大会、宮崎大学、2016年9月21－24日.
  1. 鷲山広平、中務孝、“３次元QRPAに対する有限振幅法の開発と応用”、日本物理学会第 72 回年次大会、大阪大学、2017年3月17－20日.
  1. 倪放、中務孝、“対相関ダイナミクスを記述する集団座標”、クラスター・平均場の両側面からみる原子核構造の多様性とそのダイナミクス、大阪市立大学、2017年1月.
  1. 倪放、中務孝、“0+対励起状態を記述する集団座標と四重極相関”、日本物理学会2016年秋季大会、宮崎大学、2016年9月.
  2. 柏葉　優、中務　孝, “中性子星内殻におけるスラブ相に対する完全自己無撞着計算”, 日本物理学会春季第72回年次大会, 大阪大学, 2017年3月17-21日. 
  3. 八百板 恭介、中務 孝、“5次元四重極集団ハミルトニアンを用いた回転バンド間E2遷移の研究”、日本物理学会第 72 回年次大会、大阪大学、2017 年3 月17-20 日.

著書、解説記事等

  1. N.Takigawa, K.Washiyama, “Fundamentals of Nuclear Physics”, Springer Japan (2017)

量子物性研究部門

研究論文

査読付き論文
  1. Nakatsukasa, K. Matsuyanagi, M. Matsuo, K. Yabana, “Time-dependent density-functional description of nuclear dynamics “,Reviews of Modern Physics 88, 045004 (2016) .
  2. 廣川祐太、朴泰祐、佐藤駿丞、矢花一浩、”電子動力学シミュレーションのステンシル計算最適化とメニーコアプロセッサへの実装”、情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS）9、No.4、pp.1-14 (2016).
  3. Lucchini, S.A. Sato, A. Ludwig, J. Herrmann, M.Volkov, L.Kasmi, Y. Shinohara, K. Yabana, L. Gallmann, U. Keller, “Attosecond dynamical Franz-Keldysh effect in polycrystalline diamond”, Science 353, 916-919 (2016).
  4. Sommer, E.M. Bothschafter, S.A. Sato ,C. Jakubeit, T. Latka, O. Razskazovskaya, H. Fattahi, M. Jobst, W. Schweinberger, V. Shirvanyan, V.S.Yakovlev, R.Kienberger, K. Yabana, N. Karpowicz, M. Schultze, F. Krausz, “Attosecond nonlinear polarization and light-matter energy transfer in solids”, Nature 534, 86-90 (2016).
  5. Tsukamoto, T. Ono, K. Hirose, S. Blügel, “Self-energy matrices for electron transport calculations within the real-space finite-difference formalism”, Phys. Rev. E 95, 033309 (2017).
  6. Iwase, C. J. Kirkham, T. Ono, “Intrinsic origin of electron scattering at the 4H-SiC(0001)/SiO2 interface”, Phys. Rev. B 95, 041302 (2017).
  7. Ono, C. J. Kirkham, S. Iwase, “First-Principles Study on Electron Conduction at 4H-SiC(0001)/SiO2 Interface”, ECS Transactions 75, 121 (2016).
  8. J. Kirkham, T. Ono, “Importance of SiC Stacking to Interlayer States at the SiC/SiO2 Interface”, Materials Science Forum 858, 457 (2016).
  9. P. Sturm, X. M. Tong, A. Palacios, T. W. Wright, I. Zalyubovskaya, D. Ray, N. Shivaram, F. Martin, A. Belkacem, P. Ranitovic, and Th. Weber, “Mapping and Controlling Ultrafast Dynamics of Highly Excited H2 Molecules by VUV-IR Pump-Probe Schemes”, Phys. Rev. A 95, 012501:1-7 (2017).
  10. E. Calvert, Han Xu, A. J. Palmer, R. D. Glover, D. E. Laban, X. M. Tong, A. S. Kheifets, K. Bartschat, I. V. Litvinyuk, D. Kielpinksi, and R. T. Sang, “The interaction of excited atoms and few-cycle laser pulses”, Scientific Reports 6, 34101 (2016).
  11. C. Wallace, O. Ghafur, Satya Sainadh U, J. E. Calvert, C. Khurmi, D. E. Laban, M. G. Pullen, K. Bartschat, A. N. Grum-Grzhimailo, D. Wells, H. M. Quiney, X. M. Tong, I. V. Litvinyuk, R. T.  Sang, and D. Kielpinski, “Precise and Accurate Measurements of Strong-Field Photoionizationand a Transferable Laser Intensity Calibration Standard”, Phys. Rev. Lett. 117, 053001:1-5 (2016).
  12. Xu, H.T. Hu, X. M. Tong, P. Liu, R. X. Li, R. T. Sang, and I. V. Litvinyuk, “Coherent control of the dissociation probability of H2+ in ω-3ω two-color fields”, Phys. Rev. A 93, 063416:1-5 (2016).
  13. A. Mancuso, D. D. Hickstein, K. M. Dorney, J. L. Ellis, E. Hasovic, R. Knut, P. Grychtol, C. Gentry, M. Gopalakrishnan, D. Zusin, F. J. Dollar, X. M. Tong, D. Milosevic, W. Becker, H. C. Kapteyn, M. M. Murnane, “Controlling electron-ion rescattering in two-color circularly polarized femtosecond laser fields”, Phys. Rev. A 93, 053406:1-13 (2016).
  14. Yuya Nemoto, Fumitaka Ohno, Nobuya Maeshima, and Ken-ichi Hino, “Manifestation of anomalous Floquet states with longevity in dynamic fractional Stark ladder with high AC electric fields”, Physica E: Low-dimensional Systems and Nanostructures 83, 339, (2016).
  15. Yohei Watanabe, Ken-ichi Hino, Muneaki Hase, and Nobuya Maeshima, “Polaronic quasiparticle picture for generation dynamics of coherent phonons in semiconductors: Transient and nonlinear Fano resonance”, Rev. B 95, 014301 (2017).
査読無し論文
  1. A. Sato, K. Yabana, “First-principles calculations for initial electronic excitation in dielectrics induced by intense femtosecond laser pulses”,Proc. SPIE10014, Laser-induced Damage in Optical Materials 2016, 100141A.
  2. 矢花一浩、”第一原理計算によるフェムト秒レーザ加工初期過程の解明”、第85回レーザ加工学会講演論文集、126-129 (2016).
  3. 廣川祐太、朴泰祐、佐藤駿丞、矢花一浩、”電子動力学シミュレーションのステンシル計算に対するメニーコアプロセッサ向け最適化”、2016年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム (HPCS2016) 論文集、
  4. Yabana, “First-principles simulation for strong and ultra-short laser pulse propagation in dielectrics,Proc”, SPIE9835, Ultrafast Bandgap Photonics, 983504

国際会議発表

招待講演
  1. Yabana, “Maxwell + TDDFT Multiscale Simulation for Attosecond Spectroscopy”,10th International Conference on Computational Physics,Cotai District, Macao, China, Jan. 16-20, 2017.
  2. Yabana, “Maxwell + TDDFT multiscale description for interactions of intense pulsed light with dielectrics”,7th Time-Dependent Density-Functional Theory: Prospects and Applications,Benasque, Spain, Sept. 11-23, 2016.
  3. Yabana, “Time-dependent density functional theory for interactions of intense pulsed light with dielectrics”,KAIST Frontiers in DFT & BeyondWorkshop,KAIST, Daejeon, Korea, Aug. 16, 2016.
  4. Yabana, “First-principles simulation for strong and ultra-short laser pulse propagation in dielectrics “,SPIE Defence+Security, Ultrafast Bandgap Photonics workshop,Baltimore, USA, April 17-21, 2016.
  5. Ono, “Density functional theory study on transport property of nanomaterials”, 5th International Conference from Nanoparticles and Nanomaterials to Nanodevices and Nanosystems (IC4N), June 26-30, 2016, Porto Heli, Greece.
  6. Ono, C. J. Kirkham, S. Iwase, “First-Principles Study on Electron Conduction at 4H-SiC(0001)/SiO2 Interface”, Pacific Rim Meeting on Electrochemical and Solid-State Science 2016, October 2-7, 2016, Honolulu, USA.
  7. Koizumi, “Emergent singularities of wave functions and appearance of persistent motion in dynamical Jahn-Teller problems and superconductivity”, XXIII international symposium on the Jahn-Teller effect,Aug. 27-Sep. 1, Tartu, Estonia.
  8. H.Koizumi, “Origin of the U(1) field mass in superconductors”, New trends of development fundamental and applications: problems, achievements and prospects, Nov. 11, Tashkent, Uzubekistan
一般講演
  1. Ono, C. J. Kirkham, S. Iwase, “First-principles study on carrier scattering property at 4H-SiC(0001)/SiO2“, 2016 International Conference on Solid State Devices and Materials, September 26-29, 2016, Tsukuba, Japan.
  2. Ono, C. J. Kirkham, “First-principles study on atomic and electronic structures of 4HSiC(0001)/SiO2 interface”, APS March Meeting 2017, March 13-17, 2017, New Orleans, USA.
  3. Koizumi, “Persistent current from spin-twisting itinerant motion of electrons”, 1st international workshop SUPERHYDRIDES: Toward room temperature superconductivity, hydrides and more, May 9-10, Rome, Italy.
  4. Koizumi, “Possible explanation of the superconducting phase transition as a topological phase transition”, Leiden String Seminar ,June 14, Leiden, the Netherlands.
  5. M. Tong and N. Toshima, “Strong Field Ionization of N2 Molecules in Two-Color Circularly Polarized Laser Field”, 12th European Conference on Atoms Molecules and Photons, Sept. 5~9, 2016, Frankfurt, Germany
  6. Yohei Watanabe, Ken-ichi Hino, Muneaki Hase, Nobuya Maeshima, “Quantum generation dynamics of coherent phonons: Analysis of transient Fano resonance “, ICPS2016，July 31 – Augst 5, 2016, Beijing, China.
  7. Yohei Watanabe, Ken-ichi Hino, Muneaki Hase, Nobuya Maeshima, “Quantum Generation Dynamics of Coherent Phonon in Semiconductors: Analysis of Pulse Laser Dependence”, APS March Meeting 2017, March 13–17, 2017; New Orleans, Louisiana, USA.

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. 矢花一浩、”パルス光と物質の相互作用に対する第一原理計算：プログラム開発と応用”、第３回材料系ワークショップ〜計算物質科学を拓く第一原理計算とその機能モジュール〜、秋葉原UDX、2017年2月23日.
  2. 矢花一浩、”極限的パルス光と物質の相互作用を記述するマルチスケール第一原理計算”、第3回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会、東京、2016年10月21日.
  3. 矢花一浩、”第一原理計算によるフェムト秒レーザ加工初期過程の解明”、第85回レーザ加工学会講演会、大阪大学吹田キャンパス、2016年6月9-10日.
その他の発表
  1. 矢花一浩、”JST-CREST研究課題の目標と計画”、JST-CREST研究課題キックオフ＋ポスト「京」サブ課題進捗報告合同ミーティング「光・電子融合系の第一原理計算」、三宮、2017年1月4-5日.
  2. Yabana, “TDDFT in solids for electron dynamics induced by ultrashort laser pulses”,Seminar at Max-Planck Institute for the Structure and Dynamics of Matter ,Hamburg, Germany, November 4, 2016.
  3. 植本光治、佐藤駿丞、矢花一浩、”Maxwell+TDDFTマルチスケール第一原理計算による二次元光伝播シミュレーションの試み”、日本物理学会第72回年次大会、大阪大学豊中キャンパス、2017年3月17-20日.
  4. 高木謙介, 小野倫也, 岩瀬滋, “第一原理計算計によるHfO2/SiO2/Si界面における酸素空孔欠陥に起因したリーク電流の評価”, 日本物理学会2016年秋季大会, 2016年9月13日～17日, 金沢大学.
  5. 岩瀬滋, 小野倫也, “波動関数接合法による第一原理輸送特性計算手法の開発”, 日本物理学会2016年秋季大会, 2016年9月13日～17日, 金沢大学.
  6. 岩瀬滋, 小野倫也, “第一原理計算による熱酸化SiO2/SiC界面の界面原子構造、電子状態、電子輸送特性の解析”, 日本物理学会第72回年次大会, 2017年3月17日～20日, 大阪大学.
  7. 高木謙介, 小野 倫也, “第一原理計算によるHfO2/SiO2/Si界面における酸素空孔欠陥に起因したリーク電流の評価”, 第64回応用物理学会春季学術講演会, 2017年3月14日～17日, パシフィコ横浜.
  8. 小泉裕康、”銅酸化物超伝導体におけるU(1)ゲージ場の質量の起源”、日本物理学会第７２回年次大会、大阪大学豊中キャンパス, 2017年3月17日～20日.
  9. 渡辺陽平, 日野健一, 長谷宗明, 前島展也, “コヒーレントフォノン生成量子ダイナミクスにおけるパルスレーザー依存性”, 2016年秋季大会 (金沢大) 2016年9月13日-16日.
  10. 横井浩太, 前島展也, 日野健一, ” 1次元拡張イオン性ハバード模型の低エネルギー領域における光励起状態II”, 2016年秋季大会 (金沢大) 2016年9月13日-16日.

