GENESIS (GENeralized-Ensemble SImulation System)は理化学研究所で開発されている分子動力学(MD)計算ソフトウェアです。特に生体高分子（タンパク質、核酸、糖鎖など）を対象としています。また独自の高速化、並列化手法を持つため、効率の良い計算手法が利用でき、富岳などのスーパーコンピュータからGPU計算機、インテル計算機まで対応しています。今回の講習会では、GENESISによる生体高分子のMDにご興味がある方を対象に、筑波大学計算科学研究センターのCygnusを利用して実際のシミュレーションに触れていただきながら、講習を行います。初めてGENESISを利用される方の参加も歓迎いたします。
講習会終了後、フリーディスカッションの時間を設けております。GENESISの利用方法などにご興味がある方は、この機会にぜひ、ご参加ください。
関連リンク：HPCI セミナー情報ページ
開催概要
| 日時 | 2021年9月28日(火)13:30～17:30 (13:00接続開始) |
| 場所 |
筑波大学計算科学研究センターワークショップ室、または、web会議システム BlueJeansを使用したオンライン参加
＊講師はオンラインでの参加になります。 ＊新型コロナウィルスの影響により、講習会当日に会議室Aを使わず、オンラインのみの開催になる場合もございます。あらかじめご了承ください。 |
| 受講資格 |
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| 参加費 | 無料 |
| 定員 | 24名程度(先着順) |
| 受講の際の注意事項 |
以下について事前にご確認ください。
→ 当日は、CygnusへSSH接続するためのノートパソコンをお持ちください。
→ 事前に接続の可否をご確認ください。
→ オンラインのみで参加される方はBlueJeansアプリを用いた接続をお願いします。事前に接続の可否をご確認ください。
→ ハンズオンでは、Linuxを使用します。基本的なコマンドの使い方(cat、ls、cd、pwd、cp、tar)を事前にご確認ください。
＊Linux初心者向けの簡単な資料も用意しています。受講者の方には、他の資料と同様に配布いたします。
→ ハンズオンでは、簡単にテキストファイルの編集を行っていただきます。テキストエディタとして、viあるいはEmacsを使用していただきますので、基本的な使い方を事前にご確認ください。
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プログラム
2021年9月28日
| 13:30-13:45 | 事務局からのお知らせとBlueJeansの機能説明 |
| 13:45-14:20 | GENESISの概要 |
| 14:20-14:50 | Cygnusの紹介、GENESISのCygnusでのジョブ実行方法 |
| 14:50-15:10 | ＜休憩＞ |
| 15:10-16:30 | GENESISでのMD計算ハンズオン、もしくはデモ |
| 16:30-17:30 | フリーディスカッション |
講師
岩橋千草氏(理化学研究所計算科学研究センター)
Jaewoon Jung氏(理化学研究所計算科学研究センター)
松岳大輔氏(高度情報科学技術研究機構)
主催・共催
| 主催： | 筑波大学計算科学研究センター |
| 共催： | 一般財団法人 高度情報科学技術研究機構 |
講習会資料
本講習会で使用するテキストは、当日に配布いたします。
お願い
- 受講の際の注意事項をよくご確認ください。
- 講習会終了後、アンケートにご協力をお願いします。
受講申込
下記のWebサイトにて詳細をご確認の上、お申込みください。
https://www.hpci-office.jp/pages/seminar_genesis_210928
メールでのお申し込みは受け付けておりません。
申込締切は 2021年9月17日(金) 17:00 とさせていただきます。
定員に達しましたら、お申し込みを締め切らせていただきます。
ご質問・お問い合わせ
hpci-workshop[-at-]hpci-office.jp ([-at-]は@にしてください)までお問い合わせください。