HPCIオープンセミナー 「スーパーコンピュータとCOVID-19」(要事前申込)

2021年1月19日、一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST)の主催による、COVID-19に関するセミナーが開催されます。

発生から1年経ってもなお世界的に猛威を振るっているCOVID-19に対して、HPCIは今年4月から「新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時公募課題」の募集行っており、計算科学研究センターのCygnus、JCAHPCのOakforest-PACSも利用されています。今回、この取り組みを広く知っていただくために、HPCIを利用した研究について紹介するとともに、スーパーコンピュータの社会貢献と今後の可能性について一般の方向けに座談会形式のセミナーが開催されることとなりました。
研究者、計算科学に興味のある方、学生まで幅広い方の参加をお待ちしております。

セミナー特設ページ(外部リンク)

概要

【開催日】  2021年1月19日(火)13:30-15:40
【開催形式】Webexによるオンライン開催
【主 催】一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST)
【参加費】無料 (事前にお申し込みが必要です。)
【プログラム】
<座談会>
「社会を支えるスーパーコンピュータ~HPCI fights against COVID-19~」(動画放映)
<講演>
・Covid-19関連タンパクに対するインシリコリポジショニング
(筑波大学計算科学研究センター 重田 育照)
・分子動力学シミュレーションで見るCOVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼとその阻害薬
(分子科学研究所 奥村 久士)
・Nanoporeシーケンサと深層学習を用いた新型コロナウィルスRNA修飾の解析
(東京大学先端科学技術研究センター 上田 宏生)

※開催内容は変更となる場合があります。

【申込方法】WEBページ(https://fugaku100kei.jp/events/20210119/)より申込み
【申込締切】1月15日(金)
【問合せ】
一般財団法人高度情報科学技術研究機構
神戸センター HPCIオープンセミナー事務局 (event[at]hpci-office.jp [at]→@)

小泉 裕康 准教授の論文が、EPL’s top 10 most discussed and shared research from 2020 に選ばれました

量子物性研究部門 小泉 裕康 准教授の論文が、EPL’s top 10 most discussed and shared research from 2020 に選ばれました。

これは物理学の全ての分野をカバーする学術誌 EPL に今年掲載された論文のうち、ニュース、ブログ、SNSなどを通じて最も話題となった論文をランキングしたもので、小泉准教授の成果は幅広いメディアに取り上げられ、第1位にランクインしています。

論文:Reversible superconducting-normal phase transition in a magnetic field and the existence of topologically protected loop currents that appear and disappear without Joule heating

論文発表時の日本語版プレスリリース:「なぜ、超伝導電流は電気抵抗なしで消えるのか? 〜磁場中での超伝導-常伝導相転移を説明する新理論〜」 (2020.8.22)

GENESIS講習会−Cygnusを用いたハンズオン−

2021年1月29日(金) 13:30~17:30 web講習会 (要事前申込)

GENESIS (GENeralized-Ensemble SImulation System)は理化学研究所で開発されている分子動力学(MD)計算ソフトウェアです。特に生体高分子(タンパク質、核酸、糖鎖など)を対象としています。また独自の高速化、並列化手法を持つため、効率の良い計算手法が利用でき、富岳などのスーパーコンピュータからGPU計算機、インテル計算機まで対応しています。今回の講習会では、GENESISによる生体高分子のMDにご興味がある方を対象に、筑波大学計算科学研究センターのCygnusを利用して実際のシミュレーションに触れていただきながら、講習を行います。初めてGENESISを利用される方の参加も歓迎いたします。

講習会終了後、フリーディスカッションの時間を設けております。GENESISの利用方法などにご興味がある方は、この機会にぜひ、ご参加ください。

関連リンク:HPCI セミナー情報ページ

開催概要

日時 2021年1月29日(金)13:30~17:30 (13:00接続開始)
場所
筑波大学計算科学研究センターワークショップ室、または、web会議システム BlueJeansを使用したオンライン参加
*講師はオンラインでの参加になります。
*新型コロナウィルスの影響により、講習会当日にワークショップ室を使わず、オンラインのみの開催になる場合もございます。あらかじめご了承ください。
受講資格
  • HPCIのユーザの方、HPCIを利用する予定がある、または利用を検討している方
  • Cygnusのユーザの方、Cygnusを利用する予定がある、または利用を検討している方
参加費 無料
定員 12名程度(先着順)
受講の際の注意事項
以下について事前にご確認ください。
  • 筑波大学計算科学研究センターワークショップ室にて参加される方
 → 当日は、CygnusへSSH接続するためのノートパソコンをお持ちください。
  • CygnusへのSSH接続
 → 事前に接続の可否をご確認ください。
  • web会議システムBlueJeans
 → オンラインのみで参加される方はBlueJeansアプリを用いた接続をお願いします。事前に接続の可否をご確認ください。
  • Linuxの基本的なコマンドの使い方
 → ハンズオンでは、Linuxを使用します。基本的なコマンドの使い方(cat、ls、cd、pwd、cp、tar)を事前にご確認ください。
*Linux初心者向けの簡単な資料も用意しています。受講者の方には、他の資料と同様に配布いたします。
  • テキストエディタ(viまたはEmacs)の使い方
 → ハンズオンでは、簡単にテキストファイルの編集を行っていただきます。テキストエディタとして、viあるいはEmacsを使用していただきますので、基本的な使い方を事前にご確認ください。

