タンパク質結晶に分子を閉じ込め反応過程を可視化 -X線自由電子レーザーと量子化学計算による高精度解析-

2024年7月8日
東京工業大学
東北大学
筑波大学
理化学研究所

【要点】

○化学反応中の分子の構造変化をリアルタイムかつ原子レベルで追跡することに成功。
○タンパク質結晶の中に、反応が起こる「場」を作り出し、溶液中のような状態を再現。
○さまざまな化合物が引き起こす化学反応を可視化し、新しい分子の機能を設計するための開発ツールとして期待。

【概要】

 東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系のマイティ・バスデブ特任助教と上野隆史教授(兼 同 科学技術創成研究院 自律システム材料学研究センター)のグループは、東北大学 多元物質科学研究所の南後恵理子教授(兼 理化学研究所 放射光科学研究センター チームリーダー)、筑波大学 計算科学研究センターの庄司光男教授らの研究グループと共同で、化学反応性を持つ金属錯体(用語1)をタンパク質結晶(用語2)に固定化し、X線自由電子レーザー(XFEL)(用語3)と量子古典混合(QM/MM)計算(用語4)を用いて化学反応中の金属錯体の構造変化をナノ秒レベルで原子分解能追跡し、反応機構を解明する技術を開発した。
 人工分子反応(用語5)の追跡手法は多数報告されているが、反応の際に生じる活性種の構造変化を実時間・原子レベルで追跡することは困難であった。本研究では、タンパク質結晶の細孔中に水分子が多く存在することに着目し、あたかも溶液中のようなタンパク質環境に金属錯体のマンガンカルボニル錯体(Mn(CO)3)を固定化し、結晶を保持しながら光照射で金属–CO結合の開裂反応を駆動させることに成功した。XFELを用いて、Mn(CO)3錯体を固定化したリゾチーム結晶(用語6)へ光を照射し、反応開始後のわずかな時間(10ナノ秒、100ナノ秒、1マイクロ秒後)の構造変化を観察した。この結果、CO配位子が選択的に順次解離していくことが明らかになった。さらに、QM/MM計算により、リゾチームのタンパク質環境によって反応が制御されていることを明らかにした。安定なタンパク質結晶の細孔を利用したこの手法は、さまざまな低分子化合物が起こす化学反応を可視化し、反応機構を理解するための基盤技術として、「有用な分子触媒の設計」や「複雑な分子反応メカニズムの理解」へ貢献すると期待される。

本成果は、自然科学分野の学術誌「Nature Communications(ネイチャーコミュニケーションズ)」のオンライン版で6月29日(現地時間)に公開された。

図1. リゾチームの結晶構造と本研究の概略図
図1. リゾチームの結晶構造と本研究の概略図

 

プレスリリース全文はこちら

 

【掲載論文】

【題名】
Real-time observation of a metal complex-driven reaction intermediate using a porous protein crystal and serial femtosecond crystallography

【掲載誌】
Nature Communications

【DOI】
10.1038/s41467-024-49814-9

 

 

第143回計算科学コロキウムを、6月21日(金)15:30より開催します

6月21日(金)に筑波大学地球科学学位プログラム大気科学分野主催の木曜セミナーと共催で、計算科学コロキウムを以下の通り開催します。
 
日時:15時30分-17時30分(開始時間が遅れる可能性があります)
場所:CCS国際ワークショップ室
講演者:松山理歩、日下博幸、Volkmar Wirth
 
[1] 松山理歩 (地球科学学位プログラム・博士前期課程2年)
Investigating the Influence of Mountain Height on Tsurushi Clouds Formation:
A Comparative Study of Mt. Fuji and Mt. Iwaki
 
[2] 日下博幸(計算科学研究センター・教授)
吊るし雲と翼雲の発生メカニズムについて
 
[3] Volkmar Wirth(ヨハネス・グーテンベルク大学マインツ・教授)
Banner cloud formation at a steep mountain: numerical simulations and observations at Mt Matterhorn
 
Vokmar Wirth教授は、山岳に出現する特別な雲、特に、旗雲(Banner Cloud)の論文を世界で一番多く書いており、数々の国際会議で招待講演を受ける、世界的に有名な研究者です。
世話人:日下博幸

