ブルガリア ソフィア大学GATEとのMOU調印式

筑波大学計算科学研究センター(CCS)は、2024年4月26日、ブルガリア共和国・ソフィア大学 Big Data for Smart Society (GATE) Institute との部局間交流協定を締結しました。
GATEは、政府、産業界、起業家と協力し、社会的インパクトの高いビッグデータ・AI分野の基礎・応用研究と、イノベーション、教育を推進する拠点です。
この協定締結により、スマートシティ、スマートソサエティの構築に重要な気象分野を中心に、共同研究、情報共有、交流を促進し、社会に還元できる研究を推進します。

MOU調印式に続き、ハイブリッドでのセミナーが開催され、活発な議論が交わされました。

朴センター長(CCS)とILIEVA所長(GATE)による協定の取り交わし
朴センター長(CCS)とILIEVA所長(GATE)による協定の取り交わし

 

Postdoctoral Researcher (3D Surgical Vision)

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba is conducting “Computational Medical Science Project” to explore medical technology based on computational science in collaboration with medical science. One of the projects in this project, “3D Surgical Vision,” integrates scene understanding based on 3D visual information with Augmented Reality (AR) to realize a 3D surgical navigation system that enables an intuitive understanding of procedures and medical techniques. Our research aims to improve the skill of medical operations and educational effectiveness, as well as to realize a remote diagnosis and surgical operation system.
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/eng/research-activities/computational-medical-science/

This call for applications is open to researchers who are willing to conduct the above-mentioned research in Computational Medical Science. Especially, We are looking for a person who is willing to promote research activities in collaboration with the field of medicine after starting the position.

See more details on the following website.
https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDetail/Changelang?id=D124041682&lang=1

計算情報学研究部門(計算メディア分野)研究員(締切5月31日)

筑波大学計算科学研究センターでは、物理学・化学・生物学などの基礎科学、および、計算シミュレーション技術を用いて医学分野と連携し、計算科学による医療技術を開拓する「計算メディカルサイエンス事業」に取り組んでいます。この事業の中のプロジェクトの一つである“3D Surgical Vision”では、3次元映像に基づいた状況認識と拡張現実提示を統合することにより、施術手順や医療技術の直感的な把握を可能とする3次元手術ナビゲーションを実現し、施術レベル・教育効果の向上を目指すと共に、遠隔診断・治療システムの実現を目的とした研究に取り組んでいます。https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/research_promotion/medical-science/
本公募では、上記計算メディカルサイエンスの研究を行っていただける方を求めます。特に、着任後は意欲的に医学分野と連携して研究活動を推進していただける方を希望します。

詳細は以下のJREC-INでご確認ください。
https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDetail?id=D124041682

 

CCS – GATE Workshop

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba in Japan, and Big Data for Smart Society Institute (GATE), Sofia University in Bulgaria will conclude a memorandum of understanding (MOU). A signing ceremony and workshop will be held on the following schedule.

Date:26th April, 2024(Fri) 13:00-17:00
Venue:CCS Workshop Room and online

Time

 

 

Japan  Bulgaria

12:45 – 13:00

06:45 – 07:00

Registration  

 

13:05 – 13:10


 

 

 

07:05 – 07:10


 

 

 

Welcomed remarks CCS 

Prof. Taisuke BOKU

Welcomed remarks GATE

Prof. Sylvia ILIEVA

Welcomed remarks CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

Welcomed remarks GATE

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

13:10 – 13:15

07:10 – 07:15

Ceremony for signing the MoU

Prof. BOKU and Prof. ILIEVA

13:15 – 13:25

07:20 – 07:25

Photo and memorial time 

 

13:25 – 13:30

07:25 – 07:30

Closing the Ceremony

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

13:30 – 14:00

07:30 – 08:00

Tour visit of CCS 1 

 

Workshop Part1 Chair: Dr. Vitanova (GATE)

