【動画公開】原子核の形はどのように決まるのか?

原子核物理研究部門の中務先生による「原子核の形が決まる仕組み」の解説動画を公開しました。

周期表から、原子核の形を調べることができるウェブサイトも公開しています。
レモン型、パンケーキ型、雪だるま型などをマウスで回してみることができます。
InPACS ▶︎ https://wwwnucl.ph.tsukuba.ac.jp/InPACS/

[ウェブリリース] 世界初NVIDIA H100 PCIeと不揮発性メモリを搭載した新型スーパコンピュータの導入を発表

2022年5月12日
筑波大学計算科学研究センター

ポイント

  •  計算ノードに次期 Intel Xeon、48 TFlops の NVIDIA H100 Tensor コア PCIe GPU、2 TiB の不揮発性メモリを搭載し、ビッグデータ・AI を強力に推進させます
  •  次期 Xeon と次期 Optane 不揮発性メモリを搭載したシステムの導入発表は世界初です
  •  NVIDIA H100 PCIe GPU を PCIe Gen5 で接続した世界初のシステムです
  •  国内で初めて発表された NVIDIA Quantum-2 InfiniBand ネットワーキングを活用したシステムです

 

概要

筑波大学計算科学研究センターは、本日、2022年10月31日に NEC 製の新型スーパコンピュータを導入することを発表します。新型スーパコンピュータは、Intel の次期 Xeon CPU、次期 Optane 不揮発性メモリ、NVIDIA の最新 GPU で、画期的なアクセラレーションを実現する、48 TFlops の H100 PCIe GPU をいち早く導入した世界初のシステムとなります。また、この新型スーパコンピュータは、NVIDIA Quantum-2 InfiniBand ネットワーキングプラットフォームも採用しています。
 DDR5 と PCIe Gen5 によりメモリバンド幅、I/O バンド幅が増大します。不揮発性メモリはメモリ拡張により 2 TiB の大規模メモリとして利用できるだけではなく、不揮発データ構造を直接アクセスすることが可能であり、アプリケーションの飛躍的な性能向上の可能性を秘めています。また、不揮発メモリは DRAM と異なりデータを保持するためのリフレッシュが不要であるため、同容量の DRAM よりも消費電力を抑えることができます。世界初の技術を導入し、HPC だけではなく、ビッグデータ・AI を強力にサポートします。
 既設 Cygnus スーパコンピュータとも NVIDIA Quantum InfiniBand プラットフォームで相互接続し、一体的な運用を行います。

諸元

システム名(仮) Cygnus-BD
総演算性能(推定) 6 PFlops
計算ノード数 120
相互接続網 NVIDIA Quantum-2 InfiniBand プラットフォームによるフルバイセクションファットツリーネットワーク
並列ファイルシステム 7.1PB DDN EXAScaler (40 GB/s)


計算ノード

CPU 次期 Intel Xeon
GPU NVIDIA H100 Tensor コア PCIe GPU
メモリ 128GiB DDR5
不揮発性メモリ 2TiB 次期 Optane
SSD 2 x 3.2TB NVMe SSD (7 GB/s)
ネットワーク NVIDIA Quantum-2 InfiniBand プラットフォーム (200 Gbps)

 

 

 

Introduction of a New Supercomputer with the World’s First NVIDIA H100 PCIe and Non-Volatile Memory

Highlights

  • Next-generation Intel Xeon, NVIDIA H100 Tensor Core GPU with PCIe and 48TFlops of extreme performance, and 2 TiB of non-volatile memory strongly drive Big Data and AI
  • The world’s first announcement of the introduction of a system with the next generation Xeon and the next generation Optane non-volatile memory
  • The world’s first system with NVIDIA H100 PCIe GPUs connected via PCIe Gen5
  • First system announced in Japan that will utilize NVIDIA Quantum-2 InfiniBand networking

 

Tsukuba, Japan – May 12, 2022 – The Center for Computational Sciences at the University of Tsukuba announces that a new supercomputer from NEC will be installed on October 31, 2022.
The new supercomputer will be the first system in the world to introduce Intel’s next generation Xeon CPUs, next generation Optane non-volatile memory, and NVIDIA’s H100 PCIe GPU with 48TFlops of breakthrough acceleration.
The new supercomputer will also utilize the NVIDIA Quantum-2 InfiniBand networking platform.

Memory bandwidth and I/O bandwidth are increased by DDR5 and PCIe Gen5.
Not only can non-volatile memory be used as a large memory of 2 TiB through memory expansion, but it also allows direct access to non-volatile data structures, which has the potential to dramatically improve application performance.
In addition, unlike DRAM, non-volatile memory does not require refresh to retain data, thus reducing power consumption compared to DRAM of the same capacity.
Introducing the world’s first technology, we strongly support not only HPC but also Big Data and AI.