[updated]142nd Colloquium of the Center for Computational Sciences

142nd Colloquium

Title: AI for Personalized Education
Speaker: Prof. Mukesh Mohania (IIIT Delhi, India)
Date:
18 June 2024
Time: 14:30-15:30 (updated)
Venue: SB911-2  (updated)
Language: English

Abstract: 
Online courses and learning systems have gained tremendous popularity over the last few years. While their ease of access and availability make them a very useful medium for knowledge sharing and learning, they do not keep the learners and their learning abilities in mind. The “one size fits all” approach to learning content and the question paper does not work in a large virtual classroom consisting of diverse students with different skill profiles, learning styles, aptitude and capabilities. In a traditional classroom, teachers who interact closely with students are in a position to evaluate the pace and depth of the curriculum being taught and can also suggest learning content to students not being able to cope with the general classroom teaching. Such suggestions and guidance are absent in current online learning systems. In this talk, we aim to address how AI can help in (1) making content smarter through learning content analytics and automatic content tagging, (2) generating the diverse, but semantically related, questions for evaluating the students’ knowledge, (3) assisting in short answers evaluation, and finally (4) understanding the students’ learning style/capacity through learning data analytics, thus enabling the adaptive and personalized education on Big Data platform.

Coordinator : AMAGASA Toshiyuki

[時間・場所変更あり]第142回計算科学コロキウムを、6月18日(火)14:30より開催します

第142回計算科学コロキウムを開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

講演タイトル: AI for Personalized Education
講演者: Prof. Mukesh Mohania (IIIT Delhi, India)
日時: 2024年6月18日(火) 13:30-14:30 14:30-15:30 (時間変更)
場所: 計算科学研究センター 国際ワークショップ室 総合研究棟B 911-2ゼミ室 (場所変更)
言語: 英語

要旨:

Online courses and learning systems have gained tremendous popularity over the last few years. While their ease of access and availability make them a very useful medium for knowledge sharing and learning, they do not keep the learners and their learning abilities in mind. The “one size fits all” approach to learning content and the question paper does not work in a large virtual classroom consisting of diverse students with different skill profiles, learning styles, aptitude and capabilities. In a traditional classroom, teachers who interact closely with students are in a position to evaluate the pace and depth of the curriculum being taught and can also suggest learning content to students not being able to cope with the general classroom teaching. Such suggestions and guidance are absent in current online learning systems. In this talk, we aim to address how AI can help in (1) making content smarter through learning content analytics and automatic content tagging, (2) generating the diverse, but semantically related, questions for evaluating the students’ knowledge, (3) assisting in short answers evaluation, and finally (4) understanding the students’ learning style/capacity through learning data analytics, thus enabling the adaptive and personalized education on Big Data platform.

Brief Biography:
Mukesh Mohania joined IIIT Delhi as a Professor in November 2019. He served as a Dean (Innovation, Research and Development) from July 2020-June 2023 at IIIT Delhi. Prior to joining the IIITD, he has held senior technical roles in IBM Research in India and Australia. He served as a Chief Architect of IBM Watson Education. His innovations center on AI for Education, Information (structured and unstructured
data) integration, and developing complex systems and applications in these areas, particularly in Education and Financial sectors. Over the course of his career, he has led a succession of successful projects that produced technology and products in use across the industry today, as well as influential and frequently cited technical work and patents. He holds 60+ granted patents and published 120+ technical papers in International Conferences and has widely participated in Industry forums. For these accomplishments, IBM recognized him as an “IBM Distinguished Engineer” (2013), “Master Inventor” (2009), “Member of IBM Academy of Technology” (2010), “Best of IBM” (2014). He has received several IBM corporate and research level awards, such as, “Excellence in People Management”, “Outstanding Innovation Award”, “Technical Accomplishment Award”, “Leadership By Doing”, and many more. He is a founding project director of DST sponsored Technology Innovation Hub (TIH) on ‘Cognitive Computing and Social Sensing’ at IIIT Delhi and received Rs100Cr (USD12M) for 2021-2025. He has held several visible positions, like ACM Distinguished Scientist (2011-), DASFAA Industrial Track co-chair (2024), VLDB Conference Organizing Chair (2016), DASFAA General- co-chair (2022), ER PC co-chair (2022), ACM India Vice-President (2015-17), ACM Distinguished Service Award Committee chair (2017-2018), Adjunct Professors/Industrial R&D board at various top universities in India and Australia, and many more, and has received IEEE Meritorious Service Award and ACM Outstanding Service Award.