14:00 – 14:05

08:00 – 08:05

Open the workshop

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

14:05 – 14:25

08:05 – 08:25

CCS introduction 

Prof. Taisuke BOKU

14:25 – 14:45

08:25 – 08:45

Big Data for Smart Society (GATE) Institute: Challenges and achievements

Prof. Sylvia ILIEVA

14:45 – 15:05

08:45 – 09:05

Introduction of Geoenvironment group at CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

15:05 – 15:15

09:05 – 09:15

Break

 
Workshop Part2  Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA (CCS)

15:15 – 15:35

09:15 – 09:35

Urban Climate Change Prediction 

Asst. Prof. Quang Van DOAN

15:35 – 15:55

09:35 – 09:55

Urban digital twin: Challenges and use cases of Sofia city

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

15:55 – 16:15

09:55 – 10:15

Urban Heat Islands: А use case of Sofia city

Dr. Lidia VITANOVA

16:15 – 16:20

10:15 – 10:20

Closing the workshop

Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA

16:20 – 16:30

10:20 – 10:30

Break  

Internal Discussion & Free Time

16:30 – 17:00

10:30 – 11:00

Internal discussion between CCS and GATE

 

17:00 – 17:30

11:00 – 11:30

Tour visit of CCS Part 2

Prof. Taisuke BOKU

CCS – GATE Workshop

筑波大学計算科学研究センターは、ブルガリア・ソフィア大学GATE(https://veleshub.eu/gate-sofia-university/)と共同研究MOUを締結します。これに合わせ、以下の日程で調印式及びワークショップを開催いたします。

日時:2024年4月26日(金) 13:00-17:00
場所:筑波大学計算科学研究センター ワークショップ室

Time

 

 

Japan  Bulgaria

12:45 – 13:00

06:45 – 07:00

Registration  

 

13:05 – 13:10


 

 

 

07:05 – 07:10


 

 

 

Welcomed remarks CCS 

Prof. Taisuke BOKU

Welcomed remarks GATE

Prof. Sylvia ILIEVA

Welcomed remarks CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

Welcomed remarks GATE

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

13:10 – 13:15

07:10 – 07:15

Ceremony for signing the MoU

Prof. BOKU and Prof. ILIEVA

13:15 – 13:25

07:20 – 07:25

Photo and memorial time 

 

13:25 – 13:30

07:25 – 07:30

Closing the Ceremony

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

13:30 – 14:00

07:30 – 08:00

Tour visit of CCS 1 

 

Workshop Part1 Chair: Dr. Vitanova (GATE)

14:00 – 14:05

08:00 – 08:05

Open the workshop

Chair: Asst. Prof. Quang Van DOAN

14:05 – 14:25

08:05 – 08:25

CCS introduction 

Prof. Taisuke BOKU

14:25 – 14:45

08:25 – 08:45

Big Data for Smart Society (GATE) Institute: Challenges and achievements

Prof. Sylvia ILIEVA

14:45 – 15:05

08:45 – 09:05

Introduction of Geoenvironment group at CCS 

Prof. Hiroyuki KUSAKA

15:05 – 15:15

09:05 – 09:15

Break

 
Workshop Part2  Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA (CCS)

15:15 – 15:35

09:15 – 09:35

Urban Climate Change Prediction 

Asst. Prof. Quang Van DOAN

15:35 – 15:55

09:35 – 09:55

Urban digital twin: Challenges and use cases of Sofia city

Prof. Desislava PETROVA-ANTONOVA

15:55 – 16:15

09:55 – 10:15

Urban Heat Islands: А use case of Sofia city

Dr. Lidia VITANOVA

16:15 – 16:20

10:15 – 10:20

Closing the workshop

Chair: Prof. Hiroyuki KUSAKA

16:20 – 16:30

10:20 – 10:30

Break  

Internal Discussion & Free Time

16:30 – 17:00

10:30 – 11:00

Internal discussion between CCS and GATE

 

17:00 – 17:30

11:00 – 11:30

Tour visit of CCS Part 2

Prof. Taisuke BOKU

Job opening of Assistant Professor (fixed term) position in CCS, University of Tsukuba

Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba, invites applications for a full-time (non-tenured) faculty position as described below. We would like to inform all institutes concerning this field, and ask for your cooperation in recommending a suitable candidate for the position. Thank you for your support.

