第129回計算科学コロキウムを、11月15日(金)10:00より開催します

第129回計算科学コロキウムを、11月15日(金)に開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

 

場所:筑波大学 計算科学研究センター 会議室A
日時:2019年11月15日(金)10:00-12:00

講演タイトル:
Understand and improve uncertainties in land-surface model

講演者氏名:Dr.Fei Chen  
Research Applications Laboratory (RAL)
National Center for Atmospheric Research (NCAR), Boulder, CO, USA

使用言語:英語

アブストラクト:
 Uncertainties in land-surface models (LSMs) parameterization and parameters, in atmosphere forcing conditions used to drive LSMs severely limit their applications in understanding the role of land-atmosphere interactions on weather and climate. To assess these uncertainties, we conducted physical ensemble simulations for selected observation sites. The Noah with multiparameterization (Noah-MP) community land model was used to perform 1152 physics ensemble experiments. We will present results of using two statistical methods (natural selection and Tukey’s test) to identify the range of uncertainties associated with atmospheric forcing conditions, vegetation parameter, and sub-processes, and to mitigate those uncertainties to obtain similar performance to the ensemble mean of the “best” ensemble experiment. We will also discuss impacts of these uncertainties on regional climate simulations.

 Advancing the understanding of the nexus among food, energy, and water systems has recently emerged as a new science frontier, and the research community started modeling agricultural management in earth-system models to develop an integrated modeling tool for investigating relevant land-atmosphere interactions and agriculture sustainability issues. We discuss progress in developing of agricultural management (crop-growth, irrigation, tile drainage) models in Noah-MP and WRF-Crop. Especially, we will focus on the uncertainties in transitioning these agriculture models from field scales to continental scales.

世話人   :日下博幸

第128回計算科学コロキウムを、11月12日(火)10:00より開催します

第128回計算科学コロキウムを、11月12日(火)に開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

 

場所: 筑波大学 計算科学研究センター 会議室A
日時: 2019年11月12日(火)10:00-12:00

講演タイトル:
Recent progress and challenge in observing and modeling effects of urbanization

講演者氏名: Dr.Fei Chen 
Research Applications Laboratory (RAL)
National Center for Atmospheric Research (NCAR), Boulder, CO, USA

使用言語: 英語

アブストラクト:

Today’s changing climate poses two formidable challenges: 1) the projected climate change by IPCC will lead to more frequent occurrences of heat waves, severe weather, and floods, and 2) the current trend of population increase and urban expansion is expected to continue. The combined effect of global climate change and rapid urban growth, accompanied with economic and industrial development, will inevitably make people living in cities more vulnerable to a number of the urban environmental problems. It is imperative to employ integrated modeling systems to accurately represent the land-atmosphere interactions cross various temporal and spatial scales in order to assess such problems. In this paper, we will discuss community efforts in modeling urbanization effects in regional and global models (e.g., WRF and CESM), including recent enhancements to urban hydrologic models and new modeling capabilities in addressing urban heat-island mitigation strategies. This paper will also discuss recent observation projects and the observed effects of urbanization on precipitation extremes. We will conclude this paper with a short discussion on current challenges in urban modeling.

世話人   :日下博幸

[高性能計算システム研究部門] 教授または准教授公募(締切:2019年12月9日)

募集人員:教授または准教授1名

所  属:高性能計算システム研究部門

専門分野:HPC・ビッグデータ・AIにおけるシステムソフトウェア・システムアーキテクチャ

職務内容
計算科学研究センターでは、計算機科学と計算科学の研究者が協力してスーパコンピュータの設計を行い、計算科学・ビッグデータ・AIを推進しています。本公募は、スーパコンピュータで計算科学・ビッグデータ・AIを推進するためのシステムソフトウェア・システムアーキテクチャに関する研究、特に演算加速装置を用いた研究を行っていただける方を求めます。着任後は意欲的にアプリケーション分野とも連携していただける方を希望します。また、情報学群情報科学類ならびに理工情報生命学術院システム情報工学研究群情報理工学位プログラムにおいて、教育・研究指導を担当していただきます。