世話人:天笠俊之

 

[ウェビナー]都市の未来: 持続可能で強靭な都市へのナビゲート

筑波大学計算科学研究センターとブルガリア大学GATEは、都市気候の科学者、専門家、政策立案者、研究者、学生、サステイナビリティに関心のある世界中の人々へ向けて、サスティナブルな都市に関するウェビナーを開催します。

日時:2024年6月12日(水)13:00 to 16:00 EEST (19:00 to 22:00 JST)
場所:オンライン(要事前申し込み)申し込みフォーム
参加費:無料
使用言語:英語

講演者等の詳細は、ウェビナーのページ(外部・英語)をご覧ください。

 

なお本ウェビナーは在日ブルガリア共和国大使館の後援を得て実施されます。

[Webinar] Urban Futures: Navigating the Path to Sustainable and Resilient Cities

We are delighted to invite you to an insightful and forward-thinking urban webinar scheduled for the 12th of June (Wed) 2024 from 13:00 to 16:00 EEST (19:00 to 22:00 JST). This event is brought to you by the GATE Institute, Sofia University, Bulgaria and the Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Japan, with the support of the Embassy of the Republic of Bulgaria in Tokyo. It will be held virtually, allowing for broad participation from urban climate scientists and experts, policymakers, researchers, students and sustainability enthusiasts worldwide.

Event Overview

Cities are at the forefront of the battle against climate change, and sustainable urban development is crucial for creating resilient communities. This webinar aims to explore the innovative strategies and best practices that can help shape the cities of tomorrow.

 

Date and Venue

Date: 12th of June (Wed) 2024, 13:00 to 16:00 EEST (19:00 to 22:00 JST)
Venue: online

 

Some of the Key Topics

Urban Climate, Urban Heat Islands, Thermal Environment, Green Infrastructure, Innovative Technologies, Community Engagement

 

Invited Speakers

For more information, please visit the webinar webpage.

 

Why Attend?

  • Gain insights from leading experts in urban climate and resilience.
  • Discover practical solutions and innovative approaches to urban challenges.
  • Network with professionals and stakeholders in the field of urban development.
  • Participate in interactive discussions and Q&A sessions.

 

Registration

To register for the webinar, please fill out the registration form. Attendance is free, but we encourage you to secure your spot early. After registration, you will receive a link to join the webinar.

 

Contact Information

For more information or any inquiries, please contact us at lidia.vitanova[at]gate-ai.eu and doan.van.gb[at]u.tsukuba.ac.jp ([at]–> @)

We look forward to your participation!

 

研究トピックス「仮想粒子を用いて原子核の実態に迫る!」を公開

計算科学研究センター(CCS)に所属する教員・研究員の研究をわかりやすく紹介する「研究者に聞くー研究トピックス」に「vol.18 仮想粒子を用いて原子核の実態に迫る!」を公開しました。

「研究者に聞くー研究トピックス」

原子核物理研究部門の清水准教授の研究を紹介しています。

仮想粒子を用いて原子核の実態に迫る!

仮想粒子を用いて原子核の実態に迫る!

清水則孝 准教授

原子核物理研究部門

清水先生は原子の中心にある原子核の性質を調べるため、コンピューターを用いた数値計算による理論研究をされています。

特に、清水先生は殻模型計算と呼ばれる手法を用いて原子核の構造を明らかにしています。

(2024.5.29 公開)

「魔法の数」から生まれた殻模型計算

原子の中の電子は2,8,18,32…個のときに安定するという性質があります。これらの個数の電子が入る電子殻をそれぞれK殻,L殻,M殻…と呼びます。同じような殻構造は原子の中心にある原子核でもみられ、原子核の場合は陽子や中性子(総称して核子)が各々2,8,20,28,50,82,…個のときに安定する性質があります。そして原子核が安定になる核子の数を「魔法数」(図1)と呼び、魔法数と魔法数の間に核子が入ることのできる「副殻」がいくつかあります。

 

図1

 

 

