細菌の増殖に決定的な影響を及ぼす化学物質をビッグデータ解析で予測

筑波大学 生命環境系 應蓓文(YING BEIWEN)准教授および筑波大学計算科学研究センター 天笠俊之教授らの研究グループは,細菌の増殖速度や個体数を決定づける化学物質の影響を、網羅的な実験およびそれによって得られた実験データに対するビッグデータ解析によって明らかにしました。

本研究では、細菌の増殖を決定づける培地成分の分析に、データサイエンスのアプローチを世界で初めて試みました。化学成分の組合せによる培地条件の設定、およびそこで実際に培養した細菌の増殖に関する時系列データを網羅的に取得しました。このような「培地条件−増殖速度」および「培地条件−飽和密度」のビッグデータから、増殖を左右する決定的な要因を、機械学習によって推定することに成功しました。その結果は、従来の微生物学における常識とは全く異なり、細胞増殖の最重要因子が炭素源ではなく、窒素源や金属イオンであることを示しました。また、予測された増殖の決定因子が、異なるメカニズムで細胞内に働くことも示唆されました。

図 機械学習による細胞増殖の決定要因の判定と予測のプロセス
(1)既存知識を問わない培地条件(単一化合物による様々な組み合わせ)を設定する。 (2)上記設定された条件下で、細胞増殖を実験的に計測し、増殖のデータを網羅的に取得する。 (3)上記(1)の培地条件と(2)の増殖結果を対応づけて、機械学習を実施する。 (4)予測結果を得て、実験で検証する。

リリース全文

安定な単一分子素子を再現性良く形成 -分子コンピューター実現に有望な技術を開発-

東京工業大学 理学院 化学系の原島崇徳大学院生(博士後期課程1年)、西野智昭准教授、筑波大学 小野倫也准教授(現 神戸大学 教授)らの研究グループは、安定な単一分子素子を再現性良く形成する技術の開発に成功した。
この技術の鍵は高分子を使用することにより、安定な構造が形成できたことにある。その結果、従来の技術よりも素子の安定性が21倍と飛躍的に向上することが分かった。さらに、単一分子素子を流れる電流のノイズ量は従来よりも40%低減した。
これまで単一分子を使った素子は形成確率が低く、また容易に破断する欠点があった。今回、開発した技術はこれらを解決するものであり、分子によって構成された電子回路、すなわち分子エレクトロニクスの実現に現実的な道筋を与えるものといる。
研究成果は4月29日発行のドイツ化学会誌「Angewandte Chemie International Edition(アンゲヴァンテ・ケミー・インターナショナル・エディション)」に掲載された。

図 高分子を用いて形成された単一分子素子

プレスリリース全文

[高性能計算システム研究部門] 助教公募(締切:2019年6月28日)

1. 募集人員:助教 1名

2. 所  属:高性能計算システム研究部門

3. 専門分野:高性能計算システム

4. 職務内容
筑波大学計算科学研究センターにおいて遂行中の文部科学省・高性能汎用計算機高度利用事業費補助金による次世代領域開発研究「次世代演算通信融合型スーパーコンピュータの開発」に関する研究に専従する助教を求める。同プロジェクトは複合型演算加速システムとしてGPU及びFPGAを混載する計算ノードを用いた並列処理システムの開発を行うもので、高性能計算アーキテクチャ、並列処理プログラミング、GPUプログラミング、FPGAプログラミング及びそれらを統合的に融合するシステムの研究を行う。並列処理システムのハードウェア及びソフトウェアに関する高度な知識とシステム構築経験を持ち、GPU及びFPGAのプログラミングの経験と高性能演算への適用に関する研究経験のある者を求める。
計算科学研究センターについては以下のURLを参照のこと。
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/

5. (1)着任時期:決定後できるだけ早い時期
  (2)任  期:最長2022年3月末まで(第12項(2)を参照のこと)

6. 応募資格:博士の学位を有する者

7. 給  与:基本年俸表適用職員

8. 提出書類
(1) 履歴書(写真付き)
(2) 業績リスト(論文誌掲載論文、査読付き国際会議論文、著書、査読無し論文、特許、受賞、外部資金獲得状況、その他に分けること)
(3) 主な論文別刷(5編以内、各1部)※4編以上は最近5年以内のもの
(4) これまでの研究の概要(2000字程度)
(5) 研究の計画及び抱負(2000字程度)
(6) 本人についての意見を求め得る方2名の氏名及び連絡先

9. 応募締切:2019 年6 月 28 日(金)必着

10. (1) 提 出 先:〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1
          筑波大学計算科学研究センター センター長 朴 泰祐

  (2) 問い合わせ先:〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1
          筑波大学計算科学研究センター センター長 朴 泰祐
          Email: taisuke[at]ccs.tsukuba.ac.jp

11. 応募上の注意:封筒に「高性能計算システム助教人事応募書類在中」と朱書きし、簡易書留か宅配便でお送り下さい。

12. その他
(1) 筑波大学は男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行う。
(2) 本人事は外部資金による助教人事であり、同資金によるプロジェクト終了(2021年度末)までを最長任期とする。テニュアトラック制助教ではなく、プロジェクト終了後の再任は行わない。