任  期:なし

応募資格:博士の学位を有し、専門分野において優れた研究業績があり、HPC・ビッグデータ・AIにおけるシステム研究と大学院・学類における研究・教育に熱意を有する方

着任時期:2020年4月1日以降のなるべく早い時期 

提出書類
1) 希望職位(「教授希望」「准教授希望」「教授または准教授希望」のいずれか)
2) 履歴書(写真貼付、連絡先と電子メールアドレスを明記)
3) 業績リスト(査読論文とその他を区別すること)
4) 主要論文別刷5編(うち4編以上は最近5年以内のもの)
5) これまでの研究の概要(主要論文を適宜参照し1,500字程度)
6) 着任後の研究計画と教育に関する抱負(1,500字程度)
7) 外部資金の獲得状況
8) 意見書2通以上、または照会可能者2名以上の氏名・所属・連絡先
以上について、紙媒体と共にUSBメモリなどのデジタル媒体にPDF形式で記録したものを同封してください。書類選考の後、面接選考(プレゼンテーション含む)を実施します。

応募締切:2019年12月9日(月)必着

照 会 先
筑波大学計算科学研究センター 高性能計算システム研究部門主任 朴 泰祐
Email: taisuke[at]ccs.tsukuba.ac.jp

応募書類送付先
〒305-8577 つくば市天王台 1-1-1
筑波大学計算科学研究センター センター長 朴 泰祐

封筒には「計算科学研究センター高性能計算システム研究部門教員応募書類在中」と朱書し、簡易書留か宅急便で送付してください。応募書類とデジタル媒体は選考終了後、適切に破棄します。

その他
計算科学研究センターは、文部科学省共同利用・共同研究拠点に認定されており、計算機共同利用を含む学際計算科学を推進しています。筑波大学では男女雇用機会均等法を遵守した人事選考を行っています。

 

Call for Full Professor or Associate Professor Position (Division of HPC Systems)

Deadline for Applications: Dec 9, 2019

Center for Computational Sciences, University of Tsukuba is inviting applications for a Full Professor or an Associate Professor.  Our program is interested in recruiting researchers with high performance computing, big data analysis, artificial intelligence system software and/or system architecture background (details below).

* Position Details

Position Title: Full Professor or Associate Professor

Number of positions: One

Position Type: Full time, tenured.

Institution and location: Center for Computational Sciences, University of Tsukuba
1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki 305-8577 Japan
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/

* Position Description

General Description:
Research about system software and/or system architecture for high performance computing, big data analysis, and artificial intelligence

Detailed description:
Center for Computational Sciences consists of researchers in computer science and computational science, and promotes computational sciences, big data analysis and artificial intelligence by designing and exploring supercomputers.  The successful candidate is expected to have research background regarding system software and/or system architecture, especially with accelerating devices, for high performance computing, big data analysis, and artificial intelligence.  Also, he or she is expected to train and advice undergraduate and graduate students in College of Information Science, and Degree Program in Computer Science, Degree Programs in Systems and Information Engineering, Graduate School of Science and Technology.

* Applications

General Qualifications:
Applicants must meet the following qualifications and demonstrate competency in researching about system software and/or system architecture for high performance computing, big data analysis and artificial intelligence.
1) Ph.D.
2) Qualified research experience in the research field noted above
3) Qualified skills in advising students in the university and the graduate school

* Expected Start Date

April 1, 2020 or later, earliest availability

* Required Documents

1) Note for an expected position (full professor, associate professor or either)
2) Curriculum Vitae including picture and email address
3) List of publications (should note referred or non-referred)
4) Reprints of five major papers (four or more should be published within five years)
5) Summary of research activities (about 800 words referring to the major papers)
6) Research and education plan (about 800 words)
7) Research funding activities
8) Two or more recommendation letters, or names and contact information of two or more referees

Documents should be submitted by hard copies and a USB memory in PDF format.  After screening of application materials, there will be interviews including presentation.

* Contact Information

Prof. Taisuke Boku
Division of High Performance Computing Systems, Center for Computational Sciences,
University of Tsukuba
Tel: +81-29-853-6485
Email: taisuke[at]ccs.tsukuba.ac.jp
* [at] should be replaced with @

* Submission

Prof. Taisuke Boku
Director, Center for Computational Sciences,
University of Tsukuba
1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki 305-8577 Japan
Email: taisuke[at]ccs.tsukuba.ac.jp
* [at] should be replaced with @

Required documents should be mailed using recorded delivery.  Clearly note “Application for faculty position in high performance computing” in red in front of the envelope.  The submitted materials will be properly discarded after the selection process.