プログラム

2021年1月29日

13:30-13:45 事務局からのお知らせとBlueJeansの機能説明
13:45-14:20 GENESISの概要
14:20-14:50 Cygnusの紹介、GENESISのCygnusでのジョブ実行方法
14:50-15:10 <休憩>
15:10-16:30 GENESISでのMD計算ハンズオン、もしくはデモ
16:30-17:30 フリーディスカッション

講師

岩橋千草氏(理化学研究所計算科学研究センター)
Jaewoon Jung氏(理化学研究所計算科学研究センター)
松岳大輔氏(高度情報科学技術研究機構)

主催・共催

主催: 筑波大学計算科学研究センター
共催: 一般財団法人 高度情報科学技術研究機構

講習会資料

本講習会で使用するテキストは、当日に配布いたします。

お願い

  • 受講の際の注意事項をよくご確認ください。
  • 講習会終了後、アンケートにご協力をお願いします。

受講申込

申込フォームからお申し込みください。メールでのお申し込みは受け付けておりません。

申込締切は 2021年1月19日(火) 17:00 とさせていただきます。

定員に達しましたら、お申し込みを締め切らせていただきます。

ご質問・お問い合わせ

hpci-workshop[-at-]hpci-office.jp ([-at-]は@にしてください)までお問い合わせください。

「熱」や「痛み」を感じるタンパク質の小さい動きを高速キャッチ!

-体に優しい鎮痛薬開発のための新たな創薬指針の提案へ-

東京大学大学院新領域創成科学研究科物質系専攻の佐々木裕次教授、産業技術総合研究所先端オペランド計測技術オープンイノベーションラボラトリバイオ分子動態チーム 三尾和弘ラボチーム長、藤村章子特別研究員、筑波大学計算科学研究センター生命科学研究部門 重田育照教授らの研究グループは、熱や痛みの伝達を司るTRPチャネル(注1)の1分子内部運動を、マイクロ秒オーダーで実時間計測することに世界で初めて成功しました。

ヒト及び多様な動物種の複数の感覚刺激の応答に関与することで知られるTRPチャネルは、4つのサブユニット(注2)から構成され、細胞膜を24回貫通する分子です。最近、詳細な分子構造が決定され、研究が一層加速され注目を集めています。TRPチャネルを活性化させるカプサイシンを添加した実験では、チャネルを開けてイオンを流す動きは、右回りのねじれ運動を伴い、またチャネルを阻害する薬剤を添加した実験では、それと逆向きに左回りのねじれ運動を検出しました。さらにカプサイシンが反応しない変異体TRPチャネルを使った実験では、阻害する薬剤を加えた時と同様にチャネルの運動を抑える左回りのねじれ運動が検出されました。このようにさまざまな条件下でリアルタイムにダイナミックな動きを検出することに成功しました。また、これらの動きがすべて数十pm2/msという極めて小さい拡散定数(注3)で動いていることも判明しました。

本研究グループが用いた計測法は「X線1分子追跡法(Diffracted X-ray Tracking: DXT)」(注4)と呼ばれるもので、金ナノ結晶でラベルされた部位における分子内部動態を1分子動画として検出します。この実験は兵庫県西播磨にある大型放射光施設SPring-8の BL40XU(注5)で行われました。DXTは従来の分子構造決定や反応ポケットの構造解析だけからは得られない、分子の動きに着目した新しい創薬技術の開発への貢献が大いに期待されます。

この成果の詳細は物理化学領域において長い歴史のある国際誌Journal of Physical Chemistryに掲載され、本研究のイメージ図が表紙に採用される予定です。なお、雑誌掲載に先立ち、同誌Webサイトにて、2020年12月9日にオンライン公開されました。

プレスリリース全文はこちら

 

 

SALMON講習会 (要申し込み 1月28日)

−全国共同利用大規模並列計算システムOCTOPUSを用いたハンズオン−

2021年1月28日(木) 13:30~17:30 web講習会

SALMONは、光と物質の相互作用で起こる多様なナノスケールの電子ダイナミクスに対して第一原理計算を行うオープンソース計算プログラムです。 計算は時間依存密度汎関数理論に基づいており、ノルム保存擬ポテンシャルを含む時間依存コーンシャム方程式を実時間・実空間で解きます。光電磁場の伝搬を記述することも可能です。今回の講習会は、SALMONを用いて光と物質の相互作用を計算することに興味のある方を対象に、SALMONの背景となる基礎理論と計算法の簡単な説明を行ったのち、大阪大学サイバーメディアセンターの全国共同利用大規模並列計算システムOCTOPUSを用いて実際にSALMONを用いた実習を行います。理論の研究者だけではなく、実験研究者や企業研究者、大学院生のご参加を歓迎いたします。

詳細および受講申し込みはこちら (外部リンク)

 