 

[計算情報学研究部門] 研究員公募(任期付)(締切:2019年6月28日)

公募人員:研究員 1名

所属組織:筑波大学計算科学研究センター  計算情報学研究部門

専門分野:医療ナビゲーション、コンピュータグラフィックス、拡張現実、複合現実感

業務内容:筑波大学計算科学研究センターで推進する「計算メディカルサイエンス推進事業/3DCGバーチャル手術」では、医師が術前検討で用いる3DCGシミュレーションと3次元映像解析(空間状況認識)を統合する3次元手術ナビゲーションシステムの研究開発に取り組んでいます。本公募では、3次元手術ナビゲーションシステムに関わる研究開発(コンピュータグラフィックス、コンピュータビジョン、画像処理、拡張現実(AR)、複合現実感(MR)、インタフェースの医療ナビゲーションシステムへの展開)を行っていただける方を求めます。特に、着任後は意欲的に医学分野と連携した研究活動の推進を期待します。

着任時期:2019年度内の決定後できるだけ早い時期

任期  :5年(更新可・最長2028年3月31日まで)

給与  :年俸制(本学規則による)(年俸額は、経歴等を考慮し決定)

応募資格:博士の学位を有する方、または、学位取得見込みの方

提出書類:

1)履歴書(写真貼付)
2)業績リスト(査読付き雑誌論文、査読付き国際会議とその他を区別すること)
3)主要論文別刷3編(コピー可)
4)これまでの研究の概要(2000字以内 (3)の主要論文の説明を含めること)
5)着任後の研究計画(1000字以内)
6)本人について意見を求め得る方2名の氏名・連絡先

上記について、紙版と共にCD-R、DVD-R、USBメモリなどのデジタル媒体にPDF形式で記録したものを同封してください。

選考方法:提出書類等に基づいた書類選考を実施した後、必要に応じて、面接選考(プレゼンテーションを含む)を実施します。なお、このための来校費用は本人負担となります。

公募締切:2019年6月28日(金)必着

応募方法:封筒に「計算科学研究センター 3DCGバーチャル手術 研究員応募書類在中」と朱書し、簡易書留かレターパックプラスで送付してください。応募書類は返還しません。選考終了後、責任をもって処分いたします。

【書類送付先】  

〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1 筑波大学 計算科学研究センター 計算情報学研究部門 北原 格  

Email: kitahara[at]ccs.tsukuba.ac.jp

【問合せ先】

北原 格(Tel: 029-853-6498, Email:kitahara [at]ccs.tsukuba.ac.jp) [at]は、@に置き換えてください。

 

その他:

〇 計算科学研究センターは、文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており、計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。

〇 公募の職は、研究開発力強化法の規定による労働契約法の特例の適用を予定した職です。

【受賞】天笠教授らがIEEE BigComp 2019 Best Paper Award Runner-upを受賞

伊藤寛祥氏(CS専攻博士後期課程3年)、天笠 俊之教授らが2/27-3/2に京都大学で開催された国際会議 IEEE BigComp 2019において、Best Paper Award Runner-upを受賞しました。

受賞した論文は以下の通りです。

An Optimization Scheme for Non-negative Matrix Factorization under Probability Constraints
Hiroyoshi Ito and Toshiyuki Amagasa (University of Tsukuba, Japan)

125th Colloquium of Center for Computational Sciences

125th Colloquium

Title: In situ data processing computational scientific data using the ADIOS framework

Speaker: Dr. Scott A. Klasky, Oak Ridge National Laboratory

Date: April 10, 2019 (Wed)

Time: 13:00 – 14:00

Venue: Center for Computational Sciences, Workshop Room

Language: English

Abstract:
The USA Exascale Computing Project (ECP) is focused on accelerating the delivery of a capable exascale computing ecosystem that delivers 50 times more computational science and data analytic application power than possible with DOE HPC systems such as Titan (ORNL) and Sequoia (LLNL). As next generation applications and experiments grow in concurrency and in complexity, the data produced often grows to extreme levels, limiting scientific knowledge discovery.
In my presentation, I will talk about the new set of applications and experiments which push the edge of scientific data processing and simulation. I will present some of the exciting new research in this area to cope with this tsunami of data, along with the challenges in implementing these effectively on next-generation computer architectures. In my presentation I will also focus on the ADIOS framework (https://www.olcf.ornl.gov/center-projects/adios/) a next generation to ingest, reduce, and move data on HPC systems and over the WAN to other computational resources. I will also focus on in situ data processing infrastructure and next generation data compression algorithms.

Bio:
Scott A. Klasky is a distinguished scientist and the group leader for Scientific Data in the Computer Science and Mathematics Division at the Oak Ridge National Laboratory. He holds an appointment at the University of Tennessee, and Georgia Institute of Technology. He obtained his Ph.D. in Physics from the University of Texas at Austin (1994), specializing in general relativity. Dr. Klasky is a world expert in scientific computing and scientific data management, co- authoring over 200 papers.