* Equal Opportunity Employer

We are an equal opportunity employer and all qualified applicants will receive consideration for employment without regard to race, color, religion, sex, sexual orientation, gender identity, national origin, disability status, protected veteran status, or any other characteristic protected by law.

スーパーコンピュータ Oakforest-PACSの一般公開が行われます

2019年10月25日(金)、26日(土)に柏キャンパス一般公開2019のイベントが開催されます。
東京大学情報基盤センターでは、両日ともスーパーコンピュータOakforest-PACSの見学(筑波大学計算科学研究センター協力)をすることができます。(入場無料、予約不要)

スーパーコンピュータ Oakforest-PACS を間近に見られるチャンスです。
ぜひご参加ください。

<概要>
 日程:2019年10月25日(金)、26日(土)
 場所:東京大学柏キャンパス第2総合研究棟
 会場案内図:情報基盤センター(第二総合研究棟[11])
<Oakforest-PACS ガイドツアー(予定)>
 25日(金) 13:15、14:00、14:45、15:30(4回実施)
 26日(土) 10:45、11:30、13:15、14:00、14:45、15:30(6回実施)

 

[Award] Researcher Wen awarded ASIAN NUCLEAR PHYSICS ASSOCIATION & AAPPS-DNP AWARD FOR YOUNG SCIENTIST

Dr. Kai Wen, a researcher of CCS, got an ASIAN NUCLEAR PHYSICS ASSOCIATION & AAPPS-DNP AWARD FOR YOUNG SCIENTIST at The 18th CNS International Summer School held on Augst 21st to 27th, 2019 at Hongo Campus, University of Tokyo.

Date: August 27th, 2019

The title of awarded presentation is;
Optimal collective coordinate in nuclear collective dynamics

【受賞】Wen研究員がASIAN NUCLEAR PHYSICS ASSOCIATION & AAPPS-DNP AWARD FOR YOUNG SCIENTISTを受賞

CCSのKai Wen研究員が、The 18th CNS International Summer Schoolにおいて、ASIAN NUCLEAR PHYSICS ASSOCIATION & AAPPS-DNP AWARD FOR YOUNG SCIENTISTを受賞しました。

受賞日:2019年8月27日

受賞したプレゼンテーションは以下の通りです。

Optimal collective coordinate in nuclear collective dynamics

 

 

 

第3回OFP利活用報告会が開催されます(2019年10月11日)

第3回OFP利活用報告会が以下の日程で開催されます。
皆様奮ってご参加ください。(*前日までに参加登録が必要です。)

開催概要
開催日時: 2019年10月11日(金)13 : 00 – 17 : 10

場所:
 東京大学柏キャンパス 第2総合研究棟 315会議室2(地図
 東京大学情報基盤センター(本郷キャンパス浅野地区)3階大会議室(地図※遠隔配信
 筑波大学計算科学研究センター 会議室A(地図※遠隔配信

プログラム・講演要旨・参加登録については以下のURLをご覧ください。
https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/events/jcahpc/08.php(外部ページ)

主催: 最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC)
共催: 東京大学情報基盤センター、筑波大学計算科学研究センター

127th Colloquium of Center for Computational Sciences

127th Colloquium

Title: VERSE: Versatile Graph Embeddings from Similarity Measures (WWW’18)

Speaker: Dr. Panagiotis Karras (Associate Professor, Aarhus University, Denmark)

Date: August 19, 2019 (Mon)

Time: 14:00 – 15:00

Venue: Center for Computational Sciences, Workshop Room

Language: English

Abstract:
Embedding a web-scale information network into a low-dimensional vector space facilitates tasks such as link prediction, classification, and visualization. Past research has addressed the problem of extracting such embeddings by adopting methods from words to graphs, without defining a clearly comprehensible graph-related objective. Yet, as we show, the objectives used in past works implicitly utilize similarity measures among graph nodes. In this paper, we carry the similarity orientation of previous works to its logical conclusion; we propose VERtex Similarity Embeddings (VERSE), a simple, versatile, and memory-efficient method that derives graph embeddings explicitly calibrated to preserve the distributions of a selected vertex-to-vertex similarity measure. VERSE learns such embeddings by training a single-layer neural network. While its default, scalable version does so via sampling similarity information, we also develop a variant using the full information per vertex. Our experimental study on standard benchmarks and real-world datasets demonstrates that VERSE, instantiated with diverse similarity measures, outperforms state-of-the-art methods in terms of precision and recall in major data mining tasks and supersedes them in time and space efficiency, while the scalable sampling-based variant achieves equally good result as the non-scalable  full variant.