 

Title:
Assistant professor with a fixed-term appointment

Affiliation:
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba (Division of Particle Physics)

Research field, Content of work:
Computational particle physics. In collaboration with Prof. Yoshinobu Kuramashi, the successful candidate will conduct research on lattice field theories using the tensor network approach related to the research project “New development of computational particle physics with tensor network approach” supported by Grant-in-Aid for Scientific Research (A) (Principal Investigator: Yoshinobu Kuramashi). The applicant will be expected to have expertise, skills, and experience on the lattice field theory and related numerical computations.

Starting date:
As soon as possible after a hiring decision is made (negotiable).

Terms of employment:
Full-time position with possibility of renewal annually, up until March 31, 2028, upon evaluation of the progress. The annual salary will be determined based on the regulations of the University, taking account of the career of the employee.

Qualifications:
An applicant needs to have a Doctoral Degree or Ph. D at the start of employment.

Application materials:

  1. Curriculum Vitae (with photograph)
  2. List of research activities including acquired competitive research funds (Separate refereed and non-refereed papers in the list)
  3. Reprints of 5 major papers published within the last 5 years (One paper may be published earlier than 5 years.)
  4. Summary of research activities (up to about 1000 words)
  5. Research plan after the appointment (up to about 1000 words)
  6. Two Reference letters or contact information of the two letter writers
  7. Self-Declaration on Specific Categories (the prescribed form can be downloaded from https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/reqdocuments/)
  8. Consent for the handling and extraterritorial transfer of personal data in accordance with the EU-General Data Protection Regulation (GDPR) (*Submit this form only if you are a resident of member countries of the European Economic Area or the United Kingdom, the prescribed form can be downloaded from https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/reqdocuments/)

Selection process:
After screening the application documents, qualified applicants will be invited to have an online interview in Japanese or English.

Deadline for application:
23:59 (JST), May 31, 2024.

Where to submit:
Please write “Application for Assistant Professor Position in Particle Physics” on the subject and send a zip file with a password for the documents 1)-8) in the pdf format via e-mail to application-pp[at]ccs.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @). The password is separately sent to kuramasi[at]het.ph.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @ as well).

Reference letters should be sent in pdf format via e-mail to application-pp[at]ccs.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @). Please write “Letter-XXX” (XXX is the applicant’s name) on the subject.

Who to make contact:
Prof. Yoshinobu Kuramashi
Chief, Division of Particle Physics
Center for Computational Sciences
University of Tsukuba
Tel: +81-29-853-4469, Email: kuramasi[at]het.ph.tsukuba.ac.jp ([at] should be replaced by @)

Miscellaneous:

  1. The personal information in the application documents will be used solely for the purpose of selection. After the selection all the personal information will be properly deleted.
  2. The Center for Computational Sciences has been approved as a Joint Collaborative Research Center by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology. We promote interdisciplinary computational sciences, including joint use of our supercomputer systems. The University of Tsukuba conducts its personnel selection process in compliance with the Equal Employment Opportunity Act.
  3. The University of Tsukuba has established “University of Tsukuba Security Export Control Regulations” based on “Foreign Exchange and Foreign Trade Act”, and conduct strict examination when employing foreign nationals, persons from foreign universities, companies, government agencies, etc., or persons who fall under a specific category.