著書、解説記事等

  1. 矢花一浩、佐藤駿丞、篠原康、乙部智仁、”高強度超短パルスレーザーと誘電体の相互作用を記述する第一原理計算”、固体物理52 No.3 pp.139-148 (2017).
  2. 矢花一浩、”第一原理計算によるレーザー加工初期過程解明”、レーザー研究 44 No.12 pp.789-793 (2016).
  1. Egami, S. Tsukamoto, T. Ono, “First-principles calculation method and its applications for two-dimensional materials”, Quantum Matter 6, 4 (2017).
  2. Ono, S. Saito, S. Iwase, “First-principles study on oxidation of Ge and its interface electronic structures”, Jpn. J. Appl. Phys. 55, 08PA01 (2016).

生命科学研究部門

生命機能情報分野

研究論文

査読付き論文
  1. Fujita, R. Harada, Y. Maeda, Y. Saito, E. Mizohata, T. Inoue, Y. Shigeta, H. Matsumura, ” Identification of the key interactions in structural transition pathway of FtsZ from Staphylococcus aureus”, J. Struct. Biol. 198, 65-73 (2017).
  2. Kitagawa, M. Asaoka, Y. Natori, K. Miyagi, R. Teramoto, T. Matsui, Y. Shigeta, M. Okumura, M. Nakano,” Theoretical study on relationship between spin structure and electron conductivity of one-dimensional tri-nickel (II) complex”, Polyhedron, in press (2017).
  3. Naito, N. Yasuda, T. Morimoto, Y. Shigeta, H. Takaya, I. Hisaki, H. Maeda, “Doubly N-Methylated Porphyrinoids”, Org. Lett., 18, 3006-3009 (2016).
  4. Maekawa, M. Krzysztof, Y. Shigeta, “Refractive Indices of Organo-Metallic and –Metalloid Compounds: A Long-Range Corrected DFT Study”, J. Comp. Chem. 37(32), 2759-2769 (2016).
  5. Negoro, Y. Kawashima, N. Shibata, T. Kobayashi, T. Baba, Y.-H. Lee, K. Kamiya, Y. Shigeta, K. Nagai, I. Takehara, D.-I. Kato, M. Takeo, Y. Higuchi, “Mutations affecting the internal equilibrium of the 6-aminohexanoate-dimer hydrolase reactions”, FEBS Lett., 590(18), 3133-3143 (2016).
  6. Yamakado, S. Sato, Y. Shigeta, H. Maeda, “Ion-Pairing Crystal Polymorphs of Interlocked [2+1]-type Receptor-Anion Complexes”, J. Org. Chem., 81, 8530-8536 (2016).
  7. Maekawa, R. Sato, K. Hirao, Y. Shigeta, “Solvent effects on excited-state electron transfer rate of pyrene-labeled deoxyuridine: A theoretical study”, Chem. Phys. Lett., 644, 25-30(2016).
  8. Shoji, H. Isobe, T. Nakajima, K. Yamaguchi, “Large-scale QM/MM calculations of the CaMn4O5 cluster in the oxygen-evolving complex of photosystem II: comparisons with EXAFS structures”, Chem. Phys. Lett., 658, 354-363 (2016).
  9. Abe, M.Shoji, Y.Nishiya, H.Aiba, T.Kishimoto, K.Kitaura, “Reaction mechanism of sarcosine oxidase elucidated using FMO and QM/MM methods”, Phys. Chem. Chem. Phys., 19, 9811-9822 (2017).
  10. Tanaka, M. Shoji, F. Tomoike, Y. Ujiie, K. Hanaoka, R. Harada, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, R. Masui, S. Kuramitsu, Y. Shigeta, “Molecular Mechanisms of Substrate Specificities of Uridine-Cytidine Kinase”, Biophys. Physico., 13, 77-84 (2016).
  11. Hadara, Y. Takano, Y. Shigeta, “TaBoo SeArch(TBSA) algorithm with a modified inverse histogram for reproducing biologically relevant rare-events of proteins”, J. Chem. Theoret. Comp., 12, 2436-2445 (2016).
  12. Harada, T. Nakamura, Y. Shigeta, “A Fast Convergent Simulated Annealing Algorithm for Protein-Folding: Simulated Annealing Outlier FLOODing (SA-OFLOOD) Method”, Bull. Chem. Soc. Jpn., 89 (11), 1361-1367 (Cover).
  13. Harada, Y. Shigeta, “Efficient Conformational Search Based on the Structural Dissimilarity Sampling: Applications to Reproductions of Structural Trasitions in Maltodextrin Binding Protein”, J. Chem. Theoret. Comp., 13(3), 1411-1423(2017).
  14. Harada, Y. Takano, Y. Shigeta, “Common Folding Processes of the Fast-Folding Proteins: Partial Formations of Secondary Structures Initiate the Immediate Protein Folding”, J. Comp. Chem. 38 (Front Cover), 790-797(2017).
  15. Harada, Y. Shigeta, “How does the number of initial structures affect the conformational sampling efficiency and quality in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD)?”, Chem. Lett., 46, 862-865 (2017)
  16. Sato, H. Kitoh-Nishioka, T. Yanai and Y. Shigeta., “Theoretical Analyses on Triplet-triplet Annihilation Process of 9,10-diphenylanthracene in Solution”, Chem. Lett., 46 (2017).
  17. Sato, R. Harada and Y. Shigeta., “Theoretical analyses on a flipping mechanism of UV-induced DNA damage”, Biophys. Physico., 13, 311-319 (2016).
  18. Yamakado, R. Sato, Y, Shigeta and H. Maeda, “Ion-Pairing Crystal Polymorphs of Interlocked [2+1]-Type Receptor-Anion Complexes”, J. Org Chem., 81, 8530-8536 (2016).
  19. Yamakado, Y. Ashida. R. Sato, Y. Shigeta, N. Yasuda and H. Maeda, “Cooperatively Interlocked [2+1]-Type π-system-Anion Complexes”, Chem. Eur. J., 23, 4160-4168 (2017).

国際会議発表

招待講演
  1. Shigeta, “A consistent scheme for accurately estimating acid dissociation constant (pKa) and redox potential”(Invited), Fourth Changsha International Workshop on Theoretical and Computational Chemistry with Materials 2016, June 10th-12th, Hunan, China.
  2. Shoji, H. Isobe, K. Yamaguchi, “Reaction mechanisms for the S2 to S3 transition in the oxygen-evolving complex of photosystem II” (Invited), AWEST 2016, June 19-21, Awaji island, Hyogo, Japan.
  3. Shigeta, “Simple conformational search methods for understanding biological functions” (Invited), Shanghai Workshop on Frontiers in Molecular Biophysics, Jul. 23th-26th 2016, Shanghai, China.
  4. Shigeta, “Efficient Conformational Search Methods for Protein Folding Problems” (Invited), The 9th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP 2016), Jul. 17th-22nd 2016, Grand Forks, North Dakota, USA.
  5. Shoji, H.Isobe, J.-R. Shen, K.Yamaguchi, Y. Shigeta, Y.Takano, “Electronic structures of the synthetic model of the photosynthetic oxygen-evolving complex” (poster, Invited), VUVX satellite workshop, Jul. 1st 2016, University of Zurich, Zurich, Switzerland.
  6. Harada, Y. Shigeta, “Developments of Efficient Conformational Sampling Methods for Reproducing Biologically Rare Events” (Invited), The 54th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan, Nov. 25th 2016, Tsukuba, Japan.
一般講演
  1. Maekawa, M. Krzysztof, Y. Shigeta, “Refractive Indices of Organo-Metallic and -Metalloid Compounds: A Long-Range Corrected DFT Study” (Oral), Asian Photochemistry Conference, Dec. 4th-8th 2016, Singapore.
  2. Shigeta, K. Kamiya, T. Sugimura, “Intramolecular Stereodynamic Effects on Ketene-Olefin [2 + 2] Cycloadditions of 2,4-Pentanediol Tether” (Poster), Stereodynamics 2016, Nov. 6th-11th 2016, Taipei, Taiwan.
  3. Kamada, Y. Kitagawa, R. Kishi, M. Nakano, R. Sato, Y. Shigeta, “Control of multiple spin exciton states by synergetic studies of theory and experiment” (Oral), 1st International Symposium on Photosynergetics, June 2nd-4th 2016, Osaka, Japan.
  4. M. Shoji, ”A quantum chemical study of the glycine formation reactions in interstellar medium” (Oral), ABC workshop, Mar. 21-23 2017, Hiroshima, Japan.
  5. Shoji, H. Isobe, K. Yamaguchi, “Large-Scale QM/MM study on the oxygen-evolving complex of photosystem II” (poster), 79th Harden Conference, Apr. 16th-20th 2016, Innsbruck, Austria.
  6. Sato, K. Kamada, R. Kishi, Y. Kitagawa, M. Nakano, Y. Shigeta, “Theoretical Studies on Photon-uoconversion of 9,10-Diphenylantracence Derivatives via Triplet-triplet Annihilation Mechanism in Solvent” (Poster), Asian Photochemistry Conference, Dec. 4th-8th 2016, Singapore.
  7. Sato, R. Harada, Y. Shigeta, “On the Flipping-out mechanism of the UV-induced DNA damage”, (Poster), The 54th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan, Nov. 27th 2016, Tsukuba, Japan
  8. Sato, K, Kamada, Y. Kitagawa, M. Nakano, Y. Shigeta, “Theoretical Analysis of Triplet-Triplet Annihilation Based Photon Up-Conversion Mechanism in Solvent” (Poster), 1st International Symposium on Photosynergetics, June 2nd-4th 2016, Osaka, Japan.
  9. Kidachi, Y. Komatsu Y, A. Sato, M. Kayanuma, M. Shoji, Y. Shigeta, Y. Aikawa, M. Umemura, “A theoretical study of glycine formation reactions in interstellar medium” (poster), the 57th Sanibel Symposium, Feb. 19th-24th 2017, Georgia, USA.
  10. My, J. Iwata, Y. Shigeta, “ First principle analysis of ammonia adsorption and desorption on GaN surface” (Poster), The 57th Sanibel Symposium, Feb. 19th-24th 2017, Georgia, USA.
  11. Kitoh-Nishioka and Y. Shigeta, “Singlet Fission Couplings Calculated with Complete-Active- Space Self-Consistent Field (CASSCF) Theory” (Poster) The 57th Sanibel Symposium, Feb. 19th-24th 2017, Georgia, USA.
  12. A. Sato, “Ly alpha Irradiation in the Early Phase Milky Way Galaxy Responsible for Initiating Homochirality” (Oral), Formation of the Solar System and the Origin of Life , Feb. 20th-24th 2017, Leiden, Netherland.