Coordinator :Taisuke Boku

第125回計算科学コロキウムを、4月10日(水)13:00より開催します

第125回計算科学コロキウムを、4月10日(水)に開催いたします。
多数のご来聴をお願いいたします。

場所:筑波大学 計算科学研究センター ワークショップ室
日時:2019年4月10日(水)13:00 – 14:00
講演タイトル:In situ data processing computational scientific data using the ADIOS framework

講演者氏名 : Dr. Scott A. Klasky, Oak Ridge National Laboratory

使用言語  :英語

Abstract:
The USA Exascale Computing Project (ECP) is focused on accelerating the delivery of a capable exascale computing ecosystem that delivers 50 times more computational science and data analytic application power than possible with DOE HPC systems such as Titan (ORNL) and Sequoia (LLNL). As next generation applications and experiments grow in concurrency and in complexity, the data produced often grows to extreme levels, limiting scientific knowledge discovery.
In my presentation, I will talk about the new set of applications and experiments which push the edge of scientific data processing and simulation. I will present some of the exciting new research in this area to cope with this tsunami of data, along with the challenges in implementing these effectively on next-generation computer architectures. In my presentation I will also focus on the ADIOS framework (https://www.olcf.ornl.gov/center-projects/adios/) a next generation to ingest, reduce, and move data on HPC systems and over the WAN to other computational resources. I will also focus on in situ data processing infrastructure and next generation data compression algorithms.

Bio:
Scott A. Klasky is a distinguished scientist and the group leader for Scientific Data in the Computer Science and Mathematics Division at the Oak Ridge National Laboratory. He holds an appointment at the University of Tennessee, and Georgia Institute of Technology. He obtained his Ph.D. in Physics from the University of Texas at Austin (1994), specializing in general relativity. Dr. Klasky is a world expert in scientific computing and scientific data management, co- authoring over 200 papers.

世話人:朴 泰祐

The 17th International Conference on QCD in Extreme Conditions (XQCD 2019)

Information

Date June 24 (Mon.) – June 26 (Wed.)
Place Tokyo Campus, University of Tsukuba, Tokyo, Japan
Registration fee 12,000JPY
Registration deadline May 26 (Sun.)(Deadline for abstract submission is May 12.)
Website https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/xqcd2019/
Hosted by XQCD 2019 Local Organizing Committee
Co-hosted by Center for Computational Sciences, University of Tsukuba / Tomonaga Center for the History of the Universe, University of Tsukuba / KEK
Organizers Shinji Ejiri (Niigata), Kazuyuki Kanaya (Tsukuba), Masakiyo Kitazawa (Osaka), Yoshinobu Kuramashi (Tsukuba), Hideo Matsufuru (KEK), Hiroshi Ohno (Tsukuba, Chair), Yusuke Taniguchi (Tsukuba) 

The 17th International Conference on QCD in Extreme Conditions (XQCD 2019)

開催案内

日時 2019/6/24 (月) – 2019/6/26 (水)
場所 筑波大学 東京キャンパス
参加費 12,000円
登録締切  5/26(日)(アブストラクトは 5/12)
会議HP https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/xqcd2019/
主催 XQCD 2019 組織委員会
共催 筑波大学計算科学研究センター、筑波大学宇宙史研究センター、高エネルギー加速器研究機構
世話人 江尻信司(新潟大)、大野浩史(筑波大、代表)、金谷和至(筑波大)、北澤正清(大阪大)、藏増嘉伸(筑波大)、谷口裕介(筑波大)、松古栄夫(KEK)

 

International Tenure Track assistant professor (Global Environmental Science)

Title:International Tenure Track assistant professor

Affiliation:
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba (Division of Global Environmental Science)

Contents of work, Research field:
Research in the fields of urban meteorology and climatology. In particular, numerical study on urban heat island of Japan, United States, and Southeast Asian countries, based on further development of the building-resolving LES and urban climate models. The International
Tenure Truck assistant professor shall be required to research at an institute abroad for two or more years in cooperation with mentors in our center and in the institute abroad, under the employment contract to the University of Tsukuba. Publications of internationally coauthored papers in well-established international journals are included in the review criteria for tenure.

Starting date:
As soon as possible after a hiring decision is made.

Status of employment:
Full-time until March 31, 2023. The International Tenure Track assistant professor may become a tenured assistant professor after passing a review for tenure which will be performed at the last year of the tenure-track period.

Mentor (Institute): Prof. Hiroyuki Kusaka (Center for Computational Sciences)

Foreign mentor (Institute): Dr. Fei Chen (National Center for Atmospheric Research, USA)
※Applicants do not have to take a permission from the mentors.
※There is a possibility that foreign mentor will be changed.

Educational organizations in charge:
College of Geoscience, School of Life and Environmental Sciences
Master’s Program in Geosciences, Graduate School of Life and Environmental Sciences
Doctoral Program in Geoenvironmental Sciences, Graduate School of Life and Environmental Sciences
※The educational organizations that you will take charge of after the tenure acquisition.
※There is a possibility that the educational organizations will be changed.

Qualifications:
An applicant needs to have a Doctoral Degree of Ph. D. which has been received within last
10 years, or is expected to obtain the degree by the end of July, 2019.