Coordinator :Toshiyuki Amagasa

第127回計算科学コロキウムを、8月19日(月)14:00より開催します

第127回計算科学コロキウムを、8月19日(月)に開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

 

場所    :筑波大学 計算科学研究センター ワークショップ室
日時    :2019年8月19日(月)14:00 – 15:00

講演タイトル:VERSE: Versatile Graph Embeddings from Similarity Measures (WWW’18)

講演者氏名 :Panagiotis Karras 准教授(デンマーク オーフス大)   

使用言語  :英語

Abstract:
Embedding a web-scale information network into a low-dimensional vector space facilitates tasks such as link prediction, classification, and visualization. Past research has addressed the problem of extracting such embeddings by adopting methods from words to graphs, without defining a clearly comprehensible graph-related objective. Yet, as we show, the objectives used in past works implicitly utilize similarity measures among graph nodes. In this paper, we carry the similarity orientation of previous works to its logical conclusion; we propose VERtex Similarity Embeddings (VERSE), a simple, versatile, and memory-efficient method that derives graph embeddings explicitly calibrated to preserve the distributions of a selected vertex-to-vertex similarity measure. VERSE learns such embeddings by training a single-layer neural network. While its default, scalable version does so via sampling similarity information, we also develop a variant using the full information per vertex. Our experimental study on standard benchmarks and real-world datasets demonstrates that VERSE, instantiated with diverse similarity measures, outperforms state-of-the-art methods in terms of precision and recall in major data mining tasks and supersedes them in time and space efficiency, while the scalable sampling-based variant achieves equally good result as the non-scalable  full variant.

世話人:天笠俊之

 

第11回「学際計算科学による新たな知の発見・統合・創出」シンポジウム

CCS International Symposium 2019

開催案内

主催 筑波大学 計算科学研究センター
日時 2019年10月15日(火) 10:30~17:50
会場 つくば国際会議場「エポカルつくば」 [MAP]
懇親会 10月15日(火)18:00開始 1Fレストラン エスポワール
参加費 シンポジウム参加無料、懇親会5,000円
参加登録 名札作成と懇親会予約のため、事前登録をお願いいたします(2019年10月4日締切)。
事前登録
問い合わせ シンポジウム問い合わせ窓口
ccssympo[at]ccs.tsukuba.ac.jp
スパム防止のためアットマークを[at]と表示しています。
送信の際は[at]はアットマークに置き換えていただくようお願いいたします。

* 本シンポジウムは全て英語で行います。

プログラムおよび詳細については、こちらの英語ページをご覧ください。
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/sympo20191015en/

11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences

CCS International Symposium 2019

Date and Venue / ProgramRegistration  / Access information 


Today, computational science is an indispensable research methodology in the basic and applied sciences, and contributes significantly to the progress of a wide variety of scientific research fields. For multidisciplinary computational science based on the fusion of computational and computer sciences, frequent/regular opportunities of communication and collaboration are essential. Center for Computational Sciences (CCS) at University of Tsukuba aims at improving such collaborations between different research fields. In this symposium, plenary speakers in various fields of computational sciences will give us talks on research frontiers, comprehensible to researchers and graduate students in other fields. In 2010, the CCS was recognized under the Advanced Interdisciplinary Computational Science Collaboration Initiative (AISCI) by MEXT, and has since provided the use of its computational facilities to researchers nationwide as part of the Multidisciplinary Cooperative Research Program (MCRP). Now, from 2019, this program is open worldwide. In the symposium, recent results of the MCRP (2018 & 2019) will be reported in a poster session.

 

 

 

 

PDF

 

Date and Venue

Date:Oct. 15, 2019 [Tue] 
Venue:International Congress Center EPOCHAL TSUKUBA “Hall 300”, Tsukuba, Ibaraki, Japan
Reception : Restaurant ESPOIR (1F)

Program (tentative)