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. 庄司光男、「光合成酸素発生中心の電子・スピン状態の理論解析」(招待講演), SEST2016, 2016年11月11日、大阪市立大学、大阪.
  2. 重田育照、「理論計算によるタンパク質の機能解析と制御：最近の進展」、分子研理論・計算領域セミナー、May 19th 2016、分子科学研究所、岡崎、愛知.
その他の発表
  1. 庄司光男、磯部寛、山口兆、「光化学系II酸素発生中心(PSII-OEC)におけるS2->S3状態変化についての理論的研究」(ポスター)、第８９回日本生化学会大会、2016年9月26日、東北大学、仙台.
  2. 庄司光男、「星間ダスト上でのアミノ酸生成機構についての理論的研究」（口頭）、宇宙生命計算科学連携拠点第２回ワークショップ、2016年4月27日〜28日、筑波大学、つくば.
  3. 栢沼愛、「星間空間におけるアミノ酸生成反応の第一原理計算」、ポスト「京」萌芽的課題・計算惑星第 1 回公開シンポジウム:惑星の起源・進化と環境変動の解明を目指して、2017年3月6日、神戸大学、神戸.
  4. 原田隆平、重田育照、「カスケード型分子動力学計算によるタンパク質の折りたたみ過程解析」（口頭）、第43回生体分子化学討論会、2016年５月24日〜25日、名古屋大学、名古屋.
  5. 原田隆平、鷹野優、重田育照、”Universality of protein folding investigated by a rare-event search method”（ポスター）、第16回蛋白質科学会、2016年５月7日〜９日、福岡国際会議場、福岡.
  6. 佐藤竜馬、鎌田賢司、岸 亮平、中野雅由、重田育照、「溶媒中における三重項-三重項消滅に基づくフォトン・アップコンバージョン機構に関する研究」、第19回理論化学討論会、2016年5月23日〜25日、早稲田大学、東京.
  7. 佐藤竜馬、鎌田賢司、岸 亮平、北河康隆、中野雅由、重田育照、「A Theoretical Studies on Up-conversion Mechanism via Triplet-Triplet Annihilation in Solution」、TIA”かけはし”ポスター交流会、2016年8月30日.
  8. 佐藤竜馬、鎌田賢司、岸 亮平、北河康隆、中野雅由、重田育照、「三重項-三重項消滅に基づくフォトン・アップコンバージョン機構に関する理論的研究」、第10回分子科学討論会、2016年9月13日〜15日、東京大学、東京.
  9. 佐藤竜馬、原田隆平、重田育照、「紫外線損傷DNAにおけるFlipping機構」、第54回日本生物物理学会年会、2016年11月25日〜27日、つくば国際会議場、つくば.
  10. 佐藤竜馬、重田育照、「9,10-ジフェニルアントラセンおよびその誘導体に対する三重項-三重項消滅に基づくフォトン・アップコンバージョン機構の理論的研究」、高次複合応答分子システムの開拓と学理の構築　第5回公開シンポジウム・第5回若手セミナー、2017年1月20日〜21日、大阪大学、大阪.
  11. 佐藤皓允、「星間空間における円偏光吸収反応によるL型アミノ酸過剰生成の計算科学的検証」、宇宙生命計算科学連携拠点第２回ワークショップ、2016年4月27日〜28日、筑波大学、つくば.
  12. 鬼頭(西岡)宏任、「有機半導体のエキシトン/キャリア輸送現象の理論解析」(ポスター)、学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 (JHPCN) 第8回シンポジウム, 会場: THE GRAND HALL, 2016年7月14日〜15日、品川.
  13. 鬼頭(西岡)宏任、「Studies on Charge Transfers in Bio-system and Organic Semiconductor by Using Fragment Molecular Orbital Methods」、TIA”かけはし”ポスター交流会、2016年8月30日、エポカルつくば、つくば.
  14. 鬼頭(西岡)宏任、重田育照、「有機ナノ結晶における励起状態ダイナミクスの理論研究」（ポスター）、第10回分子科学討論会、2016年9月13日〜15日、神戸ファッションマート、神戸.

著書、解説記事等

  1. 原田隆平、最近の研究から「カスケード型超並列シミュレーションに基づく遷移経路探索法」、分子シミュレーション研究会誌「アンサンブル」, 18, 159-167(2016).
  2. 松井亨、喜屋武茜、庄司光男、重田育照、”プロトンの水和自由エネルギー：酸解離定数および標準水素電極電位の高精度計算”、量子水素の科学（特集号）, 日本コンピュータ化学会誌（invited review）、15(5)、184-191 (2016).

分子進化分野

研究論文

査読付き論文
  1. Leger MM, Kolisko M, Kamikawa R, Stairs CW, Kume K, Čepička I, Silberman JD, Andersson JO, Xu F, Yabuki A, Takishita K, Inagaki Y, Simpson AGB, Hashimoto T, Roger AJ. Organelles that illuminate the origins of Trichomonas hydrogenosomes and Giardia 2017 Nature Ecology & Evolution in press.
  2. Yazaki E, Ishikawa SA, Kume K, Kumagai A, Kamaishi T, Tanifuji G, Hashimoto T, Inagaki Y. Global Kinetoplastea phylogeny inferred from a large-scale multigene alignment including parasitic species for better understanding transitions from a free-living to a parasitic lifestyle. 2017 Genes & Genetic Systems in press.
  3. Nishimura Y, Tanifuji G, Kamikawa R, Yabuki A, Hashimoto T, Inagaki Y. Mitochondrial genome of Palpitomonas bilix: Derived genome structure and ancestral system for cytochrome c 2016 Genome Biology and Evolution 8:3090-3098.
  4. Nishimura Y, Amagasa T, Inagaki Y, Hashimoto T, Kitagawa H. A system for supporting phylogenetic analyses over alignments of next generation sequence data. Proceedings for the 10th International Conference on Complex, Intelligent, and Software Intensive Systems (CISIS-2016) 230-237.
  5. Templeton T, Asada M, Jiratanh M, Ishikawa SA, Tiawsirisup S, Sivakumar T, Namangala B, Takeda M, Mohkaew K, Ngamjituea S, Inoue N, Sugimoto C, Inagaki Y, Suzuki Y, Yokoyama N, Kaewthamasorn M, Kaneko O. Ungulate malaria parasites. 2016 Scientific Reports 6:23230.
査読無し論文
  1. 中山卓郎，稲垣祐司．シアノバクテリアと真核藻類の細胞統合―「窒素固定オルガネラ」へ続く道？ 2016 生物の科学 遺伝 70:176-180.
  2. 稲垣祐司．共生体由来オルガネラにまつわるエトセトラ． 2016 生物の科学 遺伝 70:156-160.

国際会議発表

 

一般講演
  1. *Euki Yazaki, Takashi Shiratori, Tetsuo Hashimoto, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki. 153 genes phylogenetic analysis indicated a newly single-celled eukaryote, strain SRT308, as a deep-branching Euglenozoan. 2017年3月27日-3月29日 Genome Evolution at Mishima. National Institute for Genetics, Mishima, Japan.
  2. *Euki Yazaki, Takashi Shiratori, Tetsuo Hashimoto, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki. A phylogenomic study placed a previously undescribed eukaryote, strain SRT308, at the base of the Euglenozoa clade. 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  3. *Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Christa E. Moore, Tyler Mills, Yuji Inagaki, Tetsuo Hashimoto, John M. Archibald. Plastid comparative genomics elucidates multiple independent losses of photosynthesis in Cryptomonas (Cryptophyta). 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  4. Kevin Wakeman, *Takuro Nakayama, Goro Tanifuji, Eriko Matsuo, Brian Leander, Yuji Inagaki. Phylogenetic positions of marine gregarines Selenidium terebellae and Lecudina tuzetae, and molecular evidence of their remnant nonphotosynthetic plastids (apicoplasts). 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  5. *Eriko Matsuo, Yuji Inagaki. Differential impacts of plastid replacement on plastidal biosynthetic pathways in dinoflagellates with non-canonical plastids, Karlodinium veneficum and Lepidodinium chlorophorum. 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  6. *Ryosuke Miyata, Takuro Nakayama, Goro Tanifuji, Yasuhiko Chikami, Kensuke Yahata, Yuji Inagaki. Gregarine-like apicomplexan parasite isolated from the intestinal tract of a centipede Scolopocryptops rubiginosus. 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  7. *Ryoma Kamikawa, Stefan Zauner, Daniel Moog, Goro Tanifuji, Ken-ichiro Ishida, Shigeki Mayama, Tetsuo Hashimoto, John M Archibald, Andrew J Roger, Uwe-G Maier, Hideaki Miyashita, Yuji Inagaki. Loss of the Calvin Benson cycle in non-photosynthetic plastids. 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  8. *Mitsuhiro Matsuo, Atsushi Katahata, Soichirou Satoh, Motomichi Matsuzaki, Mami Nomura, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki, Junichi Obokata. Evolutionary roles of SL-trans-splicing in the primary endosymbiosis. 2016年9月11日-9月14日 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis (ICES 2016). Inamori Memorial Hall in Kyoto Prefectural University，Kyoto，
  9. Yuki Nishimura, *Toshiyuki Amagasa, Yuji Inagaki, Tetsuo Hashimoto, Hiroyuki Kitagawa. A system for phylogenetic analyses over alignments of next generation sequence data. 2016年7月6日-7月8日 11th International Conference on Complex, Intelligent, and Software Intensive Systems (CISIS-2016). Fukuoka Institute of Technology，Fukuoka，
  10. *Takashi Shiratori, Euki Yazaki, Yuji Inagaki, Tetsuo Hashimoto, Ken-ichiro Ishida. Characterization of strain SRT308; a new heterotrophic flagellate basal to Euglenozoa. 2016年6月6日-6月10日 Protist-2016. Lomonosov Moscow State University，Moscow，
  11. *Eriko Matsuo, Yuji Inagaki. Trends in endosymbiotic gene transfer on plastid metabolic pathways in dinoflagellates with non-canonical plastids. 2016年6月6日-6月10日 Protist-2016. Lomonosov Moscow State University，Moscow，
  12. *Goro Tanifuji, Sun Takabayashi, Keitaro Kume, Mizue Takagi, Yuji Inagaki, Tetsuo Hashimoto. The draft genome of Kipferlia bialata reveals that the gain of function contributes the massive reductive evolution in Metamonada. 2016年6月6日-6月10日 Protist-2016. Lomonosov Moscow State University，Moscow，
  13. *Takuro Nakayama, Yuji Inagaki. Cyanobacterial genes in the nuclear genome of a diatom bearing N2-fixing cyanobacterial endosymbionts: Potential factors involved in the host-endosymbiont partnership. 2016年6月6日-6月10日 Protist-2016. Lomonosov Moscow State University，Moscow，

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. *稲垣祐司．窒素固定珪藻と緑色渦鞭毛藻：一次共生と二次共生を解き明かす新しいモデルとして．2017年3月21-22日　蛋白研セミナー “真核細胞のオルガネラ研究最前線”．大阪大学蛋白質研究所，吹田市，大阪．
  2. *矢崎裕規，白鳥峻志，久米慶太郎，橋本哲男，石田健一郎，稲垣祐司．真核生物進化の空白を埋める！分子系統解析が解き明かすプロティストの系統関係. 2016年8月25-28日 日本進化学会第18回大会．東京工業大学大岡山キャンパス，目黒区，東京．
  3. *中山卓郎，稲垣祐司．窒素固定はじめました － Rhopalodia科珪藻に見る細胞内共生進化. 2016年8月25-28日 日本進化学会第18回大会．東京工業大学大岡山キャンパス，目黒区，東京
その他の発表
  1. *松尾恵梨子，高橋和也，皿井千裕，岩滝光儀，稲垣祐司．系統的に独立な緑色渦鞭毛藻における代謝系進化パターンの類似性とその進化的背景. 2017年3月24-25日　日本藻類学会第41回大会，高知大学朝倉キャンパス，高知市，高知．
  2. *宮田凌佑，松尾恵梨子，中山卓郎，谷藤吾朗，千頭康彦，八畑謙介，橋本哲男，稲垣祐司．セスジアカムカデ中のグレガリナ様寄生虫における非光合成性色素体．2017年3月24-25日　日本藻類学会第41回大会，高知大学朝倉キャンパス，高知市，高知．
  3. *松尾充啓，潟端篤，水口洋平，野口英樹，豊田敦，藤山秋佐夫，鈴木穣，佐藤壮一郎，中山卓郎，神川龍馬，野村真未，稲垣祐司，石田健一郎，小保方潤一．真核光合成生物はどのように生まれたか？— 光合成有殻アメーバのゲノム解析から見えてきた一次細胞内共生進化の初期プロセス．2016年3月15日　第19回植物オルガネラワークショップ　鹿児島大学郡元キャンパス，鹿児島市，鹿児島．
  4. *中山卓郎，稲垣祐司．窒素固定シアノバクテリア共生体をもつ珪藻の核ゲノム解析: 核にコードされる共生体制御遺伝子の探索．2016年3月19-20日　第80回日本植物学会，沖縄コンベンションセンター，宜野湾市，沖縄．
  5. *久米慶太郎，天笠俊之，橋本哲男，北原博之．機械学習を用いた非モデル生物におけるミトコンドリア及び関連オルガネラタンパク質の予測手法．2016年7月4-6日　情報処理学会 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会，沖縄科学技術大学院大学，沖縄．