Application materials:
1) Curriculum Vitae (with photograph)
2) List of research activities including papers, books, and competitive research funds.
   (Separate lists for refereed and non-refereed papers)
3) Reprints of 5 major papers published within last 5 years. (One paper may be published more than five years ago.)
4) Summary of research activities.
5) Research plan and expected achievements during the tenure-track period.
6) Recommendation or reference letters (one or more).

The submitted materials will not be returned.

Deadline for application:
April 22, 2019 Japan Standard Time

Submission:
Application materials should be sent to:
Prof. Masayuki Umemura, Director
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba
1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki 305-8577, Japan

Write in red ink in the front of the envelope as “International Tenure Track Application to Center for Computational Sciences (Division of Global Environmental Science)”. The recommendation/reference letters may either be included in the applicant’s envelope or be arranged to be sent to the above postal address directly. In the latter case, the name of the candidate should be indicated on the envelope.

Contact person:
Prof. Hiroyuki Kusaka, Tel: +81-29-853-6481, Email: kusaka[at]ccs.tsukuba.ac.jp

Miscellaneous:
The salary will be provided through the annual salary system (fixed-term). (Financial source: “Program for Promoting the enhancement of Research Universities”) See the following Web page in CCS for the detail of the review criteria for the acquisition of tenure.
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/review-criteria/

[地球環境研究部門] :国際テニュアトラック助教公募(締切:2019年4月22日)

○公募人員:国際テニュアトラック教員 助教 1名

○所属組織:計算科学研究センター(地球環境研究部門)

○専門分野:都市気象・都市気候の研究。特に建物解像 LES モデルや都市気候モデルのさらなる開発に基づく日本、アメリカ、東南アジア諸国の都市ヒートアイランドの数値的研究。国際テニュアトラック教員は、筑波大学との雇用関係の下で、2年以上海外の研究機関に滞在し、本学のメンター教員と海外のメンター教員との連携のもとに国際共同研究を行う。著名な国際誌に国際共著論文を発表することがテニュア獲得条件の一つとなる。

○着任時期:決定後できるだけ早い時期

○任期など:2023 年 3 月 31 日までをテニュアトラック期間とする。テニュアトラック期間の最終年度にテニュア獲得の審査を行う。合格となった場合には、2023 年 4 月1 日よりテニュア付き職(助教)として採用する。

○本学メンター(研究機関):日下博幸教授(計算科学研究センター)

○海外メンター(研究機関):Dr. Fei Chen(National Center for Atmospheric Research, USA, アメリカ国立大気研究センター,米国)
※応募者が直接交渉する必要はありません。
※海外メンターが変更になる可能性はあります。

○担当教育組織:生命環境学群地球学類
大学院生命環境科学研究科地球科学専攻・地球環境科学専攻
※テニュア獲得後の担当予定の教育組織です。変更になる可能性はあります。

○応募資格:博士の学位を有し、博士号取得後 10 年以内であること。
または 2019 年 7 月末までに取得予定の者。

○提出書類
1) 履歴書(写真添付)
2) 論文、著書、外部資金の獲得の全業績リスト(査読論文とその他を区別すること)
3) 主要論文別刷 5 編(うち 4 編以上は最近 5 年以内のもの)
4) これまでの研究の概要
5) テニュアトラック期間における研究目標と研究計画
6) 意見書または推薦書1通以上
*応募書類は返還しません。

○応募締切:2019 年 4 月 22 日(月)必着

○応募方法:封筒に「計算科学研究センター国際テニュアトラック教員(地球環境研究部門)応募書類在中」と朱書きし、簡易書留にて以下の送付先に送付してください。意見書(推薦書)は応募書類に同封するか、あるいは直接送付先に送付を依頼するようにしてください。後者の場合、「〇〇氏意見書(推薦書)在中」と封筒に表書きしてください。

【送付先】〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1
筑波大学計算科学研究センター センター長 梅村雅之

○問い合わせ先:日下博幸 Tel: 029-853-6481, Email: kusaka[at]ccs. tsukuba.ac.jp

○その他:「研究大学強化促進事業」の下で年俸制職員として雇用し、俸給は本学基準に従います。テニュア獲得に係る審査基準の詳細は、下記ウェブページをご参照ください。
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/review-criteria/

 

プレスリリース:新型スーパーコンピュータ「Cygnus」の運用を開始

プレスリリース

平成31年3月26日
国立大学法人 筑波大学

印刷用PDF

ポイント

  1. 多重複合型演算加速スーパーコンピュータ「Cygnus(シグナス)注1)」の稼働を平成31年4月1日から開始します
  2. 日本国内で全国共同利用に供されるスーパーコンピュータとして初めて、GPUとFPGA注2)を混載するシステムが実現します

筑波大学計算科学研究センター(センター長:梅村雅之)は、演算加速スーパーコンピュータの新世代を切り拓く多重複合型演算加速スーパーコンピュータ「Cygnus」の稼働を平成31年4月1日から開始します。Cygnusは平成31年3月31日をもって運用を停止する同センターのメニーコア型スーパーコンピュータCOMAの後継機となりますが、国内初の多重演算加速装置搭載という挑戦的なシステムアーキテクチャとなっており、様々なアプリケーションにおいて、従来の単一種類の演算加速装置ではなし得なかった高い効率と低い電力での高性能計算の実現を目指しています。