原子核が殻構造をもつという性質に基づいて考えだされたのが、殻模型という理論モデルです。殻模型では考えたい核子数より内側の魔法数以下の核子をある質量を持つコアとみなし、魔法数以上の核子のみをバラバラの粒子として扱います。

また、原子核はとても小さい核子が集まってできているので、その性質を調べるためにはたくさんの粒子に関する量子力学的な式を解く必要があります。この量子力学的な式をシュレーディンガー方程式といい、「ハミルトニアン」と「波動関数」,「エネルギー(質量)」から構成されています(図2)。ハミルトニアン(注1)は粒子が存在する環境を説明する役割、波動関数はその環境下での粒子の状態を説明する役割を持っています。殻模型計算ではハミルトニアンを設定してシュレーディンガー方程式を解くことで波動関数とエネルギーを得ます。正しいハミルトニアンを用いてこれらの解が得られれば、原子核の構造が分かる、ということになります。

図2:シュレーディンガー方程式。ハミルトニアンを設定し、波動関数とエネルギーを求める。  

 

さらに、波動関数は「基底」と呼ばれる関数の足し算でできている関数で、この基底の大まかな形は自分で設定してから方程式を解くという手順になっています。殻模型計算では図3のように、「それぞれの副殻に核子がどう詰まっているか」という組み合わせのパターンを基底とし、これらの基底を全て足し算したものを波動関数として設定しています。

原子核は球形のものもあれば、みかん型やレモン型のように変形しているものも存在します。さらに球形でもあり変形もしている、という両方の性質を持った不思議な原子核も存在するのですが、殻模型計算はこのような原子核の性質を表現することを得意としています。

図3

 

原子核の構造を決定するために解くシュレーディンガー方程式は、行列の方程式におきなおして解くことができ、組み合わせのパターンの数がその行列の次元に相当します(多田野先生の記事参照)。核子数が増えていくとパターンの数が組み合わせ爆発的に増えるため、直接解こうとするととても計算時間がかかり、現在のスーパーコンピュータでも計算しきれないといった問題が起きてしまいます。さらに、大きく変形している原子核では、コアをこわすような基底も新たに考える必要があり、これまでの殻模型計算では不可能でした。

 

仮想の粒子「準粒子」が大活躍

そこで、清水先生は基底を設定する際に使う関数の形を工夫することで、計算量の削減と球形・変形両方の性質を持つ原子核の再現に成功しました。

先ほど、基底は「核子が副殻に詰まるパターン」を使うと言いましたが、清水先生はこれを「準粒子が副殻に詰まるパターン」に変更しました。「核子」を「準粒子」に変更したのです。準粒子というのは、計算する上で用いる仮想の粒子です。通常、私たちは粒子が「存在する」または「存在しない」のどちらかであると考えますが、準粒子の場合は「この核子は○%存在する」というように存在する確率を決めることができます。準粒子という仮想の粒子を基準にして波動関数を設定すると、核子を基準にするよりも数値計算上で求めたい解により早く辿り着くことができます。

この清水先生の計算手法を用いると、150Nd(ネオジム150)原子核は、小さめの変形と、大きな変形の二つの「形」がいりまじっているような珍しい原子核であることがわかってきました。この原子核は2重ベータ崩壊(注2)という特別な崩壊をおこすので、ニュートリノの質量を調べる実験に使われています(日野原先生の記事参照)。その実験に必要な情報を提供することにもつながりました。

 

原子核の構造を調べる計算方法は殻模型計算の他にも第一原理計算や密度汎関数法などがあります。清水先生は今後、これらの計算方法を繋ぐ研究がしたいと考えています。これら3つの計算方法にはそれぞれに良いところがあるので、これらを掛け合わせた方法ができたら、今まで発見されていなかった驚くべき原子核の性質が見えてくるかもしれません。

 

                           (文・広報サポーター 類家千怜)

 

 

 

用語

(注1)ハミルトニアン:考えている系全体のエネルギーを表す関数

(注2)2重ベータ崩壊:中性子が陽子に変わるベータ崩壊が同時に2回起きる現象。

 

さらに詳しく知りたい人へ

殻模型の可能性を広げるKSHELL-原子核の未知に挑む大規模計算

 