 

素粒子物理研究部門 助教(任期付)公募(締切5月31日)

公募人員: 助教(任期付) 1名

所属組織:計算科学研究センター(素粒子物理研究部門)

専門分野:科学研究費補助金・基盤研究 (A)「テンソルネットワーク法が拓く計算素粒子物理学の新たな展開」(代表:藏増嘉伸)に関する理論研究に従事する。代表者との連携のもと,テンソルネットワーク法を用いた格子上の場の理論の数値的研究を推進する。格子上の場の理論の専門的知見を有し,関連する数値計算の経験があることが望ましい。

着任時期: 決定後できるだけ早い時期(応相談)

任期:年度更新,最長2028年3月31日まで

給与: 年俸制(給与等雇用条件は本学の規定による)。候補者の職務経験等を加味し,本学規程に基づいて号俸を決定。

応募資格: 博士の学位を有する方もしくは着任時期までに取得見込の方

提出書類

1)履歴書(写真貼付)

2)全業績リスト(外部資金の獲得状況を含む,査読論文とその他を区別すること)

3)主要論文別刷5編(うち4編以上は最近5年以内のもの)

4)これまでの研究の概要(最大2000字程度)

5)着任後の研究に関する抱負(最大2000字程度)

6)本人についての意見を求め得る方2名の氏名及び連絡先,もしくは推薦書2通

7)特定類型自己申告書(本学所定様式 https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/reqdocuments/)

8)EU―般データ保護規則(GDPR)に基づく個人データの取扱い及び域外移転に関する同意書(※欧州経済領域の構成国及び英国在住者のみ必ず提出,本学所定様式 https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/reqdocuments/)

 

選考方法: 提出書類に基づいた書面選考を実施し,通過者は日本語または英語でオンライン面接を行います。

応募締切: 2024年5月31日(金)23:59(JST)必着

応募方法: 提出書類の1)−8)を一つのPDFファイルにまとめてパスワードをかけ,電子メールの添付ファイルとして,下記のアドレス
   application-pp[at]ccs.tsukuba.ac.jp([at]を@に置き換える)
にお送りください。PDFファイルのパスワードは,別途下記のアドレス
   kuramasi[at]het.ph.tsukuba.ac.jp([at]を@に置き換える)
にお送りください。ファイルサイズの合計が10MBを超える場合は,問い合わせ先に連絡してください。メールの件名は,「素粒子物理研究部門応募書類」としてください。メール送信後,2日以内に受領確認のメールが届かない場合は,問い合わせ先に連絡してください。

推薦書は,作成者が下記のアドレス
   application-pp[at]ccs.tsukuba.ac.jp([at]を@に置き換える)
に直接電子メールの添付ファイルとして送付してください。メールの件名は,「〇〇氏推薦書」または「Letter-〇〇」(〇〇は応募者の氏名)としてください。

問合せ先:筑波大学計算科学研究センター素粒子物理研究部門主任 藏増嘉伸 

Tel: 029-853-4469

Email: kuramasi[at]het.ph.tsukuba.ac.jp([at]を@に置き換える)

その他: 

  1. 応募書類に含まれる個人情報は,本人事選考のみに使用し,他の目的には一切使用しません。選考終了後はすべての個人情報を適切に破棄します。
  2. 計算科学研究センターは,文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており,計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。
  3. 本学では,「外国為替及び外国貿易法」に基づき,「国立大学法人筑波大学安全保障輸出管理規則」を定め,外国人,外国の大学・企業・政府機関等出身者又は特定類型該当者の雇用に際し厳格な審査を実施しています。

2024年度 一般公開:スーパーコンピュータ「Cygnus」を見に行こう!

2024年度計算科学研究センター一般公開を、2024年4月21日(日)に開催いたします。

2019年4月に運用を開始したスーパーコンピュータ「Cygnus」 を見学できます。また、スーパーコンピュータを使った宇宙の研究についての講演を行います。

予約等は不要です。直接会場までお越しください。

【講演】「コンピュータ上でタンパク質や生体分子を操る」

計算科学研究センター ワークショップ室 (14:00-14:30)
話し手:堀優太 先生

【施設見学】

計算科学研究センター 計算機室 (13:00-16:00):

スーパーコンピュータCygnusを間近でご覧いただけます!

