13th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences

CCS International Symposium 2021

Date and Venue /Zoom / Program / Registration  


Today, computational science is an indispensable research methodology in the basic and applied sciences and contributes significantly to the progress of a wide variety of scientific research fields. For multidisciplinary computational science based on the fusion of computational and computer sciences, frequent/regular opportunities of communication and collaboration are essential. Center for Computational Sciences (CCS) at the University of Tsukuba aims at improving such collaborations between different research fields. In this symposium, plenary speakers in various fields of computational sciences will give us talks on research frontiers, comprehensible to researchers and graduate students in other fields. In 2010, the CCS was recognized under the Advanced Interdisciplinary Computational Science Collaboration Initiative (AISCI) by MEXT, and has since provided the use of its computational facilities to researchers nationwide as part of the Multidisciplinary Cooperative Research Program (MCRP). The symposium will be held online in a similar form to last year’s.

 

 

 

[PDF]

 

Date and Venue

Date:Oct. 8, 2021 [Fri] 
Venue:Online

Zoom (Plenary session) 

Program  (tentative) *All times below are in JST (GMT+9)

 Chair: NAKATSUKASA Takashi
9:00-9:10
Opening Address
WADA Hiroshi (University of Tsukuba, Vice President)
BOKU Taisuke (University of Tsukuba, Director of CCS)
 9:10-9:45 DURRAN Dale (University of Washington)
9:45-10:20 Development and application of real-time time-dependent density functional theory (RT-TDDFT) code, INQ, optimized for hybrid CPU-GPU HPC systems [Abstract] (30+5 min) 
OGITSU Tadashi (Lawrence Livermore National Laboratory) 
  Break (10min)
 Chair: INAGAKI Yuji
10:30-11:05 In silico drug discovery using molecular modeling and simulation (30+5 min) 
HIROKAWA Takatsugu (University of Tsukuba)
11:05-11:40 Robust fault detection and clustering in semiconductor
manufacturing processes [Abstract] (30+5 min) 
LOH Woong-Kee (Gachon University)
11:40-12:15 General relativistic radiation magnetohydrodynamics simulations of black hole accretion flows based on solving the radiative transfer equation [Abstract](30+5 min) 
ASAHINA Yuta (University of Tsukuba) 
Lunch(12:15-13:15)
 Chair: AMAGASA Toshiyuki
13:15-13:50 Bioinformatics in the 21st century: populations, viruses and proteins for a better future [Abstract] (30+5 min) 
KOPELMAN Naama (Holon Institute of Technology)
13:50-14:25 Self-consistent nuclear structure calculations with Gaussian basis-functions (30+5 min) 
NAKADA Hitoshi (Chiba University) 
  Break (10min)
 Chair: TAKAHASHI Daisuke
14:35-14:55 Cygnus-BD supercomputer for data-driven and AI-driven Science (15+5 min)
TATEBE Osamu (University of Tsukuba)
14:55-15:30 The muon anomalous magnetic moment: how supercomputers can help us find new physics (30+5 min) 
LEHNER Christoph (University of Regensburg)
15:30-16:05 FPGAs in an HPC: Algorithm-Hardware Co-design of a Discontinuous Galerkin Shallow-Water Model for a Dataflow Architecture (30+5 min)
KENTER Tobias (Paderborn University)
  Break (10min)
Progress reports of the MCRP-2020
16:15-18:00 Parallel sessions (5+2 min each)

  Session1 (Particle physics) Convenor: OHNO Hiroshi
    ・ ProgramPDF)  ・ Zoom:


  Session2 (Astrophysics) Convenor: WAGNER Alexander
    ・ ProgramPDF) ・ Zoom:


  Session3 (Nuclear physics) Convenor: HINOHARA Nobuo
    ・ ProgramPDF) ・ Zoom:


  Session4 (Material science) Convenor: OTANI Minoru
    ・ ProgramPDF) ・ Zoom:


  Session5 (Life science, Chemistry, Biology) Convenor: HARADA Ryuhei
    ・ ProgramPDF) ・ Zoom:


  Session6 (Numerical analysis, Computational informatics) Convenor: KAMEDA Yoshinari
    ・ ProgramPDF) ・ Zoom:


  Session7 (Global environment, HPC systems) Convenor: KUSAKA Hiroyuki
    ・ ProgramPDF) ・ Zoom:

 

Registration

Participants should finish the registration by September 30, 2021. Presenters of the progress report of the MCRP-2020 projects must do it by September 15, 2021. The Zoom link (passcode) will be sent to registrants, just before the symposium. The registration is free but mandatory.  

