ワークショップ

GENESIS講習会−Cygnusを用いたハンズオン−

GENESIS (GENeralized-Ensemble SImulation System)は理化学研究所で開発されている分子動力学(MD)計算ソフトウェアです。特に生体高分子(タンパク質、核酸、糖鎖など)を対象としています。また独自の高速化、並列化手法を持つため、効率の良い計算手法が利用でき、富岳などのスーパーコンピュータからGPU計算機、インテル計算機まで対応しています。今回の講習会では、GENESISによる生体高分子のMDにご興味がある方を対象に、筑波大学計算科学研究センターのCygnusを利用して実際のシミュレーションに触れていただきながら、講習を行います。初めてGENESISを利用される方の参加も歓迎いたします。

講習会終了後、フリーディスカッションの時間を設けております。GENESISの利用方法などにご興味がある方は、この機会にぜひ、ご参加ください。

関連リンク:HPCI セミナー情報ページ

開催概要

日時 2021年9月28日(火)13:30~17:30 (13:00接続開始)
場所
筑波大学計算科学研究センターワークショップ室、または、web会議システム BlueJeansを使用したオンライン参加
*講師はオンラインでの参加になります。
*新型コロナウィルスの影響により、講習会当日に会議室Aを使わず、オンラインのみの開催になる場合もございます。あらかじめご了承ください。
受講資格
  • HPCIのユーザの方、HPCIを利用する予定がある、または利用を検討している方
  • Cygnusのユーザの方、Cygnusを利用する予定がある、または利用を検討している方
参加費 無料
定員 24名程度(先着順)
受講の際の注意事項
以下について事前にご確認ください。
  • 筑波大学計算科学研究センターワークショップ室にて参加される方
 → 当日は、CygnusへSSH接続するためのノートパソコンをお持ちください。
  • CygnusへのSSH接続
 → 事前に接続の可否をご確認ください。
  • web会議システムBlueJeans
 → オンラインのみで参加される方はBlueJeansアプリを用いた接続をお願いします。事前に接続の可否をご確認ください。
  • Linuxの基本的なコマンドの使い方
 → ハンズオンでは、Linuxを使用します。基本的なコマンドの使い方(cat、ls、cd、pwd、cp、tar)を事前にご確認ください。
*Linux初心者向けの簡単な資料も用意しています。受講者の方には、他の資料と同様に配布いたします。
  • テキストエディタ(viまたはEmacs)の使い方
 → ハンズオンでは、簡単にテキストファイルの編集を行っていただきます。テキストエディタとして、viあるいはEmacsを使用していただきますので、基本的な使い方を事前にご確認ください。

プログラム

2021年9月28日

13:30-13:45 事務局からのお知らせとBlueJeansの機能説明
13:45-14:20 GENESISの概要
14:20-14:50 Cygnusの紹介、GENESISのCygnusでのジョブ実行方法
14:50-15:10 <休憩>
15:10-16:30 GENESISでのMD計算ハンズオン、もしくはデモ
16:30-17:30 フリーディスカッション

講師

岩橋千草氏(理化学研究所計算科学研究センター)
Jaewoon Jung氏(理化学研究所計算科学研究センター)
松岳大輔氏(高度情報科学技術研究機構)

主催・共催

主催: 筑波大学計算科学研究センター
共催: 一般財団法人 高度情報科学技術研究機構

講習会資料

本講習会で使用するテキストは、当日に配布いたします。

お願い

  • 受講の際の注意事項をよくご確認ください。
  • 講習会終了後、アンケートにご協力をお願いします。

受講申込

下記のWebサイトにて詳細をご確認の上、お申込みください。
https://www.hpci-office.jp/pages/seminar_genesis_210928

メールでのお申し込みは受け付けておりません。

申込締切は 2021年9月17日(金) 17:00 とさせていただきます。

定員に達しましたら、お申し込みを締め切らせていただきます。

ご質問・お問い合わせ

hpci-workshop[-at-]hpci-office.jp ([-at-]は@にしてください)までお問い合わせください。