計算科学研究センター 1F 展示フロア (13:00-16:00):

歴代のスーパーコンピュータやスーパーコンピュータOakforest-PACSのノードを展示しています。

日 程:2024年4月21日(日)

場 所:筑波大学計算科学研究センター 交通アクセス

参加費:無料。団体見学可(事前にご連絡ください)。

お問合せ:pr [at] ccs.tsukuba.ac.jp (@を[at]と表示しています)

関連リンク:
筑波大学科学技術週間キッズユニバーシティ

4月21日、筑波大学では計算科学研究センター以外でも、特別授業や科学実験をはじめ、さまざまなイベントを開催します。「一日筑波大生」になって、科学の面白さと大学の魅力を体感しよう!

2024年4月
一般公開実施担当者一同

【受賞】原田准教授がUBE学術振興財団第64回学術奨励賞を受賞

生命科学研究部門の原田隆平准教授が、公益財団法人UBE学術振興財団の第64回学術奨励賞を受賞しました。

受賞研究課題は、「疾患原因となる分子間相互作用を特定する異常検知システムの開発(医学)」です。 

関連リンク:https://www.ube.co.jp/ube_s_zaidan/grants.html#y2023

 

Name of next system determined for JCAHPC

The Joint Center for Advanced High Performance Computing (JCAHPC), which is jointly operated under the collaboration between the Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, and the Information Technology Center, the University of Tokyo, has named its new supercomputer system “Miyabi,” which is planned to start its entire operation in January 2025.

See the News article on JCAHPC website for details.

 

 

最先端共同HPC基盤施設における次期システムの名称を決定

筑波大学計算科学研究センターと東京大学情報基盤センターが共同運営する、最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC:Joint Center for Advanced High Performance Computing、施設長:朴泰祐)は、2025年1月に稼働を開始する次期スーパーコンピュータシステムの名称を “Miyabi”(みやび)に決定しました。

詳細はJCAHPCのニュース記事をご覧ください。

 

[Cancel] 140th Colloquium of the Center for Computational Sciences

140th Colloquium

*This colloquium has been canceled.

Title: Climate Change Research: Insights from KAUST
Speaker: Prof Ibrahim Hoteit(King Abdullah University of Science and Technology)
Date: 2 April 2024
Time: 13:30-14:15
Venue: Center for Computational Sciences, Workshop Room 
Language: English

*After the invited presentation, the following seminar is scheduled. 

13:30-14:15
Climate Change Research: Insights from KAUST
Prof Ibrahim Hoteit, King Abdullah University of Science and Technology

14:15-14:45
Urban Climate Modeling for urban and district scales: WRF-UCM and City-LES
Prof Hiroyuki Kusaka, University of Tsukuba

14:45-15:15
Urban Extreme Weather and Climate Change
Asst Prof Quang-Van Doan, University of Tsukuba

15:1515:30
General Discussion

【中止】第140回計算科学コロキウムを、4月2日(火)13:30より開催します

*第140回計算科学コロキウムは中止となりました(2024.04.01追記)*

第140回計算科学コロキウムを開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

講演タイトル:Climate Change Research: Insights from KAUST
講演者: Prof Ibrahim Hoteit(King Abdullah University of Science and Technology)
日時: 2024年4月2日(火) 13:30-14:15
場所: 計算科学研究センター ワークショップ室
言語: English

*計算科学コロキウムに続けて、セミナーが開催されます。
全体のスケジュールは以下の通りです。

13:30-14:15
Climate Change Research: Insights from KAUST
Prof Ibrahim Hoteit, King Abdullah University of Science and Technology

14:15-14:45
Urban Climate Modeling for urban and district scales: WRF-UCM and City-LES
Prof Hiroyuki Kusaka, University of Tsukuba

14:45-15:15
Urban Extreme Weather and Climate Change
Asst Prof Quang-Van Doan, University of Tsukuba