The existing Cygnus supercomputer is interconnected by the NVIDIA Quantum InfiniBand platform for integrated operation.

Specification

System name (tentative) Cygnus-BD
Total performance (estimated) 6 PFlops
Number of nodes 120
Interconnects Full bisection fat-tree network interconnected by the NVIDIA Quantum-2 InfiniBand platform
Parallel file system 7.1PB DDN EXAScaler (40 GB/s)


Compute node

CPU Next generation Intel Xeon
GPU NVIDIA H100 Tensor Core GPU with PCIe
Memory 128GiB DDR5
Persistent memory 2TiB next generation Intel Optane persistent memory
SSD 2 x 3.2TB NVMe SSD (7 GB/s)
Networking NVIDIA Quantum-2 InfiniBand platform (200 Gbps)

ISC2022 Virtual Exhibition

Welcome to our webpage!
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba (CCS) is a multidisciplinary research center for advanced HPC and fundamental science researches.

Visit our booth in Hamburg, Germany

CCS/JCAHPC, University of Tsukuba
booth# C303

Videos

Introduction of the CCS

Department of Computational Medical Science 

A 400 trillion-grid Vlasov simulation on Fugaku supercomputer | CCS, Univ. Tsukuba

Comprehensive in silicon drug repositioning for COVID-19 related proteins

180° Camera Tour of Cygnus

Our New Supercomputer Cygnus 

City-LES

 

Research Posters

  1. Mission & Chronology of CCS
  2. Supercomputer at CCS: Cygnus
  3. Particle Physics
  4. Astrophysics
  5. Nuclear Physics
  6. Quantum Condensed Matter Physics
  7. Biological Function and Information
  8. Molecular Evolution
  9. Global Environmental Science 
  10. High Performance Computing Systems 1
  11. High Performance Computing Systems 2
  12. Database
  13. Computational Media
  14. Supercomputer Oakforest-PACS
  15. Application on Oakforest-PACS
  16. Our next supercomputer Cygnus-BD

       

        

        

  

 

 

Report of the Review Committee & CCS Reports for Review

 

 

[All pages: PDF 19MB]

 

Contact

pr[at]ccs.tsukuba.ac.jp 

 

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原子層鉱物の機能開拓に向けた計算・計測連携研究会

開催趣旨

原子層鉱物(粘土鉱物)はセラミックス、製紙、石油、触媒、化粧品、農薬、鋳物等々、従来から多面的な応用が知られていますが、材料、環境、資源などのあらゆる面で今まで以上の活用が期待されている物質群です。本研究会では、様々な用途が想定される粘土鉱物の高度利用を目指して、産学官のシミュレーション技術と計測技術の連携を深めるための意見交換を行います。

開催日時・会場

日程: 2022年5月17日 9:00-12:00
会場: 計算科学研究センター会議室BおよびZoom によるハイブリット開催

 

プログラム

9:00 – 9:05

開会の挨拶・趣旨説明 
筑波大学 大谷 実

9:05 – 9:30

精製・合成粘土とその機能性について 要旨) 
クニミネ工業株式会社 後藤 佑太

9:30 –9:55

粘土分散液とアルミニウムとの界面現象とエネルギーデバイスへの応用の可能性 (要旨
山形大学 立花 和宏

9:55 –10:20

粘土分散液と金属表面が作り出す不思議な現象 (要旨
山形大学 伊藤 智博 

10:20 –10:30

休憩

10:30 –10:55

層間ナノ空間が創発する水の負の誘電効果 要旨
産業技術総合研究所 安藤 康伸

10:55 –11:20

粘土鉱物の機械学習分子動力学法シミュレーション 要旨
日本原子力研究開発機構 奥村 雅彦

11:20 –11:45

密度汎関数法+古典溶液理論による粘土鉱物の電子状態、カチオン吸着構造および水和構造解析 (要旨
筑波大学 萩原 聡

11:45 –12:00

総合討論

講演要旨

講演者:後藤佑太(クニミネ工業株式会社)
「精製・合成粘土とその機能性について」
要旨:スメクタイト族に属する粘土は、厚さ1nm程度の板状鉱物で、粘土層は電荷の偏りを持ち電荷補償のためにカチオンが層間に存在している。層間カチオンがNaであるNa型スメクタイトでは、高い親水性を有するカチオンにより層間に水が導入される珍しい構造をもつ。この粘土鉱物は、水と粘土層が成す特殊な構造から増粘、膨潤、吸着、イオン交換性と様々な機能性を有しており、用途も多岐に亘っている。しかし、その構造の複雑性からメカニズムは不明な点も多く、粘土鉱物の機能性を引き出すための研究が様々な角度から行われている。今回は、スメクタイトに関する電気特性評価と、様々な機能性を利用した近年のトレンドについてご紹介する。