【受賞】堀助教が理論化学会奨励賞を受賞

生命科学研究部門の堀優太助教が、理論化学会の第5回理論化学会奨励賞を受賞しました。

受賞理由は「理論化学計算によるプロトン移動解析と材料設計への展開」です。

2024年5月21日(火)~23日(木)に筑波大学で開催された第26回理論化学討論会にて表彰式が行われました。

関連リンク:https://www.jstc.org/honorableaward/

室温でスピンの向きを揃えられる分子の種類を増やす共結晶化技術の開発に成功~量子技術を用いた超高感度MRIによる 精密がん診断や治療効果判定に向けて大きく前進~

2024年5月17日
国立大学法人 徳島大学
国立大学法人 大阪大学
国立大学法人 筑波大学
国立大学法人 金沢大学

報道概要

核スピン(原子核が持つ磁石のような性質)の振る舞いを見るNMR(核磁気共鳴)やMRI(磁気共鳴イメージング)の検出感度は、核スピンの向きの揃い具合(偏極率)に比例します。一般的な偏極率は極めて低く、より高度なNMRやMRI測定、例えば微小な腫瘍のMRI検出などは困難です。極低温で核スピンの向きを揃える動的核偏極(DNP)と呼ばれる方法が盛んに研究されていますが、高価な装置や液体ヘリウムなどの寒剤がネックとなり、広く社会に普及していません。

徳島大学大学院社会産業理工学研究部物理科学分野の犬飼宗弘准教授、大阪大学量子情報・量子生命研究センターの宮西孝一郎講師、根来誠准教授、香川晃特任准教授、筑波大学計算科学研究センターの堀優太助教、重田育昭教授、金沢大学理工研究域の栗原拓也助教らからなる研究チームは、光とマイクロ波を照射することで引き起こされる量子力学的過程によって、室温でスピンの向きを揃えられる光励起三重項の電子スピンを用いたDNP(トリプレットDNP)に注目しました。トリプレットDNPは古くから研究されている手法ですが、この技術を応用するためには課題が残されており、適用できる分子の種類が限られていました。

本研究では、トリプレットDNPが適用できる分子の種類を劇的に増やす方法として、共結晶化技術を開発しました。トリプレットDNPにより感度を向上させたいターゲット分子、補助分子、そして感度向上の元となる偏極源から組み上がる共結晶を開発し、MRI分子プローブである尿素を含む複数分子のトリプレットDNPを室温で実現しました。

将来、本研究が提案する共結晶化技術とMRIを組み合わせることで、従来法では困難であった精密ながんの診断や治療判定を可能とする超高感度MRIが期待されます。

本成果は令和6年5月17日10時(日本時間)に米国化学会のJournal of the American Chemical Societyオンライン版に公開される予定です。

プレスリリース全文はこちら

掲載論文

【題名】
Cocrystalline Matrices for Hyperpolarization at Room Temperature Using Photoexcited Electrons

【掲載誌】
Journal of the American Chemical Society

【DOI】
10.1021/jacs.4c01050

 

[ウェブリリース]スーパーコンピュータPegasusが電力当たり性能で2期連続国内最高位

2024年5月15日
筑波大学 計算科学研究センター

ドイツ・ハンブルクおよびオンラインで開催されたのHPC(ハイパフォーマンス・コンピューティング:高性能計算技術)に関する国際会議「ISC High Performance 2024」(2024.5.12-16)において、世界のスーパーコンピュータランキングが発表されました。
筑波大学計算科学研究センターのスーパーコンピュータ Pegasus は、1W当たり41.12GFLOPS(1秒当たり411億2千万回の浮動小数点演算性能)を達成し、消費電力当たりの性能をランキングしたGreen500リストで、国内最高位(世界第20位)にランクされました。
PegasusがGreen500国内最高位となるのは2期連続です。

 

【関連情報】

スーパーコンピュータPegasusが電力当たり性能で国内最高位をマーク (2023.11.14)

GREEN500 List – June 2024

 

第141回計算科学コロキウムを、5月10日(金)15:00より開催します

第141回計算科学コロキウムを開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

講演タイトル: エントロピーと物性科学 – エントロピーから見えるもの
講演者: 齋藤 一弥 博士(筑波大学計算科学研究センター 非常勤研究員)
日時: 2024年5月10日(金) 15:00-16:00
場所: 計算科学研究センター 会議室B (会議室Cより変更になりました)
言語: Japanese

要旨:
エントロピーは,基本的に巨視系の持つ熱力学量であるが,ボルツマンの原理により巨視系の微視的状態数と関係すると考えられている.本セミ ナーでは,自己紹介も兼ねて,長年取り組んできた熱力学測定に根ざした 物性研究の成果から,ボルツマンの原理に基づくエントロピーの解析が他 の方法からは得がたい情報を与える例を紹介する.トピックスとして,1) 異 常な結晶構造の正当化,2) 分子運動の相関の検出,3) 層状液晶の凝集 構造,を予定している.