開催概要

日時 2021年1月28日(木)13:30~17:30 (13:00接続開始)
場所
web会議システム Zoomを使用したWeb講習会
受講資格
  • HPCIのユーザの方、HPCIを利用する予定がある、または利用を検討している方
  • OCTOPUSのユーザの方、OCTOPUSを利用する予定がある、または利用を検討している方
参加費 無料
定員 10名程度(先着順)
受講の際の注意事項
以下について事前にご確認ください。
  • OCTOPUSへのSSH接続
事前に接続の可否をご確認ください。
  • web会議システムZoom
Zoomアプリを用いた接続をお願いします。事前に接続の可否をご確認ください。
  • Linuxの基本的なコマンドの使い方
ハンズオンでは、Linuxを使用します。基本的なコマンドの使い方(cat、ls、cd、pwd、cp、tar)を事前にご確認ください。
*Linux初心者向けの簡単な資料も用意しています。受講者の方には、他の資料と同様に配布いたします。
  • テキストエディタ(viまたはEmacs)の使い方
ハンズオンでは、簡単にテキストファイルの編集を行っていただきます。テキストエディタとして、viあるいはEmacsを使用していただきますので、基本的な使い方を事前にご確認ください。

Next Step in Simulating the Universe

Researchers led by the University of Tsukuba devise a new approach to show how ghost-like neutrinos helped shape the Universe

Tsukuba, Japan – Computer simulations have struggled to capture the impact of elusive particles called neutrinos on the formation and growth of the large-scale structure of the Universe. But now, a research team from Japan has developed a method that overcomes this hurdle.

In a study published this month in The Astrophysical Journal, researchers led by the University of Tsukuba present simulations that accurately depict the role of neutrinos in the evolution of the Universe.

Why are these simulations important? One key reason is that they can set constraints on a currently unknown quantity: the neutrino mass. If this quantity is set to a particular value in the simulations and the simulation results differ from observations, that value can be ruled out. However, the constraints can be trusted only if the simulations are accurate, which was not guaranteed in previous work. The team behind this latest research aimed to address this limitation.

“Earlier simulations used certain approximations that might not be valid,” says lead author of the study Lecturer Kohji Yoshikawa. “In our work, we avoided these approximations by employing a technique that accurately represents the velocity distribution function of the neutrinos and follows its time evolution.”

To do this, the research team directly solved a system of equations known as the Vlasov–Poisson equations, which describe how particles move in the Universe. They then carried out simulations for different values of the neutrino mass and systemically examined the effects of neutrinos on the large-scale structure of the Universe.

The simulation results demonstrate, for example, that neutrinos suppress the clustering of dark matter—the ‘missing’ mass in the Universe—and in turn galaxies. They also show that neutrino-rich regions are strongly correlated with massive galaxy clusters and that the effective temperature of the neutrinos varies substantially depending on the neutrino mass.

“Overall, our findings suggest that neutrinos considerably affect the large-scale structure formation, and that our simulations provide an accurate account for the important effect of neutrinos,” explains Lecturer Yoshikawa. “It is also reassuring that our new results are consistent with those from entirely different simulation approaches.”

This work represents a milestone in simulating the Universe and paves the way for further exploration of how neutrinos influence the formation and growth of the large-scale structure. For instance, the new simulation approach could be used to study the dynamics of neutrinos and unconventional types of dark matter. Ultimately, it might lead to a determination of the neutrino mass.

 

Original Paper

The article, “Cosmological Vlasov–Poisson Simulations of Structure Formation with Relic Neutrinos: Nonlinear Clustering and the Neutrino Mass,” was published in The Astrophysical Journal at DOI: 10.3847/1538-4357/abbd46

Correspondence

Assistant Professor YOSHIKAWA Kohji
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

宇宙を飛び交うニュートリノの動きを明らかに ~世界初の6次元シミュレーションに成功~

物質を構成する基本的な素粒子の一つであるニュートリノは我々の宇宙に大量に存在し、わずかながら質量を持つことが知られています。しかし、その質量は、地上の素粒子実験などでは測定が困難で、未解明の謎として残っています。一方、宇宙における天体や物質の分布(大規模構造)の詳細な観測からニュートリノの質量を測定できることが近年の宇宙進化の理論によって示され、大型観測プロジェクトが世界中で計画されています。

理論的には、精緻な数値シミュレーションにより宇宙の大規模構造を詳細に再現することが必要ですが、そのためには、多次元空間中での素粒子の集団的な運動を記述する「ブラソフ方程式」を解かなくてはなりません。この難解な方程式を解くためには膨大な計算時間やコンピュータの記憶容量が必要なため、これまではニュートリノの分布を仮想的な粒子の分布に置き換え、近似的な解を得ることしかできませんでした。しかしこの方法では、再現された宇宙の物質分布に人工的な数値ノイズが混入するという大きな問題があります。

本研究では、筑波大学と東京大学が新たに開発したブラソフ方程式の高精度計算手法と、国内を代表するスーパーコンピュータを組み合わせることによって、ブラソフ方程式を直接解き、宇宙を高速で飛び交うニュートリノの6次元数値シミュレーションを行うことに、世界で初めて成功しました。これにより、ニュートリノの集団的な運動の様子を正確に調べることができるようになり、ニュートリノの質量を正確に測定するための理論モデルの構築が可能となりました。