[Registration here]

 

Organizing Committee

AMAGASA Toshiyuki
HARADA Ryuhei
HINOHARA Nobuo
INAGAKI Yuji
KAMEDA Yoshinari
KUSAKA Hiroyuki
NAKATSUKASA Takashi
OTANI Minoru
OHNO Hiroshi
TAKAHASHI Daisuke
WAGNER Alexander

Contact: ccssympo21[at]ccs.tsukuba.ac.jp

【受賞】森田研究員が新学術領域会議の若手優秀研究発表賞を受賞

生命科学研究部門の森田研究員が、新学術領域研究「生命金属科学」領域会議 第4回地方巡業(東京)にて、若手優秀研究発表賞を受賞しました。
 
受賞演題は以下の通りです。
演題名:分子動力学計算で解明するメタロチオネインの構造多様性
発表著者:森田陸離、重田育照、原田隆平
 
参考:
新学術領域HPの該当ページ:https://bio-metal.org/whats-new/event/3056/
 

A Super New Theory

A researcher at the University of Tsukuba introduces a new theoretical model of high-temperature superconductivity, in which electrical current can flow with zero resistance, that may lead to extremely efficient energy generation and transmission


Tsukuba, Japan—A scientist from the Division of Quantum Condensed Matter Physics at the University of Tsukuba has formulated a new theory of superconductivity. Based on the calculation of the “Berry connection,” this model helps explain new experimental results better than the current theory. The work may allow future electrical grids to send energy without losses.

Superconductors are fascinating materials that may look unremarkable at ambient conditions, but when cooled to very low temperatures, allow electrical current to flow with zero resistance. There are several obvious applications of superconductivity, such as lossless energy transmission, but the physics underlying this process is still not clearly understood. The established way of thinking about the transition from normal to superconducting is called the Bardeen-Cooper-Schrieffer (BCS) theory. In this model, as long as thermal excitations are kept small enough, particles can form “Cooper pairs” which travel together and resist scattering. However, the BCS model does not adequately explain all types of superconductors, which limits our ability to create more robust superconducting materials that work at room temperature.

 

Now, a scientist from the University of Tsukuba has come up with a new model for superconductivity that better reveals the physical principles. Instead of focusing on the pairing of charged particles, this new theory uses the mathematical tool called the “Berry connection.” This value computes a twisting of space where electrons travel. “In the standard BCS theory, the origin of superconductivity is electron pairing. In this theory, the supercurrent is identified as the dissipationless flow of the paired electrons, while single electrons still experience resistance,” Author Professor Hiroyasu Koizumi says.

 

As an illustration, Josephson junctions are formed when two superconductor layers are separated by a thin barrier made of normal metal or an insulator. Although widely used in high-precision magnetic field detectors and quantum computers, Josephson junctions also do not fit neatly the inside BCS theory. “In the new theory, the role of the electron pairing is to stabilize the Berry connection, as opposed to being the cause of superconductivity by itself, and the supercurrent is the flow of single and paired electrons generated due to the twisting of the space where electrons travel caused by the Berry connection,” Professor Koizumi says. Thus, this research may lead to advancements in quantum computing as well as energy conservation.



Original Paper

The work is published in the Journal of Superconductivity and Novel Magnetism as “Superconductivity by Berry Connection from Many‑body Wave Functions: Revisit to Andreev−Saint‑James Reflection and Josephson Effect” (DOI:10.1007/s10948-021-05905-y).