講演者:立花和宏(山形大学)
「粘土分散液とアルミニウムとの界面現象とエネルギーデバイスへの応用の可能性」
要旨:アルミニウムは、導電性に優れ、軽量な上、資源的にも豊富なので、エネルギーデバイスの集電体として、ほとんど唯一無二の材料である。しかし、表面に酸化被膜があるので、その電気的特性を制御することは、エネルギーデバイス設計の上で、重要である。粘土分散液とアルミニウムとの界面現象は、これまで出会ったことのない不思議な現象で、さまざまなエネルギーデバイスへの応用の可能性がある。

講演者:伊藤智博(山形大学)
「粘土分散液と金属表面が作り出す不思議な現象」
要旨:粘土分散液をSUSやアルミニウム板に挟み、乾燥すると2つの電極間に電気を貯める性質に出会う。この性質を探索する過程で、粘土分散液に、金属表面に粘土分散液が凝集し、粘土の層のようなものが見つかる。電気エネルギーを加えることで、粘土分散液は、層が発現したり、冷却したりと不思議な現象が見られ、工業製品への可能性が広がる。

講演者:安藤康伸(産業技術総合研究所)
「層間ナノ空間が創発する水の負の誘電効果」
要旨:リチウムイオン電池を始めとする二次電池の電極材料の多くは層状化合物を利用しており、層間ナノ空間へのイオンの脱挿入により起電力を制御する。新規電極材料でありスーパーキャパシタ等への応用が期待される物質群であるMXenes(マキシン)は溶液中でも1 nm程度の相関ナノ空間を保持していることが確認されており、ナノ閉じ込め効果の検証する対象物質としても期待される。本セミナーでは、ナノ閉じ込め効果により水がナノ空間で負の誘電効果を発現し電気二重層容量を増大させることを理論・実験から検証した研究について報告する。

講演者:奥村雅彦(日本原子力研究開発機構)
「粘土鉱物の機械学習分子動力学法シミュレーション」
要旨:これまで、粘土鉱物の動的な数値シミュレーションには主に古典分子動力学法と第一原理分子動力学法が用いられてきた。しかし、前者は精度が力場に大きく依存し全ての実験値を高精度に再現することは難しく、後者は計算コストが高いため、計算可能な系の大きさに限界があった。近年、第一原理計算の結果を人工ニューラルネットワーク等で学習し、高精度かつ低計算コストを実現する機械学習分子動力学法が提案された。本公演では、粘土鉱物の一つであるカオリナイトに対して機械学習分子動力学法を適用した研究について紹介する。

講演者:萩原 聡(筑波大学)
「密度汎関数法+古典溶液理論による粘土鉱物の電子状態、カチオン吸着構造および水和構造解析」
要旨:本研究では、密度汎関数法とreference interaction site model (RISM)を組み合わせた、3D-RISM法をNa型モンモリロナイトとバイデライトに適用した。本手法では、粘土鉱物の母層と層間カチオンに対して明示的な電子状態計算を行い、層間水による溶媒和効果を古典溶液理論であるRISMにより取り込んでいる。当日の発表では、3D-RISMによる解析から得られた粘土鉱物の電子状態、カチオン吸着構造および水和構造に対する知見を詳細に議論する。

Our new video is available [Introduction]

The Center for Computational Sciences at the University of Tsukuba is a collaborative research center where researchers from a variety of fields work together to conduct research in computer science (hardware, software, algorithms, and programming), informatics (data science and media processing), and computational science (physics, life, and the global environment) using computation.

This video introduces the research themes of the eight research divisions.

 

【動画公開】イントロダクション

筑波大学計算科学研究センターでは、ハードウエアからソフトウエア、アルゴリズム、プログラミングの研究を行う計算機科学、データやメディア処理の研究を行う情報科学、計算を用いて物理・生命・地球環境といった科学の研究を行う計算科学、多様な研究者が分野を超えて協同で研究を行っています。
こうした8つの研究部門の研究テーマについて紹介する動画を制作し、YouTubeチャネルにて公開しました。

光合成を止(や)めた藻類の100年の謎解く全ゲノム解読に成功

―「植物-(ひく)光合成=動物」ではない―

2022年4月26日

国立大学法人 京都大学
国立大学法人 筑波大学
独立行政法人 国立科学博物館
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

概要

光合成は光エネルギーを利用して生きていくことができるため便利だろうと考えられていますが、実際には進化の過程で光合成を止めた「元」植物や「元」藻類が数多く生息しています。また、それらの多くは光合成をしない葉緑体を維持したままです。