図1 宇宙大規模構造形成における、ニュートリノ(左)とダークマター(右)の密度分布。ニュートリノは質量が小さく速度分散が大きいため、広がった分布を示すのに対して、ダークマターはフィラメント構造と呼ばれるひも状の高密度領域を形成する。

 

プレスリリース全文(PDF)

論文はこちら

【すぐわかアカデミア。】動画公開

国立大学共同利用・共同研究拠点協議会が2020年4月より動画配信している「知の拠点【すぐわかアカデミア。】」の No.15 として、筑波大学計算科学研究センターの動画が公開されました。

高性能計算システム研究部門の藤田助教協力のもと、スーパーコンピュータCygnusやCygnusを使った研究などを8分弱の動画で紹介しています。

 

[webリリース]超巨大ブラックホールから吹く「風」の謎を解明

宇宙物理研究部門の大須賀教授が参加した研究グループの成果が、国際学術誌「Monthly Notices of the Royal Astronomical Society」に掲載されました。

京都大学からのプレスリリース

概要引用

宇宙には数多くの銀河があり、その中心には超巨大ブラックホールが存在しています。ブラックホールは周りにあるガスを次々に吸い込んでいきますが、なかにはブラックホールに吸い込まれずに、外に向かって高速で吹き出すガスも存在します。強い重力源であるはずのブラックホールから重力に逆らって「風」が吹き出すのは、一見不思議な現象です。このような「風」の存在はこれまでの X 線観測から知られていましたが、どうやって吹いているのかについてはまだ分かっていませんでした。京都大学白眉センター/理学研究科の水本岬希 特定助教を中心とする国際研究グループは、X 線の擬似観測によって実際に観測されている「風」の様子を 定量的に再現し、ブラックホールの周りで生み出される紫外線の力によって「風」が生まれるということを世界で初めて実証しました。今後は、2022 年度に日本で打ち上げが予定されている XRISM 衛星を使うことで、 風の様子をこれまでにないほどはっきりと捉えることができると期待されます。 本成果は 2020 年 11 月 19 日に英国の国際学術誌「Monthly Notices of the Royal Astronomical Society(王立天文学会月報)」にオンライン掲載されました。

論文タイトルUV line driven disc wind as the origin of ultrafast outflows in AGN

著 者:Misaki Mizumoto, Mariko Nomura, Chris Done, Ken Ohsuga, Hirokazu Odaka

掲 載 誌:Monthly Notices of the Royal Astronomical Society

DOI:10.1093/mnras/staa3282

[Oakforest-PACS] ネットワーク伝送路工事による通信中断 (11/30)

東京大学情報基盤センター(柏)およびJCAHPC(最先端共同HPC基盤施設)の
スーパーコンピュータの外部接続用ネットワーク伝送路を収納する設備に影響する、
国道6号道路改良工事のため以下の日時に通信が中断します。

日時:2020年11月30日(月) 午前3:00 ~ 午前4:00(実断60分以内)

Oakforest-PACS のログインノード、インタラクティブジョブ等をご利用の際はご注意ください。

SC20 Virtual Exhibition

 

Welcome to our webpage!
Center for Computational Sciences, University of Tsukuba (CCS) is a multidisciplinary research center for advanced HPC and natural science researches.

 

Want to ask a researcher directly?

We will open six meeting rooms on Zoom for your questions and discussion. Zoom URL will open here 5min before the meeting. 

【Meeting Hour: 17th Nov. 10:00am-11:00am EST】
【Meeting Hour: 17th Nov. 7:00pm-8:00pm EST】
【Meeting Hour: 18th Nov. 10:00am-11:00am EST】
【Meeting Hour: 18th Nov. 7:00pm-8:00pm EST】
【Meeting Hour: 19th Nov. 10:00am-11:00am EST】

【Meeting Hour: 19th Nov. 7:00pm-8:00pm EST】

Video

180° Camera Tour of CCS

180° Camera Tour of Cygnus

Our New Supercomputer Cygnus 

 

Research Posters

  1. Mission & Chronology of CCS
  2. Supercomputer at CCS: Cygnus
  3. Particle Physics
  4. Astrophysics
  5. Nuclear Physics
  6. Quantum Condensed Matter Physics
  7. Biological Function and Information
  8. Molecular Evolution
  9. Global Environmental Science 
  10. High Performance Computing Systems 1
  11. High Performance Computing Systems 2
  12. Database
  13. Computational Media
  14. Supercomputer Oakforest-PACS
  15. Application on Oakforest-PACS

       

        

        

  

 

 

Give Away

 

 

The distribution period is over.