Oct. 15 (Tue) 10:30 – 17:40
 Chair: Takashi Nakatsukasa (University of Tsukuba)
10:30-10:40 Opening Address
Hideo Kigoshi (University of Tsukuba, Vice President)
Taisuke Boku (University of Tsukuba, Director of CCS)
10:40-11:10 “Computational challenges in particle, nuclear and astro-physics”
Shoji Hashimoto (KEK)
11:10-11:40  “Reaction mechanism of water splitting in photosystem II revealed by QM/MM calculations”
Mitsuo Shoji (University of Tsukuba)
11:40-12:10 “Configuration-interaction shell-model calculations for nuclear structure physics”
Noritaka Shimizu (The University of Tokyo)
Lunch(12:10-13:30)
 Chair: Yoshinari Kameda (University of Tsukuba)
13:30-14:00 “Molecular simulations of ion channels to investigate voltage-dependent conformational change and drug-induced blockade”
Tohru Terada (The University of Tokyo)
14:00-14:30 “Black holes and holography”
Goro Ishiki (University of Tsukuba)
14:30-15:00 “High-Performance Custom Computing with FPGA Cluster as Off-loading Engine for Supercomputers”
Kentaro Sano (RIKEN Center for Computational Science, R-CCS)
15:00-16:20 Poster session (Report of MCRP-2018 & 2019)
(*For poster presenters)
Chair: Ryuhei Harada (University of Tsukuba)
16:20-16:50 “Radiation magnetohydrodynamics simulations of accretion flows onto black holes”
Ken Ohsuga (University of Tsukuba)
16:50-17:20 “Fusion of massively parallel data-driven science and novel measurement technology for surface structure analysis”
Takeo Hoshi (Tottori University)
17:20-17:40 “Cygnus: Multi-Hybrid Accelerated Supercomputer at CCS”
Taisuke Boku (University of Tsukuba)
18:00-20:00 Reception (Restaurant ESPOIR)

* For poster presenters
Panels of 900 mm (W) x 2100 mm (H) are available. We recommend presenters to prepare posters in English of A0 size.

** For invited speakers
Please bring a VGA adapter to connect your PC with the projector.

Registration

Participants should fill out the registration form at “On-line registration” by October 4, 2019. The registration is free, and the reception fee is 5,000 JPY. 

[The registration closed. The on-site registration is available.]

Access information

– From airports to Tsukuba Center
There are two airports, Narita and Haneda, in the Tokyo area. For the access to Tsukuba, Narita Airport is more convenient than Haneda. The direct highway bus to Tsukuba from Narita airport is available roughly every hour, and it takes about one hour. From Haneda airport, there are also direct bus to Tsukuba, but the service is less frequent and it takes about two hours.

– From Tokyo to Tsukuba Center
Rapid trains of Tsukuba Express (TX) Line bring you to Tsukuba station from Akihabara station in Tokyo in 45 minutes. See the following maps:
* Tsukuba Express Line (http://www.mir.co.jp/en/route_map/index.html)
* Tokyo Metro (http://www.tokyometro.jp/en/subwaymap/)

– To International Congress Center Epochal Tsukuba (  https://www.epochal.or.jp/eng/access/map_shuhen.html)

 

Organizer

Center for Computational Sciences, University of Tsukuba

Contact: ccssympo[at]ccs.tsukuba.ac.jp

Study on attosecond timescale casts new light on electron dynamics in transition metals

A team of scientists from the Max Planck Institute for the Structure and Dynamics of Matter (MPSD) in Hamburg and the Department of Physics at ETH Zurich in Switzerland, together with the Center for Computational Sciences of University of Tsukuba, has unraveled the light-induced electron-localization dynamics in transition metals at the attosecond timescale. The team investigated for the first time the many-body electron dynamics in transition metals before thermalization sets in. Their work has now appeared in Nature Physics.

Light-induced electron localization dynamics in transition metals was investigated with attosecond transient absorption spectroscopy and first-principles simulations. © Mikhail Volkov

Full text

Related link:
Max Plank Institute for the Structure and Dynamics of Matter

光が引き起こす遷移金属中の超高速な電子の局在化現象の観測に成功

筑波大学計算科学研究センター 佐藤駿丞助教は、マックスプランク物質構造ダイナミクス研究所理論グループ、及びチューリッヒ工科大学の超高速レーザー物理グループとの共同研究により、パルス光が遷移金属薄膜に引き起こすアト秒(10の18乗分の1秒)時間スケールの超高速な光吸収特性の変化を測定することに成功しました。

本研究では、スーパーコンピュータを用いた第一原理計算により、測定された超高速な光吸収特性変化が、電子が物質内で空間的に局在することに起因していることを明らかにしました。この成果は、光と物質の相互作用に関する基礎的知見を与えるもので、光により物質の性質の超高速制御を実現するための基盤となるものです。