京都大学大学院農学研究科 神川龍馬 准教授、筑波大学計算科学計算センター 中山卓郎 助教、国立科学博物館動物研究部 谷藤吾朗 研究主幹、国立遺伝学研究所 中村保一 教授らの共同研究グループは、地球全体の光合成の約20%に貢献すると言われる珪藻の中で、光合成を止めた種の全ゲノム解読に成功しました。この種は光合成をしない代わりに環境中に溶存する栄養分を吸収して生育していますが、その詳細なメカニズムはわかっていませんでした。本研究では全ゲノム解読に加え、機能している遺伝子を網羅的に検出するトランスクリプトーム解析や生化学実験などを用いた多角的な研究により、本種が光合成を止めた後も葉緑体での物質生産を維持しつつ、周りの養分を効率よく獲得するための能力を増大させていることが明らかとなりました。これは一般的な植物や藻類とも、そして動物とも異なる能力をもつことを意味します。光合成を止めた本種の全ゲノム解読は地球上で起きてきた生物進化の一面を解き明かすとともに、生物にとって光合成とは何かをひも解く鍵となることが期待されます。

本成果は、2022年4月29日(現地時刻)に米国の国際学術誌「Science Advances」にオンライン掲載されます。

 

光合成を止(や)めた珪藻のゲノムから明らかになった細胞機能。葉緑体内で物質生産をしながらエネルギー源などは外部から得る(右)。光合成する珪藻(左)のエネルギー源は光であり、植物同様葉緑体内で様々な物質を産生する・シリカは珪藻の細胞壁の主成分。

 

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Proposal of two new eukaryotic groups: Pancryptista and the CAM clade

April 15, 2022
JAMSTEC
University of Tsukuba

 

1. Key Points

◆ Based on large-scale molecular phylogenetic analysis of major eukaryotes and protists with uncertain taxonomic affiliation, “Pancryptista” has been proposed as a new, large, eukaryotic group.

◆ Pancryptista is a sister group of Archaeplastida *1, which consists of organisms with double-membrane-bound chloroplasts. They are collectively called as the “CAM clade”, a new mega-scale eukaryotic group.

◆ The monophyly*2 of Archaeplastia was rarely reconstructed, because of the specific evolutionary signal of some members of Pancryptista.

2. Overview

Akinori Yabuki (Senior Researcher, Deep-Sea Biodiversity Research Group, Marine Biodiversity and Environmental Assessment Research Center, Research Institute for Global Change, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology), after collaboration with Euki Yazaki (Special Researcher, Institute of Physical and Chemical Research) and Yuji Inagaki (Professor, University of Tsukuba), has performed large-scale molecular phylogenetic analysis of major eukaryotes and protists with uncertain taxonomic affiliation and has proposed a new, large, eukaryotic group.

Eukaryotes are organisms whose cells contain structures such as nuclei and mitochondria. They constitute the taxon Eukaryota, which includes multicellular eukaryotes (e.g., humans). Eukaryotes evolved approximately 2.1 billion years ago, and through evolution, they have branched into various lineages. Research is focusing on the taxa that branched off during the relatively early stages of evolution in an attempt to unravel many uncertainties regarding the evolution of eukaryotes, especially with respect to the groups that formed during the early stages of evolution.

In this study we focused on Microheliella maris, a species that has not yet been positioned phylogenetically within Eukaryota despite being formally described in 2012. This study is expected to offer valuable information about the early stages of eukaryotic evolution. The goal of the study was to elucidate the phylogenetic positioning of M. maris and to assess the relationship with closely related lineages.

The results found that M. maris is related to Cryptista and it is proposed that Cryptista and M. maris should be combined to form a new large group called Pancryptista. In addition, it was turned out that Pancryptista is a sister group of Archaeplastida. They should be collectively called as CAM-clade, as a new mega-scale eukaryotic group. Further, by accurate evaluation and analysis of a phylogenetic signal possessed by M. maris and other early-diverging lineages, it was confirmed for the first time that Archaeplastida is monophyletic. Based on various data, Archaeplastida was previously believed to have a single origin, but its monophyly has been rarely demonstrated by previous molecular phylogenetics.

It is anticipated that the eukaryotic phylogenetic divergence and relationships proposed in this study will serve as fundamental data for understanding how eukaryotes evolved and diverged in response to a range of environmental changes.

The findings of this study were presented in Open Biology on April 13 (Japan time).

Title: The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris.
Authors: Euki Yazaki1, Akinori Yabuki2, Ayaka Imaizumi3, Keitaro Kume4, Tetsuo Hashimoto5, 6, and Yuji Inagaki6, 7
Affiliation:
1. RIKEN iTHEMS
2. Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
3. College of Biological Sciences, University of Tsukuba
4. Faculty of Medicine, University of Tsukuba
5. Faculty of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba
6. Graduate School of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba
7. Center for Computational Sciences, University of Tsukuba
DOI: https://doi.org/10.1098/rsob.210376

 

【Supplemental information】
*1: Archaeplastida
A taxon composed of (i) green plants, including algae such as Chlorella, and land plants; (ii) red plants, including algae such as Neopyropia tenera (Japanese nori seaweed), and the related predatory flagellates; and (iii) glaucophytes. The common ancestor of Archaeplastida is believed to have obtained chloroplasts by endosymbiosis of cyanobacteria.
*2: Monophyly
This refers to all species that have diverged from a single common ancestor.