 

 

 

Report of the Review Committee & CCS Reports for Review

 

 

[All pages: PDF 19MB]

 

Contact

pr[at]ccs.tsukuba.ac.jp 

 

Back to SC20

> Back to our SC20 Virtual Booth

 

格子QCD数値シミュレーションのゲージ配位データをDOI登録開始

素粒子に働く強い相互作用を数値的に研究する格子量子色力学(QCD)では、大規模な数値シミュレーションによって「ゲージ配位」と呼ばれるデータが生成され、これを基にして陽子や中性子などハドロンと呼ばれる粒子の質量や反応過程などを計算することができます。大きな計算機資源を使って作られたこのゲージ配位データを共有しようという目的で作られたのがILDG (International Lattice Data Grid)や、その日本でのグリッドであるJLDG (Japan -) です。JLDGは国内の研究機関を結ぶ高速ネットワークの上に築かれたデータグリッドで、格子QCDを含む計算物理のインフラストラクチャ-として重要な役割を果たしています。

JLDGでは国内の研究グループが生成したゲージ配位のデータを公開しています。このたび、これらのデータにDOI (Digital Object Identifier) を登録する仕組みを整備し、最初のゲージ配位データに対するDOI登録が完了しました。

詳しくは以下のページをご覧ください

計算基礎化学連携拠点(JICFuS): 格子QCD数値シミュレーションのゲージ配位データをDOI登録開始

GPUコンピューティングことはじめ

額田 彰 教授

高性能計算システム研究部門

額田教授は、スーパーコンピュータ等の最先端計算機システムを効果的に活用してさまざまな計算の高速化を実現することを目的とした高性能計算の研究者です。

(2020.11.9 公開)

 

GPUとは

GPU(Graphics Processing Unit)は本来グラフィックス処理専用のデバイスです。計算処理はCPUが担当し、可視化処理などだけがGPUに分担され、そのままディスプレイに出力されるのが一般的でした。パソコン用のゲームが普及していった結果、より高解像度のきれいな画像生成をより高速に行う需要が増え、それに応えるためGPUの処理速度が飛躍的に向上していきました。GPUが行う画像処理は定型的で、画面の各ピクセルの値(色)を計算するために同等の処理を多数、別個のデータに対して行うという性質があります。

CPUとGPUの違い

 

このため演算器の数を増大させることがCPUよりずっと容易なアーキテクチャになっており、いつのまにか32bitの浮動小数演算性能において当時のCPUを上回っていました。また多数の演算器にデータを送る必要があるためGPUは少ない容量ながらも専用のメモリを搭載し、そのデータ転送速度はCPUのメインメモリを超えるようになりました。

GPUによる汎用計算

GPUがCPUより高い演算性能を持つとわかるとGPUを計算に使いたくなるものです。元々GPUはグラフィックス処理しかできない構造でしたが、グラフィックス分野も急激に進歩し、GPUのハードウェアも処理内容を詳細にプログラム可能になってきて、2000年代後半ついに、汎用計算向けのプログラム開発環境がGPUベンダーから提供されるようになりました。

これまで様々な計算がGPUプログラムに移植されて高速化を実現しています。しかしどのような計算でもよいわけではなく、「同等の処理を多数」実行するというハードウェアの基本に合わせなければ意味がありません。CPUは多くても数十コアを搭載しているものが主流ですが、GPUのコア数は数千規模でさらにその何倍もの並列性がなければ演算器をフルに活用することができません。提供されているプログラミング言語もこれを想定したものになっていて、その型にはまるようにうまく記述できるような計算内容であればGPUで高速化できることが多いと言えます。

CPU用のプログラムをGPUに移植すると、今後CPU用とGPU用の2つのコードを管理し続けなければなりません。計算内容がもう変わることがないのであれば問題ありませんが、最先端研究で使用されているソフトウェアは頻繁に更新され続けることが多くなっています。そこで近年需要が高まっているのがOpenACCやOpenMPのような、指示詞(コメント文)によるGPU化の方法です。プログラマはコードの中で並列性が高くGPUで高速化可能な箇所を指示し、コンパイラがGPU用のコードを生成してくれます。コンパイラの負担が非常に大きいのですが、これによってCPU用とGPU用の両方の実行プログラムをコンパイラのオプションの切り替えのみで生成でき、コードの管理が楽になります。

指示詞(コメント文)によるGPU化(OpenACCの場合)

 

今後

現在、世界トップ500のスパコンの中にはCygnusを含め多数のGPU搭載システムがあります。これはGPUがすでに汎用計算用のプロセッサとして広く受け入れられていることを示し、またコストパフォーマンスや電力効率においても優れていることもシステム調達の検討時に大きなポイントになっているようです。

 

さらに詳しく知りたい人へ

 

計算機の顕微鏡で生体分子の「形」と「動き」を解き明かす

harada

原田 隆平 准教授

生命科学研究部門 生命機能情報分野

生体内では、タンパク質や核酸のような生体分子が様々に形を変えながら機能しています。原田准教授は、こうした生体分子の形や動きをシミュレーションするために、効率の良い計算手法の開発研究を行っています。

(2020.11.4 公開)

 

計算機の“顕微鏡”で見える世界

生体内では様々な生体分子が機能しています。生体分子を構成している原子は絶えず振動していて、静電気力や化学結合といった周囲の原子や分子との間に働く力によって相互に作用し、時に構造の変化が起こります。原子の振動はフェムト秒(1000兆分の1秒、フェムトは10の-15乗)のスケールで起きていますが、タンパク質が機能するための構造の変化にはマイクロ秒(100万分の1秒、マイクロは10の-6乗)以上もの時間がかかります。このような原子・分子にとってとても長い時間がかかる現象のことを、「レアイベント」と呼びます。