著書、解説記事等

  1. 稲垣祐司，中山卓郎．　第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．2016 共生微生物（化学同人）大野博司編 p190-201. ISBN 9784759817287

地球環境研究部門

研究論文

査読付き論文

  1. Nakazawa, T. and M. Matsueda, 2017: Relationship between Meteorological Variables/Dust and the Number of Meningitis Cases in Burkina Faso. Meteorol. Appl. Meteorol. Appl., doi: 10.1002/met.1640.
  2. Schiemann, R. M. –E. Demory, L. C. Shaffrey, J. Strachan, P. L. Vidale, M. S. Mizielinski, M. J. Roberts, M. Matsueda, M. F. Wehner, and T. Jung, 2017: The resolution sensitivity of Northern Hemisphere Blocking in four 25-km atmospheric global circulation models. J. Climate, 30, 337-358. doi: 10.1175/JCLI-D-16-0100.1.
  3. Matsueda, M. and M. Kyouda, 2016: Wintertime East Asian flow patterns and their predictability on medium-range timescales. SOLA, 12, 121–126, doi:10.2151/sola.2016-027.
  4. Matsueda, M., A. Weishermer, and T. N. Palmer, 2016: Calibrating Climate-Change Time-Slice Projections With Estimates of Seasonal Forecast Reliability. J. Climate, 29, 3831–3840. doi: 10.1175/JCLI-D-15-0087.1.
  5. Tanaka, H.L., and M. Tamura 2016:  Relationship between the Arctic Oscillation and surface air temperature in multi-decadal time-scale. Polar Science, doi: 10.1016/j.polar.2016.03.002.
  6. Aizawa, T. and H.L. Tanaka 2016: Axisymmetric structure of the long lasting summer Arctic cyclones. Polar Science, doi: 10.1016/j.polar.2016.02.002.
  7. 木野公朝・下悠子・田中博, 2016: AOI方程式を用いた北極振動の解析的研究. 「天気」, 第63号, 2016年6月, 477-486.
  8. Tanaka, H.L., and M. Iguchi 2016: Numerical Simulation of Volcanic Ash Plume Dispersal from Kuchinoerabujima. J. Natural Disaster Sci., 37, 2,79-90.
  9. Hayasaka, H., H.L. Tanaka, and P. Bieniek 2016: Sever fire under high pressure condition in Alaska. Polar Science, 10, 3, 217-226.
  10. Tanaka, H.L., M. Iguchi, and S. Nakada 2016:  Numerical simulations of volcanic ash plume dispersal from Kelud volcano in Indonesia on 13 February 2014. J. Disaster Res. 11, 1, 31-42.
  11. Zagar, N., J. Boyd, A. Kasahara, E. Kallen, H.L. Tanaka, and J. Yano 2016: Normal modes of atmospheric variability in observation, numerical weather prediction and climate models. BAMS, DOI: http://dx.doi.org/10.1175/BAMS-D-15-00325.1.
  12. Kusaka, H., A. Suzuki-Parker, T. Aoyagi, S. A. Adachi, Y. Yamagata, 2016: Assessment of RCM and urban scenarios uncertainties in the climate projections for August in the 2050s in Tokyo, Climatic Change, 137 (3), DOI 10.1007/s10584-016-1693-2, 427-438, 2016/05/23(謝辞： S-5-3, RECCA, 創生, CCS).
  13. Doan, Q., H. Kusaka and Q.B. Ho, 2016: Impact of future urbanization on temperature and thermal comfort index in a developing tropical city: Ho Chi Minh City, Urban Climate, 17, 20-31, DOI: 10.1016/j.uclim.2016.04.003, 2016/06/08 (謝辞： CCS) .
  14. Doan, Q.V., and H. Kusaka, 2016: Numerical study on regional climate change due to the rapid urbanization of greater Ho Chi Minh City’s metropolitan area over the past 20 years, International Journal of Climatology, 36(10), 3633–3650, DOI: 10.1002/joc.4582, 2016/08/01 (謝辞： CCS) .

査読無し論文

  1. 田中博, 2016: 自然変動と地球温暖化：地球温暖化に含まれる数十年規模変動. 「てんきすと」, 第100号, 2016年5月, 13-17.
  2. 田中博, 2016:  エルニーニョと北極振動, 日本気象学会 2016 夏季大学講演要旨,   2016年7月 31日.
  3. 田中博, 2016: 風穴循環のメカニズム　第３回全国風穴サミット信州植田記念誌,   2016年8月27日.
  4. 日下博幸, 高根雄也, 2017: 局地気象学分野における数値シミュレーション：地形と土地利用の影響調査. ながれ, 36(１), 9-17. 2017/02/01(謝辞：SIP) .

国際会議発表

招待講演

  1. Tanaka, H.L. 2017: Development of Volcanic Ash Plume Tracking Model PUFF and Estimation of the Airborne Ash Density. JpGU-AGU Joint Conference.
  2. H. Kusaka, Doan, Q., 2016: Urban Climate Projection in 2050s for Greater Ho Chi Minh City Metoropolitan Area. International Conference on Vietnam Studies, Hanoi, Vietnam. 2016/12/15（謝辞：SI-CAT）

一般講演

  1. Yamagami, A., M. Matsueda, and H. L. Tanaka, 2017: Medium-range Predictability of an Extreme Arctic Cyclone in August 2016. Polar Prediction Workshop 2017. 27th – 29th March 2017, Bremerhaven, Germany.
  2. Nakazawa, T. and M. Matsueda, 2016: Update: Toward the Better Health Forecasting on Meningitis in the West Africa. Korean Meteorological Society Spring Meeting. 27th – 28th April 2016, Pusan, Republic of Korea.
  3. Yamagami, A. and M. Matsueda, 2017: Predictability of the Arctic Cyclone in August 2012 in Medium-range Ensemble Forecasts. The 32nd International Symposium on Okhotsk Sea & Polar Oceans 2017. 19th – 22nd February 2017, Monbetsu, Japan.
  4. Matsueda, M., 2016: Predictability of wintertime Pacific weather regimes on medium-range timescales. American Geophysical Union Fall Meeting. 12 – 16 December 2016, San Francisco, USA.
  5. Matsueda, M., T. N. Palmer, and A. Weisheimer, 2016: Calibrating Climate-Change Time-Slice Projections With Estimates of Seasonal Forecast Reliability. 2nd National Climate Dynamics Workshop. 11th – 12th July 2016, Reading, UK.
  6. Matsueda, M., 2016: How well do medium-range ensemble forecasts simulate atmospheric blocking events? High Impact Weather and Climate Conference. 6th – 8th July 2016, Manchester, UK.
  7. Nakazawa, T. and M. Matsueda, 2016: MJO in the S2S Database. 11th – 13th April 2016, Singapore.
  8. Matsueda, M., 2016: How well do medium-range ensemble forecasts simulate atmospheric blocking events? Workshop on Atmospheric Blocking. 6th – 8th April 2016, Reading, UK.
  9. Yamagami, A. and M. Matsueda, 2016: Predictability of the Arctic Cyclone in August 2012 in Medium-range Ensemble Forecasts. The Seventh Symposium on Polar Science. 29th November – 2nd December 2016, Tokyo, Japan.
  10. Tadano H., R. Ikeda, H. Kusaka, 2016: Speeding up Large Eddy Simulation by Multigrid preconditioned Krylov subspace methods with mixed precision.The 35th JSST Annual Conference International Conference on Simulation Technology (JSST2016), 27th October, 2016, Kyoto, Japan.

国内学会・研究会発表

招待講演

  1. 松枝未遠, 2016: アンサンブルの森に誘われて. 日本気象学会正野賞受賞記念講演. 日本気象学会(秋季). 2016年10月26 – 28日, 名古屋.

その他の発表

  1. 宇野史睦, 大竹秀明, 松枝未遠, 山田芳則, 2017: 複数予報機関のアンサンブル予測を用いた日射量予測大外しの予見可能性. 日本電気学会全国大会, 2017年3月15 – 17日, 富山.
  2. 松枝未遠, 経田正幸, 2016: 冬季東アジア域における大循環場の予測可能性. 東アジア域における大気循環の季節内変動に関する研究集会. 2016年11月8 – 9日, 黄檗, 宇治.
  3. 山上晃央, 松枝未遠, 2016: 2012年8月に発生した北極低気圧の予測可能性について －最低中心気圧の予測－. 日本気象学会 2016年度秋季大会, 2016年10月26 – 28日, 名古屋.
  4. 日下博幸, David Whiteman, Adil Rasheed, 木村富士男,2016: Studies on Local Weather and Climate by the Kusaka Group. Tsukuba Global Science Week (TGSW),2016/9/21
  5. 高根雄也, 近藤 裕昭, 日下 博幸, 片木 仁, 永淵 修, 兼保 直樹, 宮上佳弘2016: 岐阜県多治見市に高温をもたらす地表面加熱を伴うフェーン, 2016年日本地理学会秋季学術大会, 仙台, 2016/10/01
  6. 鈴木パーカー明日香, 日下 博幸, 2016: 地球温暖化と都市化～気候モデルシミュレーションからの観点～, 2016年日本地理学会秋季学術大会, 仙台, 2016/10/01
  7. 日下 博幸, 中野 美紀, 2017: 暑熱影響評価のための温暖化ダウンスケーラの開発, 2017年日本地理学会春季学術大会, つくば, 2017/03/29 (謝辞 : SI-CAT)

著書、解説記事等

  1. Matsueda, M., 2016: The S2S Museum. S2S News Letter No.4, 3-4.
  2. 日下博幸,2016: 「見えない大気を見る」. くもん出版, 本の総ページ数 159pp., 2016/11/29
  3. 帝国書院編集部, 2017: 「高等学校新地理A　指導資料」 帝国書院, 本の総ページ数 111pp., 2017/03/20　（気候のページを執筆）