 

Contacts:

(For this study)
Akinori Yabuki, Senior Researcher, Research Institute for Global Change (RIGC), Marine Biodiversity and Environmental Assessment Research Center (BioEnv), Deep-Sea Biodiversity Research Group (DeepBio), JAMSTEC
(For press release)
Press Office, Marine Science and Technology Strategy Department, JAMSTEC
Bureau of Public Relations and Strategy Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

 

JAMSTEC web page

科学技術週間に合わせた動画公開 [4/24まで]

筑波大学では、例年「キッズユニバーシティ」と題した一般公開を行なっておりますが、本年は新型コロナウイルス感染症の感染拡大防止の観点から、対面での一般公開は行わず、動画の配信を行います。
本学の様々な研究を紹介しておりますので、ぜひご覧ください。
計算科学研究センターからも動画を掲載しています。


録画配信期間:令和4年4月18日(月)~4月24日(日)

https://scpj.tsukuba.ac.jp/news/220317.php

学生インタビュー vol.5公開

計算科学研究センター(CCS)所属教員が指導する研究室の学生へのインタビュー「CCSで学ぶ」に「vol.5 工藤 玄己さん(関連部門:生命科学研究部門 生命機能情報分野)」を公開しました。

「研究者に聞く – CCSで学ぶ」

「vol.5 工藤 玄己さん(関連部門:生命科学研究部門 生命機能情報分野)」

【CCSで学ぶ】 工藤 玄己さん

工藤 玄己(Genki KUDO)さん

 

理工情報生命学術院 数理物質科学研究群 物理学学位プログラム 生命物理研究室 博士前期課程
生命物理研究室 2年

 

(内容は、2022年3月取材当時のものです。)


工藤さんは、筑波大学 理工学群 物理学類在籍時に生命物理研究室に入り、重田育照 教授の指導のもとで研究を続けています。

今の研究室に進んだ理由

物理学がすごく得意、というわけではなくて、むしろ化学であったり生物学であったりというものの融合した分野にすごく興味がありました。今所属している生命物理研究室は、生物の機能を担う「タンパク質」などについて、量子論や古典力学に基づく計算をすることで、分子や原子のレベルで生体の反応の仕組みを解き明かそうとしている研究室なので、自分の興味とも非常にあっていると思って選びました。

 

どんな研究をしているの?

スーパーコンピュータを使いながら、薬を作る創薬研究というものをおこなっています。創薬研究というと、実験で試験管とかを使いながらやるイメージが強いと思うのですが、私の場合はコンピュータを使ったシミュレーションで創薬研究をしています。具体的にいうと、薬はタンパク質にくっつくことで作用するのですが、薬がどこの部位にくっつくのかを予測するようなソフトウェアについて、その精度を上げるための研究をしています。

研究風景 

こんなところが面白い!

今は医学の研究室と共同研究をおこなっています。筑波大学だといろいろな専門の方がいて、一緒にコラボレーションできるのが非常に魅力的だと感じています。また、日々いろいろな研究をしていて、少しずつでも新たな発見ができるというのはすごく魅力的ですね。

 

高校ではどんな勉強をしていたの?

基礎的な勉強を重視していました。応用問題を解くことも大事だと思うのですが、基礎的なことを100%理解することを大事にしていました。

 

メッセージ

大学に入ると、高校にはいなかったような人に出会えたりとか、自分で独り立ちして生活することになったりとか、自分の視野がすごく広がります。それを楽しみに、頑張ってください。

 

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↓ インタビュー動画もあります。

真核生物の新たな系統分類群「パンクリプチスタ」と「CAMクレード」を提唱

2022年4月15日

国立研究開発法人海洋研究開発機構
国立大学法人筑波大学

発表のポイント

  • 分類不明であった原生生物などの大規模分子系統解析から、真核生物の新規巨大生物群“パンクリプチスタ”を提唱した。
  • パンクリプチスタは、二重膜の葉緑体を持つ巨大生物群(=一次植物*1)の姉妹群であり、これら2つの生物群を合わせてメガ生物群“CAMクレード”と呼称することを提唱した。
  • 過去の研究で一次植物が単系統*2群を形成しなかった原因は、一部のパンクリプチスタが持つ特異な進化シグナルにあることを分子系統学的に解明した。