タンパク質の構造を解明するためには、タンパク質の結晶をX線で観察するX線結晶解析などの方法が使われています。しかしこうした実験的手法では、実際の生体内部での構造変化をリアルタイムに観測することはできません。そこで、実際に構造がどのように変化していくのかを調べるために用いられている方法が、分子動力学シミュレーション(molecular dynamics: MD)です。

MDでは、まず調べたい構造の最初の状態として原子・分子の位置を設定し、それぞれの原子・分子が周辺の原子・分子からどのような力を受けるのか、その結果、どのように運動するのかを計算します。これを繰り返すことで、パラパラ漫画のように分子が動いていく様子を調べることができます(図1)。まさに、計算することで分子の動きを見る“顕微鏡”です。

(図1:一コマが1000兆分の1秒のパラパラ漫画のイメージ。分子の構造が少しずつ変化していく様子を計算で解析する。)

 

MDでは、全ての原子・分子について計算を行う必要があります。当然、調べたい分子の大きさが大きくなって原子数が増えるほど、また、調べたい時間が長くなるほど、計算量や計算にかかる時間は膨大になります。実際にスーパーコンピュータの計算性能があっても、マイクロ秒以上かかるようなレアイベントを一度に計算するのはとても困難です。

そこで、原田准教授は新しい計算手法を考案しました。

 

まれにしか起こらない “レアイベント” を捉えるために

レアイベントは確率的に起こります。シミュレーションで扱う時間を長くしても起きないこともあれば、時間が短くても起きる場合もある、という点に原田准教授は着目しました。

そこで、ピコ秒(1兆分の1秒、ピコは10の-12乗)という非常に短い時間についてのシミュレーションを同時にたくさん、いろいろな条件で動かし、その中でより目的のものに近づいた結果を次のシミュレーションの初期値として、もう一度いろいろな条件で計算をする、というセットを繰り返す方法を開発しました(図2)。こうすることで、計算によるレアイベントの検出にかかる時間を1,000倍以上短くすることが可能になりました。

(図2:たくさんのシミュレーション結果から、より良いものを選んで次のシミュレーションを実行することで、レアイベント抽出の効率を上げることに成功。tは時間を示す添字。)

この計算方法のポイントは、同時にたくさんの同じような計算をするところにあります。こうした計算は並列型のスーパーコンピュータの得意分野です。原田准教授はCygnusなどのスーパーコンピュータを使いながら、着目する生体分子の状況や特性に合わせたいろいろな種類の計算手法を開発し、アプリケーションを進めています。

 

これまでの研究では、計算の効率を格段にあげることに成功してきました。これからは、使う人のニーズに応えながら、より使いやすいアプリケーションとして公開していくための研究を進めてく段階です。

今は、分子の形が目的のものに近付いたかどうかを判定する指標である「反応座標(注1」を、使う人が経験的に決めるしかありません。人が決めることで恣意的になり、エラーや人による違いも出てしまいます。最適な反応座標を自動的に決めることができれば、「完全な構造変化の予測」に繋がるはずです。

恣意性が入らない完全な構造変化の予測、それが原田准教授の目指す究極のシミュレーションの形です。研究室では、次のステップに向けた研究が始められています。

 


【用語】

1)反応座標:生体分子の構造変化を特徴付ける物理変数で、分子間の距離や結合角度などの情報が使われる。どのような要素を反応座標として用いるのが最適かは取り扱う生体分子によって異なる。

 

さらに詳しく知りたい人へ

 

塩川浩昭准教授の研究課題が「さきがけ」に採択

筑波大学 計算科学研究センターの塩川浩昭准教授(計算情報学研究部門 データ基盤分野)の研究課題が、JSTの戦略的創造研究推進事業「さきがけ」に採択されました。
 
研究領域:IoTが拓く未来
採択課題名:超高速な多モーダルIoTデータ統合処理基盤
 
参考リンク:

【CCSで学ぶ】 吉永 真理さん

吉永真理(Yoshinaga Mari)さん

 

理工情報生命学術院 生命地球科学研究群
生物学学位プログラム
稲垣研究室(微生物分子進化研究室)博士前期課程1年

 

 

(内容は、2020年8月取材当時のものです。)


吉永さんは、筑波大学 生命環境学群 生物学類在籍時に微生物分子進化研究室に入り、稲垣祐司教授の指導のもとで研究を続けています。

今の研究室を選んだ理由

3年生のときに、「分子進化学」という稲垣先生と橋本先生の講義を受けて、とても興味を持ちました。
高校までは、生物というと、マウスやハエなどの生き物を育てたり、実験したりするイメージがとても強かったのですが、稲垣先生たちの講義では、パソコンを使って統計学的な解析をするということで、とても新鮮でした。
それまで、生物の分野でそんな研究ができることも知らなかったので、自分でやってみたいと思いました。

どんな研究をしているの?