 

Correspondence

Associate Professor KOIZUMI Hiroyasu
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

 

Related Link

Center for Computational Sciences

Inquiry for collaboration (Flintbox)

超伝導電流は電子ペアの流れではない 〜標準理論に根本的な変更を迫る新理論の提案〜

2021年7月9日

国立大学法人 筑波大学

概要

超伝導は電気抵抗ゼロで電流が流れる現象です。超伝導を説明する標準理論は、1957年に提出されたBCS理論が基礎となっています。この理論では、超伝導状態とは、2つの電子がペアになった「クーパーペア」ができている状態であり、その流れが超伝導電流であると説明されます。その根拠となっているのが、超伝導に特有の、アンドレーフ=セント・ジェームズ反射とジョセフソン効果と呼ばれる現象です。その後、銅酸化物高温超伝導体の超伝導機構など、標準理論では説明できない現象が数多く指摘されていますが、銅酸化物においてもアンドレーフ=セント・ジェームズ反射とジョセフソン効果は観測されており、「超伝導電流は電子ペアの流れである」とする点は、普遍的であると考えられてきました。

本研究では、これに先立ち提案した新理論が、アンドレーフ=セント・ジェームズ反射とジョセフソン効果も説明できることを明らかにしました。ここでは、超伝導電流を、電子ペアではなく、ベリー位相から生じる電流として理解します。ベリー位相は、電子が運動する空間にねじれをもたらし、これが電子の流れを生み、超伝導電流が生じると説明します。電子ペアもこの空間のねじれにより流れ、超伝導電流の一部となります。つまり、電子ペア形成の役割は、超伝導電流を生じるベリー位相を安定化することであり、超伝導電流の担い手として不可欠なものではないことを意味します。

この新理論は、これまでに指摘されている標準理論の不備をすべて解消し、現在の標準理論に根本的な変更を迫るものです。

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【受賞】原田准教授が永田学長より令和3年度筑波大学若手教員特別奨励賞を授与されました

筑波大学計算科学研究センターの原田隆平准教授が、令和3年度筑波大学若手教員特別奨励賞を受賞しました。原田准教授が、令和3年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞を受賞した功績を称えたものです。
授賞式が6月9日に行われ、永田学長から筑波大学若手教員特別奨励賞の表彰楯が授与されました。

有機固体電解質中のプロトン伝導メカニズムを解明 〜高効率な燃料電池の設計指針に〜

2021年6月8日

国立大学法人 筑波大学
 国立大学法人 金沢大学

概要

水素エネルギーを利用する燃料電池は、電解質上をプロトン(H+)が伝導することにより動作するもので、効率的なクリーンエネルギーシステムとして注目されています。しかしプロトンは非常に小さく軽いため、位置や動きを実験的に観測するのが難しく、伝導メカニズムはよく分かっていませんでした。

本研究では、水分子を含まない無水プロトン伝導物質として、コハク酸とイミダゾールから成るプロトン伝導性有機結晶(コハク酸イミダゾリウム)を対象に、分子中のプロトンの位置や動きを可視化し、分子レベルでのプロトン伝導メカニズムを解明することに成功しました。理論計算と実験を組み合わせ、結晶内のプロトン伝導が関わる「分子構造変化」、「分子運動」、「プロトン移動」の関係性を調べたところ、結晶内での整列された分子構造中で、イミダゾール分子の回転運動とイミダゾール–コハク酸間のプロトン移動が連動することによって、結晶内で効率的にプロトンが輸送していく様子が明らかになりました。

今回の結果から、燃料電池の固体電解質材料として、高いプロトン伝導性を示す無水プロトン伝導物質を設計するためには、分子の回転運動やプロトン移動を効率的に引き起こす材料の探索が重要であることが示唆されました。

 