2.概要

国立研究開発法人海洋研究開発機構(理事長 大和 裕幸、以下「JAMSTEC」という。)地球環境部門 海洋生物環境影響研究センター 深海生物多様性研究グループの矢吹 彬憲 主任研究員は、理化学研究所 矢﨑 裕規 特別研究員・筑波大学 稲垣 祐司 教授らと共同で、分類不明であった原生生物などの大規模分子系統解析を行い、真核生物の新たな巨大生物群を提唱しました。
 真核生物は細胞内に核やミトコンドリアなどの構造を有する生物で、我々ヒト(=多細胞性の真核生物)などを含む超巨大生物群です。真核生物はおよそ21億年前に誕生し、多様な系統へと枝分かれ進化してきました。この真核生物の進化、特に初期にどのようなグループが誕生・形成されたのか、については未だ多くの謎が残っており、それを解明するためのアプローチの1つとして真核生物進化の比較的初期に独立・分岐した生物に着目した研究が行われています。
 本研究では、2012年に新種記載されながらも真核生物内での系統学的位置がわかっておらず、真核生物の初期進化に関する重要な知見を持つと考えられていたMicroheliella marisに着目し、その系統学的位置の解明と近縁系統との関係の理解を目的とした解析を実施しました。
 その結果、M. marisクリプチスタと呼ばれる分類群の派生初期に分岐した近縁種であることが明らかとなり、これらをまとめて新規巨大生物群“パンクリプチスタ”と呼称することを提唱しました。また、M. marisや他の初期分岐系統が持つ系統シグナルを正しく評価し解析することで、これまで様々な知見から単一起源と考えられながらも分子系統学的にはその単系統が復元されていなかった一次植物が、単系統であることも世界で初めて確認しました。
 本研究で示された真核生物の系統分岐関係は、様々な地球環境変動の中で真核生物がどのように分岐し進化してきたのかを理解するための基盤的情報として活用されることが期待されます。
 本成果は、「Open Biology」に4月13日付け(日本時間)で掲載される予定です。

タイトル:The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris.

著者: 矢﨑 裕規1, 矢吹 彬憲2, 今泉 彩香3, 久米 慶太郎4, 橋本 哲男5, 6, 稲垣 祐司6, 7.

  1. 国立研究開発法人 理化学研究所 数理創造プログラム
  2. 国立研究開発法人 海洋研究開発機構 地球環境部門
  3. 筑波大学 生命環境学群 生物学類
  4. 筑波大学 医学医療系
  5. 筑波大学 生命環境系
  6. 筑波大学 生命環境科学研究科 生物科学専攻
  7. 筑波大学 計算科学研究センター
図:今回の解析で明らかとなった真核生物系統の概要

 

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Associate Professor NAKAYAMA Takuro receives the Young Scientists’ Prize

The “Commendation for Science and Technology by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology”, from the science ministry MEXT, recognizes individuals who have produced outstanding results in research, development, and promotion of public understanding of science and technology.

This year’s awardees were announced on 8 April, and Associate Professor NAKAYAMA Takuro, belonging to CCS was selected for the Young Scientists’ Prize.

The award ceremony will take place on 20 April at MEXT and online.

【受賞】中山卓郎助教が令和4年文部科学大臣表彰 若手科学者賞を受賞

生命科学研究部門の中山 卓郎助教が令和4年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞を受賞されました。

受賞業績名:微生物共生性シアノバクテリ アの進化と多様性に関する研究

表彰式は4月20日に文部科学省3階 講堂及びオンラインで開催され、後日その様子がYouTubeに掲載される予定です。

 

関連URL(文部科学省 令和4年度科学技術分野の文部科学大臣表彰受賞者等の決定について)https://www.mext.go.jp/b_menu/houdou/mext_00989.html

 

 

【動画公開】計算メディカルサイエンス 研究紹介3&4

筑波大学計算科学研究センターでは、最先端の計算科学を医学と連携させる新たな取組みとして「医計連携」を創出する「計算メディカルサイエンス事業」を推進しています。

本動画では、計算メディカルサイエンス事業の4つのプロジェクトチームのうち、(3) 3D Surgical Vision および (4) 計算光バイオイメージングについて、その研究の内容と最新の成果を紹介しています。

 

『3D Surgical Vision 』プロジェクトチーム

 

『計算光バイオイメージング』プロジェクトチーム

第11回JCAHPCセミナー (OFP運用終了記念シンポジウム)「ありがとうOFP:京から富岳への狭間で咲いた大輪の花」

最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC: Joint Center for Advanced High Performance Computing)筑波大学計算科学研究センター東京大学情報基盤センターが共同で2013年に設立しました。 JCAHPCでは国内最大級の計算性能を有するOakforest-PACSシステム(OFP)を設計、導入し、2016年10月より共同で運用を開始して以来、最先端の計算科学を推進し、我が国と世界の学術及び科学技術の振興に寄与してまいりました。 JCAHPCはHPCIシステム構成機関として「新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時公募課題」 に計算資源を提供し、新型コロナウイルス感染症に関する研究推進に貢献しました。 OFPは運用開始直後の2016年11月のTOP500で「京」を上回り,国内最高性能を達成し,更に2019年8月末の「京」運用停止後,2021年3月に「富岳」が正式に稼働を開始するまでの約1年半の間,実質的にNational Flagship Systemとしての役割を果たしました。