世話人: 堀優太

 

CCS signs collaboration agreement with GATE Institute, Sofia University

The Center for Computational Sciences (CCS) at the University of Tsukuba has solidified a significant partnership with the Big Data for Smart Society (GATE) Institute, situated at Sofia University in Bulgaria. The agreement, signed on April 26, 2024, marks a milestone in fostering collaboration between academic institutions in advancing research and innovation in the fields of big data and artificial intelligence (AI).

GATE Institute is renowned for its collaborative efforts with government bodies, industries, and entrepreneurs to drive impactful research and innovation in the realms of big data and AI. The institute serves as a hub for foundational and applied research, as well as for promoting education in these cutting-edge domains.

The memorandum of understanding (MOU) between CCS and GATE Institute aims to facilitate joint research initiatives, promote information sharing, and encourage academic exchange. The collaboration will particularly focus on leveraging meteorology research to contribute to the development of smart cities and societies.

In continuation of the MOU signing ceremony, a hybrid seminar was conducted, providing a platform for engaging discussions among participants.

ブルガリア ソフィア大学GATEとのMOU調印式

筑波大学計算科学研究センター(CCS)は、2024年4月26日、ブルガリア共和国・ソフィア大学 Big Data for Smart Society (GATE) Institute との部局間交流協定を締結しました。
GATEは、政府、産業界、起業家と協力し、社会的インパクトの高いビッグデータ・AI分野の基礎・応用研究と、イノベーション、教育を推進する拠点です。
この協定締結により、スマートシティ、スマートソサエティの構築に重要な気象分野を中心に、共同研究、情報共有、交流を促進し、社会に還元できる研究を推進します。

MOU調印式に続き、ハイブリッドでのセミナーが開催され、活発な議論が交わされました。

朴センター長(CCS)とILIEVA所長(GATE)による協定の取り交わし
朴センター長(CCS)とILIEVA所長(GATE)による協定の取り交わし

 

Postdoctoral Researcher (3D Surgical Vision)

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba is conducting “Computational Medical Science Project” to explore medical technology based on computational science in collaboration with medical science. One of the projects in this project, “3D Surgical Vision,” integrates scene understanding based on 3D visual information with Augmented Reality (AR) to realize a 3D surgical navigation system that enables an intuitive understanding of procedures and medical techniques. Our research aims to improve the skill of medical operations and educational effectiveness, as well as to realize a remote diagnosis and surgical operation system.
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/eng/research-activities/computational-medical-science/

This call for applications is open to researchers who are willing to conduct the above-mentioned research in Computational Medical Science. Especially, We are looking for a person who is willing to promote research activities in collaboration with the field of medicine after starting the position.

See more details on the following website.
https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDetail/Changelang?id=D124041682&lang=1

計算情報学研究部門(計算メディア分野)研究員(締切5月31日)

筑波大学計算科学研究センターでは、物理学・化学・生物学などの基礎科学、および、計算シミュレーション技術を用いて医学分野と連携し、計算科学による医療技術を開拓する「計算メディカルサイエンス事業」に取り組んでいます。この事業の中のプロジェクトの一つである“3D Surgical Vision”では、3次元映像に基づいた状況認識と拡張現実提示を統合することにより、施術手順や医療技術の直感的な把握を可能とする3次元手術ナビゲーションを実現し、施術レベル・教育効果の向上を目指すと共に、遠隔診断・治療システムの実現を目的とした研究に取り組んでいます。https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/research_promotion/medical-science/
本公募では、上記計算メディカルサイエンスの研究を行っていただける方を求めます。特に、着任後は意欲的に医学分野と連携して研究活動を推進していただける方を希望します。

詳細は以下のJREC-INでご確認ください。
https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDetail?id=D124041682

 

CCS – GATE Workshop

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba in Japan, and Big Data for Smart Society Institute (GATE), Sofia University in Bulgaria will conclude a memorandum of understanding (MOU). A signing ceremony and workshop will be held on the following schedule.