卒業研究で行っていた「SMC遺伝子の多様化と二次的喪失」というテーマを続けています。SMC は、染色体構造維持(Structural Maintenance of Chromosomes)の略です。SMCタンパク質は色々な働きを持っています。たとえば、生物が細胞分裂を行うときは、染色体を均等に分ける必要があるのですが、このとき染色体をバラバラにせずコンパクトに圧縮する機能や、複製された二本の姉妹染色分体がバラバラにならないように一緒に束ねておく機能を持っています。


とても重要な機能を担っているので、あらゆる生物が持っていると言われているのですが、本当にすべての生物がSMCタンパク質を持っているのか、そしてその系統について大規模に解析された事例はなかったので、今回私の研究で初めて大規模解析を行いました。
今回推測した系統樹から、真核生物のSMCは単に原核生物(細菌、古細菌)のSMCから進化したのではなく、もっと複雑な進化過程を経て多様化したのではないか、と考察できました。
今は、研究成果を論文として投稿する準備をしています。

 

どんな風に研究をしているの?

まずは色々な種のSMCタンパク質に関する配列を集めてきて、データセットを作ります。データセットをそろえたら、系統解析を行います。
解析には、研究室にある計算機を使います。系統解析の場合、早ければ2−3日で終わりますが、解析に使うモデルが複雑になると1ヶ月近くかかる計算もあります。

大規模解析ではとても複雑な系統樹が推測される


パソコンでの操作は、研究室に入るまでは慣れていなくて、研究室に入ってから勉強したのですが、研究室の先輩が丁寧に教えてくれました。

研究室の先輩たち

CCSで研究するまでにどんな勉強をしたの?

高校の理科は物理と化学を選択していたので、生物はやっていませんでした。でも、生命の不思議について興味があったので、生物の研究環境が整っている筑波大学を受験して入学しました。大学に入ってからは、生物の講義や実習があって、慣れるまでは大変でしたが、周りの人も優しく教えてくれるので、大丈夫でした。

メッセージ

分子進化学は、生物の一般的なイメージとは違って、コンピュータを使った統計解析などをします。生物の分野でも、こんな研究があるということを皆さんにぜひ知ってもらいたいです。

 

【CCSで学ぶ】一覧に戻る

 

【CCSで学ぶ】 秋山 進一郎さん

秋山 進一郎(あきやま しんいちろう)さん

数理物質科学研究科 物理学専攻
素粒子理論研究室 博士後期課程1 年

 

 

(内容は、2019年12月取材当時のものです。)

今の研究室を選んだ理由

国際基督教大学(ICU) 在学中に、筑波大の大学院に進学することを決めました。筑波大の素粒子グループ、特にCCS は格子QCD 計算を行う研究機関としては、世界的にも有名で、ここで格子場の理論の研究をしたいと思いました。
格子場に興味を持ったきっかけは、数学的に厳密に定義された基礎理論から出発して、様々な物理現象に関して実際に数値的な予言を与えられる、というこの分野ならではの特色にあります。

どんな研究をしているの?

テンソル繰り込み群と呼ばれる数値手法を使って、格子場の理論の研究を行っています。格子場を研究する道具といえば、多くの場合がモンテカルロ法であり、これまでに数多くの成果を上げてきた一方、モンテカルロ法だとどうしても計算することができないような状況も実はたくさん存在します。そこで、従来のモンテカルロ法では難しかった問題にテンソル繰り込み群でチャレンジしているところです。テンソル繰り込み群はそのルーツを統計物理学、物性物理学の分野に持ちます。そのため、素粒子の分野だけに留まらず、色々な物理の分野を広く跨ぎながら研究を進めています。また、情報科学分野の方とも協力して計算プログラムの開発を行っています。

テンソル繰り込み群による格子場の研究の進め方

 

CCS で研究するためにはどんな勉強をしたの?

大学院入試を外部受験したので、とにかく過去問を多く解きました。6 月に行われた推薦入試で合格できました。学部の間はプログラミングに一切触れずだったので、とても大変でした。先輩やポスドクの方々にたくさん助けてもらい、修士論文の時には、自分で書いたコードも使って研究を行いました。プログラムは普段はFortran で書いています。格子場の理論の計算物理学的な研究では、大型計算機による並列処理が必要となることが多く、そのためC やFortran を使っている人が多いと思います。スーパーコンピュータは、Oakforest-PACS を使っています。以前はCOMA も使っていました。

メッセージ

物理は、「何か気になったことがあったらずっと考えてしまう」、そんな人に向いてると思います。学校の授業で何か分からないことがあったら、自分なりに腑に落ちるまで、その疑問と向き合いながら先に進んでいく姿勢も大事なことかもしれないですね。

 

【CCSで学ぶ】一覧に戻る

 

【CCSで学ぶ】 阿左美 進也さん

阿左美 進也(あざみ しんや)さん

数理物質科学研究科 物理学専攻
宇宙物理理論研究室 博士後期課程1 年

 

 

(内容は、2019年7月取材当時のものです。)

今の研究室を選んだ理由

小さいころから自然科学に興味はあって、高校の頃には物理の分野を志していたので、物理の研究で有名な筑波大学を選びました。理工学群物理学類入学後、4 年生の時には素粒子物理学の研究室に所属していました。大学院入試(博士課程前期)の時に、宇宙の研究室に決まりました。

CCS で研究するためにはどんな勉強をしたの?

