第104回計算科学コロキウムを、12月11日（金）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。

日時：2015年12月11日（金）16:00-17:30
場所：筑波大学計算科学研究センター 会議室A
題目：The Interaction of HPC Programming Models with Interconnect Capabilities
講師：Dr. Khaled Ibrahim (Lawrence Berkeley National Laboratory)

要旨:
HPC systems are growing in heterogeneity due to power consumption constraints. Such trend makes the use of hybrid-programming models a requirement to achieve efficiency. Moreover, inter-node and intra-node communication are traditionally thought of as orthogonal problems, leading to suboptimal performance.

In this talk, we present internal design changes we made to GASNet communication library to have better interoperability of intra-node shared memory programming models, such as OpenMP, with partition global address space (PGAS) programming models. We also discuss the interaction of PGAS models and MPI two-sided with interconnects that leverage relaxed ordering of transfers to improve performance. We show how programming model semantics influence the possible runtime optimization strategy on such interconnects.

We also discuss how programming models (tasking vs. bulk synchronous) could influence the volume of data movement at scale.

Finally, we shed some light on ongoing GASNet-EX specification activities that aim to radically enhance the functionalities and interfaces of GASNet.

世話人：朴 泰祐

第103回計算科学コロキウムを、12月10日（木）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。

日時：2015年12月10日（木）9:30-12:00
場所：筑波大学計算科学研究センター 会議室B
題目：アミノ酸の安定構造と分子解離に繋がる多段階異性化反応経路の効率的自動探索法の開拓
講師：岸本　直樹 氏（東北大学大学院理学研究科化学専攻・准教授）

要旨:
内部エネルギーを持つ分子の解離反応経路は、化学研究者の経験ではカバーできないほど多くの異性化反応経路に分岐して複数の解離生成物へ繋がっており、解離反応経路の研究を困難にしてきた。また、異性化を経た後の解離反応では、生成物の構造を実験で特定することは困難である。
　私は本研究 で、分子の安定構造とその解離反応経路の量子化学計算方法を確立することで、ユーザーが試行錯誤を極力しない自動化を目指している。

世話人：重田育照

第102回計算科学コロキウムを、10月21日（水）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。

日時：2015年10月21日 (水）10:00-11:30
場所：筑波大学計算科学研究センター 会議室B
題目：Multi-modal Dynamic Cross Correlation法の開発と転写因子–DNA複合体における動的相関ネットワークの解析
講師：笠原 浩太 氏（大阪大学）

要旨:
分子動力学法は分子系の微視的な動的特性を理解するための有効な手段の一つである。
しかしながらその結果得られるデータの解釈は容易でなく、単純なアンサンブル平均による議論では過渡的な運動モードの変化など多峰性の分布を生ずる重要な現象を見落としてしまう。本研究では従来のDynamic Cross Correlation (DCC) 法を拡張したMulti-modal DCC (mDCC)法を開発し、このような多峰性分布の自動検出を可能とした。
これを転写因子–DNA複合体に応用し、分子内相互作用ネットワークの解析を行ったのでこれを発表する。

世話人：重田育照

第101回計算科学コロキウムを、6月9日（火）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。

日時：2015年6月9日（火）14:00-16:00
場所：筑波大学計算科学研究センター 会議室A
題目：MPI Communication Challenges in Irregular Data-Driven Applications
講師：Dr. Pavan Balaji, Argonne National Laboratory, USA

概要：Modern applications are increasingly moving towards an irregular data-driven computational model where how they compute and which processes they communicate with fundamentally relies on the data being processed. This results in frequent communication of small data elements with a large number of processes, ability to process such messages asynchronously and on-demand, notions of latency-hiding by leveraging very deep queues of outstanding operations and the capability to perform efficient communication when hundreds of threads try to communicate simultaneously. In this talk, I’ll first discuss some of the large computational applications at Argonne and their computational trends. Then I’ll discuss some of the optimizations that we are exploring within the MPI library to address these challenges, while looking forward to where these applications are planning to evolve to in the next few years.

世話人：朴 泰祐

第100回計算科学コロキウムを、3月27日（金）に開催します。
多数のご来聴をお願い致します。

日時：2015年3月27日（金）15:00-17:00
場所：筑波大学計算科学研究センター 国際ワークショップ室
題目：気象学とその応用
講師：近藤 裕昭 氏（産業技術総合研究所・環境管理技術研究部門・副研究部門長）

概要:産総研での３６年間の研究をふりかえると、気象学を中心にして、大気汚染、風力発電、都市環境、原子力安全、植物生理等の分野との連携による研究を行ってきた。これらの一部を紹介するとともに、未だに解決できない根本的な課題と都市環境研究が将来どこに向かっていくのかについて私見を述べたい。

世話人：日下 博幸