ポテンシャルエネルギーダイアグラム
ポテンシャルエネルギーダイアグラム(グラフ部分)および、イミダゾール分子の回転とプロトン移動の関係

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計算メディカルサイエンス 第1回全体ミーティング

筑波大学計算科学研究センターでは、これらの最先端の計算科学を医学と連携させる新たな取組みとして「医計連携」を創出する「計算メディカルサイエンス事業」を推進します。本事業は、物理学、生命科学およびデータ基盤,情報メディア分野の計算科学と医学、産業界が連携し、最新の計算手法、画像処理技術ならびに機械学習、ディープラーニングを用いて、計算科学による医療技術を開拓することを目的とします。この目的のため、(1) 計算生体分子医科学、(2) 睡眠ビッグデータ解析・自動診断、(3) 3DCG バーチャル手術、(4) 計算光バイオイメージングのプロジェクトチームを設置し、学内外の連携とチーム間連携を図り研究を推進します。

計算メディカルサイエンス 第1回全体ミーティング

日時:2021年6月7日(月) 13:00~17:00
会場:Zoom 

プログラム

グループ   時刻 発表者 タイトル
  挨拶 13:00-13:01 梅村雅之 事業部長より挨拶
計算生体分子 発表 13:01-13:11 重田育照 計算分子医科学分野の共同研究・プロジェクトの現状
司会:高水 質問議論 13:11-13:26    
  発表 13:26-13:36 原田隆平 創薬研究を加速する分子シミュレーション技術の創出
  質問議論 13:36-13:56    
  休憩 13:56-14:00    
         
睡眠ビッグデータ 発表 14:00-14:20 堀江和正 深層学習による睡眠の自動解析
司会:関谷 質問議論 14:20-14:55    
  休憩 14:55-15:00    
         
         
3DCG手術 発表 15:00-15:10 北原格 3DCGバーチャル手術の活動報告と3D Surgical Vision への展開
司会:高水 質問議論 15:10-15:25    
  発表 15:25-15:35 Pragyan SHRESTHA Tomographic Reconstruction of Bone from Multi-View X-Ray Images Using Planar Markers
  質問議論 15:35-15:55    
  休憩 15:55-16:00    
         
         
計算光バイオ 発表 16:00-16:10 矢島秀伸 時間依存輻射輸送計算による生体光イメージング:大規模データベースの構築に向けて
司会:関谷 質問議論 16:10-16-25    
  発表 16:25-16:35 高水裕一 機械学習によるガン細胞の位置・形状の判定手法
  質問議論 16:35-16:55    
  休憩 16:55-17:00    

フェーン現象は通説と異なるメカニズムで生じていることを解明

2021年5月17日

国立大学法人 筑波大学

概要

フェーン現象は、風が山を越える際に、暖かくて乾燥した下降気流となり、ふもとの気温が上昇する 気象現象で、中学や高校でも学ぶものです。フェーン現象の発生メカニズムは、気象条件などに応じて 「熱力学メカニズム」と「力学メカニズム」の2つに大別され、一般によく知られているのは熱力学メ カニズムです。

本研究では、フェーン現象発生地域として世界的にも有名な北陸地方において、過去 15 年間に発生 したフェーン現象 198 事例を対象に、気象モデルとスーパーコンピュータを用いて、そのメカニズム を解析しました。その結果、日本のフェーン現象は、熱力学メカニズムではなく、主に力学メカニズム で生じていることを明らかにしました。また、純粋な熱力学メカニズムによる現象は、実はほとんど発 生していないことが示唆されました。

今回の解析によると、対象としたフェーン現象の 80%以上は力学メカニズムで発生しており、これ までの通説であった熱力学メカニズムは 20%以下しかありませんでした。しかも、それらのほとんど も純粋な熱力学メカニズムではなく、力学メカニズムと熱力学メカニズムの両方の性格を含んだマル チメカニズムであることが示されました。さらに、フェーン現象は低気圧や台風接近時に発生するも のと考えられていましたが、解析対象のうち約 20%は高気圧下で発生しており、また、日中よりも夜 間に発生しやすいことも分かりました。

図1 フェーン現象のメカニズムと発生割合。 左が力学メカニズム、中央が純粋な熱力学メカニズム、右がマルチメカニズム。太字の数値は、それぞれ のメカニズムで説明できるフェーンの割合。矢印は、フェーン現象発生時の主な大気の流れ。