Date:26th April, 2024(Fri) 13:00-17:00
Venue:CCS Workshop Room and online

Time

 

 

Japan  Bulgaria

12:45 – 13:00

06:45 – 07:00

Registration  

 

13:05 – 13:10


 

 

 

07:05 – 07:10


 

 

 

Welcomed remarks CCS 

Prof. Taisuke BOKU

Welcomed remarks GATE

Prof. Sylvia ILIEVA

Welcomed remarks CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

Welcomed remarks GATE

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

13:10 – 13:15

07:10 – 07:15

Ceremony for signing the MoU

Prof. BOKU and Prof. ILIEVA

13:15 – 13:25

07:20 – 07:25

Photo and memorial time 

 

13:25 – 13:30

07:25 – 07:30

Closing the Ceremony

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

13:30 – 14:00

07:30 – 08:00

Tour visit of CCS 1 

 

Workshop Part1 Chair: Dr. Vitanova (GATE)

14:00 – 14:05

08:00 – 08:05

Open the workshop

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

14:05 – 14:25

08:05 – 08:25

CCS introduction 

Prof. Taisuke BOKU

14:25 – 14:45

08:25 – 08:45

Big Data for Smart Society (GATE) Institute: Challenges and achievements

Prof. Sylvia ILIEVA

14:45 – 15:05

08:45 – 09:05

Introduction of Geoenvironment group at CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

15:05 – 15:15

09:05 – 09:15

Break

 
Workshop Part2  Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA (CCS)

15:15 – 15:35

09:15 – 09:35

Urban Climate Change Prediction 

Asst. Prof. Quang Van DOAN

15:35 – 15:55

09:35 – 09:55

Urban digital twin: Challenges and use cases of Sofia city

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

15:55 – 16:15

09:55 – 10:15

Urban Heat Islands: А use case of Sofia city

Dr. Lidia VITANOVA

16:15 – 16:20

10:15 – 10:20

Closing the workshop

Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA

16:20 – 16:30

10:20 – 10:30

Break  

Internal Discussion & Free Time

16:30 – 17:00

10:30 – 11:00

Internal discussion between CCS and GATE

 

17:00 – 17:30

11:00 – 11:30

Tour visit of CCS Part 2

Prof. Taisuke BOKU

CCS – GATE Workshop

筑波大学計算科学研究センターは、ブルガリア・ソフィア大学GATE(https://veleshub.eu/gate-sofia-university/)と共同研究MOUを締結します。これに合わせ、以下の日程で調印式及びワークショップを開催いたします。

日時:2024年4月26日(金) 13:00-17:00
場所:筑波大学計算科学研究センター ワークショップ室

Time

 

 

Japan  Bulgaria

12:45 – 13:00

06:45 – 07:00

Registration  

 

13:05 – 13:10


 

 

 

07:05 – 07:10


 

 

 

Welcomed remarks CCS 

Prof. Taisuke BOKU

Welcomed remarks GATE

Prof. Sylvia ILIEVA

Welcomed remarks CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

Welcomed remarks GATE

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

13:10 – 13:15

07:10 – 07:15

Ceremony for signing the MoU

Prof. BOKU and Prof. ILIEVA

13:15 – 13:25

07:20 – 07:25

Photo and memorial time 

 

13:25 – 13:30

07:25 – 07:30

Closing the Ceremony

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

13:30 – 14:00

07:30 – 08:00

Tour visit of CCS 1 

 

Workshop Part1 Chair: Dr. Vitanova (GATE)

14:00 – 14:05

08:00 – 08:05

Open the workshop

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

14:05 – 14:25

08:05 – 08:25

CCS introduction 

Prof. Taisuke BOKU

14:25 – 14:45

08:25 – 08:45

Big Data for Smart Society (GATE) Institute: Challenges and achievements

Prof. Sylvia ILIEVA

14:45 – 15:05

08:45 – 09:05

Introduction of Geoenvironment group at CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

15:05 – 15:15

09:05 – 09:15

Break

 
Workshop Part2  Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA (CCS)