Cygnusは、各計算ノードに最大2種類計6基の高性能演算加速装置を搭載し、コンパクトながら極めて高い演算性能を実現します。ベースとなる2基の汎用CPUに加え、4基のGPU (Graphics Processing Unit)と、一部のノードにはさらに2基のFPGA (Field Programmable Gate Array)を搭載します。各ノードのGPU部の倍精度浮動小数点演算性能は28テラフロップス注3)、CPU部のそれは2テラフロップスで、合計30テラフロップスです。これに加えFPGA搭載ノードでは、それによる単精度浮動小数点演算性能20テラフロップスが加わります。全体でCPU・GPU搭載ノードが48台、CPU・GPU・FPGA搭載ノードが32台の計80台のノードからなり、倍精度浮動小数点数総演算性能(CPU部及びGPU部)は2.4ペタフロップスになります。

計算科学研究センターでは、平成30年3月まで運用していた演算加速型スーパーコンピュータHA-PACSで培われたGPUによる演算加速アプリケーションをCygnusで引き続き利用可能とするだけでなく、新しく搭載されたFPGA部を加え、「演算・通信機能を統合した複合型演算加速スーパーコンピュータ」としてこれを運用し、最先端の計算科学の推進を目指します。

概要

今回、筑波大学計算科学研究センターが導入するCygnusは、宇宙・素粒子・生命・人工知能などの研究をけん引しうる最先端の複合型演算加速スーパーコンピュータです。

本システムの構成は、各計算ノードに最新型GPUを複数台搭載し、さらに最先端のFPGAをも搭載した計算ノードを持つ複合型演算加速機構です。従来以上の演算加速装置を搭載し、コンパクトながら極めて高い演算性能を実現する超並列クラスタ型スーパーコンピュータで、今後のエクサスケール(テラの100万倍のスケール)までの展開を視野に入れたアプリケーション開発と計算科学による成果を目指します。

Cygnusは、GPU搭載ノードである「Denebノード」と、GPU・FPGA搭載ノードである「Albireoノード」の2種類の計算ノードからなるクラスタ型スーパーコンピュータです。どちらのタイプのノードにも米インテル社製の最新CPUを2基と米エヌビディア社製の最新GPUを4基搭載し、Albireoノードには、これらに加えて米インテル社製の最新FPGAを2基搭載します。システムは48台のDenebノードと32台のAlbireoノードの合計80台のノードからなります。FPGAの演算性能は主に単精度浮動小数点で発揮されるため、倍精度浮動小数点ピーク演算性能はGPUとCPUによって供給され、その総性能は2.4ペタフロップスになります。これは従来運用していたHA-PACSシステムの約3倍の性能に相当します。

従来より、高性能計算システム分野では、浮動小数点演算性能を高めるためにGPUを用いたクラスタが注目されてきました。近年ではこれに加え、人工知能・ディープラーニング研究にもGPUが適していることが注目されています。Cygnusは、GPUによる各種アプリケーションの性能向上に加え、近年注目されているFPGAを積極的に取り入れ、日本国内で全国共同利用に供されるスーパーコンピュータとして初めて、GPUとFPGAを混載するシステムが実現します。

FPGAは論理回路そのものを再構成することができるチップであり、近年ではその回路規模・演算性能の向上に加え、独自の外部通信リンクを備え、異なるノードのFPGA間をこれで接続することで、従来にない画期的な並列FPGA計算が可能となります。GPUの演算性能とFPGAの柔軟性及び高速通信機能を組み合わせることにより、様々なアプリケーションの性能最適化が期待されます。

導入背景

近年の最先端スーパーコンピュータでは電力当たりの性能が極めて重要となっており、これを牽引する技術としてGPUの積極的利用が注目されています。GPUは代表的な演算加速装置であり、特に均一で高い並列性を持つ科学技術計算に適しています。2018年11月のTOP500リストにおいて、世界第1位および第2位にランクされた米国のSummitおよびSierraは、計算ノードに複数のGPUを搭載しており、さらに日本国内第1位の性能を持つ産業技術総合研究所のABCIも同様のアーキテクチャを持ちます。GPU搭載型スーパーコンピュータは従来の大規模計算科学分野に加え、人工知能研究のような新分野への応用が注目されています。

従来のGPU中心のスーパーコンピュータは、大量の演算を単純並列処理することを得意としています。しかし、不均質な処理が存在したり計算中に並列性が縮小したりするような状況では、その性能を十分に発揮できないという場合があります。その一方で、GPUとは全く異なる手法による演算加速装置も開発されており、その中でも近年注目を浴びているのがFPGAです。FPGAは再構成可能論理回路と呼ばれており、その名の通り、チップ内の回路構成そのものを問題に適合して再構成することができます。従来のCPUやGPUのように、固定化された構成を持たないことで、問題の特性に応じた柔軟な構成を持たせることができます。これを利用するために、ハードウェアを一種のプログラムとして予め設計し、計算開始前に再構成を行なって回路を最適化させます。最先端のFPGAは高性能計算に十分適用可能な回路規模と演算性能を持つだけでなく、チップ内に超高速通信インタフェースをも内蔵しており、演算と通信の両機能を併せ持つことで、従来にない大幅な機能と性能の向上が期待されています。