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ムカデ寄生虫に葉緑体の痕跡を発見!進化過程で失われた光合成機能〜

2021年5月10日

国立大学法人 筑波大学

概要

マラリア原虫やトキソプラズマ原虫などのアピコンプレクサ門に属する病原寄生虫は、葉緑体を持ち、光合成を行っていた藻類の仲間から進化したと考えられています。実際、アピコンプレクサ門寄生虫の多くは、その細胞内に、光合成能を欠失した痕跡的葉緑体を持っています。無脊椎動物に感染するグレガリナもアピコンプレクサ門に属し、痕跡的葉緑体を持つ可能性が指摘されていました。しかし、実験室内での培養ができないため、ゲノムのトランスクリプトーム解析を行うことが難しく、その葉緑体進化はよく分かっていませんでした。

本研究では、筑波大学構内にてセスジアカムカデ、長野県にてキシャヤスデ、パラオ共和国にてヤケヤスデを採取し、それぞれの消化管中からグレガリナを単離してトランスクリプトームデータを取得しました。これを用いて、系統的位置を高精度に推測するための大規模分子系統解析と、葉緑体内部で機能すると考えられる酵素の探索を行いました。

その結果、ムカデ寄生グレガリナのトランスクリプトームデータ中に、葉緑体内部で働く酵素の塩基配列を発見しました。一方、2種のヤスデ寄生グレガリナからは、葉緑体機能に関わる酵素の塩基配列は一切検出されませんでした。また、大規模分子系統解析では、痕跡的葉緑体が残存する複数のグレガリナ系統が、葉緑体構造が欠失したと考えられる系統の中で、バラバラに位置しました。このことから、グレガリナの進化過程において、痕跡的葉緑体の欠失は、独立に複数回(少なくとも3回)起こったことが示唆されました。

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第10回 JCAHPCセミナー(Wisteria/BDEC-01運用開始記念)「JCAHPC 次の一手:Oakforest-PACSの先にあるもの」

最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC: Joint Center for Advanced High Performance Computing)筑波大学計算科学研究センター東京大学情報基盤センターとが共同で2013年に設立した組織です。 JCAHPCでは国内最大級の計算性能を有するOakforest-PACSシステム(OFP)を設計、導入し、2016年10月より共同で運用を開始して以来、最先端の計算科学を推進し、我が国と世界の学術及び科学技術の振興に寄与してまいりました。 現在、人類と地球は新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) という未曾有の危機に直面していますが、JCAHPCはHPCIシステム構成機関として「新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時公募課題」 に計算資源を提供し、新型コロナウイルス感染症に関する研究推進に貢献しております。

さて,OFPの運用も最終年度に突入し,2022年3月末にはサービスを終了する予定です。 第10回となるJCAHPCセミナーでは「JCAHPC 次の一手:Oakforest-PACSの先にあるもの」と題して,今後のJCAHPCのアクティビティの展望について紹介いたします。

まず、東京大学情報基盤センターが Society 5.0 実現へ向けて導入した『「計算・データ・学習」融合スーパーコンピュータシステム(Wisteria/BDEC-01)』 が2021年5月14日に運用を開始します。Wisteria/BDEC-01は、「シミュレーションノード群(Odyssey)」、「データ・学習ノード群(Aquarius)」の2つのノード群、合計ピーク性能33.1 PFLOPSを有するヘテロジニアスなシステムです。 第10回JCAHPCセミナーはWisteria/BDEC-01の運用開始に合わせて、システム紹介、地球科学分野を中心とした大規模ユーザによる招待講演とともに、類似したシステムをすでに運用している機関(理化学研究所、名古屋大学)からも招待講演をお願いしております。 また筑波大学で導入を進めている次期システム「Cygnus-BD」、更にOFPの後継機でありJCAHPCとしての2号機である「次期Oakforest-PACS」計画についても紹介いたします。