高性能計算システム研究部門

研究論文

査読付き論文
  1. 廣川 祐太, 朴 泰祐, 佐藤 駿丞, 矢花 一浩, “電子動力学シミュレーションのステンシル計算最適化とメニーコアプロセッサへの実装”, 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS）, Vol. 9, No.4, pp. 1-14, 2016.
  2. 佐藤賢太, 藤田典久. 塙敏博, 松本和也, 朴泰祐, Khaled Ibrahim, “密結合並列演算加速機構TCAによるGPU対応GASNetの実装と評価”, 2016年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム (HPCS2016) 論文集, 2016.
  3. 廣川祐太, 朴泰祐, 佐藤駿丞, 矢花一浩, “電子動力学シミュレーションのステンシル計算に対するメニーコアプロセッサ向け最適化”, 2016年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム (HPCS2016) 論文集, 2016.
  4. Kenta Sato, Norihisa Fujita, Toshihiro Hanawa, Taisuke Boku, Khaled Z. Ibrahim, “GPU-ready GASNet Implementation on the TCA Proprietary Interconnect Architecture”, Proc. of CSCI2016 (Int. Conf. on Computational Science and Computational Intelligence 2016), 6 pages, Las Vegas, Dec. 2016.
  5. Akihiro Tabuchi, Yasuyuki Kimura, Sunao Torii, Video Matsufuru, Tadashi Ishikawa, Taisuke Boku, Mitsuhisa Sato, “Design and Preliminary Evaluation of Omni OpenACC Compiler for Massive MIMD Processor PEZY-SC”, Proc. of IWOMP2016 (International Workshop on OpenMP (LNCS 9903: OpenMP: Memory, Devices, and Tasks), pp.293-305, Nara, Oct. 2016.
  6. Kazuya Matsumoto, Norihisa Fujita, Toshihiro Hanawa, ,Taisuke Boku, “Implementation and Evaluation of NAS Parallel CG Benchmark on GPU Cluster with Proprietary Interconnect TCA”, Proc. of VECPAR2016, 8 pages, Porto, Jul. 2016.
  7. Yuta Hirokawa, Taisuke Boku, Shunsuke Sato, Kazuhiro Yabana, “Electron Dynamics Simulation with Time-Dependent Density Functional Theory on Large Scale Symmetric Mode Xeon Phi Cluster”, Proc. of PDSEC2016 (in IPDPS2016), 8 pages, Chicago, 2016.
  8. Daichi Mukunoki, Toshiyuki Imamura and Daisuke Takahashi, “Automatic Thread-Block Size Adjustment for Memory-Bound BLAS Kernels on GPUs”, Proc. 2016 IEEE 10th International Symposium on Embedded Multicore/Many-core Systems-on-Chip (MCSoC-16), Special Session: Auto-Tuning for Multicore and GPU (ATMG), pp. 377-384, 2016. (DOI: 10.1109/MCSoC.2016.32)
  9. Daisuke Takahashi, “Automatic Tuning of Computation-Communication Overlap for Parallel 1-D FFT”, Proc. 2016 IEEE 19th International Conference on Computational Science and Engineering (CSE 2016), pp. 253-256, 2016.
  10. Daisuke Takahashi, “Implementation of Multiple-Precision Floating-Point Arithmetic on Intel Xeon Phi Coprocessors”, Proc. 16th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2016), Part II, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 9787, pp. 60-70, 2016. (DOI: 10.1007/978-3-319-42108-7_5)
  11. Hiroshi Maeda and Daisuke Takahashi, “Parallel Sparse Matrix-Vector Multiplication Using Accelerators”, Proc. 16th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2016), Part II, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 9787, pp. 3-18, 2016. (DOI: 10.1007/978-3-319-42108-7_1)
  12. Yoshihiro Oyama, Jun Murakami, Shun Ishiguro, Osamu Tatebe, “Implementation of a Deduplication Cache Mechanism using Content-Defined Chunking”, International Journal of High Performance Computing and Networking, Inderscience, Vol. 9, Issue 3, pp.190-205, 2016 (DOI: http://dx.doi.org/10.1504/IJHPCN.2016.076251)
  13. Xieming Li and Osamu Tatebe, “Data-Aware Task Dispatching for Batch Queuing System”, IEEE Systems Journal (DOI: 10.1109/JSYST.2015.2471850) (to appear)
  14. Yoshihiro Oyama, Shun Ishiguro, Jun Murakami, Shin Sasaki, Ryo Matsumiya, Osamu Tatebe, “Experimental Analysis of Operating System Jitter Caused by Page Reclaim”, The Journal of Supercomputing, Vol. 72, Issue 5, pp.1946-1972, May 2016 (DOI: 10.1007/s11227-016-1703-1)
  15. Fuyumasa Takatsu, Kohei Hiraga, Osamu Tatebe, “Design of object storage using OpenNVM for high-performance distributed file system”, Journal of Information Processing, Vol. 24, No. 5, pp.824-833, 2016 (DOI: http://doi.org/10.2197/ipsjjip.24.824)
  16. 渡邉英伸，黒澤隆，木村映善，水原隆道，村田健史，建部修見，広域分散ファイルシステムにおけるUDTマルチストリームファイル転送ツール, 電子情報通信学会論文誌D, Vol.J99-D, No.5, pp.514-525, 2016
  17. Xieming Li, Osamu Tatebe, “Improved Data-Aware Task Dispatching for Batch Queuing Systems”, Proceedings of the Seventh International Workshop on Data-Intensive Computing in the Clouds (DataCloud), pp.37-44, 2016
  18. Masahiro Tanaka, Osamu Tatebe, “Fault Tolerance of Pwrake Workflow System Supported by Gfarm File System”, Proceedings of 9th Workshop on Many-Task Computing on Clouds, Grids, and Supercomputers (MTAGS), pp.7-12, 2016
  19. Fuyumasa Takatsu, Kohei Hiraga, Osamu Tatebe, “PPFS: a Scale-out Distributed File System for Post-Petascale Systems”, Proceedings of IEEE International Conference on Data Science Systems (DSS), pp.1477-1484, 2016
  20. 村田直郁，川島英之，建部修見．RDMAの適用によるRAMPトランザクション処理の高速化．情報処理学会論文誌データベース．採録決定．
  21. Makoto Yabuta, Anh Viet Nguyen, Shinpei Kato, Masato Edahiro, Hideyuki Kawashima, Relational Joins on GPUs: A Closer Look. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, pp. 1-11, doi: doi:10.1109/TPDS.2017.2677451, 2017.
  22. 神谷孝明，川島英之，星野喬，建部修見．並列ログ先行書き込み手法P-WAL．情報処理学会論文誌データベース（TOD）， 10, No. 1, pp. 24-39, 2017.
  23. Li Jiang, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, Efficient Window Aggregate Method on Array Database System, Journal of Information Processing (JIP), Vol. 24, No.6, pp. 867-877, 2016.
  24. 川島英之，データ基盤システムの動向，コンピュータソフトウェア， 33, No. 3 p. 3_44-3_49, 2016.
  25. 齋藤 周作，多田野 寛人，今倉 暁，Shifted Block BiCGSTAB(l)法の構築とその高精度化，日本応用数理学会論文誌， 26, No. 3, pp. 318—352, 2016．
  26. Hiroto Tadano, Shusaku Saito, Akira Imakura, Accuracy Improvement of the Shifted Block BiCGGR Method for Linear Systems with Multiple Right-Hand Sides, Proc. International Workshop on Eigenvalue Problems: Algorithms; Software and Applications, in Petascale Computing (EPASA2015). (in print)
  27. Ryohei Kobayashi, Tomohiro Misono, and Kenji Kise: A High-speed Verilog HDL Simulation Method using a Lightweight Translator, ACM SIGARCH Computer Architecture News – HEART ’16 Volume 44 Issue 4, September 2016 Pages 26-31
査読無し論文
  1. 藤田典久, 大畠佑真, 小林諒平, 山口佳樹, 朴泰祐, “OpenCLとVerilog HDLの混合記述によるFPGAプログラミング”, 情報処理学会第158回HPC研究会報告2017-HPC-158, 2016年3月.
  2. 田渕晶, 中尾昌広, 村井均, 朴泰祐, 佐藤三久, “アクセラレータクラスタ向けPGAS言語XcalableACCの片側通信機能の実装と評価”, 情報処理学会第158回HPC研究会報告2017-HPC-158, 2016年3月.
  3. 津金佳祐, 田渕晶大, 李珍泌, 村井均, 朴泰祐, 佐藤三久, “KNLメニーコア・プロセッサにおけるPGAS言語XcalableMPアプリケーションの性能評価”, 情報処理学会第158回HPC研究会報告2017-HPC-158, 2016年3月.
  4. 廣川 祐太, 朴 泰祐, 佐藤 駿丞, 矢花 一浩, “電子動力学コード ARTED による Knights Landing プロセッサの性能評価”, 情報処理学会第157回HPC研究会報告2016-HPC-157, 2016年12月.
  5. 佐藤 賢太, 藤田 典久, 塙 敏博, 朴 泰祐, Ibrahim Khaled, “密結合並列演算加速機構TCAにおける複数DMACの活用によるGPU対応GASNetの性能改善”, 情報処理学会第156回HPC研究会報告2016-HPC-156, 2016年9月.
  6. 桑原 悠太, 塙 敏博, 朴 泰祐, “GPUクラスタにおけるGPUセルフMPIシステムGMPIの予備性能評価”, 情報処理学会第155回HPC研究会報告2016-HPC-155 (SWoPP2016), 2016年8月.
  7. 田渕晶大, 木村耕行, 鳥居淳, 松古栄夫, 石川正, 朴泰祐, 佐藤三久, “EZY-SC向けOmni OpenACCコンパイラの設計・試作”, 情報処理学会第154回HPC研究会報告2016-HPC-154, 2016年4月.
  8. 高橋大介，”SIMD命令を用いた整数除算の高速化”，日本応用数理学会2016年度年会講演予稿集，2016．
  9. 高橋大介, “並列FFTにおける通信隠蔽の自動チューニング”，日本応用数理学会2016年度年会講演予稿集，2016．
  10. 五味歩武，高橋大介，”最適化手法を自動化するXevolverフレームワーク用定義ファイルの実装”，情報処理学会研究報告， 2016-HPC-155，No. 7，2016．
  11. 高橋大介，”FFTにおけるAT”，2016年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウムHPCS2016論文集， 47-48，2016．
  12. 高橋大介，”並列FFTにおける通信隠蔽の自動チューニング”，計算工学講演会論文集， 21，F-2-1，2016．
  13. 篠塚敬介，高橋大介，”中心-半径型区間演算に基づく矩形演算を用いた精度保証付き高速フーリエ変換”，情報処理学会研究報告， 2016-HPC-154，No. 9，2016．
  14. 鷹津冬将, 平賀弘平, 建部修見，高性能分散ファイルシステムのための分散メタデータサーバPPMDSの評価，研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）， 2016-HPC-155(1), 11 pages, 2016年8月
  15. 田中昌宏，建部修見，ワークフローシステムPwrakeにおける耐障害機能，研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）， 2016-HPC-155(11), 7 pages, 2016年8月
  16. Mohamed Amin Jabri，Osamu Tatebe, “Performance assessment of highly concurrent sorted linked list with good spatial locality (Unrefereed Workshop Manuscript)”, Vol. 2016-HPC-155(35), 4 pages, Aug., 2016
  17. 建部修見，Gfarmファイルシステムの分散メタデータサーバ設計，研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）， 2016-HPC-157(14), 7 pages, 2016年12月
  18. 小林淳司，建部修見，並列離散イベントシミュレータを用いた分散メタデータサーバの性能評価，研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）， 2017-HPC-158(10), 9 pages, 2017年3月
  19. 建部修見，佐々木慎，髙橋一志，大山恵弘，GfarmファイルシステムにおけるRDMAアクセスの設計，研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）， 2017-HPC-158(12), 6 pages, 2017年3月
  20. 岩井厚樹，建部修見，田中昌宏，並列ベンチマークのための同期複数タスク実行フレームワークの設計，研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）， 2017-HPC-158(34), 8 pages, 2017年3月
  21. 中村泰大,川島英之,建部修見,並行実行制御手法 TicToc と並列ログ先行書き込み手法P-WAL の結合,情報処理学会第 139 回 OS 研究会,アクロス福岡, 2017 年 3 月 2 日.
  22. 神谷孝明,星野喬,川島英之,建部修見,トランザクション処理システムのリカバリ可能性の再考,情報処理学会第 139 回 OS 研究会,アクロス福岡, 2017 年 3 月 2 日.
  23. 川島英之,建部修見,並列データベースシステムにおける演算子間データ配送方式の検討,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol.2016-OS-138(2), No. 2016-08-01, pp. 1–5.
  24. 村田直郁,川島英之,建部修見, RDMA を用いた RAMP トランザクションの高速化,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol. 2016-OS-137(8), No. 2016-05-23, pp. 1–11.
  25. 神谷孝明,川島英之,建部修見,並列 WAL における共有カウンタの競合緩和化,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol. 2016-OS-137(7),No. 2016-05-23, pp. 1–11.
  26. 大黒晴之,川島英之,建部修見, In-memory MapReduce における最適な Shuffle 手法の検討,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol.2016–OS–137(6), No. 2016–05–23, pp. 1–10.
  27. 瀧沢亮太,川島英之,建部修見,データ移動方式による PostgreSQL への結合演算実装の試み,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol.2016–OS–137(3), No. 2016–05–23, pp. 1–7.
  28. 川島英之,建部修見,演算子間データ配送方式の検討,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol. 2016–OS–137(1), No. 2016–05–23, pp.1-6.