筑波大学計算科学研究センターでは、GPUとFPGAが互いに相補う特性を持つことに着目し、その両者の特徴を生かしたスーパーコンピュータを開発することを決定しました。GPUとFPGAという2種類の演算加速装置を持つことから、多重複合型演算加速スーパーコンピュータと名付け、システム名をCygnusとしました。本格的なスーパーコンピュータにFPGAを積極的に用いるのは国内初の試みであり、世界でも類を見ないチャレンジです。同センターではこれまで、GPUを用いた演算加速型スーパーコンピュータHA-PACS、さらにこれにFPGAをGPU間通信機能強化のために用いたHA-PACS/TCAを開発・運用してきました。これらの経験を元に、CygnusではFPGAをより積極的に演算と通信の両方に活用し、GPUも含めた全方位的な演算・通信加速システムを開発し、従来以上の性能を持つ新しい時代の演算加速型スーパーコンピュータの形を実現します。

期待される成果

CygnusはGPUとFPGAという2種類の演算加速装置を駆使し、GPUの持つ単純並列かつ絶対的な演算加速性能性能に加え、FPGAの持つ柔軟性、さらにその独自の超高速通信機能を綜合的に用いた新しい問題解決手法を提供します。宇宙物理学に代表される、複合型物理問題の解決には単純な大規模並列処理と複雑な中小規模計算の組み合わせが必要で、同時に多数の計算ノード間での低遅延通信が求められます。また、並列演算と通信を組み合わせた処理が求められる問題も数多く存在します。さらに、人工知能研究にもFPGAを用いようという試みもなされており、従来型のGPU中心の人工知能研究の一歩先を行く研究の展開が予想されます。

Cygnusは平成31年3月末に計算科学研究センターに設置され、約1ヶ月のテスト運用期間を経て、同年5月から全国共同利用プログラムとして同センターが実施する学際共同利用に供され、また文部科学省が推進するHPCIプログラムでも利用可能となる予定です。複数種類の演算加速装置が生み出す、新たな計算科学研究にご期待ください。

Cygnusの構成とこれを支える最新テクノロジ

Cygnusは世界でも類を見ない多重複合型演算加速スーパーコンピュータであり、多くの高性能計算向け最新テクノロジにより構築されています。システム構築はNEC社が担当し、CPU・GPU・FPGAの各部にも最新のパーツが用いられます。さらに、多数の高性能ノード間を結合する相互結合網、全ノードから共有可能な大規模共有ファイルシステム等にも最新のテクノロジを投入しました。

Cygnusのシステム構成諸元

項目

仕様・メーカー

理論ピーク性能

倍精度浮動小数点演算2.4 ペタフロップス (GPU: 2.24ペタフロップス, CPU: 1.6ペタフロップス)
FPGA部: 単精度浮動小数点演算0.64ペタフロップス

総ノード数

80 (Albireoノード32台, Denebノード48台)

各ノードの主記憶

CPU部: 192 GB DDR4-2666 (255.9 GB/s)
GPU部: 32GB x 4 (3.6TB/s)

各ノードのCPU

Intel Xeon Gold (Skylake) x2 基

各ノードのGPU

NVIDIA Tesla V100 x4基 (PCIe)

各ノードのFPGA

Nallatech 520N with Intel® Stratix® 10 FPGA x2基, 各FPGAに100Gbps x 4 linksの光インターコネクトを装備

共有ファイルシステム

DDN ES14KX, RAID6, Lustre, 2.5 PB

相互結合網(FPGAネットワークとは独立)

Mellanox InfiniBand HDR100 x4, スイッチは HDR200, ノード当たり4.8TB/sの通信性能

プログラミング言語

CPU: C, C++, Fortran, OpenMP, GPU: OpenACC, CUDA

FPGA: OpenCL, Verilog HDL

システム導入業者

NEC

以下にCygnusシステムの構築コンポーネントを提供したベンダーからのコメントを掲載します。

日本電気株式会社 AIプラットフォーム事業部長 須藤 和則
この度、筑波大学計算科学研究センター様が最先端多重複合型計算機システムとして当社のLXシリーズを導入いただきまして、大変光栄です。 今回のシステムは、GPUとFPGAを組み合わせた、高度な演算加速機構を持つ、次世代のアクセラレータ型高性能計算機であり、当社が持つ技術力を結集して、今回の高性能計算機の実現に貢献してまいります。

NVIDIA Vice President for Accelerated Computing, Ian Buck
複合型演算加速スーパーコンピュータ 「Cygus」に、 NVIDIA TensorコアGPUとCUDA-X AI アクセラレーション ライブラリをご採用いただき、シミュレーションと AI の技術とを組み合わせることで、高度な科学技術を新たなステージに飛躍させ、コンピューティングの未来をより幅広いものにしていくことでしょう。

インテル コーポレーション プログラマブル・ソリューションズ事業本部 データセンター・ソリューション・アーキテクト マイク・ストリックランド
筑波大学の新システムでは、FPGAアクセラレーションを演算だけでなくノード間通信にも適用する革新的な手法を取り入れています。OpenCLの設計容易性を生かしつつ、インテル® Stratix® 10 FPGA搭載カード64枚を100 Gbpsで2Dトーラス状に接続することで、これまでにない高性能・低遅延を実現しています。