「計算・データ・学習」融合、Society5.0実現へ向けた議論の場とできればと考えております。
オンラインではありますが、是非とも多くの皆様にご参加いただきたく、よろしくお願いいたします。

第10回JCAHPCセミナー

日時:2021 年 5 月 25 日(火)(13 : 15 〜 17 : 50)
形態:完全オンライン
主催:最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC)
共催:筑波大学計算科学研究センター,東京大学情報基盤センター
参加費:無料,「事前参加登録」をお願いいたします。

参加申込

申込フォーム

※必ず事前登録をお願いいたします(セミナーの前日まで受け付けます)

プログラム

【第1部】座長:高橋大介(筑波大学計算科学研究センター/JCAHPC)

13:15 – 13:20 開会挨拶
13:20 – 13:45 中島研吾(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
Wisteria/BDEC-01がもたらす新しい科学の夜明け
13:45 – 14:10 塙敏博(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)
次期Oakforest-PACS計画とその周辺
14:10 – 14:35 朴泰祐/建部修見(筑波大学計算科学研究センター/JCAHPC)
筑波大学CCSにおける次期スーパーコンピュータCygnus-BD

【第2部】座長:下川辺隆史(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)

14:45- 15:10 羽角博康(東京大学大気海洋研究所)
エクサスケール時代の大気海洋シミュレーション
15:10 – 15:35 市村強
(東京大学地震研究所計算地球科学研究センター/工学系研究科社会基盤学専攻)

スーパーコンピューティングによる大規模地震シミュレーション
15:35 – 16:00 中島耕太(富士通株式会社 ICTシステム研究所)
計算・データ・AIを融合するコンピューティング技術

【第3部】座長:塙敏博(東京大学情報基盤センター/JCAHPC)

16:15 – 16:40 澤田洋平(東京大学大学院工学系研究科 附属総合研究機構)
極端水文気象現象に対する予測の不確実性定量化
16:40 – 17:05 庄司文由(理化学研究所計算科学研究センター運用技術部門)
富岳の利用サービスと運用について
17:05 – 17:30 片桐孝洋(名古屋大学)
スーパーコンピュータ「不老」導入とWisteria/BDEC-01への期待
17:30 – 17:50 総合討論・閉会

 

本セミナーの問い合わせ先

〒113-8658 東京都文京区弥生2−11−16
東京大学 情報基盤センター

中島研吾(幹事)
E-mail:nakajima[at]cc.u-tokyo.ac.jp
([at]を@にしてからお送りください。)

科学技術週間に合わせた動画公開 [4/18まで]

筑波大学では、例年「キッズユニバーシティ」と題した一般公開を行なっておりますが、本年は新型コロナウイルス感染症の感染拡大防止の観点から、対面での一般公開は行わず、動画の配信を行います。
本学の様々な研究を紹介しておりますので、ぜひご覧ください。計算科学研究センターからも動画を掲載しています。


録画配信期間:令和3年4月12日(月)~4月18日(日)[期間限定配信です]

https://scpj.tsukuba.ac.jp/news/210315.php

 

Associate Professor Harada Ryuhei receives the Young Scientists’ Prize

The “Commendation for Science and Technology by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology”, from the science ministry MEXT, recognizes individuals who have produced outstanding results in research, development, and promotion of public understanding of science and technology.

This year’s awardees were announced on 6 April, and Associate Professor HARADA Ryuhei, belonging to CCS was selected for the Young Scientists’ Prize.

The award ceremony will take place on 14 April at MEXT and online.

 

【受賞】原田准教授が文部科学大臣表彰 科学技術分野の若手科学者賞を受賞

生命科学研究部門の原田隆平准教授が、令和三年度 文部科学大臣表彰 科学技術分野の若手科学者賞を受賞しました。

受賞業績名:生体機能に重要な分子ダイナミクスを抽出する計算技術の研究

表彰式は4月14日に文部科学省3階 講堂及びオンラインで開催され、後日その様子がYouTubeに掲載される予定です。

関連URL(文科省発表ページ):https://www.mext.go.jp/b_menu/houdou/mext_00547.html

 

研究紹介動画を公開

計算科学研究センターで進められている研究の中から、「都市気象シミュレーション」と「総合的創薬計算」について、研究を紹介する動画を作成しYouTubeチャンネルに公開しました。

動画は以下でも見ることができます。

 

 

 

 

Our new videos are now available!