国際会議発表

招待講演
  1. Taisuke Boku, “HPC Status in Japan”, BDEC Workshop in ISC2016, Frankfurt Messe Jun 23rd, 2016.
  2. Taisuke Boku, “Netxt Generation Interconnection for Accelerated Computing”, ExaCOMM 2016 Workshop at ISC2016, Frankfurt Messe, Jun. 23rd, 2016.
  3. Taisuke Boku, “FPGA Offloading on Computational Astrophysics and inter-FPGA communication”, FPGA Workshop 2016, NCSA, Urbana Champaign, Oct. 13th, 2016.
  4. Taisuke Boku, “Parallel Multi-Hetero System for Next Generation Computational Sciences”, CODESIGN Workshop 2016 at HPC China 2016, Xian, Oct. 28th, 2016.
  5. Taisuke Boku, “Codesigning for New Frontier of Computational Sciences”, RECS2016 Workshop, Tokyo, Nov. 30th, 2016.
  6. Taisuke Boku, “University of Tsukuba’s Accelerated Computing”, 3rd ADAC Symposium, Kashiwa, Jan. 25th, 2017.
  7. Taisuke Boku, “Multi-Hybrid Platform for Next Generation Computational Science”, AICS Symposium 2017, Kobe, Feb. 23rd, 2017.
  8. Taisuke Boku, “Japan’s Supercomputing Systems on Today and Tomorrow”, HPC Saudi Arabia 2017, Jeddah, Mar. 14th, 2017.
  9. Ryohei Kobayashi, “A survey of how to efficiently implement application-specific hardware on an FPGA”, FPGA Workshop 2016, NCSA, Urbana Champaign, Oct. 12th, 2016.
一般講演
  1. Kenta Sato, Norihisa Fujita, Toshihiro Hanawa, Taisuke Boku, Khaled Z. Ibrahim, “GPU-ready GASNet Implementation on the TCA Proprietary Interconnect Architecture”, Proc. of CSCI2016 (Int. Conf. on Computational Science and Computational Intelligence 2016), 6 pages, Las Vegas, Dec. 2016.
  2. Akihiro Tabuchi, Yasuyuki Kimura, Sunao Torii, Video Matsufuru, Tadashi Ishikawa, Taisuke Boku, Mitsuhisa Sato, “Design and Preliminary Evaluation of Omni OpenACC Compiler for Massive MIMD Processor PEZY-SC”, Proc. of IWOMP2016 (International Workshop on OpenMP (LNCS 9903: OpenMP: Memory, Devices, and Tasks), pp.293-305, Nara, Oct. 2016.
  3. Kazuya Matsumoto, Norihisa Fujita, Toshihiro Hanawa, ,Taisuke Boku, “Implementation and Evaluation of NAS Parallel CG Benchmark on GPU Cluster with Proprietary Interconnect TCA”, Proc. of VECPAR2016, 8 pages, Porto, Jul. 2016.
  4. Yuta Hirokawa, Taisuke Boku, Shunsuke Sato, Kazuhiro Yabana, “Electron Dynamics Simulation with Time-Dependent Density Functional Theory on Large Scale Symmetric Mode Xeon Phi Cluster”, Proc. of PDSEC2016 (in IPDPS2016), 8 pages, Chicago, 2016.
  5. Daisuke Takahashi, “Automatic Tuning for Parallel FFTs on Cluster of Intel Xeon Phi processors”, 2017 Conference on Advanced Topics and Auto Tuning in High-Performance and Scientific Computing (2017 ATAT in HPSC), Taipei, Taiwan, March 10, 2017.
  6. Daichi Mukunoki, Toshiyuki Imamura and Daisuke Takahashi, “Implementation Techniques for High Performance BLAS Kernels on Modern GPUs”, SIAM Conference on Computational Science and Engineering (CSE17), Atlanta, Georgia, USA, February 28, 2017.
  7. Daisuke Takahashi, “Implementation of Parallel FFTs on Knights Landing Cluster”, SIAM Conference on Computational Science and Engineering (CSE17), Atlanta, Georgia, USA, February 28, 2017.
  8. Daichi Mukunoki, Toshiyuki Imamura and Daisuke Takahashi, “Automatic Thread-Block Size Adjustment for Memory-Bound BLAS Kernels on GPUs”, 2016 IEEE 10th International Symposium on Embedded Multicore/Many-core Systems-on-Chip (MCSoC-16), Special Session: Auto-Tuning for Multicore and GPU (ATMG), Lyon, France, September 22, 2016.
  9. Daisuke Takahashi, “Automatic Tuning of Computation-Communication Overlap for Parallel 1-D FFT”, 2016 IEEE 19th International Conference on Computational Science and Engineering (CSE 2016), Paris, France, August 24, 2016.
  10. Daisuke Takahashi, “Implementation of Multiple-Precision Floating-Point Arithmetic on Intel Xeon Phi Coprocessors”, 16th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2016), Beijing, China, July 4, 2016.
  11. Hiroshi Maeda and Daisuke Takahashi, “Parallel Sparse Matrix-Vector Multiplication Using Accelerators”, 16th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2016), Beijing, China, July 4, 2016.
  12. Daisuke Takahashi, “Automatic Tuning for Parallel FFTs on Intel Xeon Phi Clusters”, SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing (PP16), Paris, France, April 14, 2016.
  13. Junji Kobayashi, Osamu Tatebe, “Simulation study of distributed metadata server”, 2nd Summer of CODES Workshop, Argonne, Jul. 12, 2016
  14. Osamu Tatebe, “Data Integrity support for Silent Data Corruption in Gfarm File System”, Storage Developer Conference, Santa Clara, Sep. 19, 2016
  15. Xieming Li, Osamu Tatebe, “Improved Data-Aware Task Dispatching for Batch Queuing Systems”, the Seventh International Workshop on Data-Intensive Computing in the Clouds (DataCloud), Salt Lake City, Nov. 14, 2016
  16. Masahiro Tanaka, Osamu Tatebe, “Fault Tolerance of Pwrake Workflow System Supported by Gfarm File System”, Proceedings of 9th Workshop on Many-Task Computing on Clouds, Grids, and Supercomputers (MTAGS), Salt Lake City, Nov. 14, 2016
  17. Fuyumasa Takatsu, Kohei Hiraga, Osamu Tatebe, “PPFS: a Scale-out Distributed File System for Post-Petascale Systems”, Proceedings of IEEE International Conference on Data Science Systems (DSS), Sydney, Dec. 12, 2016
  18. Naofumi Murata, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, Accelerating Read Atomic Multi-partition Transaction with Remote Direct Memory Access, IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing, pp. 239-246, 2017. Best paper award on big data processing (runners-up).
  19. Kentaro Horio, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, Efficient Parallel Summation on Encrypted Database System, IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing, pp. 178-185, 2017. (acceptance ratio = 25%).
  20. Ryuya Mitsuhashi, Hideyuki Kawashima, Takahiro Nishimichi, Osamu Tatebe, Three-Dimensional Spatial Join Count exploiting CPU Optimized STR R-Tree, Workshop of Big Data Challenges, Research, and Technologies in the Earth and Planetary Sciences held as part of the IEEE Big Data Conference, pp. 2938-2947, 2016.
  21. Li Jiang, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, Fast Window Aggregate on Array Database by Recursive Incremental Computation, The IEEE 12th International Conference on eScience, pp. 101-110, 2016.
  22. Harunobu Daikoku, Hideyuki Kawashima, Osamu Tatebe, On Exploring Efficient Shuffle Design for In-Memory MapReduce. BeyondMR workshop, Article 6, 2016..
  23. Hiroto Tadano, Ryosaku Ikeda, Hiroyuki Kusaka, “Speeding up Large Eddy Simulation by Multigrid preconditioned Krylov subspace methods with mixed precision”, The 35th JSST Annual Conference International Conference on Simulation Technology (JSST2016), Kyoto, Japan, Oct. 27, 2016
  24. Hiroto Tadano, “Numerical investigation of the cause of accuracy degradation of approximate solutions generated by Shifted Block Krylov subspace methods”, The 1st Japan-Thailand Workshop on Numerical and Experimental Approaches to Nonlinear Problems, Bangkok, Thailand, Dec. 9, 2016.
  25. Ryohei Kobayashi, Tomohiro Misono, and Kenji Kise: A High-speed Verilog HDL Simulation Method using a Lightweight Translator, International Symposium on Highly-Efficient Accelerators and Reconfigurable Technologies (HEART 2016), July 2016

国内学会・研究会発表

招待講演
  1. 朴泰祐, “Performance evaluation of electron dynamics simulation code ARTED on KNL cluster Oakforest-PACS”, CDMSIシンポジウム, 柏, Dec. 6th, 2016.
その他の発表
  1. 佐藤賢太, “密結合並列演算加速機構TCAによるGPU対応GASNetの実装と評価”, 情報処理学会HPCS2016, 仙台, 2016/6/7
  2. 廣川祐太, “電子動力学シミュレーションのステンシル計算に対するメニーコアプロセッサ向け最適化”,情報処理学会HPCS2016, 仙台, 2016/6/6
  3. 田渕晶大, “PEZY-SC向けOmni OpenACCコンパイラの設計・試作”,情報処理学会第154回HPC研究会, 横浜, 2016/4/25
  4. 桑原悠太, “GPUクラスタにおけるGPUセルフMPIシステムGMPIの予備性能評価”,情報処理学会第155回HPC研究会, 松本, 2016/8/8
  5. 佐藤賢太, “密結合並列演算加速機構TCAにおける複数DMACの活用によるGPU対応GASNetの性能改善”, 情報処理学会第156回HPC研究会, 小樽, 2016/9/15
  6. 廣川祐太, “電子動力学コード ARTED による Knights Landing プロセッサの性能評価”, 情報処理学会第157回HPC研究会, 沖縄, 2016/12/21
  7. 藤田典久, “OpenCLとVerilog HDLの混合記述によるFPGAプログラミング”,情報処理学会第158回HPC研究会, 熱海, 2017/3/9
  8. 田渕晶, “アクセラレータクラスタ向けPGAS言語XcalableACCの片側通信機能の実装と評価”, 情報処理学会第158回HPC研究会, 熱海, 2016年3月.
  9. 津金佳祐, “KNLメニーコア・プロセッサにおけるPGAS言語XcalableMPアプリケーションの性能評価”, 情報処理学会第158回HPC研究会, 熱海, 2016年3月.
  10. 高橋大介，“SIMD命令を用いた整数除算の高速化”，日本応用数理学会2016年度年会, 北九州，2016年9月12日．
  11. 高橋大介, “並列FFTにおける通信隠蔽の自動チューニング”，日本応用数理学会2016年度年会，北九州，2016年9月12日．
  12. 五味歩武，“最適化手法を自動化するXevolverフレームワーク用定義ファイルの実装”， 情報処理学会第155回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，松本，2016年8月8日．
  13. 高橋大介，“FFTにおけるAT”，2016年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウムHPCS2016，仙台，2016年6月6日．
  14. 高橋大介，“並列FFTにおける通信隠蔽の自動チューニング”，第21回計算工学講演会，新潟，2016年5月31日．
  15. 篠塚敬介，“中心-半径型区間演算に基づく矩形演算を用いた精度保証付き高速フーリエ変換”，情報処理学会第154回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，横浜，2016年4月25日．
  16. 鷹津冬将, “高性能分散ファイルシステムのための分散メタデータサーバPPMDSの評価”，第155回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会, 松本，2016年8月8日
  17. 田中昌宏，“ワークフローシステムPwrakeにおける耐障害機能”，第155回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，松本，2016年8月8日
  18. Mohamed Amin Jabri，“Performance assessment of highly concurrent sorted linked list with good spatial locality (Unrefereed Workshop Manuscript)”, 155th IPSJ SIGHPC Meeting, Matsumoto, Aug. 10, 2016
  19. 建部修見，“Gfarmファイルシステムの分散メタデータサーバ設計”，第157回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，那覇，2016年12月22日
  20. 小林淳司, “並列離散イベントシミュレータを用いた分散メタデータサーバの性能評価”，第158回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，熱海，2017年3月8日
  21. 建部修見，“GfarmファイルシステムにおけるRDMAアクセスの設計”，第158回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，熱海，2017年3月8日
  22. 岩井厚樹，“並列ベンチマークのための同期複数タスク実行フレームワークの設計”，第158回ハイパフォーマンスコンピューティング研究発表会，熱海，2017年3月10日
  23. 渡辺敬之, “並行実行木 Masstree の調査”,第 9 回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム, 2017 年 3 月 6 日.
  24. 中村泰大, “並行実行制御手法 TicToc の調査”,第 9 回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム, 2017 年 3 月 6 日.
  25. 梶原顕伍, “分散合意手法 Raft の調査”, 第 9 回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム, 2017 年 3 月 6 日.
  26. 渡辺敬之, “並行実行木 Masstree の一括構築法”,第 9 回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム, 2017 年 3 月 6 日.
  27. 中村泰大, “並行実行制御手法 TicToc と並列ログ先行書き込み手法P-WAL の結合”,情報処理学会第 139 回 OS 研究会,アクロス福岡, 2017 年 3 月 2 日.
  28. 神谷孝明, “トランザクション処理システムのリカバリ可能性の再考”,情報処理学会第 139 回 OS 研究会,アクロス福岡, 2017 年 3 月 2 日.
  29. 川島英之, “並列データベースシステムにおける演算子間データ配送方式の検討”,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol.2016-OS-138(2), No. 2016-08-01, pp. 1–5.
  30. 村田直郁, “RDMA を用いた RAMP トランザクションの高速化”,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol. 2016-OS-137(8), No. 2016-05-23, pp. 1–11.
  31. 神谷孝明, “並列 WAL における共有カウンタの競合緩和化”,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol. 2016-OS-137(7),No. 2016-05-23, pp. 1–11.
  32. 大黒晴之, “In-memory MapReduce における最適な Shuffle 手法の検討”,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol.2016–OS–137(6), No. 2016–05–23, pp. 1–10.
  33. 瀧沢亮太, “データ移動方式による PostgreSQL への結合演算実装の試み”,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol.2016–OS–137(3), No. 2016–05–23, pp. 1–7.
  34. 川島英之, “演算子間データ配送方式の検討”,情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム( OS ), Vol. 2016–OS–137(1), No. 2016–05–23, pp.1-6.
  35. 多田野 寛人，“精度混合マルチグリッド前処理によるLarge Eddy Simulationの高速化”，2016年度【非線形問題の解法に関する研究会】第1回非線形・可視化部門研究会，自然科学研究機構核融合科学研究所，2016年8月1日．

著書、解説記事等

  1. 小林諒平: 緊急特集 本家ARMのIoTワールド入門 計算力時代到来…スパコン技術研究コーナ ソート専用コンピュータ最前線, CQ出版社 Interface 2017年2月号, pp.163-167, February 2017.
  2. 小林諒平: IoT＆スパコン！ラズパイ時代の自分用コンピュータ作り 第6章 ビッグデータ時代にますます重要！ハードウェア・データ処理に挑戦, CQ出版社 Interface 2016年12月号, pp.72-77, December 2016.
  3. 小林諒平: IoT＆スパコン！ラズパイ時代の自分用コンピュータ作り 第6章 Appendix 2 基本演算の高速化が重要！ハードウェア並列ソート・アルゴリズム, CQ出版社 Interface 2016年12月号, pp.78-84, December 2016.