15:1515:30
General Discussion

一般利用の募集

筑波大学計算科学研究センターでは、東京大学情報基盤センターが運用する高性能メニーコアクラスタ Wisteria-O(7,680ノード、A64FX、25.9 PFLOPS)及び筑波大学計算科学研究センターが運用するビッグメモリスーパコンピュータPegasus (120ノード、 SPR、 H100、不揮発性メモリ、 6.5 PFLOPS)とGPU, FPGA 混載型クラスタCygnus (78ノード、 V100、 FPGA、2.3 PFLOPS)の3台のスーパコンピュータについて、各システムの20%(Wisteria-Oについては筑波大割当分の20%)を目安とした計算機資源を、全国共同利用機関として有償の一般利用に供することといたします。
2024年度の一般利用を募集しますので、希望される方は以下の要領でご応募下さい。 

一般利用

Discovery of Primitive Mitochondrial DNA Replication Enzymes

Feb 22, 2024

Researchers led by University of Tsukuba have discovered rdxPolA, a putative DNA polymerase involved in replicating ancestral mitochondrial genomes, in diverse eukaryotic lineages. Based on the phylogenetic distribution of rdxPolA among eukaryotes, they proposed an evolutionary scenario of DNA polymerases for mitochondrial genome maintenance in the early evolution of eukaryotes.


Tsukuba, Japan—Mitochondria are intracellular organelles that evolved from a bacterium belonging to Alpharoteobacteria, which was taken up as an endosymbiont by the common ancestor of eukaryotes. Mitochondria possess their own highly reduced genomes (known as mitochondrial genomes), which are principally the descendants of the genome of the α-proteobacterial symbiont. Phylogenetically diverse eukaryotes use a type of DNA polymerase called “POP” to maintain their mitochondrial genomes.

In this study, the researchers identified 10 novel types of DNA polymerase that are distinct from the previously known types, including POPs, across diverse eukaryotic lineages. The evolutionary origin and subcellular localization of each novel DNA polymerase were investigated. Intriguingly, one of the DNA polymerases identified in this study, rdxPolA, was found to be involved in mitochondrial DNA maintenance and is a direct descendant of the DNA polymerase in the α-proteobacterial symbiont that gave rise to the first mitochondrion. The researchers proposed a scenario for the evolution of DNA polymerases involved in mitochondrial DNA maintenance from primitive to extant eukaryotes.

These findings provide critical insights into the early evolution of the machinery for mitochondrial DNA maintenance and the establishment of mitochondria in primitive eukaryotic cells.

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This research was supported by the Japan Society for Promotion of Sciences projects 18KK0203, 19H03280, 23H02535, and BPI05044 (to Y. Inagaki), 22J11104 (to R. Harada), and 19H03274 (to R. Kamikawa).

Original Paper

Title of original paper:
Encyclopaedia of family A DNA polymerases localized in organelles: Evolutionary contribution of bacteria including the proto-mitochondrion
 
Journal:
Molecular Biology and Evolution
 
DOI:
10.1093/molbev/msae014

Correspondence

Professor INAGAKI Yuji
HARADA Ryo (JSPS Research Fellowship for Young Scientists DC2)
Center for Computational Sciences (CCS), University of Tsukuba

Senior Researcher YABUKI Akinori
Deep-Sea Biodiversity Research Group, Research Institute for Global Change (RIGC), Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology (JAMSTEC)

Resercher YAZAKI Euki
Research Center for Advanced Analysis, National Agriculture and Food Research Organization

Associate Professor KAMIKAWA Ryoma
Graduate School of Agriculture, Kyoto University

第139回計算科学コロキウムを、3月8日(金)11:00より開催します

第139回計算科学コロキウムを開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

講演タイトル: 南半球から小惑星をレーダーで観測する
講演者: 堀内真司 博士(NASAキャンベラ深宇宙通信施設・オーストラリア連邦科学産業研究機構(CSIRO))
日時: 2024年3月8日(金) 11:00-12:00
場所: 計算科学研究センター 会議室A
言語: Japanese

要旨:

NASA Deep Space Network (DSN)の1つであるオーストラリアのキャンベラ深宇宙通信施設(Canberra Deep Space Communication Complex、CDSCC)とオーストラリアの電波望遠鏡を活用して2015年に小惑星のレーダー観測を開始し、現在までに30以上もの地球接近小惑星の検出に成功した。小惑星のレーダー観測は、それまでアメリカのGoldstoneやプエルトリコのAreciboなど、主に北半球で行われていた。しかし地球に再接近する小惑星のおよそ5%は南半球からしか観測できないので、ギャップを埋められるようになったことは、小惑星の探査・プラネタリーディフェンス・利用など、多岐にわたる分野で注目されている。講演では、レーダー観測により小惑星の軌道が精度良く決定され、また小惑星の形状や自転、表面物質の素性、表面状態などの情報が得られることを紹介し、またアストロバイオロジーへの応用の可能性についても議論する。

Keywords:  小惑星探査、電波望遠鏡、レーダー観測、NASA深宇宙局

世話人: 庄司光男

 

 

原始的ミトコンドリアDNA複製酵素の発見

2024年2月22日

国立大学法人筑波大学
国立研究開発法人海洋研究開発機構
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
国立大学法人京都大学

真核生物の多様な系統から、祖先的なミトコンドリアゲノムの複製に関わるDNAポリメラーゼと考えらえるrdxPolAを発見しました。また、系統樹上でのrdxPolAの分布を検討し、真核生物初期進化から現在に至るまでの、ミトコンドリアゲノム用DNAポリメラーゼの進化シナリオを提案しました。

概要

ミトコンドリアは、祖先真核生物の細胞内に共生した細菌(αプロテオバクテリア)から進化した細胞内小器官です。独自のゲノム(ミトコンドリアゲノム)を持っており、これはαプロテオバクテリア共生体のゲノムが縮退した結果です。真核生物の多くのグループでは、POPと呼ばれるDNA複製酵素(DNAポリメラーゼ)がミトコンドリアゲノムの複製をしています。
 本研究では、真核生物の多様な系統からPOPを含めて既知タイプとは異なる10種類の新奇DNAポリメラーゼを発見しました。これらについて、それぞれの進化的起源と細胞内で機能する場所を詳細に解析した結果、その中の一つ「rdxPolA」がミトコンドリアゲノムの複製を行っており、αプロテオバクテリア共生体が持っていたDNAポリメラーゼの直系の子孫であると判明しました。rdxPolAは祖先的なミトコンドリアゲノムを複製すると考えられ、原始真核生物から、現在地球上に棲息する真核生物に至るまでの、ミトコンドリアゲノム用DNAポリメラーゼの進化シナリオが提案されました。
 本研究成果は、ミトコンドリアのDNA複製機構がどのように進化してきたか、原始真核生物細胞内でミトコンドリアがどのように確立したのかを解明する上で重要な知見を提供します。

本研究で提案したミトコンドリアではたらくDNAポリメラーゼの進化シナリオ。2つの主要なミトコンドリアではたらくDNAポリメラーゼであるrdxPolAとPOPの分布が、真核生物の初期進化の過程でどのように形成されてきたかを模式的に示している。オレンジ、青、黄色の線はそれぞれ、αプロテオバクテリアのrdxPolA、POP、αプロテオバクテリアのDNAポリメラーゼの進化の軌跡を表す。丸印と×印はそれぞれ、DNAポリメラーゼの確立と消失を示す。rdxPolAはミトコンドリアの誕生となったαプロテオバクテリアと真核生物との共生イベントに由来し、POPは真核生物の最後の共通祖先(LECA)との間に獲得された。現存する真核生物の共通祖先であるLECAはrdxPolAとPOPの両方を持っていたが(pre-LECA)、その後の進化において、真核生物の主要グループごとに系統が分岐した後に、それぞれの系統で二次的な消失が起こった。

研究代表者

筑波大学計算科学研究センター
 稲垣 祐司 教授
 原田 亮(日本学術振興会特別研究員DC2)

国立研究開発法人海洋研究開発機構
 矢吹 彬憲 主任研究員

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
 矢﨑 裕規 研究員

京都大学大学院農学研究科
 神川 龍馬 准教授

掲載論文

【題名】 
Encyclopaedia of family A DNA polymerases localized in organelles: Evolutionary contribution of bacteria including the proto-mitochondrion.
(オルガネラ局在ファミリーA DNAポリメラーゼ百科:原始ミトコンドリア共生体をふくむ細菌からの進化的貢献について)
 