New videos introducing our researches are now available on YouTube.

In these videos, we introduce an urban climate simulation model called “City-LES” and comprehensive drug discovery research using multiple computational methods.  

 

 

 

 

凝集したタンパク質を元に戻す分子Hsp104の構造を解明

令和3年3月24日

国立大学法人 東京農工大学
国立大学法人 京都大学
国立大学法人 熊本大学
国立大学法人 大阪大学
国立大学法人 筑波大学

概要

国立大学法人東京農工大学工学府生命工学専攻 井上耀介氏(博士前期課程・当時)、東京農工大学工学研究院生命機能科学部門 篠原恭介准教授、養王田正文教授、野口恵一教授、国立大学法人京都大学大学院理学研究科 花園祐矢研究員(現・国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構)、竹田一旗准教授、三木邦夫教授、国立大学法人熊本大学発生医学研究所 野井健太郎研究員(現・大阪大学ナノサイエンスデザイン教育研究センター 特任助教(常勤))、小椋光教授(現・熊本大学大学院生命科学研究部)、国立大学法人大阪大学大学院生命機能研究科 川本晃大特任助教(常勤)(現・大阪大学蛋白質研究所 助教)、難波啓一特任教授(理化学研究所生命機能科学研究センター超分子システム動態研究チーム チームリーダー、放射光科学研究センター 副センター長・兼任)、国立大学法人筑波大学計算科学研究センター 重田育照教授らのグループは、細胞内で凝集したタンパク質を再生する分子Hsp104の構造を明らかにしました。X線結晶構造解析・クライオ電子顕微鏡解析・高速原子間力顕微鏡(高速AFM)の技術を用いてこれまでに知られていなかったHsp104の構造を決定しました。この成果により今後、タンパク質の異常凝集が引き起こすと考えられている神経変性疾患など病気の基礎的な理解へ向けた貢献が期待されます。

 
 
 

2021年度一般利用の募集

筑波大学計算科学研究センターでは、高性能メニーコアクラスタOakforest-PACS(Intel Xeon Phi、ピーク性能25 PFLOPS)及びCygnus(GPU+FPGA混合搭載型アクセラレータクラスタ、ピーク性能2.5 PFLOPS)の2台のスーパーコンピュータを運用しております。

Oakforest-PACSは最先端共同HPC基盤施設として東京大学情報基盤センターと共同運用するIntel Xeon Phi(Knights Landing, Intel Xeon Phi 7250P)をメインプロセッサとする超並列メニーコアクラスタです。

また、CygnusはGPUに加えFPGAを演算加速・通信加 速用デバイスとして搭載した初めての共用大規模複合型演算加速クラスタです。

筑波大学計算科学研究センターでは全国共同利用機関として、各システムにおいて全ノードの20%(Oakforest-PACSについては筑波大割り当てリソース分の20%)を目安とした計算機資源を、有償の一般利用に供することと致します。2021年度(2021年4月1日から2022 年3月31日まで)の一般利用を募集しますので、希望される方は以下のページを確認の上、ご応募下さい。

一般利用

【受賞】朴教授が情報処理学会コンピュータサイエンス領域功績賞受賞

計算科学研究センターの朴泰祐教授が情報処理学会2020年度コンピュータサイエンス領域功績賞を受賞いたしました(授賞式:2021年3月15日)。

コンピュータサイエンス領域功績賞は、同領域の研究会分野において、優秀な研究・技術開発、人材育成、および研究会・研究会運営に貢献したなど、顕著な功績のあった研究者に対して贈られるものです。

学会HPはこちら
https://www.ipsj.or.jp/award/cs-koseki-award-2020.html