Mellanox Technologies, Vice President of Marketing, Gilad Shainer
HDR InfiniBand製品はイン・ネットワーク・コンピューティング アクセラレーションエンジンと共に、世界をリードするアプリケーション性能とスケーラビリティを実現します。我々は、日本初のHDR採用スーパーコンピュータ“Cygnus”を筑波大学様と構築出来た事を誇りに思います。Cygnusは、学術研究や科学的発見を加速させ、大学での教育プログラムを強化することでしょう。

株式会社データダイレクト・ネットワークス・ジャパン 代表取締役ロベルト・トリンドル
データダイレクト・ネットワークス(以下、DDN)は、Cygnus の大容量共有ファイルサーバとして ES14KX アプライアンスを提供します。次世代アクセラレータ型高性能計算機の実現を支援できることは大変光栄でございます。DDNが持つ大容量並列ファイルシステムの実績・経験を元に、今後Cygnusにおける人工知能・ディープラーニングと言った新分野の研究にも最大限の支援を行って参ります。

用語解説

注1) Cygnus
白鳥座(Cygnus)の左の翼のすぐ上の方向に、高い活動性を示す“Cygnus A”という銀河があります(側面パネルに画像あり)。この銀河の中心には、太陽質量の30億倍に達する超巨大なブラックホールがあり、銀河から2方向に高速ガス流(ジェット)が出ています。このジェットは、超巨大なブラックホールが原因となって加速されたガス流であると考えられています。スーパーコンピュータ「Cygnus(シグナス)」は、GPUとFPGAという2つの演算加速装置をもつ計算機システムであり、2つの演算加速装置をCygnus Aの2本の加速ガス流になぞらえてこの命名となりました。白鳥が、2つの翼で加速して羽ばたくという意味合いも込められています。

注2) GPUとFPGA
GPUは、もともとは画像処理用に開発された半導体チップですが、一度にたくさんの数値演算を行う大規模並列処理に適していることから、科学技術計算への実用的な適用が進んでいます。FPGAは、電子回路のパターンをプログラムできる(やわらかい)ハードウェアで、GPUのような大量演算の一括処理では効率的に処理できないような計算を高速にこなす機能を実現させ、スーパーコンピュータ全体の演算性能と電力効率を向上させるアプローチです。

注3) フロップス(FLOPS)
計算機の処理性能の指標としてフロップス(FLOPS:Floating-point Operations Per Second)、すなわち1秒間に実行可能な浮動小数点数演算回数(実数演算回数)が用いられます。テラフロップス(TFLOPS:Tela FLOPS) とは 1012 フロップス(FLOPS)であり、ペタフロップス(PFLOPS:Peta FLOPS) とは1015 フロップス(FLOPS)となります。

問い合わせ先

梅村雅之(研究代表者)
筑波大学計算科学研究センター長/数理物質科学研究科教授

朴 泰祐(Cygnus開発担当主査)
筑波大学計算科学研究センター/システム情報工学研究科教授

報道担当:
筑波大学計算科学研究センター広報・戦略室
TEL 029-853-6260 E-mail:pr [at] ccs.tsukuba.ac.jp([at]を@に変えてください)

2019年度大規模一般利用の募集

筑波大学計算科学研究センターでは、2016年12月より運用を開始した高性能メニーコアクラスタOakforest-PACS(Intel Xeon Phi、ピーク性能 25PFLOPS)および2019年4月から運用を開始する新型の高性能多重複合型クラスタCygnus (Intel Xeon、NVIDIA V100 GPU、Intel Stratix10 FPGA、ピーク性能2.4PFLOPS)の 2台のスーパーコンピュータを運用いたします。

筑波大学計算科学研究センターでは全国共同利用機関として、各システムにおいて全ノ ードの 30%(Oakforest-PACS については筑波大割り当てリソース分の 30%)を目安とした計算機資源を大規模ユーザに向けた有償の一般利用に供することといたしました。2019年度(2019年4月1日から2020年3月31日まで、ただしCygnusについては2019年5月7日から適用)の大規模一般利用を以下のように募集しますので、希望される方は以下の要領でご応募下さい。

詳細は以下の大規模一般利用のページをご確認下さい。

一般利用

【受賞】北川教授、天笠教授らがDEIM 2019優秀インタラクティブ賞を受賞

北川博之教授、天笠俊之教授らがDEIM 2019において優秀インタラクティブ賞を受賞いたしました(2019年3月)。

受賞した論文は以下の通りです。

論文タイトル:
取引額を秘匿したブロックチェーンにおける取引者間合意による資産売買プロトコル 
著者:
安坂 祐紀,渡辺 知恵美,天笠 俊之,北川 博之 

【受賞】筑波大学2018 BEST FACULTY MEMBER表彰式(2/18)

計算科学研究センター 生命科学研究部門の重田 育照教授、地球環境研究部門の植田 宏昭教授(共同研究員)が、筑波大学2018 BEST FACULTY MEMBERに選ばれました。