大学入試では、苦手だった数学に一番苦労しました。英語も化学も苦手でした。大学院入試は物理がメインで、数学や英語もあります。宇宙の分野では物理を扱うことが多いことに気付き、研究室に入ってからは必死に勉強しました。

どんな研究をしているの?

宇宙で最初にできた星に対する輻射の影響を調べています。星ができるときには、エネルギーが輻射(光子)として放出されます。その過程で冷却材と呼ばれる原子や分子をどれくらい壊してしまうかを計算しています。

スーパーコンピュータは使っている?

はい。これまでは、COMA を使って輻射の研究をしていました。これからは、Cygnus とOakforest-PACS を使う予定です。大学院からスーパーコンピュータを使うようになってプログラミングの勉強も始めました。
シミュレーションをするためには、基礎方程式をどのように解くか、解法から考える必要があります。スーパーコンピュータをうまく活用するためには、GPU の使い方などを勉強する必要もあります。個人的には、プログラミングに関することはやっていて楽しいです。

メッセージ

物理はとても楽しいです。色んな学問の基礎に物理があるので、物理を知っていると色々世界も広がると思います!

 

【CCSで学ぶ】一覧に戻る

 

[計算情報学研究部門]助教(テニュアトラック)公募(締切:2020年10月20日)

1. 募集人員
助教(テニュアトラック) 1名

2. 専門分野
データベース、データ工学およびビッグデータ基盤技術

3. 職務内容
計算科学研究センター*1 におけるデータベース、データ工学、ビッグデータ基盤技術ならびにそれらを活用したビッグデータ解析・応用に関する研究開発。
計算科学研究センター計算情報学研究部門(データ基盤分野)では、ビッグデータ・AI時代のデータ利活用を目的として、データ工学および関連分野の研究開発を推進するとともに、計算科学を中心として理学・工学・医学等の各分野の専門家と連携したビッグデータ解析・応用に関する研究に取り組んでいます。
本公募では、データベース・データ工学を専門とし、これらの研究に関係者と協力しながら熱意を持って取り組んでいただける方を求めます。なお、着任後は、大学院システム情報工学研究群(情報理工学位プログラム*2)における研究・教育、ならびに、情報学群情報科学類*3(学部に相当)における教育も担当していただきます。

*1 計算科学研究センター https://www.ccs.tsukuba.ac.jp
*2 システム情報工学研究群情報理工学位プログラム http://www.cs.tsukuba.ac.jp
*3 情報学群情報科学類 https://www.coins.tsukuba.ac.jp

4. 任期
任期5年間のテニュアトラック(基本年俸表適用職員)
着任時から原則5年目に学内規定に基づくテニュア審査が行われ、テニュアが取得できた場合は任期なしとなります。

5. 応募資格
博士の学位を有し(着任時期までに取得見込みも可)、専門分野において優れた研究業績をお持ちで、上記職務に熱意を持って取り組んでいただける方。

6.  着任時期
2021年2月1日以降のなるべく早い時期

7. 待遇
本学規定に基づく

8. 提出書類:
以下の (1)-(6) を電子メールの添付ファイルで提出して下さい。

(1) 履歴書(写真貼付,連絡先と電子メールアドレスを明記)
(2) 研究業績一覧(査読付き学術雑誌論文、査読付き国際会議論文、著書、その他の研究発表、特許、受賞、外部資金獲得実績等に分類したリスト。論文等の共著者名はすべて記入。
なお主要論文(5編以内,(6)参照)については、インパクトファクタ、引用数、採択率等の情報を記載することが望ましい。)
(3) これまでの研究・教育実績の概要(1,500字程度。(6)の主要論文を適宜参照すること。)
(4) 着任後の研究計画・教育に対する抱負と自己アピール(1,500字程度)
(5) 意見を求めうる方2名の氏名・所属・連絡先
(6) 主要論文別刷(5編以内(最近5年以内のもの。ただし、1編はそれ以前のものでも可)、コピー可。研究業績一覧中で当該論文にマークをすること。)

9. 応募締切
2020年10月20日(火)必着

10. 照会先
筑波大学 計算科学研究センター計算情報学研究部門 教授 天笠俊之
Tel: 029-853-2330 / E-mail: amagasa _AT_ cs.tsukuba.ac.jp
(_AT_ を @ に置き換えてください。)

11. 応募書類送付先
提出書類の (1)-(5) を一つのPDFファイルにまとめパスワードをかけ、(6) の各論文のPDFファイルとともに電子メールの添付ファイルとして、
  koubo-dcidb _AT_ ccs.tsukuba.ac.jp (_AT_ を @ に置き換えてください。)
までお送りください。PDFファイルのパスワードは、「10. 照会先」までお送りください。
・メールの件名は、「データ基盤分野応募書類」としてください。
・ファイルサイズの合計が10MBを超える場合は、事前に照会先までご相談ください。
・メール送信後、二日以内に受領確認のメールが届かない場合は照会先までご連絡ください。

12. その他
(1) 応募書類に含まれる個人情報は、本人事選考のみに使用し、他の目的には一切使用しません。選考終了後はすべての個人情報を適切に破棄します。
(2) 計算科学研究センターは、文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており、計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。