計算情報学研究部門

データ基盤分野

研究論文

査読付き論文
＜学術雑誌論文＞
  1. Ryosuke Koyanagi, Ryo Furukawa, Tsubasa Takahashi, Takuya Mori, Toshiyuki Amagasa, and  Hiroyuki Kitagawa, “A Scheme for Fast k-Concealment Anonymization”, IEICE Transactions on Information and Systems, Vol.E99-D, No. 4, pp. 1000-1009, Apr. 2016.
  2. Atsuyuki Morishima, Shun Fukusumi, and Hiroyuki Kitagawa, “CyLog/Game Aspect: An Approach to Separation of Concerns in Crowdsourced Data Management”, Information Systems, Volume 62, pp. 170-184, December 2016.
  3. Takahiro Komamizu, Toshiyuki Amagasa, Hiroyuki Kitagawa, “H-SPOOL: A SPARQL-based ETL Framework for OLAP over Linked Data with Dimension Hierarchy Extraction”, International Journal of Web Information Systems (IJWIS), Vol. 12 , Iss. 3 , pp. 359-378, 2016.
  4. Mateus S. H. Cruz, Yusuke Kozawa, Toshiyuki Amagasa, Hiroyuki Kitagawa,”Accelerating Set Similarity Joins Using GPUs”, Transactions on Large-Scale Data and Knowledge-Centered Systems XXVIII: Special Issue on Database and Expert Systems Applications (TLDKS), pp. 1-22, 2016.
  5. 藤森 俊匡, 塩川 浩昭, 鬼塚 真, “分散グラフ処理におけるグラフ分割の最適化”, 情報処理学会論文誌：データベース(TOD72), Vol. 9, No. 4, 2016.

国際会議発表

招待講演

  1. Hiroyuki Kitagawa, “Real World Big Data Integration and Analysis: Research Issues and Challenges”, ACM International Conference on Ubiquitous Information Management and Communication (ACM IMCOM 2017) , Beppu, Japan, January 5, 2017.
査読付き国際会議論文
  1. Salman Ahmed Shaikh, Yousuke Watanabe, Yan Wang, Hiroyuki Kitagawa, “Smart Query Execution for Event-driven Stream Processing”, Proc. 2nd IEEE International Conference on Multimedia Big Data (IEEE BigMM 2016), pp. 97-104, Taipei, Taiwan, April 20-22, 2016.
  2. Kento Kawai, Hiroyuki Kitagawa, “Collaborative Filtering with Implicit Feedbacks by Discounting Positive Feedbacks”, Proc. 2nd IEEE International Conference on Multimedia Big Data (IEEE BigMM 2016), pp. 41-48, Taipei, Taiwan, April 20-22, 2016.
  3. Junya Arai, Hiroaki Shiokawa, Takeshi Yamamuro, Makoto Onizuka, Sotetsu Iwamura, “Rabbit Order: Just-in-time Parallel Reordering for Fast Graph Analysis”, Proc. 30th IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium (IPDPS 2016), pp. 22-31, Chicago, Illinois, USA, May 23-27, 2016.
  4. Yuto Yamaguchi, Christos Faloutsos, Hiroyuki Kitagawa, “CAMLP: Confidence – Aware Modulated Label Propagation”, SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2016), pp. 513-521, Miami, Florida, USA, May 5-7, 2016.
  5. Hiroyoshi Ito, Toshiyuki Amagasa, Hiroyuki Kitagawa, “Detecting Topic Evolutions in Bibliographic Databases Exploiting Citations”, Proc. 26th International Conference on Information Modelling and Knowledge Bases (EJC 2016), pp. 489-504, Tampere, Finland, June 6-10, 2016.
  6. Takahiro Komamizu, Toshiyuki Amagasa, Hiroyuki Kitagawa, “Visual Spatial-OLAP for Vehicle Recorder Data on Micro-sized Electric Vehicles”, Proc. 20th International Database Engineering & Applications Symposium (IDEAS 2016), pp. 358-363, Montreal, QC, Canada, July 11-13, 2016 (short paper).
  7. Savong Bou, Toshiyuki Amagasa, Hiroyuki Kitagawa, “An Improved Method of Keyword Search over Relational Data Streams by Aggressive Candidate Network Consolidation”, Proc. 27th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 2016), pp. 336-351, Porto, Portugal, September 5-8, 2016.
  8. Salman Ahmed Shaikh, Dong Chao, Kazuya Nishimura, Hiroyuki Kitagawa, “Incremental Continuous Query Processing over Streams and Relations with Isolation Guarantees”, Proc. 27th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 2016), pp. 321-335, Porto, Portugal, September 5-8, 2016.
  9. Yuyang Dong, Hanxiong Chen, Kazutaka Furuse, Hiroyuki Kitagawa,”Aggregate Reverse Rank Queries”, Proc. 27th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 2016), pp. 87-101, Porto, Portugal, September 5-8, 2016.
  10. Yuki Nishimura, Toshiyuki Amagasa, Yuji Inagaki, Tetsuo Hashimoto, and Hiroyuki Kitagawa, “A system for supporting phylogenetic analyses over alignments of next generation sequence data”, Proc. 10th International Conference on Complex, Intelligent, and Software Intensive Systems (CISIS-2016), pp. 230-237, Fukuoka, Japan, July 6-8, 2016.
  11. Yuta Kusamura, Yusuke Kozawa, Toshiyuki Amagasa, and Hiroyuki Kitagawa, “GPU Acceleration of Content-based Image Retrieval based on SIFT Descriptors”, Proc. the 5th International Workshop on Advances in Data Engineering and Mobile Computing in conjunction with NBiS2016 (DEMoC 2016), pp.3 42-347, Ostrava, Czech Republic, September 7-9, 2016.
  12. Hirotoshi Cho, Hiroaki Shiokawa and Hiroyuki Kitagawa, “JsFlow: Integration of Massive Streams and Batches via JSON-based Dataflow Algebra”, Proc. 19th International Conference on Network-Based Information Systems (NBiS 2016), pp. 188-195, Ostrava, Czech Republic, September 7-9, 2016.
  13. Saki Nagaki, Yuto Yamaguchi, Toshiyuki Amagasa, and Hiroyuki Kitagawa, “Local Attention Analysis and Prediction of Online News Articles in Twitter”, International Workshop On Mobile Ubiquitous Systems, Infrastructures, Communications, And Applications (MUSICAL 2016), pp. 131-136, Hiroshima, Japan, November 28, 2016.
  14. Takahiro Komamizu, Toshiyuki Amagasa, and Hiroyuki Kitagawa, “Interleaving Clustering of Classes and Properties for Disambiguating Linked Data”, Proc. the 18th International Conference on Asia-Pacific Digital Libraries (ICADL 2016), pp. 251-256, Tsukuba, Japan, December 5-9, 2016.
  15. Takahiro Komamizu, Toshiyuki Amagasa, Salman Ahmed Shaikh, Hiroaki Shiokawa and Hiroyuki Kitagawa, “Towards Real-time Analysis of Smart City Data: A Case Study on City Facility Utilizations”, Proc. the 14th IEEE International Conference on Smart City (SmartCity 2016), pp. 1357-1364, Sydney, Australia, December 12-14, 2016.
  16. Yuyang Dong, Hanxiong Chen, Jeffrey Xu Yu, Kazutaka Furuse, Hiroyuki Kitagawa, “Grid-Index Algorithm for Reverse Rank Queries”, Proc. 20th International Conference on Extending Database Technology (EDBT 2017), pp. 306-317, Venice, Italy, March 21-24, 2017.
  17. Salman Ahmed Shaikh and Hiroyuki Kitagawa, “Approximate OLAP on Sustained Data Streams”, Proc. 22nd International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA 2017), pp. 102-118, Suzhou, China, March 27-30, 2017.