さて,OFPも2022年3月31日を以て運用を終了いたします。本セミナーではJCAHPC設立,及びその準備段階からの10年あまりを振り返るとともに,将来へ向けた展望も紹介いたします。 JCAHPCを構成する筑波大・東大センター教員とそのOBの他,OFPと同じIntel Xeon Phi搭載システムを運用する北大・京大センター教員の皆様,OFPのヘビーユーザーの皆様からの講演も予定しております。OFP後継機(OFP-II),筑波大・東大各センターとしての将来計画の他,次世代先端的計算基盤の開発に向けたコミュニティ活動であるNGACI(Next-Generation Advanced Computing Infrastructure)についてもご紹介いただきます。

皆様とともに,OFPの功績を振り返り,日本と世界のHPCの将来へ向けた議論ができればと考えております。
オンラインではありますが,是非とも多くの皆様にご参加いただきたく,よろしくお願いいたします。

第11回JCAHPCセミナー

日時:2022 年 5 月 27 日(金)(13 : 00 〜 17 : 50)
形態:オンライン
主催:最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC)
共催:筑波大学計算科学研究センター,東京大学情報基盤センター
参加費:無料,「事前参加登録」をお願いいたします。

参加申込

申込フォーム

※必ず事前登録をお願いいたします(セミナーの前日まで受け付けます)

プログラム

【第1部】開会
 座長:田浦健次朗(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)

13:00 – 13:05 開会
13:05 – 13:20 来賓等挨拶(ビデオレター)

【第2部】OFP概要
 座長:建部修見(筑波大学計算科学研究センター/JCAHPC)

13:20 – 13:40 佐藤三久(理化学研究所計算科学研究センター)
JCAHPC設立と理念
13:40 – 14:00 朴泰祐(筑波大学計算科学研究センター/JCAHPC)
OFPの概要と導入について
14:00 – 14:15 深沢圭一郎(京都大学学術情報メディアセンター)
Camphor2:OFPと同じXeon Phi KNLを搭載し,OFPより少し長く運用される
京都大学スパコン
14:15 – 14:30 岩下武史(北海道大学情報基盤センター)
北大スパコン Polaire ー設計思想と活用研究ー
14:30 – 14:45 (ディスカッション)

【第3部】OFPによる成果
 座長:高橋大介(筑波大学計算科学研究センター/JCAHPC)

14:55 – 15:15 中島研吾(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
Oakforest-PACSによる研究成果の概要
15:15 – 15:35 三好建正(理化学研究所計算科学研究センター)
世界初リアルタイム30秒更新ゲリラ豪雨予測実験
15:35 – 15:55 井戸村泰宏(日本原子力研究開発機構(JAEA))
Oakforest-PACSにおける大規模CFD解析向け省通信型行列解法の開発

【第4部】次の一手
 座長:中村宏(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)

16:05 – 16:25 朴泰祐(筑波大学計算科学研究センター/JCAHPC)
筑波大学におけるビッグメモリスーパーコンピュータの導入
16:25 – 16:45 中島研吾(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
東京大学情報基盤センターの現状と今後の計画
16:45 – 17:05 近藤正章(慶應義塾大学/理化学研究所計算科学研究センター)
次世代先端的計算基盤の開発に向けたNGACIでの取り組み
17:05 – 17:25 塙敏博(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
Oakforest-PACS IIに向けて
17:25 – 17:40 中村宏(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
(ディスカッション)
17:40 – 17:45 石川裕(国立情報学研究所(NII))
OFP運用終了に当たって
17:45 – 中村宏(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
閉会あいさつ

 

本セミナーの問い合わせ先

東京大学 情報基盤センター

中島研吾(幹事)
E-mail:nakajima@cc.u-tokyo.ac.jp
(”@”を半角にしてからお送りください。)

 

2021 CCS-EPCC Workshop

Date: March 30th (Wed) – 31st (Thu), 2022 5:00pm-9:00pm(JST)/9:00am-1:00pm(BST)
Venue: Online

DAY-1 (March 30th)

JST BST Talk title Presenter
17:00-17:20 9:00-9:20 Tsukuba overview Taisuke Boku
17:20-17:40 9:20-9:40 Big Memory Supercomputer Cygnus-BD and Parallel Persistent Memory File System Osamu Tatebe
(Div. of High-Performance Computing Systems)
17:40-18:05 9:40-10:05 Investigating DAOS for HPC storage Adrian Jackson
18:05-18:30 10:05-10:30 Quarkonium spectral functions from lattice QCD Hiroshi Ohno
(Div. of Particle Physics)
18:30-18:40