図 二つの光パルス(赤と青の波形)がチタン薄膜へ照射される様子の模式図。図中央にはチタンの結晶構造が示されており、図右には光パルスが誘起する結晶内での電子密度の変化の様子が示されている。© Mikhail Volkov

プレスリリース本文

CCS HPCサマーセミナー2019を、8月1日(木)-2日(金)に開催します

開催趣旨

計算科学を支える大規模シミュレーション,超高速数値処理のためのスーパーコンピュータの主力プラットフォームはクラスタ型の並列計算機となってきました.ところが,大規模なクラスタ型並列計算機は,高い理論ピーク性能を示す一方で,実際のアプリケーションを高速に実行することは容易なことではありません.

本セミナーはそのようなクラスタ型並列計算機の高い性能を十二分に活用するために必要な知識,プログラミングを学ぶことを目的としています.超高速数値処理を必要とする大学院生が主な対象ですが,興味をお持ちの方はどなたでもご参加下さい.

開催日時・会場

日程: 2019年8月1日(木) – 8月2日(金)
会場: 筑波大学計算科学研究センター 1階 ワークショップ室(アクセス
定員: 80名

参加申し込み

参加申込: こちらのページにてご登録をお願い致します
締切: 2019年7月31日(水)
参加費: 無料
セミナーHP: https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/workshop/HPCseminar/2019/
問い合わせ先: hpc-seminar [at] ccs.tsukuba.ac.jp

会場の都合により,参加定員を超えた場合,参加申込を早期に締め切らせて頂く場合があります.

プログラム
  8月1日 (木) 8月2日 (金)
09:00 – 10:30 並列処理の基礎 OpenMP
10:45 – 12:15 並列システム MPI
13:30 – 15:00 並列数値アルゴリズムI 最適化I
15:15 – 16:45 並列数値アルゴリズムII 最適化II
セミナー内容
  セミナー名  セミナー内容 講師
1 並列処理の基礎 アムダールの法則,並列化手法(EP,データ並列,パイプライン並列),通信,同期,並列化効率,負荷バランスなど並列処理に関する基礎事項を学ぶ. 朴泰祐
2 並列システム SMP,NUMA,クラスタ,グリッドなどの並列計算機システムと,並列計算機システムの性能に大きく関わる事項(メモリ階層,メモリバンド幅,ネットワーク,通信バンド幅,遅延など)を学ぶ. 朴泰祐
3 並列数値アルゴリズムI 代表的な並列数値アルゴリズムである連立一次方程式の解法を学ぶ. 多田野寛人
4 並列数値アルゴリズムII 代表的な並列数値アルゴリズムである高速フーリエ変換(FFT)を学ぶ. 高橋大介
5 OpenMP 並列プログラミングモデル,並列プログラミング言語OpenMPを学ぶ. 李 珍泌
(理化学研究所 R-CCS)
6 MPI 並列プログラミング言語MPI2を学ぶ. 建部修見
7 最適化I 並列計算機システムの計算ノード単体におけるプログラムの最適化手法(レジスタブロック,キャッシュブロック,メモリ割当など)と性能評価に関して学ぶ. 高橋大介
8 最適化II 並列計算機システム全体における並列プログラムの最適化手法と性能評価に関して学ぶ. 建部修見
本セミナーを授業として受講する方へ(筑波大生向け)

本セミナーは,筑波大学大学院共通科目「計算科学のための高性能並列計算技術」と共通です. 大学院共通科目として本セミナーを受講する方は,TWINS で履修登録して下さい.このページからの参加申し込みは不要です.

海洋微生物と共生するシアノバクテリアは広く海洋に分布する「見逃された」系統だった  単細胞ゲノム解析により判明

発表のポイント

  • 光合成を行う微生物シアノバクテリア(藍色細菌)は生態系において重要な生物であり、その多様性はこれまで網羅的に調べられてきた。
  • 本研究において、別の微生物の細胞に共生する海洋シアノバクテリアのゲノム配列を解読したところ、このシアノバクテリアは世界の海洋に広く分布するが、共生関係にあるがゆえにこれまで「見逃されて」いた系統であることが示された。
  • このシアノバクテリアは長い期間、他の生物と密接に共生することで独自の進化を遂げたと考えられる。
  • この成果は、未だに見逃されているシアノバクテリア系統がさらに存在する可能性も示唆している。
 