国内学会・研究会発表

招待講演

  1. 北川博之, “機械学習を用いた睡眠ステージの自動判定”, 筑波大学医学医療系・計算科学研究センター共催講演会「計算科学が拓くライフサイエンスの未来」, 2016年9月30日.
  2. 天笠俊之, “データ基盤分野における生物学とのコラボレーション－機械学習によるミトコンドリアタンパク質予測とアライメント管理データベース－”, 筑波大学医学医療系・計算科学研究センター共催講演会「計算科学が拓くライフサイエンスの未来」, 2016年9月30日.
  3. 北川博之, “実社会ビッグデータ利活用のためのデータ統合・解析技術の研究開発”, JST・NSF国際連携シンポジウム―ビッグデータ，人工知能，IoT，サイバーセキュリティが創る新たな社会―, 2016年11月30日.
  4. 塩川 浩昭, “SIGMOD2016参加報告”, 第26回先端的データベースとWeb技術動向講演会(ACM SIGMOD 日本支部第63回支部大会) , 2016年10月29日.
  5. 塩川 浩昭, “大規模グラフデータ分析入門”, 第8回「学際計算学による新たな知の発見・統合・創出」シンポジウム-発展する計算科学と次世代の計算機- , 2016年10月18日.
  6. 塩川 浩昭, “大規模グラフのためのクラスタリングアルゴリズム”, 数理人セミナー , 2017年3月10日.
その他の発表
  1. 久米慶太郎，天笠俊之，橋本 哲男，北川 博之,”機械学習を用いた非モデル生物におけるミトコンドリア及び関連オルガネラタンパク質の予測手法”, 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） (2016-BIO-46(25)), pp.1-6, 2016年6月27日.
  2. 坂詰知完, 北川博之, 天笠俊之, “データの動的な変化に対応可能な対話的外れ値分析”, 第9回Webとデータベースに関するフォーラム Vol.2016-DBS-163 No13 (WebDB Forum 2016), 2016年9月13～9月15日.
  3. 合田 真也, 渡辺 知恵美, 北川 博之, “CryptDBの処理時間分析と高速化案”, 情報処理学会研究報告データベースシステム（DBS） (2017-DBS-164(8)), 1-6, 2017年1月10日.
  4. 董 于洋, 王 嵩, 陳 漢雄, 古瀬 一隆, 北川 博之, “A High-dimensional Solution for Aggregate Reverse Rank Queries”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), G1-1, 2017年3月6日～3月8日.
  5. 伊藤 寛祥, 駒水 孝裕, 天笠 俊之, 北川 博之, “ノードが複数の属性を持つグラフにおけるコミュニティ検出”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM 2017), E2-1, 2017年3月6日～3月8日.
  6. 上田 紗希, 山口 祐人, 北川 博之, “バンディットアルゴリズムを用いた特定地域から発信されたツイートの収集”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), D8-5, 2017年3月6日～3月8日.
  7. 坂詰 知完, 北川 博之, 天笠 俊之,  “動的なデータ集合に対応した対話的外れ値分析手法”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), I2-4, 2017年3月6日～3月8日.
  8. 長 裕敏, 塩川 浩昭, 北川 博之, “ストリーム処理とバッチ処理の統合と実行最適化”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), A1-4, 2017年3月6日～3月8日.
  9. 鈴木 悠太, 佐藤 牧人, 塩川 浩昭, 柳沢 正史, 北川 博之, “マウスの脳波／筋電データを利用した睡眠ステージ判定”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), E6-1, 2017年3月6日～3月8日.
  10. 篠塚 千愛, 渡辺 知恵美, 北川 博之, “暗号化データベースにおけるデータの秘匿性を保証した検索手法”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), H6-4, 2017年3月6日～3月8日.
  11. 長城 沙樹, 北川 博之,”時間的相関性を考慮したTwitterに対するエンティティリンキング”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), D8-4, 2017年3月6日～3月8日.
  12. 高橋 知克, 塩川 浩昭, 北川 博之, “メニーコアプロセッサを用いた構造的類似度に基づくグラフクラスタリングの高速化”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), E2-2, 2017年3月6日～3月8日.
  13. 草村 優太, 天笠 俊之, 北川 博之, “SIFT特徴量を用いた画像検索のGPUによる高速化”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), E7-3, 2017年3月6日～3月8日.
  14. 秋山 賢人, 渡辺 知恵美, 北川 博之, “秘匿検索フレームワークOSITにおける最適なクエリプラン選択法”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), H6-5, 2017年3月6日～3月8日.
  15. 佐藤 朋紀, 塩川 浩昭, 山口 祐人, 北川 博之, “大規模グラフに対するObjectRankの高速化”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), C8-1, 2017年3月6日～3月8日.
  16. 那須 勇弥, 塩川 浩昭, 天笠 俊之, 北川 博之, “空間情報をもつストリームデータに対する効率的なOLAPシステム提案”, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), E4-3, 2017年3月6日～3月8日.
  17. 藤森 俊匡，塩川 浩昭，鬼塚 真, “効率的な分散グラフ処理のためのグラフ分割”,  第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM 2017), 2017年3月6日～3月8日.
  18. 佐藤 朋紀, 塩川 浩昭, 北川 博之, “大規模グラフに対する逐次的なノードの枝刈りを用いたObjectRankの高速化”, 情報処理学会第79回全国大会 (IPSJ全国大会 2017), 2017年3月16日～3月18日.
  19. 菅野 健太, 天笠 俊之, 北川 博之, “メニーコアプロセッサを用いた集合間類似結合の高速化”, 情報処理学会第79回全国大会 (IPSJ全国大会 2017), 2017年3月16日～3月18日.
  20. 永野 真知, 早瀬 康裕, 駒水 孝裕, 北川 博之, “GitHubとStack Overflowにおけるユーザ行動の統一的な分析”, 情報処理学会第79回全国大会 (IPSJ全国大会 2017), 2017年3月16日～3月18日.
  21. 那須 勇弥, 塩川 浩昭, 天笠 俊之, 北川 博之, “ストリームデータに対する空間的OLAPシステムの設計と開発”, 情報処理学会第79回全国大会 (IPSJ全国大会 2017), 2017年3月16日～3月18日.
  22. 三浦 大地, 天笠 俊之, 北川 博之, “Sparkを利用した密度ベースクラスタリングOPTICSの高速化”, 情報処理学会第79回全国大会 (IPSJ全国大会 2017), 2017年3月16日～3月18日.
  23. 山部 剛士, 北川 博之, 塩川 浩昭, 柳沢 正史, 佐藤 牧人, “深層学習を用いたマウスの睡眠ステージ分析”, 情報処理学会第79回全国大会 (IPSJ全国大会 2017), 2017年3月16日～3月18日.

計算メディア分野

研究論文

査読付き論文
  1. Atsuya Oikawa, Itaru Kitahara, Yoshinari Kameda, and Yuichi Ohta “Full-Scale Visualization of a Person on a Movable Transparent Screen”， Proceedings of the 15th IEEE and ACM International Symposium on Mixed and Augmented Reality (ISMAR2016), pp.51-52, 2016. 2016/9/19-23, Merida, Mexico.
  2. Chun Xie, Yoshinari Kameda, Kenji Suzuki, and Itaru Kitahara “Large Scale Interactive AR Display Based on a Projector-Camera System”, 2016 Symposium on Spatial User Interaction, pp.179, 2016. 2016/10/15-16, Tokyo, Japan

国際会議発表

一般講演
  1. Naoki Shimura, Yoshinari Kameda, and Itaru Kitahara “A Viewpoint Movement Representation Method Between Two Cameras Shooting at Different Distances”，Asia-Pacific Workshop on Mixed Reality, 2016. 2016/4/22-24, Andong-si, Korea.
  2. Nobuyuki Kitamura, Yoshinari Kameda, and Itaru Kitahara，“A Method to Switch Multiple-View Videos Using Multi-Touch Interface”，Asia-Pacific Workshop on Mixed Reality, 2016. 2016/4/22-24, Andong-si, Korea.
  3. Chun Xie, Yoshinari Kameda, and Itaru Kitahara,“Interactive Projection-Based AR System in a Large Scale Space”，Asia-Pacific Workshop on Mixed Reality, 2016. 2016/4/22-24, Andong-si, Korea.
  4. Itaru Kitahra, Shogo Atsumi, Ryo Degawa, Yohiei Kawamura, Hyongdoo Jang, and Yuichi Ohta, “3D Model Reconstruction of Rocks on a Slope for Simulating a Rock Fall”, Sustainability and Resiliency in Geotechnical Engineering (Geo-Chicago 2016), ASCE Geotechnical Special Publication, Vol.269, pp.508-517, (DOI: 10.1061/9780784480120.052), (2016).
  5. Atsuya Oikawa, Itaru Kitahara, Yoshinari Kameda, and Yuichi Ohta“Full-Scale Visualization of a Person on a Movable Transparent Screen”， Proceedings of the 15th IEEE and ACM International Symposium on Mixed and Augmented Reality (ISMAR2016), pp.51-52, 2016. 2016/9/19-23, Merida, Mexico.
  6. Chun Xie, Yoshinari Kameda, Kenji Suzuki, and Itaru Kitahara “Large Scale Interactive AR Display Based on a Projector-Camera System”, 2016 Symposium on Spatial User Interaction, pp.179, 2016. 2016/10/15-16, Tokyo, Japan
  7. Ryo Degawa, Hyongdoo Jang, Youhei Kawamura, Itaru Kitahara, Erkan Topal, and Yasunori Endo , “A Conceptual Study for Development of 3D Rock Fragmentation Analysis System with Stereo-photogrammetry Technologies”, The 9th Asian Rock Mechanics Symposium (ARMS9), 9 pages, 2016. Oct.18, Bali, Indonesia.
  8. Kazuho Kamasaka, Yoshinari Kameda, Ryosuke Ichikari, Takeshi Kurata, and Jun Ishikawa “A Study on Finding Virtual Items by Foot Through AR Shogi Game”, 32nd CSUN Assistive Technology Conference, ENT-013, 2017. 2017/2/27-3/4, San Diego, USA.

国内学会・研究会発表

 

その他の発表
  1. Cesar Daniel Rojas Ferrer, Itaru Kitahara, and Yoshinari Kameda“A Prospective Study About Enhancing Effect of Vr in Soccer Training”IEICE Technical Report, MVE, vol.116, no.150, pp.25-30, 2016. 2016/7/20, The University of Tokyo, Japan.
  2. 及川 純耶, 北原 格, 亀田 能成, 大田 友一“環境埋め込み型カメラの撮影空間における人物像の映像的復元”，日本バーチャルリアリティ学会第21回大会論文集, 2 pages, 2016. 2016年9月14日～16日, つくば国際会議場
  3. 志村 直樹, 亀田 能成, 北原 格“撮影距離の異なる2台のカメラ間の視点移動表現法”，日本バーチャルリアリティ学会第21回大会論文集, 2 pages, 2016. 2016年9月14日～16日, つくば国際会議場
  4. 北村 誠之, 亀田 能成, 北原 格“マルチタッチ入力を用いた多視点映像切り替えインタフェース”，日本バーチャルリアリティ学会第21回大会論文集, 2 pages, 2016. 2016年9月14日～16日, つくば国際会議場
  5. 坂村 祐希, 亀田 能成, 北原 格 “自動走行車両搭乗 者のための全方位AR提示”,日本バーチャルリアリティ学会複合現実感研究会, vol.19, no.2, pp.51-55, 2016. 2016年10月13日～14日, 北海道支笏湖
  6. 永井 隆昌, 亀田 能成, 北原 格“実時間バレットタイム映像提示方式”, 日本バーチャルリアリティ学会複合現実感研究会, vol.19, no.2, pp.69-74, 2016. 2016年10月13日～14日, 北海道支笏湖
  7. 山中 一希, 亀田 能成, 北原 格, 大田 友一“画像再構成処理を用いた疑似前後視点移動映像の生成”, 日本バーチャルリアリティ学会複合現実感研究会, vol.19, no.2, pp.75-79, 2016. 2016年10月13日～14日, 北海道支笏湖
  8. 馬 雪詩, 北原 格, 亀田 能成 “歩行中の手指ジェスチャ入力と音によるフィードバックの検討”, 電子情報通信学会 技術研究報告MVE, vol.116, no.245, pp.89-92, 2016. 2016年10月13日～14日, 北海道支笏湖
  9. 釜坂 一歩, 北原 格, 亀田 能成 “撮影環境の異なる画像群間の類似画像検索による歩行者位置推定”, HCGシンポジウム2016, pp.140-146, 2016. 2016年12月7日～9日, 高知市文化プラザカルポート
  10. 亀田 能成, 釜坂 一歩, 一刈 良介, 蔵田 武志, 石川 准 “視覚障害者の移動を支援する位置提示の実証実験”, HCGシンポジウム2016. pp.343-346, 2016, 2016年12月7日～9日, 高知市文化プラザカルポート
  11. 謝 淳, 亀田 能成, 北原 格 “大規模空間におけるプロカムシステムの位置合わせの自動化”, HCGシンポジウム2016, pp.172-176, 2016. 2016年12月7日～9日, 高知市文化プラザカルポート
  12. 今井 健太, 北原 格, 亀田 能成 “デプスカメラと加速度センサを用いた歩行可能な平面領域の検出”, HCGシンポジウム2016. pp.540-545, 2016, 2016年12月7日～9日, 高知市文化プラザカルポート
  13. 亀田 能成, 釜坂 一歩, 一刈 良介, 蔵田 武志, 喜多 伸一, 石川 准 “AR巨人将棋による視覚障害者向け移動支援検証実験”, 第42回感覚代行シンポジウム講演論文集, pp.31-32, 2016. 2016年12月12日～13日, 産業技術総合研究所臨海副都心センター
  14. 積田 貴幸, 北原 格, 高木 英樹, 亀田 能成 “競泳プール映像における色情報分布を用いた泳者領域抽出”, 電子情報通信学会 技術研究報告MVE, vol.116, (2), 2017. 2017年3月6日～7日, 九州大学大橋キャンパス
  15. 志田 全弘, 亀田 能成, 石塚 祐香, 辻 愛里, 榎本 拓哉, 山本 淳一, 鈴木 健嗣, 北原 格 “注釈情報を３次元的にAR提示可能な多視点映像閲覧方式”, 電子情報通信学会 技術研究報告MVE, vol.116, (32), 2017. 2017年3月6日～7日, 九州大学大橋キャンパス
  16. 原崎 葵, 亀田 能成, 北原 格 “フレーム補間処理を用いた非同期多視点映像の滑らかな切り換え法”, 電子情報通信学会 技術研究報告MVE, vol.116, (33), 2017. 2017年3月6日～7日, 九州大学大橋キャンパス
  17. 出川 諒, 亀田 能成, 川村 洋平, Jang Hyongdoo, 北原 格 “粒度分布推定のための発破ずり３次元モデルの生成手法”, 電子情報通信学会 技術研究報告MVE, vol.116, (55), 2017. 2017年3月6日～7日, 九州大学大橋キャンパス
  18. 鴇 亮輔, 北原 格, 亀田 能成 “車輪の位置と車両の対称性に基づく3次元形状復元手法”, 電子情報通信学会 技術研究報告MVE, vol.116, (56), 2017. 2017年3月6日～7日, 九州大学大橋キャンパス

著書、解説記事等

  1. 宍戸 英彦, 北原 格, 亀田 能成, 大田 友一 “モーションブラーを活用したバドミントン競技のシャトル追跡手法”, 日刊工業新聞 画像ラボ, vol.27, no.7, pp.12-19, 2016. 2016年7月1日発行