日  時: 2019年2月18日(月)9:00-11:40
配信会場: 中央図書館本館2階チャットフレームC アクセス
次  第:  9:00- 9:30  表彰式
9:30-11:40   表彰された教員による講演

詳しくは大学ホームページをご覧ください。

表彰される重田教授(生命科学研究部門)

デュアル・ディグリー・プログラム修了生のインタビュー動画公開

計算科学研究センターでは、研究者または高度に専門的な業務の従事に必要な能力や学識の修得を目指す博士後期課程学生に、専攻分野とは異なる関連分野の学識を修得させるプログラムを提供し、深い専門性と広い学識に加えて高い適応力のある人材の育成を目的とする、デュアル・ディグリー・プログラムを受ける学生を支援しています。

この度、デュアル・ディグリー・プログラムを修了した卒業生2名のインタビュー動画を作成し、CCS公式YouTubeチャンネル(外部リンク)上で公開しました。

動画はこのページ上でも観ることができます。

*デュアル・ディグリー・プログラムについてはこちらをご覧ください。

平成30年度 年次報告会(2019年2月26日)

日時:2019年2月26日(火) 9:00~17:40
会場:筑波大学計算科学研究センター1F ワークショップ室

計算科学研究センター 平成29年度年次報告会を行います。
どなたでもご参加いただける公開の報告会ですので、ご興味のある方はご参加ください。

プログラム

(*は研究部門長・分野リーダー)
発表時間は、1人12分(質疑応答、交代時間含む)

セッション1(9:00~10:00 座長:小泉 裕康)

9:00 吉江 友照(素粒子物理研究部門)
9:12 松枝 未遠(地球環境研究部門)
9:24 天笠 俊之(計算情報学研究部門)
9:36 重田 育照*(生命科学研究部門)
9:48 吉川 耕司(宇宙物理研究部門)

セッション2(10:12~11:12 座長:松枝 未遠)

10:12 古家 健次(宇宙物理研究部門)
10:24 塩川 浩昭(計算情報学研究部門)
10:36 朴 泰祐*(高性能計算システム研究部門)
10:48 栢沼 愛(生命科学研究部門)
11:00 亀田 能成*(計算情報学研究部門)

セッション3(11:24~12:36 座長:堀江 和正)

11:24 谷口 裕介(素粒子物理研究部門)
11:36 小泉 裕康(量子物性研究部門)
11:48 小林 諒平(高性能計算システム研究部門)
12:00 梅村 雅之*(宇宙物理研究部門)
12:12 日下 博幸(地球環境研究部門)
12:24 庄司 光男(生命科学研究部門)

(12:36~13:36 昼食)

セッション4(13:36~14:48 座長:原田 隆平)

13:36 北川 博之*(計算情報学研究部門)
13:48 前島 展也 (量子物性研究部門)
14:00 日野原 伸生(原子核物理研究部門)
14:12 多田野 寛人(高性能計算システム研究部門)
14:24 稲垣 祐司*(生命科学研究部門)
14:36 北原 格(計算情報学研究部門)

セッション5(15:00~16:12 座長:吉江 友照)

15:00 矢花一浩*(量子物性研究部門)
15:12 西澤 宏晃(生命科学研究部門)
15:24 石塚 成人(素粒子物理研究部門)
15:36 宍戸 英彦(計算情報学研究部門)
15:48 矢島 秀伸(宇宙物理研究部門)
16:00 小野 倫也(量子物性研究部門)

セッション6(16:24~17:36 座長:矢島 秀伸)

16:24 堀江 和正(計算情報学研究部門)
16:36 田中 博*(地球環境研究部門)
16:48 高橋 大介(高性能計算システム研究部門)
17:00 Tong Xiao-Min(量子物性研究部門)
17:12 森 正夫(宇宙物理研究部門)
17:24 原田 隆平(生命科学研究部門)

プレスリリース:先端の光科学に役立つ第一原理計算ソフトウェアSALMONの開発

 国立大学法人筑波大学計算科学研究センター 矢花一浩教授の研究グループと、大学共同利用機関法人自然科学研究機構分子科学研究所 故 信定克幸准教授の研究グループは、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構関西光科学研究所、東京大学工学系研究科、マックスプランク物質構造動力学研究所、ウィーン工科大学、ワシントン大学の研究者らと共同で、物質科学の第一原理計算法に基づき、先端の光科学研究に役立つソフトウェアSALMONを開発しました。

 光が物質に照射すると、まず物質中の電子が動きます。SALMONでは、この非常に短い時間で起こる電子の運動を物質科学の第一原理計算法を用いて計算します。SALMONではさらに、物質中の光の伝搬を計算することが可能です。この光の伝搬に対する第一原理計算は矢花教授のグループが開発した理論に基づいており、他のソフトウェアにはない新しい機能です。SALMONではまた、高度な並列計算が可能であり、スーパーコンピュータを駆使して数千原子からなるナノ物質の光応答を計算することが可能です。SALMONは、光科学分野の今後の発展に大きく貢献することが期待できます。 

本研究の成果は、2019年2月号の「Computer Physics Communications」誌で公開される予定です。

-> プレスリリース全文

図1:SALMONのロゴ

図2:光伝搬のマルチスケール第一原理計算のイメージ図