概要

 シアノバクテリアは水中に生育する重要な光合成性細菌のグループであり、地球上にどのような種類のシアノバクテリアが存在するのか、これまで活発に調べられてきました。シアノバクテリアは単独で生育する以外に、他の生物と共生する事も知られていますが、このようなシアノバクテリアについては調査があまり進んでいません。東北大学大学院生命科学研究科の中山卓郎助教・河田雅圭教授らの研究グループは、筑波大学計算科学研究センター稲垣祐司教授・筑波大学生命環境系(下田臨海実験センター)稲葉一男教授・柴小菊助教・野村真未博士研究員らと共同で、渦鞭毛藻と呼ばれる微生物の一種に共生するシアノバクテリアを数細胞採取し、ゲノム解析を行いました。その結果、このシアノバクテリアは海洋に広く分布するが、共生関係にあるがゆえにこれまで「見逃されて」いた系統であることが示されました。
 この結果は、未だに見逃されているシアノバクテリア系統がさらに存在する可能性を示唆する重要な報告です。本研究成果は、米国科学アカデミー紀要(米国東部時間6月24~28日付の電子版)に掲載されます。
 
図 共生シアノバクテリアゲノム解析の概要

リリース全文

【ニュース】スーパーコンピュータ Oakforest-PACS のストレージが IO-500 BW Scoreにて世界一位に認定(2019年6月18日)

最先端共同HPC基盤施設(筑波大学計算科学研究センター・東京大学情報基盤センター)が運用するスーパーコンピュータ Oakforest-PACS が、スーパーコンピュータのストレージ性能の世界ランキングリストIO-500のBW Scoreにおいて第一位を獲得しました。

IO-500 リストは、2017 年11月に初めて公表されたストレージ性能の世界ランキングリストで、Oakforest-PACSは、2017年11月、2018年6月と連続で第一位を獲得してきました(2019年6月では第三位)。
ストレージ性能は大規模数値シミュレーションだけではなく、ビッグデータ・AI 処理に極めて重要で、ストレージ性能の向上は、スーパーコンピュータシステムの計算処理を向上させる上で大きな影響を及ぼす要素です。IO-500 では、大規模ファイルの書込・読込性能と小規模ファイルの書込・読込・リスティング性能を測定するベンチマークプログラムを用いてスコアが決定されます。 今回の発表では、IO-500のベンチマークとして計測されるバンド幅スコア(IO-500 BW Score)において、Oakforest-PACSが最高性能を示したことが表彰されました。

参考:IO-500 Jun. 2019 Full List

IO-500 BW Score #1 OFP

最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC)のページ

 

第126回計算科学コロキウムを、7月10日(水)16:00より開催します

第126回計算科学コロキウムを、7月10日(水)に開催いたします。多数のご来聴をお待ちしております。

 

場所    :筑波大学 計算科学研究センター ワークショップ室
日時    :2019年7月10日(水)16:00 – 

講演タイトル:量子多体摂動法の有限温度理論と統計的アルゴリズム

講演者氏名 :平田 聡 教授(イリノイ大学 アーバナ・シャンペン校)

使用言語  :日本語

Abstract:

量子化学における多体摂動論の応用は非常に古く,1926年のSchrödingerや1934年のMøllerとPlessetの論文にまでさかのぼる.現在でも研究が活発に行われているのは,その有用性とともに知識の不完全さを物語っている.このセミナーでは,以下の二点に集中して,多体摂動論の基礎理論および新規アルゴリズムを紹介する.(1)  1960年にKohnとLuttingerは論文で,多くの教科書に詳述されている有限温度多体摂動論に誤謬があると主張し,波紋を呼んだ.我々は,摂動論の基本定義に立ち返り,各種熱力学ポテンシャルの低次摂動補正を数値計算し,教科書の表式がこれらの正しい結果を再現しないことを確認した.さらに,誤謬の原因を究明し,熱力学ポテンシャルの一次摂動の正しい解析表式を導出した.(2) 分子や固体の電子相関エネルギーや準粒子エネルギーバンドの高精度計算には,多体摂動論が威力を発揮する.しかし,その行列代数に基づくアルゴリズムは,現代のスーパーコンピューターのデザインにそぐわず,非効率なものとなっている.我々は,スケーラブルで無限に計算続行可能かつ簡単に耐障害性な,モンテカルロアルゴリズムを多体摂動論に導入した.

世話人:重田 育照