15:15 – 15:35

09:15 – 09:35

Urban Climate Change Prediction 

Asst. Prof. Quang Van DOAN

15:35 – 15:55

09:35 – 09:55

Urban digital twin: Challenges and use cases of Sofia city

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

15:55 – 16:15

09:55 – 10:15

Urban Heat Islands: А use case of Sofia city

Dr. Lidia VITANOVA

16:15 – 16:20

10:15 – 10:20

Closing the workshop

Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA

16:20 – 16:30

10:20 – 10:30

Break  

Internal Discussion & Free Time

16:30 – 17:00

10:30 – 11:00

Internal discussion between CCS and GATE

 

17:00 – 17:30

11:00 – 11:30

Tour visit of CCS Part 2

Prof. Taisuke BOKU

Job opening of Assistant Professor (fixed term) position in CCS, University of Tsukuba

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba, invites applications for a full-time (non-tenured) faculty position as described below. We would like to inform all institutes concerning this field, and ask for your cooperation in recommending a suitable candidate for the position. Thank you for your support.

 

Title:
Assistant professor with a fixed-term appointment

Affiliation:
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba (Division of Particle Physics)

Research field, Content of work:
Computational particle physics. In collaboration with Prof. Yoshinobu Kuramashi, the successful candidate will conduct research on lattice field theories using the tensor network approach related to the research project “New development of computational particle physics with tensor network approach” supported by Grant-in-Aid for Scientific Research (A) (Principal Investigator: Yoshinobu Kuramashi). The applicant will be expected to have expertise, skills, and experience on the lattice field theory and related numerical computations.

Starting date:
As soon as possible after a hiring decision is made (negotiable).

Terms of employment:
Full-time position with possibility of renewal annually, up until March 31, 2028, upon evaluation of the progress. The annual salary will be determined based on the regulations of the University, taking account of the career of the employee.

Qualifications:
An applicant needs to have a Doctoral Degree or Ph. D at the start of employment.

Application materials:

  1. Curriculum Vitae (with photograph)
  2. List of research activities including acquired competitive research funds (Separate refereed and non-refereed papers in the list)
  3. Reprints of 5 major papers published within the last 5 years (One paper may be published earlier than 5 years.)
  4. Summary of research activities (up to about 1000 words)
  5. Research plan after the appointment (up to about 1000 words)
  6. Two Reference letters or contact information of the two letter writers
  7. Self-Declaration on Specific Categories (the prescribed form can be downloaded from https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/reqdocuments/)
  8. Consent for the handling and extraterritorial transfer of personal data in accordance with the EU-General Data Protection Regulation (GDPR) (*Submit this form only if you are a resident of member countries of the European Economic Area or the United Kingdom, the prescribed form can be downloaded from https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/reqdocuments/)

Selection process:
After screening the application documents, qualified applicants will be invited to have an online interview in Japanese or English.

Deadline for application:
23:59 (JST), May 31, 2024.

Where to submit:
Please write “Application for Assistant Professor Position in Particle Physics” on the subject and send a zip file with a password for the documents 1)-8) in the pdf format via e-mail to application-pp[at]ccs.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @). The password is separately sent to kuramasi[at]het.ph.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @ as well).

Reference letters should be sent in pdf format via e-mail to application-pp[at]ccs.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @). Please write “Letter-XXX” (XXX is the applicant’s name) on the subject.

Who to make contact:
Prof. Yoshinobu Kuramashi
Chief, Division of Particle Physics
Center for Computational Sciences
University of Tsukuba
Tel: +81-29-853-4469, Email: kuramasi[at]het.ph.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @)

Miscellaneous:

  1. The personal information in the application documents will be used solely for the purpose of selection. After the selection all the personal information will be properly deleted.
  2. The Center for Computational Sciences has been approved as a Joint Collaborative Research Center by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology. We promote interdisciplinary computational sciences, including joint use of our supercomputer systems. The University of Tsukuba conducts its personnel selection process in compliance with the Equal Employment Opportunity Act.
  3. The University of Tsukuba has established “University of Tsukuba Security Export Control Regulations” based on “Foreign Exchange and Foreign Trade Act”, and conduct strict examination when employing foreign nationals, persons from foreign universities, companies, government agencies, etc., or persons who fall under a specific category.