10:30-10:40

Break  
18:40-19:05 10:40-11:05 Quantum computing at EPCC Oliver Brown
19:05-19:30 11:05-11:30 Computational Approach to the Mechanism of Proton Conduction Materials Yuta Hori
(Div. of Life Sciences)
19:30-19:40 11:30-11:40 MONC and FFTE: refactoring and optimisations  Juan Rodriguez Herrera 
19:40-19:55 11:40-11:55 Simulation and Machine Learning Integration 

Anna Roubickova
(SiMLInt, Physics)

19:55-20:20 11:55-12:20 Developments and applications of DFT+RISM hybrid simulation for electrochemistry Minoru Otani

DAY-2 (March 31st)

JST BST Talk title Presenter
17:00-17:25 9:00-9:25 EPCC and the UK Exascale Program Mark Parsons
17:25-17:50 9:25-9:50 Identification of a new normal in city-scale extreme precipitation under warmer climate regimes Quang-Van DOAN
(Div. of Global Environmental Science)
17:50-18:00 9:50-10:00 ASiMoV-CCS: a new code for CFD & combustion Michele Weiland
18:00-18:15 10:00-10:15   Counting Goldbach partitions fast:
Vectorising and distributing number-theoretic transforms on Arm-based
supercomputers
Ricardo Jesus
18:15-18:40 10:15-10:40 Vlasov Simulation of Cosmological Relic Neutrinos on Supercomputer Fugaku Kohji Yoshikawa
(Div. of Astrophysics)
18:40-18:50 10:40-10:50 Break  
18:50-19:15 10:50-11:15 Vipera: RISC-V computing and micro kernels Maurice Jamieson
19:15-19:40 11:15-11:40 Real-Time Analytics Over Out-of-Order Data Streams By Incremental Sliding-Window Aggregation Savong Bou
(Div. of Computational Informatics)
19:40-20:05 11:40-12:05 Morpheus: a library for efficient runtime switching of sparse matrix storage formats Chris Stylianou
20:05-20:30 12:05-12:30 Open discussions

2021 CCS-EPCC Workshop

Date: March 30th (Wed) – 31st (Thu), 2022 5:00pm-9:00pm(JST)/9:00am-1:00pm(BST)
Venue: Online

DAY-1 (March 30th)

JST BST Talk title Presenter
17:00-17:20 9:00-9:20 Tsukuba overview Taisuke Boku
17:20-17:40 9:20-9:40 Big Memory Supercomputer Cygnus-BD and Parallel Persistent Memory File System Osamu Tatebe
(Div. of High-Performance Computing Systems)
17:40-18:05 9:40-10:05 Investigating DAOS for HPC storage Adrian Jackson
18:05-18:30 10:05-10:30 Quarkonium spectral functions from lattice QCD Hiroshi Ohno
(Div. of Particle Physics)
18:30-18:40

10:30-10:40

Break  
18:40-19:05 10:40-11:05 Quantum computing at EPCC Oliver Brown
19:05-19:30 11:05-11:30 Computational Approach to the Mechanism of Proton Conduction Materials Yuta Hori
(Div. of Life Sciences)
19:30-19:40 11:30-11:40 MONC and FFTE: refactoring and optimisations  Juan Rodriguez Herrera 
19:40-19:55 11:40-11:55 Simulation and Machine Learning Integration 

Anna Roubickova
(SiMLInt, Physics)

19:55-20:20 11:55-12:20 Developments and applications of DFT+RISM hybrid simulation for electrochemistry Minoru Otani

DAY-2 (March 31st)

JST BST Talk title Presenter
17:00-17:25 9:00-9:25 EPCC and the UK Exascale Program Mark Parsons
17:25-17:50 9:25-9:50 Identification of a new normal in city-scale extreme precipitation under warmer climate regimes Quang-Van DOAN
(Div. of Global Environmental Science)
17:50-18:00 9:50-10:00 ASiMoV-CCS: a new code for CFD & combustion Michele Weiland
18:00-18:15 10:00-10:15 Counting Goldbach partitions fast:
Vectorising and distributing number-theoretic transforms on Arm-based
supercomputers
Ricardo Jesus
18:15-18:40 10:15-10:40 Vlasov Simulation of Cosmological Relic Neutrinos on Supercomputer Fugaku Kohji Yoshikawa
(Div. of Astrophysics)
18:40-18:50 10:40-10:50 Break  
18:50-19:15 10:50-11:15 Vipera: RISC-V computing and micro kernels Maurice Jamieson
19:15-19:40 11:15-11:40 Real-Time Analytics Over Out-of-Order Data Streams By Incremental Sliding-Window Aggregation Savong Bou
(Div. of Computational Informatics)
19:40-20:05 11:40-12:05 Morpheus: a library for efficient runtime switching of sparse matrix storage formats Chris Stylianou
20:05-20:30 12:05-12:30 Open discussions