【掲載誌】

Molecular Biology and Evolution
【DOI】
10.1093/molbev/msae014

 

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令和5年度 年次報告会(2024年3月6日)

日時:2024年3月6日(水) 9:00~18:00
会場:ワークショップ室

計算科学研究センター 令和5年度年次報告会を行います。

プログラム

発表時間は、新任者(*印)は15分、それ以外の方は12分です(質疑応答、交代時間含む)

セッション1 (9:00-10:00 座長:堀江和正 )

9:00 朴センター長あいさつ 
9:01 Kowit Hengphasatporn (生命科学研究部門・生命機能情報分野)
9:13 石塚 成人(素粒子物理研究部門)
9:25 小泉 裕康 (量子物性研究部門)  
9:37 建部 修見(高性能計算システム研究部門)
9:49 吉川 耕司 (宇宙物理研究部門)

休憩 10:00-10:05

セッション2 (10:05-11:11 座長:原田隆平)
10:05 *秋山 進一郎(素粒子物理研究部門)
10:20 堀江 和正 (計算情報学研究部門・データ基盤分野)
10:32 *朝比奈 雄太(宇宙物理研究部門)
10:47 堀 優太 (生命科学研究部門・生命機能情報分野)
10:59 前島 展也(量子物性研究部門)

休憩 11:11-11:16

セッション3 (11:16-12:16 座長:秋山進一郎)
11:16 藏増 嘉伸(素粒子物理研究部門)
11:28 原田 隆平 (生命科学研究部門・生命機能情報分野)
11:40 亀田 能成 (計算情報学研究部門・計算メディア分野)
11:52 サーヴォン・ブー(計算情報学研究部門・データ基盤分野)
12:04 日下 博幸(地球環境研究部門)

昼休憩 12:16-12:36

セッション4 (12:36-13:36 座長:朝比奈雄太)
12:36 重田 育照(生命科学研究部門・生命機能情報分野)
12:48 福島 肇(宇宙物理研究部門)
13:00 Tong Xiao-Min(量子物性研究部門)
13:12 中務 孝(原子核物理研究部門)
13:24 額田 彰(高性能計算システム研究部門)

休憩 13:36-13:41

セッション5 (13:41-14:41 座長:中山卓郎)
13:41 稲垣 祐司(生命科学研究部門・分子進化分野)
13:53 萩原 聡(量子物性研究部門)
14:05 朴 泰祐(高性能計算システム研究部門)
14:17 大野 浩史(素粒子物理研究部門)
14:29 庄司 光男(生命科学研究部門・分子進化分野)

休憩 14:41-14:46

セッション6 (14:46-15:49 座長:松枝未遠)
14:46 ドアン グアン ヴァン(地球環境研究部門)
14:58 *謝 淳(計算情報学研究部門・計算メディア分野)
15:13 大須賀 健(宇宙物理研究部門)
15:25 中山 卓郎(生命科学研究部門・分子進化分野)
15:37 大谷 実(量子物性研究部門)

休憩 15:49-15:54

セッション7(15:54-16:54 座長:謝 淳)
15:54 塩川 浩昭(計算情報学研究部門・データ基盤分野)
16:06 北原 格(計算情報学研究部門・計算メディア分野)
16:18 森 正夫(宇宙物理研究部門)
16:30 佐藤 駿丞(量子物性研究部門)
16:42 藤田 典久(高性能計算システム研究部門)

休憩 16:54-16:59

セッション8(16:59-18:00 座長:藤田典久)
16:59 松枝 未遠(地球環境研究部門)
17:11 清水 則孝(原子核物理研究部門)
17:23 矢島 秀伸(宇宙物理研究部門)
17:35 天笠 俊之(計算情報学研究部門・データ基盤分野)
17:47 矢花 一浩(量子物性研究部門 )